View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10794_2 (Length: 696)

Name: NF10794_2
Description: NF10794
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10794_2
NF10794_2
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (42-696)||(15606469-15607124)
chr6 (126-692)||(29368508-29369074)
chr6 (12-696)||(19364413-19365090)
chr6 (12-696)||(11732118-11732798)
chr6 (254-696)||(30802438-30802879)
chr6 (254-656)||(30803053-30803455)
chr6 (602-696)||(14679783-14679877)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (12-696)||(7126257-7126942)
chr8 (12-398)||(8451815-8452201)
chr8 (12-694)||(43318498-43319165)
chr8 (12-696)||(478524-479207)
chr8 (12-696)||(40589183-40589850)
chr8 (253-642)||(21371560-21371949)
chr8 (463-696)||(8451591-8451814)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (12-693)||(28425229-28425911)
chr4 (12-696)||(28538253-28538937)
chr4 (12-696)||(55734044-55734728)
chr4 (42-696)||(51259998-51260652)
chr4 (12-687)||(49950357-49951033)
chr4 (12-580)||(56063036-56063605)
chr4 (148-696)||(2064026-2064572)
chr4 (12-379)||(26422947-26423315)
chr4 (255-642)||(32577553-32577941)
chr4 (109-389)||(40360594-40360875)
chr4 (475-695)||(29656134-29656354)
chr4 (458-696)||(18442612-18442850)
chr4 (479-694)||(37246327-37246542)
chr4 (14-223)||(2063808-2064017)
chr4 (609-695)||(51735441-51735527)
chr4 (613-693)||(56065265-56065345)
chr4 (449-633)||(26422760-26422944)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (15-696)||(8387118-8387805)
chr5 (12-696)||(20203994-20204675)
chr5 (232-696)||(25730095-25730560)
chr5 (183-689)||(30223274-30223780)
chr5 (240-693)||(22767728-22768182)
chr5 (223-637)||(26295603-26296018)
chr5 (398-696)||(12659764-12660063)
chr5 (497-694)||(27533377-27533573)
chr5 (489-696)||(27291955-27292165)
chr5 (269-486)||(27284829-27285045)
chr5 (615-696)||(34654059-34654140)
chr5 (615-696)||(15989217-15989298)
chr5 (609-696)||(41941203-41941290)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (145-693)||(39826326-39826875)
chr2 (153-696)||(87734-88278)
chr2 (19-354)||(87398-87733)
chr2 (223-642)||(20514767-20515186)
chr2 (359-694)||(34696372-34696708)
chr2 (359-694)||(34718784-34719120)
chr2 (471-696)||(18345942-18346165)
chr2 (12-150)||(39828942-39829080)
chr2 (549-696)||(12131106-12131253)
chr2 (329-530)||(12131613-12131816)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (12-408)||(16096373-16096769)
chr7 (181-693)||(9329072-9329585)
chr7 (206-696)||(1580837-1581334)
chr7 (81-317)||(3746353-3746589)
chr7 (327-696)||(22288590-22288960)
chr7 (444-696)||(16097950-16098202)
chr7 (261-492)||(29201534-29201766)
chr7 (423-696)||(17876860-17877132)
chr7 (497-696)||(16731466-16731652)
chr7 (497-696)||(17709600-17709786)
chr7 (240-354)||(17876714-17876829)
chr7 (612-688)||(29201427-29201503)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (300-696)||(53496379-53496763)
chr3 (440-696)||(55198983-55199239)
chr3 (624-696)||(1070659-1070731)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (346-694)||(5608707-5609056)
chr1 (330-696)||(51112667-51113034)
chr1 (12-319)||(5608355-5608662)
chr1 (378-696)||(36733093-36733412)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 15607124 - 15606469
Alignment:
Q  42 gtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgcataatttgcatgtgtctgatttgatagctg 141  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| | | |||||| ||||  ||||||| ||||||||| ||    
T  15607124 gtgatgaatgatccatgggttcgaggtgttcatggtagctggattcaatccccacaaatccaagttttgcatagtttgtgtgtgtcttatttgatagttg 15607025  T
Q  142 atgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaa 241  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  15607024 acgaggaacgggtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaacctattctcgacaccccactgtttgcggaagttcagaa 15606925  T
Q  242 tgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccat 341  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||    
T  15606924 tgataaaatagtgtggatgatggaacgtaatgggaggtatgctattaaaactggttataaattggctatgatggagttgttacatactgatcgattccat 15606825  T
Q  342 gttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgca-ggggagtgtttcgatgcgccttc 440  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| | | ||| || |    
T  15606824 gttgaaggagagtggcatagaatatggaaggtaaattcccctcataaagcatgtaatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttccaacgcgtctcc 15606725  T
Q  441 gactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcaca 540  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| |||||||| | |||||||||  |||    |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  ||||| ||    
T  15606724 gactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctttccctggtgtgatagagctgttgaggatgattaacatatttttgtgggttatatggtggcgca 15606625  T
Q  541 tgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaa 640  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||| ||  ||| | | |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  15606624 tgagtgttggtattgggcagggctttcgaccgtgctgcaagcgcgagttggcactttgagcagtttggcaaattttgtctttgacatatgttgttctgaa 15606525  T
Q  641 agctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15606524 agtcgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 15606469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 126 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 29369074 - 29368508
Alignment:
Q  126 tctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgt 225  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  29369074 tctgatttgataactgttgaggaacgagtttgagataatgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgt 29368975  T
Q  226 tttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattaca 325  Q
    || || | ||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||| || |||| | |||| |||  ||||||| ||||||||||||||||  ||||    
T  29368974 ttgcggatgttcagaatgataaaatagcgtggatgatgaaatgtaacggtagatatattgttaagactaattataaattggctatgatggagttgctaca 29368875  T
Q  326 caatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcaggg-gagt 424  Q
     | |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  | | ||    
T  29368874 tactgatcgattccatgttgaaggagagtggcataaaatatggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttattatggaggatttgcaaagagtgt 29368775  T
Q  425 gtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgg 524  Q
    ||| |||  || |||||| ||||||||| ||| |||||||| ||| |||| |||||||| ||  |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  29368774 gttccgacacgtcttcgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatatgtccctgatgtgatacgactgttgaggatgattggcatgcttttgtgg 29368675  T
Q  525 gttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttga 624  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| | | ||||||  ||||||||||||||||    
T  29368674 gttgtacagtggcacatgagagttggtattggccaggattt-cgactgtgctgcaaccgcgagttgaaactatgagcagtttgacagattttgtttttga 29368576  T
Q  625 catatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctg 692  Q
      ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29368575 tgtatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctg 29368508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 19365090 - 19364413
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatcccc-acaaagccacgatgtg 110  Q
    |||||| ||||| ||  |||||| || ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  19365090 tggacagttggaaatttgcagcatgtcagtgtgatgaatgatccattggttcgaggtgttcaaggtagttggattcaatcccccacaaagccaaggtgtg 19364991  T
Q  111 cataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattc 210  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||    
T  19364990 cataatttgagtgtgtctgatttgatagctgtcgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttctggttgatatggtgcaagctattc 19364891  T
Q  211 ttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctat 310  Q
    | ||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  19364890 tcgacacaccactgtttgcggaagttcaaaatgatagaataacatgaatgatggaacataacgggaggtatactgttaagactggttataaactggctaa 19364791  T
Q  311 gatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatg 410  Q
    |||||||||| |||| | || | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||||| || |    
T  19364790 gatggagttactacatactggttgattccatgttgaaggagagtggcatagaatctggaaggtgaa----cctcataaagctcgtaatttgttattgagg 19364695  T
Q  411 atttgcaggggagtgt-ttc-gatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgat 508  Q
    ||||| | |  | ||| ||| ||  || || | | ||||| ||| |||  | ||||| ||| ||| ||||||||  ||  |||||   ||  ||||||||    
T  19364694 atttg-aagatattgtattctgacacgtctccaattacaagcacgacatatgcaatgtgagatgacttgtccctaatgtgatacg---gt--aggatgat 19364601  T
Q  509 taacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttag 608  Q
    |  ||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| |||||| | ||| || |||||| | ||||||      
T  19364600 tgtcatgcttttgtgggttgtattgtggcgtgtgagagttggtattgggctgggctttcgatagtgttgcaaccgtgagttggaactgtgagcagtttga 19364501  T
Q  609 cagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    || ||||| ||||| | |||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  19364500 caaattttatttttcatatatgtcgttcagaaagccaagacattggtggtcggatggctttatttctttagcaaatttgggctgcacg 19364413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 11732798 - 11732118
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||| |||| || |||||||||| ||  | ||||||||||||  ||||||| |||||||||  ||  | ||||||||||||||| |||| || | |||||    
T  11732798 tggataattagaaatgggcagcatgtcggcgtgatgaatgattaatgggttcgaggtgttctaggttgctggattcaatccccataaaggcaagttgtgc 11732699  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    |||||||   ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||| |||  ||| | || ||||||| ||||||||||     
T  11732698 ataatttaattgtgtctgatttgatagttgttgaggaacgggtttggggtattgctaagattaaatattttctttcaaataatatggttcaagctattcc 11732599  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     |||||  ||| |||| || ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||| ||||||||    
T  11732598 cgacacatcacggtttgcggaaggtcagaatgatataatagcgtggatgatggaacgtaacggtaggtataatattaagactgactataaattggctatg 11732499  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    ||| ||||  |||| | |  ||| ||||| |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  11732498 atgaagttgctacatactagtcgattccaagttgaaggagagtgacataaaatctggaaggtgaattccactcataaagcttgtaatttgttatggagga 11732399  T
Q  412 tttgc-aggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatta 510  Q
    ||| | | | | |||||   ||| | || ||| ||||| ||| ||| ||||||   ||| |||  |  ||| ||||  |||||| |||| | |||||||     
T  11732398 tttacaaagagtgtgttcttatgtgtctccgattacaagcacgacatgtacaaattgagatgaccttaccccggtgtgatacgattgttcaagatgattg 11732299  T
Q  511 acatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagca 610  Q
     |||| |||||||| |||| | ||||| | |||||||||||||| |||| || |||||| |||| ||||||  |||| || || ||| | |||||||  |    
T  11732298 gcatgattttgtggattgtgcggtggcgcgtgagagttggtattaggcaaggctttcgaatgtgttgcaaccacgagttggaattgtgagcagtttaata 11732199  T
Q  611 gattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
      ||||||||     |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  11732198 agttttgttt-----atatgtcgttcagaaagccgagacattgttggtcgagtggctttacttctttcgaaaatttgtgctgcacg 11732118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 254 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 30802879 - 30802438
Alignment:
Q  254 gtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagag 353  Q
    ||||| ||||||||||||  | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||| ||||||||| |||||    
T  30802879 gtggaagatggaacgtaattgaaggtatactgttaaaactgattataaactggctatgatggagttgttccacagtgattggtttcatgttgaaagagag 30802780  T
Q  354 tagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcaggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcaca 453  Q
    |  |||||||||||||| |||||||||||| ||||| | | |||||| |||||||  ||||||| | | ||||| |||  || ||  ||||||||||||     
T  30802779 tgtcatagaatctggaaggtgaattccccttataaaacacataattttttatggaaaatttgca-gagtgtgttccgacacgtctctgactacaatcacg 30802681  T
Q  454 acacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtat 553  Q
    ||| |||||| | |||||||| |||||||||||  |||||| |||||| ||| |||  |||| ||| ||||||||||  ||||| | |||||||||| ||    
T  30802680 acatgtacaacgtgaggtgatctgtccctggtgtgatacgactgttgaagattattggcatgttttagtgggttgtaaggtggcgcgtgagagttggcat 30802581  T
Q  554 tgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattg 653  Q
    | || |||  |||||||||| ||||||   |||| || || ||  |  ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  30802580 taggaaggactttcgactgtactgcaaacacgagttggaattgagagaagtttggaagattttgtttttaacatatgttgttcaaaaagtcgagacattg 30802481  T
Q  654 ctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
     |||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30802480 ttggtagggtgactttacttctttggcaaatttgggttgcacg 30802438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 254 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 30803455 - 30803053
Alignment:
Q  254 gtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagag 353  Q
    ||||| ||||| ||||||| | | |||||||  ||| | ||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  30803455 gtggaagatgggacgtaacagtatgtatactggtaagaatggttataaactgactatgatggagttgttccacagtgatcggtttcatgttgaaagagag 30803356  T
Q  354 tagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgactacaatcac 452  Q
       |||||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||||||||  |||||  || | | || |||||||||||||    
T  30803355 agacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaaacacataatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttatgacgtgtctccgactacaatcac 30803256  T
Q  453 aacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggta 552  Q
     ||| ||| |||| |||||||| ||| | | |||  |||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |    
T  30803255 gacatgtataatgtgaggtgatatgtacatagtgtgatacgactgttgaagatgattgacatgtttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggca 30803156  T
Q  553 ttgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacatt 652  Q
     |  | |||  |||||||||||||||||  ||||| || | ||| ||  ||||| | ||||||||| || ||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  30803155 -tatgaaggactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggatctgaaagaagtttggaagattttgtgttggacatatgttgttcaaaaagtcgagacatt 30803057  T
Q  653 gctg 656  Q
    ||||    
T  30803056 gctg 30803053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 602 - 696
Target Start/End: Original strand, 14679783 - 14679877
Alignment:
Q  602 agtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  14679783 agtttggcagattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagccgagacatagctggtcgggtggctttacttcttttacaaatttggcctgcacg 14679877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Original strand, 7126257 - 7126942
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    ||||| ||||||| |||||| || || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  7126257 tggacgattggacgtgggcaacatgtcagtgtgatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccaagatgtac 7126356  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7126357 atagtttgcgtgggtctgatttgatagctgacgatgaacgagtttggaacattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 7126456  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  7126457 cgacacaccattgtttgcggaagtttagaatgatagaatagcgtggatgatggaacgtaacgggaggtataatgttaaaactggttataaactagctatg 7126556  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  7126557 atggagttgttacacactgatcggttccatgttgagggatagtggcataaaatcttgaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgttatggagga 7126656  T
Q  412 tttgcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatta 510  Q
    ||||||||||  ||||| | |  || || ||||| | ||||| ||| |||||||| | |||||| || | ||| ||   |||| ||||||| |||||||     
T  7126657 tttgcagggggtgtgttcctactcgtctccgacttcgatcacgacatgtacaatgtggggtgatctgcctctgatgtgttacggatgttgatgatgattg 7126756  T
Q  511 acatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagca 610  Q
     ||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||  ||||| || ||||   |  ||||| |||    
T  7126757 gcatgcatttgtgggttgtacggtggcacgtgaaagttggtattggacaggactttcgactgtgttgcaaacgcgagttggaacttagagtagtttggca 7126856  T
Q  611 gattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7126857 tattttgtttttgacatatgttgctcagaaggccgagacattgatggtcgggtggttttacttctttggcaaatttgggctgcacg 7126942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 8452201 - 8451815
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8452201 tggacaattggatatgggcagcaggttagtgtgatgaatgattcatggattcgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 8452102  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  8452101 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttacagatgatatggtgcaagctattct 8452002  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  8452001 tgacacaccactgttttcggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacggaaggtatactgttaaaactgattataaactgactatg 8451902  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaat 398  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8451901 atgaagttgttacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtggcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaggctcgtaat 8451815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 12 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 43319165 - 43318498
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  43319165 tggacaattggacatgggaagcatgtcagcgttatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggcagctggattcaatccc-acaaagccaaggtgtgc 43319067  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||              |||||||||||    
T  43319066 atagtttgtgtgtgtctgatttgatagctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctatttt--------------caagctattct 43318981  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  43318980 cgacacaccactgtttgcggaagttcataatgatagaatagtgtggatgatggaacgcaacgggaggtatactgttaagactggttataaactggctatg 43318881  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||    
T  43318880 atggagttgttacacactgatcggttccatgttgaaggagaatgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaagcacataatttattatggagga 43318781  T
Q  412 tttgcaggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaa 511  Q
    |||||||||| ||||||||| ||  || ||||||| |||||  || |||||||| |||||||||||| | |||||  |||||  ||||||||||||||      
T  43318780 tttgcaggggtgtgtttcgacgcatctccgactacgatcacgtcatgtacaatgtgaggtgatttgttcttggtgtgatacggttgttgaggatgattgg 43318681  T
Q  512 catgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcag 611  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||   ||||| || || ||  | |||||| ||||    
T  43318680 catgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgaaagttggtattgggcaggactttcgtctgtgctgcatacgcgagttggaaatgagagcagtttggcag 43318581  T
Q  612 attttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgca 694  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43318580 attttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacatttctggtcgggtggttttacttctttggcaaatttgtgctgca 43318498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 479207 - 478524
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  479207 tggacaattggacatgggcagcaggtcagcgttataaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgc 479108  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||| ||||  |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  479107 atagtttgtgtgtgtctgatttgatatctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattct 479008  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||    
T  479007 cgacacaccactgtttgtggaagttcagaatgatagaatagtgtggatgatggaacgcaacgggaggtatactgttaagactgattataaactggctatg 478908  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  478907 atggagttgttacacactgatcggtttcat-ttgaaggagaatgacataggatctggaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttattatggagga 478809  T
Q  412 tttgca-ggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatta 510  Q
    ||| || |||| ||||| ||| ||| ||   ||||| |||||  || |||||||| |||||||||||||| |||||  |||||  ||||||||||||||     
T  478808 tttacagggggtgtgttccgacgcgtctcttactacgatcacgtcatgtacaatgtgaggtgatttgtccttggtgtgatacggctgttgaggatgattg 478709  T
Q  511 acatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagca 610  Q
     |||||||||||||||||||  |||| || ||| |||||||||||||||    | ||| | ||||||||   || || || ||  |  |  ||||| |||    
T  478708 gcatgcttttgtgggttgtatggtggtacgtgaaagttggtattgggcataactctcgtccgtgctgcatacgcaagttggaa-agagagtagtttggca 478610  T
Q  611 gattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||    
T  478609 gattttgtttttgatatatgttgttcagaaagccgagacatttctggtcgggtggctttacttcactggaaaatttgggttgcacg 478524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 40589850 - 40589183
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||| || | |||||    
T  40589850 tggacaataggaaatgggcagcaggtcagcgtgatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgc 40589751  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    |||  |||  ||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||   |   |||||||||||    
T  40589750 atagcttgagtgtgtctgatttgatagatgacgagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgacgagaatcaagctattct 40589651  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| |||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | |||||||||||||||||||    
T  40589650 cgacacaccactgtttatggaagttcataatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtataccgttaggattggttataaactggctatg 40589551  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    | ||||||  |||| | ||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  40589550 aaggagttgctacatagtgatcagtttcatgttgaaggagagtgacataaaatctggatggtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatcgagga 40589451  T
Q  412 tttgcag-gggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatta 510  Q
    ||||||| ||| ||||| |||                  ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||     
T  40589450 tttgcagagggtgtgttccga------------------cacgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattg 40589369  T
Q  511 acatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagca 610  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||   |||| || |||||| |  ||||| |||    
T  40589368 acatgcttttgtgggttgtacggtggcgcatgagagttggtattgggtaggactttcgactgtgcggcaatcacgagttggaactgtgagtagttttgca 40589269  T
Q  611 gattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||| ||||||| |||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40589268 gattttatttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacgttgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggttgcacg 40589183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 253 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 21371949 - 21371560
Alignment:
Q  253 cgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggaga 352  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  21371949 cgtggatgatgcaacgtaacggaaggtatactgttaagattagttataaactggctatgatgaagttggtacacactgatcggttccatgatgaaggaga 21371850  T
Q  353 gtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcaggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcac 452  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||  |||| ||||  | ||| | || |||||||||||||    
T  21371849 gtggcatagaatctggaaggtgaatttccctcataaagcatgtaatttgttatggaggatttgtcggggggtgtcccaatgtgtctccgactacaatcac 21371750  T
Q  453 aacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggta 552  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  21371749 aacatgtacaatgtgaggtgatctgtccctggtgtaatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtacagtggcgcgtgagagttggta 21371650  T
Q  553 ttgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaag 642  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||  ||||| || |||||  | |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  21371649 ttgggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttatttttgacataagttgttcagaaag 21371560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 463 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 8451814 - 8451591
Alignment:
Q  463 atgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcaggg 562  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  8451814 atgcgaggtgatttgtcccaggtgcaatacgaatgttgaggatgattggcatgtttttgtgggttgtactgtggcacgtgagagttggtattaggcaggg 8451715  T
Q  563 ttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcaga---ttttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtc 659  Q
     |||||| |||             ||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  8451714 ctttcgattgt-------------gctgaaactgtaaccagtttagcagatttttttttttttgatatatgttgttcagaaagccgagacgttgctggtc 8451628  T
Q  660 ggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8451627 gggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 8451591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 12 - 693
Target Start/End: Original strand, 28425229 - 28425911
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  28425229 tggacgattggagatgggcaacaggttaacttgatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaggccaagatgtgc 28425328  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28425329 atagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttccgatgatatggtgcaagctattct 28425428  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||    
T  28425429 cgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatataatagcgtggatgatgaaacgtaacgggaggtatattgttaagactgattataaactggctatg 28425528  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  28425529 atggagttgttacacacggatcggttccatgttgaggaagagtggcatagaatctagaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgttatggagga 28425628  T
Q  412 tttgcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatta 510  Q
    ||||||||||  ||||| | |  || || ||||| | ||||  ||| |||||||| ||| || |||| ||||| ||  |||||  ||||||||||||||     
T  28425629 tttgcagggggtgtgttcctactcgtctccgacttcgatcaagacatgtacaatgtgagttggtttgcccctgttgtgatacggctgttgaggatgattg 28425728  T
Q  511 acatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagca 610  Q
     ||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||| | || |||||  | | | || |||    
T  28425729 gcatgcttttgtaggttgtacggttgcgcgtgaaagttggtattgggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgtgttggaactgagagccgcttggca 28425828  T
Q  611 gattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgc 693  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| || ||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  28425829 gattttgtttttgacgtatgttgttcagaaagccgaaacactgttggtcgagtggctttccttctttggcaaatttaggctgc 28425911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 28538937 - 28538253
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||  | | |||||||||||||||||| || ||||||     
T  28538937 tggacagttggaaatgggcagcaggtcagcgtgatgaatgatccatgggttcgaggtgtccgtggatgctagattcaatccccacaaagtcaagatgtgt 28538838  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttta-agatgatatggtgcaagctattc 210  Q
    ||| ||||  |||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  28538837 atagtttgagtgtgtctgatttaatagctgtcgaggaacgggtttgggatattgataagattgaatttttgttttttagatgatatggtgcaagctactc 28538738  T
Q  211 ttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctat 310  Q
    | ||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||    
T  28538737 tcgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatataatagcatggatgatggaacataacgagaggtatactgttaagactggttatatgctggctat 28538638  T
Q  311 gatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatg 410  Q
    |||||||||  |||| | |||| ||||||||||||||| || |   |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |    
T  28538637 gatggagttgctacatactgattggttccatgttgaagcagtga--catagaatctggaaggtgaattcccctcataaagcacataatttgttatggagg 28538540  T
Q  411 atttgcaggg-gagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatt 509  Q
    || || |||| | ||||| ||| || ||||||| ||||||||  ||| |||||||| ||| || | ||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  28538539 atatgtagggtgtgtgttccgacgcaccttcgattacaatcaagacatgtacaatgtgagatggtatgtccctggtgtaaaacgactgttgaggatgatt 28538440  T
Q  510 aacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagc 609  Q
     ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||| || |||||| |||||||| ||||| || |||||| | |||||| ||    
T  28538439 gacaagcttttgtgggttgtacggtggcacaagagagttggtactgggtagggcttgcgactgcgctgcaaccgcgagttggaactgtgagcagtttggc 28538340  T
Q  610 agattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28538339 agactttgtttttgatatatgtcgttcagaaagccgagatattgctggtcgggtggctgtacttctttggcaaatttgggctgcacg 28538253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Original strand, 55734044 - 55734728
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||| || || |||||||||||||||||||| || | ||| |    
T  55734044 tggacagttggaaatgggcagcaggtcagcgtgatgaatgatccatgggtacgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcaaggtgtac 55734143  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||| |||   |||||| |||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  55734144 atagtttaagtgtgtccgatttgatagttgtcgtggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattct 55734243  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||    
T  55734244 cgacacaccactgtttgcggaagttcaaaatgatagaatagcatggatgatggaacgtaacgggaggtatactgttaagaatggttataaact-gctatg 55734342  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    ||||||||  |||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  55734343 atggagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagagtggcataaaatctggaaggtgaattctccccataaagctcgtaatttgttatggaaga 55734442  T
Q  412 tttgcag-gggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatta 510  Q
    ||||||| | | ||||| ||| | | || ||| ||||||||| | | |||||||| ||| |||| || |||||| |  |||||  ||||||||||||||     
T  55734443 tttgcagagtgtgtgttccgacgtgtctccgattacaatcacgatatgtacaatgtgagatgatctgcccctggggtgatacggctgttgaggatgattg 55734542  T
Q  511 acatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagca 610  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||  |||  || || | | | ||| || |||    
T  55734543 gcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgcgcagggcttttgactgtgctgcaaccacgaattggaattatgagcagcttggca 55734642  T
Q  611 gattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55734643 gattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagacgagatattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 55734728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 42 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 51260652 - 51259998
Alignment:
Q  42 gtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgcataatttgcatgtgtctgatttgatagctg 141  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |  ||||||||||||||||||||| | | ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  51260652 gtgatgaatgatccatgggttcgaggtactcatggaaactggattcaatccccacaaagcgaaggtgtccatagtttgcatgtgtttgatttgatagttg 51260553  T
Q  142 atgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaa 241  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| || ||||||| ||    
T  51260552 acgaggaacgagtttgagatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacaggccactatttgcggaagttcataa 51260453  T
Q  242 tgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccat 341  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||| ||| |||    
T  51260452 tgatagaatagcgtggatgatggaacgtagtgggaggtatactgttaagactgattataaactggctatgatggagttgttacataccgatcagtttcat 51260353  T
Q  342 gttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgca-ggggagtgtttcgatgcgccttc 440  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||| |||| |||||  |||||| || |    
T  51260352 gttgaaggagaatgtcatagaatctggaaggtgaactcccctcataaagcacataatttgttatggaggatctgcagggggtgtgttctgatgcgtctcc 51260253  T
Q  441 gactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcaca 540  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||| |||||| | || || |||||  |||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||  |     
T  51260252 gactacaatcacgacatgtactatgtgaggtgctatgcccttggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggtgcg 51260153  T
Q  541 tgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaa 640  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||  |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  51260152 tgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttc-gaa 51260054  T
Q  641 agctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |   |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51260053 aatcgagacactgttggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 51259998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 12 - 687
Target Start/End: Original strand, 49950357 - 49951033
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||||||||| ||||| |||| || |  ||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  49950357 tggacaattggaaatgggtagcatgtcaacgtgatgaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagcaaagatgtgc 49950456  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||| |   || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||    
T  49950457 atagtttgaatgtgtctgatttgatagttaccgacgaacgggtttgggatattaataagattgaatctttgtttcctgatgatatggtgcaaactattct 49950556  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| |||||||||  | |||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||||||| ||||||||    
T  49950557 cgacacaccactgtttagggaagtccataatgatagaatagtgtggatgatggaacgtagcgggaggtatattgttaagactagttataaattggctatg 49950656  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    || |||||  |||| | |||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  49950657 atagagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagagtgacagagaatctggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggagaa 49950756  T
Q  412 tttgcag-gggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatta 510  Q
    ||||||| | | ||||| ||| ||| || ||  ||||||||| ||| ||||||||||||   || || || ||||| ||||   | |||||||||||||     
T  49950757 tttgcagagagtgtgttccgacgcgtctccggttacaatcacgacatgtacaatgcgagagaatctgcccttggtgtaataaagacgttgaggatgattg 49950856  T
Q  511 acatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagca 610  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||| || ||||| |||||| | || ||| |||    
T  49950857 gcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgcgagagttagtattgggcggggcttttgactgtgctgcaaccgcaagctggaactgtgagcaatttggca 49950956  T
Q  611 gattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttg 687  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  49950957 gattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagccgagacattgctggtcgggcggctttacttctttggcaaatttg 49951033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 12 - 580
Target Start/End: Original strand, 56063036 - 56063605
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||  || ||| |  ||||||||||||||||||||||| | |||      
T  56063036 tggacaattgaaaatgggcagcaggtcagcgtgatgaatgatccatgggttcgaggtactcgtggaaactggattcaatccccacaaagccaaggtgtct 56063135  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  56063136 atagtttgcgtgtgtctgatttgatagttgacgaggaacgagtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattct 56063235  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||||||||| | |  | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  56063236 cgacacgccactatctgtggaagttcataatgatagaatagcgtggatgatggaacgtagtgggaggtatactgttaagactggttataaactcgctatg 56063335  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatga 411  Q
    ||| |||| ||||| |  ||| |||| |||||||| ||||| | || |||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  56063336 atgaagttgttacataccgataggtttcatgttgacggagaatggcttagaatctggaaggtgaactcccctcataaaacacgtaatttgttatggagga 56063435  T
Q  412 tttgca-ggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatta 510  Q
    | |||| |||| || |||||| ||| || ||||||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||  |||||  |||| | ||||||||||||||     
T  56063436 tctgcagggggtgtatttcgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtctatggtgtgatacaactgttgaggatgattg 56063535  T
Q  511 acatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaa 580  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  56063536 gcatgcttttgtaggttgtaccgtggcgcatgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaa 56063605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 148 - 696
Target Start/End: Original strand, 2064026 - 2064572
Alignment:
Q  148 aacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatag 247  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||| |  |||||||||| |||||    
T  2064026 aacgggtttgggatattgataagattaaatctttgttttcagatgatatggtgcaggctattctcgacacaccactatttgcagaagttcagaa-gatag 2064124  T
Q  248 aataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaa 347  Q
    |||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |   |||| | |||||| |||||||||||     
T  2064125 aatcgcgtggacgatggaacgtgacgggaggtatactattaagacttattataaactggctatgatggaatagctacatactgatcgattccatgttgat 2064224  T
Q  348 ggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcaggggagtgtttcgatgcgccttcgactaca 447  Q
    |||||||   ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||| |||  ||  | ||  ||||    
T  2064225 ggagagtgatatagaatctggaaggtgaattctcctcaaaaagctcgttatttgttatggatgatttgca-gagtgtgttccgactcgattccggttaca 2064323  T
Q  448 atcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagt 547  Q
    |||||| || |||||||| ||| |||| |  |||||||| ||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||| | |||||||    
T  2064324 atcacagcatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtaatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagt 2064423  T
Q  548 tggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgag 647  Q
    ||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||||||| || |||||| | |||||| |||||||||| ||| || |||| | ||||||||||   ||    
T  2064424 tggaattgggcagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgctttagatatatctcgttcagaaagtcaag 2064523  T
Q  648 acattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2064524 acattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctgcacg 2064572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 26423315 - 26422947
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    ||||| |||||| ||||||| || || ||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||    
T  26423315 tggacgattggagatgggcaacatgtcagtgtgatgaatgatccgtgagttcgaggtgttcacggtagttggattcaatccccacaaggccaatacgtgc 26423216  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  26423215 atagtttgtgtgtgtctgatttgatagttgacgaggaaagagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaaactattct 26423116  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaa-actggttataaactggctat 310  Q
     || || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||    
T  26423115 cgatacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatgaaacgtaacgggaggtatactgttaaagactcgttataaactggatat 26423016  T
Q  311 gatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattc 379  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||| || |||||| ||||||||    
T  26423015 gatggagttgttacacactgatcggttccatgttgagggagagtgacataaaaactggaaggtgaattc 26422947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 255 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 32577941 - 32577553
Alignment:
Q  255 tggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagt 354  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  32577941 tggatgatggaacgtaacgggagatatactgttaagactggttataaactggctatgatggagttgttatacactgatcggttccatgttgagggagagt 32577842  T
Q  355 agcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgactacaatcaca 453  Q
      |||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||  ||||| | |  || || ||||| | |||||     
T  32577841 gacatagaatctcgaaggtgaattcccctcataaaacacgtaatttgttatggaggatttgtagggggtgtgttcctactcgtctccgacttcgatcacg 32577742  T
Q  454 acacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtat 553  Q
    ||| |||||||| |||||||| || ||||||||  ||||   ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| || || | ||| |||||||||    
T  32577741 acatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtgatacagctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacggttgcgcgtgaaagttggtat 32577642  T
Q  554 tgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaag 642  Q
    | ||||||  |||||||||||||||||  ||||| || || ||  | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32577641 taggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaattgagagcagcttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaag 32577553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 109 - 389
Target Start/End: Original strand, 40360594 - 40360875
Alignment:
Q  109 tgcataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctat 208  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40360594 tgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaagaacgagtttgggacattgataagattgcatctttgttttcagatgatatggtgcaagctat 40360693  T
Q  209 tcttgacacgccactgttttcgaaag-ttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggc 307  Q
    ||| ||||| ||| ||||| || ||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||   || |||||||||||||| |     
T  40360694 tctcgacacaccattgtttgcggaaggttcataatgatagaatatcatggatgatggaacgtaacgaaaggtatactgccaagactggttataaactagt 40360793  T
Q  308 tatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaa 389  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40360794 tatgatggagttgttacacattgatcggttccatgttgaaggagagtgacataaaatctggaaggtgaattcccctcataaa 40360875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 475 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 29656354 - 29656134
Alignment:
Q  475 ttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtg 574  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||    
T  29656354 ttgtccctggtgcgatacgaatgttgaggatgactgacttgcttttgtgggttgtacggtggcgcatgagagttggtattgggcaggactttcaactatg 29656255  T
Q  575 ctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttc 674  Q
     |||||   |||| || ||||| || ||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||  |||||||| ||     
T  29656254 atgcaaagacgagttggaactgaaagcagtttgacagattttgtttatgatatatgttgttcagaaagccgagacattgttgctcgcgtggctttattta 29656155  T
Q  675 tttggcaaatttgggctgcac 695  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  29656154 tttggcaaatttgggcagcac 29656134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 458 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 18442850 - 18442612
Alignment:
Q  458 gtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattggg 557  Q
    |||||||| ||| || | || ||||||||  |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||     
T  18442850 gtacaatgtgagatgttctgcccctggtgtgatacgactattgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgga 18442751  T
Q  558 cagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctgg 657  Q
    || || ||| |||||||||||||||||||  |  |||| | | |||||| ||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| |||| ||||||||    
T  18442750 catggcttttgactgtgctgcaactgcgaattagaactatgagcagtttggcagattttgtatttgatatatgtcgctcagaaagccgagatattgctgg 18442651  T
Q  658 tcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  18442650 tcaggtggctttacttctttggaaaatttgggctacacg 18442612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 479 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 37246542 - 37246327
Alignment:
Q  479 ccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgc 578  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||   ||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||    
T  37246542 ccctggtgtgatacggatgttgaggatgattggcatgcttttgtgggctgtacggtggcgagtgaaagttggtattggacaggactttcgactgtgttgc 37246443  T
Q  579 aactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttg 678  Q
    ||  ||||| || |||||  |  |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  37246442 aaacgcgagttggaactgagagtagtttgacaaattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacattgctggtcgtgtggctttacttctttg 37246343  T
Q  679 gcaaatttgggctgca 694  Q
    | ||||||||||||||    
T  37246342 gaaaatttgggctgca 37246327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 2063808 - 2064017
Alignment:
Q  14 gacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgcat 113  Q
    |||||||| | |||||||||| || || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| | | ||| |    
T  2063808 gacaattgaaaatgggcagcatgtcagcgtgataaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagttggatccaatccccacaaagccaaggtttgcct 2063907  T
Q  114 aatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttg 213  Q
    | |||   ||||||||  ||||||||   ||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  2063908 agttttagtgtgtctgccttgatagcatctgatgaacgggtttgggatattaataagattaaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattctcg 2064007  T
Q  214 acacgccact 223  Q
    |||| |||||    
T  2064008 acacaccact 2064017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 609 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 51735527 - 51735441
Alignment:
Q  609 cagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcac 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  51735527 cagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctcagacattgctggttgggtggctttacttctttgacaaatttgagctgcac 51735441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 613 - 693
Target Start/End: Original strand, 56065265 - 56065345
Alignment:
Q  613 ttttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgc 693  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| || ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  56065265 ttttttttttgacatatgttgttcagaaaatcgagacactgttggtcgggtgtttttacttctttggcaaatttgggctgc 56065345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 26422944 - 26422760
Alignment:
Q  449 tcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagtt 548  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||| || || | |||  |||||  ||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| || ||   ||| ||||    
T  26422944 tcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccttagtgtgatacggctgttgaggaagattggcatgctttcgtgggttgtacggttgcgtgtgaaagtt 26422845  T
Q  549 ggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttg 633  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||| |||  ||||| || |||||  |     || ||||||||||||||||||||||||||    
T  26422844 ggtattaggcaggactttcgactgtgctacaaacgcgagttggaactgagagtcacttggcagattttgtttttgacatatgttg 26422760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 15 - 696
Target Start/End: Original strand, 8387118 - 8387805
Alignment:
Q  15 acaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgcata 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||  |  ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||    
T  8387118 acaattggaaatgggcagcaggtcagtgtgatgaatgatccatgggttcgaggtactcgtgaaaagtggattcaatccccacaaagccaaggtgttcgta 8387217  T
Q  115 atttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttga 214  Q
     ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||    
T  8387218 gtttgcgtgtgtctgatttgatagttgacgaggaacgggtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcga 8387317  T
Q  215 cacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatg 314  Q
    ||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| | ||||||| ||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8387318 cacgccactatttgcggaagttcataatgatagaatagcatggatgaaggaacgtagtgggaggtatactgttaagactggttataaactggctatgatg 8387417  T
Q  315 gagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgattt 414  Q
    ||||| ||||| |  |||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |    
T  8387418 gagttgttacataccgatcggtttcatgttgaaggagaatgacatagaatctggaaggtgaactcccctcataaagcatgtaatttgttatggaggatat 8387517  T
Q  415 gcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaaca 513  Q
    |||||||  |||||  || | | || ||||||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||| |||||  ||||   ||||||||||||||  ||    
T  8387518 gcagggggtgtgttctgacgtgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtccgtggtgtgatacagttgttgaggatgattggca 8387617  T
Q  514 tgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagat 613  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||   |||| ||  |||| ||  ||||| ||||||    
T  8387618 tgcttttgtgggttgtacggtggagcatgagagttgttattgggcaagactttcgactgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcagat 8387717  T
Q  614 tttgt-----ttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||     |||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8387718 tttgttttaattttgacatatgttgtttcgaaaattgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggaaaatttgggctgcacg 8387805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Original strand, 20203994 - 20204675
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatcccc-acaaagccacgatgtg 110  Q
    |||||| ||||| ||||||||||  | || ||||||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||| ||||||| |||||| || | || |    
T  20203994 tggacatttggaaatgggcagcaaatcagcgtgatgaatgatccatgggttagaggtgttgaaggtagttggatttaatcccccacaaagtcaaggtgcg 20204093  T
Q  111 cataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattc 210  Q
    ||||  |||  ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||| |||||||||    
T  20204094 catagcttgagtgtgtctgatttgatagctgccgaggaacaagtttgggatattgataagattgaatctctatttccagatgatatggtgtaagctattc 20204193  T
Q  211 ttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctat 310  Q
    | | ||| | | ||||| || ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20204194 tcggcacactattgtttgcggaagttcaaaatgatagaatcgcgtggatgatggaacgtaatgggaggtatactgttaagactggttataaactggctat 20204293  T
Q  311 gatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatg 410  Q
    ||||||||| ||||| | |||||| || |||||||||||||| |  | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20204294 gatggagttgttacatactgatcgatttcatgttgaaggagaatgacgtagaatctggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggagg 20204393  T
Q  411 atttgcag-gggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgatt 509  Q
    ||||| || | | ||||| | |  || || ||  ||||||     |||||||||||  || |||| || ||||||||  |||||  ||||||||||||||    
T  20204394 atttgtagagagtgtgttccaacacggctccggttacaat-----cacgtacaatgttagatgatatgcccctggtgtgatacggttgttgaggatgatt 20204488  T
Q  510 aacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagc 609  Q
     ||||||||||||||| |  || ||||| | |||||||||||||||||   || ||||||||||| ||||||  |||  || |||||| | |||||| |     
T  20204489 gacatgcttttgtgggctacacggtggcgcgtgagagttggtattgggtcaggctttcgactgtgttgcaaccacgaattggaactgtgagcagtttggt 20204588  T
Q  610 agattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  20204589 agattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcaggtggctttacttctttgacgaatttgggttgcacg 20204675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 232 - 696
Target Start/End: Original strand, 25730095 - 25730560
Alignment:
Q  232 aagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatga 331  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |  ||    
T  25730095 aagttcagcatgatagaataacatggatgatggaacgtaacgggaggtatactgtcaagattggttataaactagctatgattgagttgttacataccga 25730194  T
Q  332 tcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagggga-gtgtttcg 430  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||    
T  25730195 tcggttccatgttgaaggagcgtggcaaagaatctggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggaggatttacaggggatgtgttccg 25730294  T
Q  431 atgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgta 530  Q
    | ||   ||||| ||||||||| ||| || ||||| |||||| | ||||| |||||  |||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  25730295 acgcattttcgattacaatcacgacatgtgcaatgtgaggtggtctgtccttggtgtgatacgactattgaggatgattggcatgcttttgtgggttgta 25730394  T
Q  531 ctgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatg 630  Q
    |  |||| | || |||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||| ||||| || |||||| |  ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  25730395 cgatggcgcgtgggagttggtattgggcaagactttcgactgtggtgcaaccgcgagttggaactgtgaatagtttggcagattttgtttttgatatatg 25730494  T
Q  631 ttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25730495 ttgttcagaaagtcgagactttgctggtcgaatggctttacttctttggcaaatttgagctgcacg 25730560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 183 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 30223780 - 30223274
Alignment:
Q  183 ttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtata 282  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||  |||| ||| ||||| || ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30223780 tttttagatgagatggtgcaagctattctcaacacaccattgtttgcggaagttcagaatgaaagaatagagtggatgatggaacgtaacgaaaggtata 30223681  T
Q  283 ctattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccc 382  Q
    ||||||| || ||||  ||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |  ||| |||||||| |||||| ||||    
T  30223680 ctattaagacgggttgcaaa-tggctatgatggagttgttacacactgattggttccatgttgacggagagtggtgtaggatctggaaggtgaatccccc 30223582  T
Q  383 tcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcag-gggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccc 481  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||| ||| ||||| | |  |||||  |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||| ||| ||    
T  30223581 tcataaaactcgtaatttgttatgaaggatttacagagggtgtgttccaacccgcctctgactacaatcacgacatgtacaatgtaaggtgatatgttcc 30223482  T
Q  482 tggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaac 581  Q
    |||||  |||||| |||| ||| ||||| |||||||||| |||||| ||  ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30223481 tggtgtgatacgattgttaagggtgattgacatgcttttatgggttatatggtggcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgttgcaac 30223382  T
Q  582 tgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggca 681  Q
     ||||| || |||||| | ||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  30223381 cgcgagttggaactgtgagcagtttgacatattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcgggtggctttgcttctttggca 30223282  T
Q  682 aatttggg 689  Q
    ||||||||    
T  30223281 aatttggg 30223274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 240 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 22768182 - 22767728
Alignment:
Q  240 aatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttcc 339  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||| | || ||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  22768182 aatgatagaataatgtggatgatggaacgtaatgggaggtatacagttaagattgtttataaactggctataatggagttgttagacattgatcggttcc 22768083  T
Q  340 atgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgca-ggggagtgtttcgatgcgcct 438  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| | |  || ||    
T  22768082 atgttgagggagagtggcatagaatctggaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgttatggaggatttgcatggggtgtgttcctactcgtct 22767983  T
Q  439 tcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggca 538  Q
      |||| | ||||| ||| |||||||| |||||||| || |||| |||  |||||  ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| || |||    
T  22767982 ctgacttcgatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctagtgtgatacggctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacggttgca 22767883  T
Q  539 catgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcag 638  Q
    | ||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||||| || ||||   | | | || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767882 cgtgaaagttggtattgggcagaactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaactaagagccggttggcagattttgtttttgacatatgttgttcag 22767783  T
Q  639 aaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgc 693  Q
    ||||| |||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767782 aaagccgagacactgttggtcgagtggctttacttctttggcaaatttgggctgc 22767728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 223 - 637
Target Start/End: Original strand, 26295603 - 26296018
Alignment:
Q  223 tgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttatt 322  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| || | | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  26295603 tgtttgcggaagttcagaatgataaaatggcgtggatgatggaacataacgggagatacattgttaagactggttataaactggctatgatgaagttgct 26295702  T
Q  323 acacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcag-ggg 421  Q
    ||| | |||||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| | |    
T  26295703 acatactgatcgattccatgttgaaggatagtggcataaaatctggaaggtgaatgcccctcataaagcgcgtaatttattatggaggatttgcagagag 26295802  T
Q  422 agtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttg 521  Q
     ||||| ||| ||| || ||| ||||||||| ||| |||||||| ||| |||| ||||  ||| |  |||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  26295803 tgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatctgtctgtggcgtgatacgaatgttgaggatgattggcatgcttttt 26295902  T
Q  522 tgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttt 621  Q
    |||||||||| || || || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||| || |||||| |  | ||| ||||||||||||||    
T  26295903 tgggttgtacggtagcgcaagagagttggtattgggcagggctttcgactatgctacaaccgcgagttggaactgtgagaaatttggcagattttgtttt 26296002  T
Q  622 tgacatatgttgttca 637  Q
    ||| |||||| |||||    
T  26296003 tgatatatgtcgttca 26296018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 398 - 696
Target Start/End: Original strand, 12659764 - 12660063
Alignment:
Q  398 tttgttatggatgatttgcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaat 496  Q
    ||||||||||| |||||| |||||  || ||| || |||  |||||||||||||||  || |||||||| ||| |||| |||||||||||  |||||  |    
T  12659764 tttgttatggaggatttgaaggggctgtattttgacgcgtattcgactacaatcacggcatgtacaatgtgagatgatatgtccctggtgtgatacgcct 12659863  T
Q  497 gttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactg 596  Q
    |||||||||||||  ||||||||| | |||||||| |||||   |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||   |||| || |  ||    
T  12659864 gttgaggatgattggcatgcttttctaggttgtacggtggcgtgtgagagttggtattgggcaggactttcgactgtgctgcaaagacgagttggatttg 12659963  T
Q  597 taaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
      | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| | | ||||| ||||||||| ||||||    
T  12659964 agagcagtttggcagattttatttttgacatatgttgttcagaaagtcgagacattgctggtcgggtggctttccatatttggtaaatttgggttgcacg 12660063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 497 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 27533573 - 27533377
Alignment:
Q  497 gttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactg 596  Q
    ||||| |||||||  |||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| || ||||     
T  27533573 gttgatgatgatttgcatgcttt-gtgagttgtacggtggcgcatgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaatcgcgagttggaacta 27533475  T
Q  597 taaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgca 694  Q
    |    |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27533474 tgggtagtttaacagattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagccgagatattgctggtcgggtgactttacttctttggcaaatttgggctgca 27533377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 489 - 696
Target Start/End: Original strand, 27291955 - 27292165
Alignment:
Q  489 atacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagc 588  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||     
T  27291955 atacaaatgttgatgatgattgacatgcttttgtgggttgtacgatggcgcatgagagttgtttatgggcagggctttcgattgtgctgcaaccgcgagt 27292054  T
Q  589 tgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggcttt---acttctttggcaaatt 685  Q
    || |||||| |  |||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||  || |||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||    
T  27292055 tggaactgtgagaagtttgacagattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgaaacattgctggtcgggtggctttataacttctttggcaaatt 27292154  T
Q  686 tgggctgcacg 696  Q
    || || |||||    
T  27292155 tgagcagcacg 27292165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 269 - 486
Target Start/End: Original strand, 27284829 - 27285045
Alignment:
Q  269 taacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctgg 368  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||| | |||||| |||||| |||||||||||| | ||| |||||||    
T  27284829 taacaggaggtatactcttaagactggttataaactggctaagatggagttgctacatactgatcgattccatattgaaggagagtggtataaaatctgg 27284928  T
Q  369 aatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcaggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcga 468  Q
    || |||||| ||||||||||||| ||||||||   ||||| || |||   | | ||||||||| ||| || ||| ||||||||| ||| |||||||| ||    
T  27284929 aaggtgaatgcccctcataaagcgcgtaatttagcatggagga-ttgatagagtgtgtttcgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtga 27285027  T
Q  469 ggtgatttgtccctggtg 486  Q
    | |||| ||||| |||||    
T  27285028 gctgatctgtccgtggtg 27285045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 615 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 34654140 - 34654059
Alignment:
Q  615 ttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  34654140 ttgtttttgacatatgttgttcagaaagctaagacattgttggtagggtggctttacttctttgacaaattttggctacacg 34654059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 615 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 15989298 - 15989217
Alignment:
Q  615 ttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  15989298 ttgtttttgatatatttcgttcagaaagccaagacattgctggtcgggtggctttacttctttagaaaatttgggatgcacg 15989217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 609 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 41941290 - 41941203
Alignment:
Q  609 cagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||||  |||||||||||| |||| ||  |||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  41941290 cagattttgtttttgacatatgctattcaaaaagtcgagacattgctgatcgggtgaatttacttctttgacatatttgggctacacg 41941203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 145 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 39826875 - 39826326
Alignment:
Q  145 aggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatga 244  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||    
T  39826875 aggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattcttgacacaccactgtttgcggaagttcaaaatga 39826776  T
Q  245 tagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgtt 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  39826775 tagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactgttaagactggttataaactggctatgatggagttgttacacactgattggttccatgtt 39826676  T
Q  345 gaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgc-aggggagtgtttcgatgcgccttcgac 443  Q
    || ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||| | |  || || ||||    
T  39826675 gagggagagtggcatagaatctagaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgttatgcaggatttgcaaggggtgtgttcctactcgtctccgac 39826576  T
Q  444 tacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatga 543  Q
    | | ||||| | | |||||||| |||||||| || ||||||||  |||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||  | || | |||    
T  39826575 ttcgatcacgatatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtgatacggctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacgattgcgcgtga 39826476  T
Q  544 gagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagc 643  Q
     |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||  ||||| || |||||  | | | ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39826475 aagttggtattgggcaggactttcaactgtgctacaaacgcgagttggaactgagagccgcttgttagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagc 39826376  T
Q  644 tgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgc 693  Q
     |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39826375 cgagacactgctggtcgagtggctttacttctttggcaaatttgggctgc 39826326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 153 - 696
Target Start/End: Original strand, 87734 - 88278
Alignment:
Q  153 gtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataa 252  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  87734 gtttgggatgtcgataagattgaatctttgttcccagatgatatggtgcaagctattctcgatacaccattgtttgcggaagttcataatgatagaataa 87833  T
Q  253 cgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggaga 352  Q
    | |||||| ||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  87834 catggatggtggaatgtaatgggaggtatactatcaatactggttataaaatagctatgatggagttgctacatactgatcggttccatgttgaagaaga 87933  T
Q  353 gtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgactacaatca 451  Q
    || | | ||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| || ||| ||||||||    
T  87934 gtggaaaagaatttggaaggtgaattctcatcataaagctcgtaatttgttatggaggatttgcaggggatgtgttccgacgcgtctccgattacaatca 88033  T
Q  452 caacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggt 551  Q
    |  || |||||||| |||||||| || |||| |||  |||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  88034 cggcatgtacaatgtgaggtgatctgcccctcgtgtgatacggttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcatgtgagagttggt 88133  T
Q  552 attgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacat 651  Q
    ||||||||||  |||||| ||||| ||||  ||||| || |||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||| | | ||||||| |||||||    
T  88134 attgggcaggactttcgattgtgcggcaatcgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgtttttgatatatgtcgcttagaaagccgagacat 88233  T
Q  652 tgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  88234 tgctggtcgggtggcttcacttctttggaaaatttgggctgcacg 88278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 354
Target Start/End: Original strand, 87398 - 87733
Alignment:
Q  19 ttggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgcataattt 118  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || || || ||||||||||||||||| || | ||||||||  ||    
T  87398 ttggaaatgggcagcaggttagcgtgatgaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctgtattcaatccccacaaagtcaaggtgtgcatatctt 87497  T
Q  119 gcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacg 218  Q
    |  ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| || ||     
T  87498 gagtgtgtctgatttgatagctgacgaggatcgtgtttgggatgtcgataagattgaatctttgttcccagatgatatggtgcaagctattctcgataca 87597  T
Q  219 ccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagt 318  Q
    ||| ||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  87598 ccattgtttgcggaagttcataatgatagaataacatggatggtggaatgtaatgggaggtatactatcaatactggttataaactagctatgatggagt 87697  T
Q  319 tattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagt 354  Q
    |  |||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  87698 tgctacatattgatcggttccatgttgaagaagagt 87733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 223 - 642
Target Start/End: Original strand, 20514767 - 20515186
Alignment:
Q  223 tgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttatt 322  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||| |||||||||  |    
T  20514767 tgtttgcggaagttcaaaatgatagaatagcatggatgatggaacgtaatgggaggtatactgttaagactgattataaacttgcta-gatggagttggt 20514865  T
Q  323 acacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgca-gggg 421  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  20514866 acaccgtgatcggttccatgttgaaggagagtgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaaacacataatttgttatggaggatttgcaggggg 20514965  T
Q  422 agtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttg 521  Q
     || || ||| ||| || | |||| ||||    || |||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||  ||||||||||||||   |||||||||    
T  20514966 tgtattccgacgcgtctccaactataatcgtggcatgtacaatgtgaggtgatctgtccttggtgtgatacggttgttgaggatgattggtatgcttttg 20515065  T
Q  522 tgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttt 621  Q
    |||||||| | ||||| |  ||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||  ||||| || ||||   || ||||| ||||||||||||||    
T  20515066 tgggttgttccgtggcgcgggagagttggtatttggcaggactttcaactgtgctgcaaacgcgagttggaactaagactagtttggcagattttgtttt 20515165  T
Q  622 tgacatatgttgttcagaaag 642  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  20515166 tgacatatgttgttcagaaag 20515186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 359 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 34696708 - 34696372
Alignment:
Q  359 tagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagg-ggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacac 457  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||| || ||| | | | ||| ||   ||||||||  |  ||     
T  34696708 tagaatctgaaaggtgaattcccctcataaagcacgtaacttgttatggaggatttgtaggaggtgtgctcctacgcgtctctaactacaattgcggcat 34696609  T
Q  458 gtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattggg 557  Q
    |||||||| |||||  | |||||||||||| |||||| | || |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  34696608 gtacaatgtgaggtattctgtccctggtgcgatacgagtatttaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 34696509  T
Q  558 cagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctgg 657  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||  ||||| || |||||  | |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  34696508 cagggctttcaactgtgctgaaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttgcttttgatatatgttgttcagaaagccgagacattgctag 34696409  T
Q  658 tcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgca 694  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34696408 tcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgca 34696372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 359 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 34719120 - 34718784
Alignment:
Q  359 tagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagg-ggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacac 457  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||| || ||| | | | ||| ||   ||||||||  |  ||     
T  34719120 tagaatctgaaaggtgaattcccctcataaagcacgtaacttgttatggaggatttgtaggaggtgtgctcctacgcgtctctaactacaattgcggcat 34719021  T
Q  458 gtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattggg 557  Q
    |||||||| |||||  | |||||||||||| |||||| | || |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  34719020 gtacaatgtgaggtattctgtccctggtgcgatacgagtatttaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattggg 34718921  T
Q  558 cagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctgg 657  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||  ||||| || |||||  | |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  34718920 cagggctttcaactgtgctgaaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttgcttttgatatatgttgttcagaaagccgagacattgctag 34718821  T
Q  658 tcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgca 694  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34718820 tcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgca 34718784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 471 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 18346165 - 18345942
Alignment:
Q  471 tgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgac 570  Q
    ||||||||| ||||||  |||||  ||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18346165 tgatttgtctctggtgtgatacggttgttgaggacgattggtatgcttt-gtgggttgtacggtagcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgac 18346067  T
Q  571 tgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggcttta 670  Q
    ||||||||||| | ||| || |||||| | ||||||   ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18346066 tgtgctgcaaccgtgagttggaactgtgagcagtttgatagattttgtttttgatatatgtcgtttagaaagccgagacattgctggtcgg-tggcttta 18345968  T
Q  671 cttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  18345967 cttctttggcaaatttgggctgcacg 18345942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 12 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 39829080 - 39828942
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||| | || |||||||    
T  39829080 tggacgattggagatgggcaacaggtcagcgtgatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaggtcaagatgtgc 39828981  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaac 150  Q
    ||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39828980 atagtttacctgtgtctgatttgatagctgacgaggaac 39828942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 549 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 12131253 - 12131106
Alignment:
Q  549 ggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgaga 648  Q
    |||||||||||||| ||| |  ||||||||||| ||| | || |||||| | ||||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||   |||    
T  12131253 ggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgcgtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttttgatatatgtcgttcagaaagtcaaga 12131154  T
Q  649 cattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
     |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12131153 tattgttggtcggatgactttacttctttggcaaatttgggctgcacg 12131106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 329 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 12131816 - 12131613
Alignment:
Q  329 tgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcag-gggagtgtt 427  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| | | |||||    
T  12131816 tgatcgattccatgttgaaggagagtgacatagaatccggaaggagaattcccatcataaggctcgtaattagttatggaggatttgcagagagtgtgtt 12131717  T
Q  428 tcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccct-ggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggt 526  Q
      || ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| ||| | || || ||||   ||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  12131716 ctgacgcgtcttcggttacaatcacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaaatgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggt 12131617  T
Q  527 tgta 530  Q
    ||||    
T  12131616 tgta 12131613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 225; Significance: 1e-123; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 408
Target Start/End: Original strand, 16096373 - 16096769
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| | |||||    
T  16096373 tggacaattggaaatggatagcaggtcagcgtgatgaaagatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctgaattcaatctccacaaagccaaggtgtgc 16096472  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    | | |||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  16096473 aaagtttgaatgtatctgatttgatagctgccgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttctagatgatatggtgcaagctattct 16096572  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||| |||||    
T  16096573 cgacacaccattgtttacgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactgttaagagtggttacaaactgactatg 16096672  T
Q  312 atggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatgga 408  Q
    ||| ||||  |||| |  ||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16096673 atgaagttgctacataccgatcaattccatgttgaaggagagtgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaagctcgtaatttattatgga 16096769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 181 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 9329585 - 9329072
Alignment:
Q  181 tgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggta 280  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9329585 tgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacactactttatgcggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggta 9329486  T
Q  281 tactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcc 380  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  9329485 tactgttaagactggttataaactggctatgatggagttgttacacactgatcggttctatgttgagggagagtggcatagaatctcgaaggtgaattcc 9329386  T
Q  381 cctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgca-ggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtc 479  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| ||||| || |||| ||||| | |   | || ||||| | ||||| ||| |||||||| |||||||| || |    
T  9329385 cctcataaaacacgtaatttgttatggaggattttcagggggtgtgttcctacttgtctccgacttcgatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcc 9329286  T
Q  480 cctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgca 579  Q
    |||||||   |||   ||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||| ||  | | ||| ||||||||||||| | |  ||||||||||| ||||    
T  9329285 cctggtgtggtacagttgttgaggatgattggcatgttttcgtgggttgtacggttccgcgtgaaagttggtattgggtaagactttcgactgtgttgca 9329186  T
Q  580 actgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttgg 679  Q
    |  | ||| || |||||  | | | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |    
T  9329185 aacgtgagttggaactgagagccgcttgacagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacactgctggtcgaatgactttacttctttag 9329086  T
Q  680 caaatttgggctgc 693  Q
    ||||||||||||||    
T  9329085 caaatttgggctgc 9329072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 206 - 696
Target Start/End: Original strand, 1580837 - 1581334
Alignment:
Q  206 tattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactg 305  Q
    |||||||||||| || ||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  1580837 tattcttgacacacctctgtttgtggaagttcagaatgaaagaataacgtggatgatggaacgtaatgagaggtatactattaagattggttataaacta 1580936  T
Q  306 gctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagc------tcgtaatt 399  Q
    | |||||  |||||  |||| | |||||| ||||||||||||||||| |  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||      |||||| |    
T  1580937 gttatgacagagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagaatgacataaaatctggaaggtgaattcccctcataaagcttgtaatcgtaact 1581036  T
Q  400 tgttatggatgatttgcag-gggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgt 498  Q
    || |||||| |||||| || | | ||||| ||| || ||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||| |||| ||||| | ||   | ||   |||    
T  1581037 tgctatggaggatttgtagagagtgtgttccgacgctccttcgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatatgtcctttgtctgaaacagttgt 1581136  T
Q  499 tgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgta 598  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||| || ||||| || | |||| ||||| |  ||||||     
T  1581137 tgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagtttgtattgggcagggcttgcgactatgttccaaccgcgagtttgaactgtg 1581236  T
Q  599 accagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |  ||||| | ||| ||||| ||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1581237 agaagtttggtagactttgtctttgatatatgtcgttcaaaaagccgagacattgttggtcaggtggctttatttctttggcaaatttgggctgcacg 1581334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 81 - 317
Target Start/End: Original strand, 3746353 - 3746589
Alignment:
Q  81 tggattcaatccccacaaagccacgatgtgcataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctt 180  Q
    |||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  3746353 tggattcaatccccacaaagtcaaggtgtgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaggaacgagtttgagacattgataagattgaatctt 3746452  T
Q  181 tgttttaagatgatatggtgcaagctattcttgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggta 280  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||  | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  3746453 tgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgtggaagttcagaatgatagaatatcatggatgatggaacgtaacgggaggta 3746552  T
Q  281 tactattaaaactggttataaactggctatgatggag 317  Q
    |||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  3746553 tactgttaagactgcttacaaactggctatgatggag 3746589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 327 - 696
Target Start/End: Original strand, 22288590 - 22288960
Alignment:
Q  327 aatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagggga-gtg 425  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  || || |||||  |||    
T  22288590 aatgatcggtttcatgttgaaggagaatgacatagaatctgaaaggtgaactcccctcataaagcacgtaatttgttatggagaatctgtagggggtgtg 22288689  T
Q  426 tttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtggg 525  Q
    || ||| ||| || ||||||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||| |||||  |||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  22288690 ttccgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtccgtggtgtgatacgactgttgaggatgattggcatgcgtttgtggg 22288789  T
Q  526 ttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgac 625  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||   |||| ||  |||| ||   |||| | ||||||||||||||||    
T  22288790 ttgtacggtggcgcatgagagttggtattgggcagaactttcgaatgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtggtttggtagattttgtttttgac 22288889  T
Q  626 atatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    ||||||||||| ||||   ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22288890 atatgttgttccgaaaatcgagacacagctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttggactgcacg 22288960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 444 - 696
Target Start/End: Original strand, 16097950 - 16098202
Alignment:
Q  444 tacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatga 543  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||| |||| |||||||||||  |||||| ||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  16097950 tacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatctgtccctggtgtgatacgactgttgaggacgatttgcatgcttttatgggttgtacggtggcgcatga 16098049  T
Q  544 gagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagc 643  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||   || |||| | | ||  ||  |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  16098050 gagttggtattgggtagggatttcgactgttctgcatctgcgtattggaactatgagcatgttgacagattttgtttttgatatatgtcgttaagaaagc 16098149  T
Q  644 tgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
     ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16098150 cgagacattgctggtcgggtgactttacttctttggcaaatttgggctgcacg 16098202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 261 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 29201766 - 29201534
Alignment:
Q  261 atggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcata 360  Q
    ||||||||||| |||||||||| | |||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||  | ||||||||| ||||||  ||||    
T  29201766 atggaacgtaatgggaggtatattgttaagattggttataaactggctatcatggagttgttacccactgatcgacttcatgttgaatgagagtgacata 29201667  T
Q  361 gaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgca-ggggagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgt 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||| ||||||  ||  |||||||||||| ||| |     
T  29201666 gaatctggaaggtgaattcccctcataaagcacgtaatttgctatggaggatttgcatggggtgtgttccgatgcatctcagactacaatcacgacatgc 29201567  T
Q  460 acaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatac 492  Q
    |||||| |||| ||  || ||||||||| ||||    
T  29201566 acaatgtgaggagaactgcccctggtgcgatac 29201534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 423 - 696
Target Start/End: Original strand, 17876860 - 17877132
Alignment:
Q  423 gtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgt 522  Q
    ||||||||  ||| |||||  ||||||||||||| |||||||| |   |||| |||||||||||  |||||   |||||||||||||  |||||||||||    
T  17876860 gtgtttcggcgcgtcttcggttacaatcacaacatgtacaatgtgcaatgatatgtccctggtgtgatacggcagttgaggatgattggcatgcttttgt 17876959  T
Q  523 gggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgttttt 622  Q
    || |||||| ||||    ||||||||||||||||| |||  |||  ||| ||||||||| || || || |||||| | ||||||  || ||||| |||||    
T  17876960 gg-ttgtacggtggtgtgtgagagttggtattgggaaggtcttttaactttgctgcaaccgcaagttggaactgtgagcagtttgacaaattttattttt 17877058  T
Q  623 gacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    || |||||| | ||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  17877059 gatatatgtcggtcagaaagccgcgacattgctggtcgggtgactttacttctttgacaaatttgggctacacg 17877132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 497 - 696
Target Start/End: Original strand, 16731466 - 16731652
Alignment:
Q  497 gttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactg 596  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||| |||             
T  16731466 gttgaggatgattgacatgcttttgtgggttataaggtggcgcgtgagagttggtattgggcggggcttttgactgtgctggaactgtgagt-------- 16731557  T
Q  597 taaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
         ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  16731558 -----agtttggcagattttgtttttgatatatattgctcagaaagccgagacattgttggtcgggtggctttacttcttttgcaaatttggactgcacg 16731652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 497 - 696
Target Start/End: Original strand, 17709600 - 17709786
Alignment:
Q  497 gttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactg 596  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||| |||             
T  17709600 gttgaggatgattgacatgcttttgtgggttataaggtggcgcgtgagagttggtattgggcggggcttttgactgtgctggaactgtgagt-------- 17709691  T
Q  597 taaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
         ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  17709692 -----agtttggcagattttgtttttgatatatattgctcagaaagccgagacattgttggtcgggtggctttacttcttttgcaaatttggactgcacg 17709786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 240 - 354
Target Start/End: Original strand, 17876714 - 17876829
Alignment:
Q  240 aatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaa-aactggttataaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttc 338  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  || || ||     
T  17876714 aatgatataataacatggaagatggaacgcaacgggaggtatactattaagacctggttataaactagctatgatggagttgttacatatcgaacgattt 17876813  T
Q  339 catgttgaaggagagt 354  Q
    ||||||||||||||||    
T  17876814 catgttgaaggagagt 17876829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 612 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 29201503 - 29201427
Alignment:
Q  612 attttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgg 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29201503 attttgtttttgacatatgttgttcaaaaagtcgagacatggctggtcgggtggttttacttctttggcaaatttgg 29201427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 174; Significance: 3e-93; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 300 - 696
Target Start/End: Original strand, 53496379 - 53496763
Alignment:
Q  300 aaactggctatgatggagttattacacaatgatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatt 399  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  53496379 aaactggctatgatggagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagagtggcataaaatctggaaggtgaatgcccctcataaagcgcgtaatt 53496478  T
Q  400 tgttatggatgatttgcaggg-gagtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgt 498  Q
    | ||||||| ||||||||| | | ||||| ||| ||| || ||| ||||||||| ||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||  ||||||||||    
T  53496479 tattatggaggatttgcagagagtgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatctgtccgtggtgtgatacgaatgt 53496578  T
Q  499 tgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgta 598  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||               
T  53496579 tgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtagcgcatgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaactgtgag----------- 53496667  T
Q  599 accagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
       ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53496668 --aagtttggctgattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcgggtagctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 53496763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 440 - 696
Target Start/End: Original strand, 55198983 - 55199239
Alignment:
Q  440 cgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcac 539  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||| || | ||| | |||||  ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  55198983 cgactacaatcacgacatgtacaatgtgagatgctatgttcgtggtgtgatacagttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtatggtggcac 55199082  T
Q  540 atgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcaga 639  Q
     ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||   |||| ||  |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  55199083 gtgagagttggtatcgggtagggctttcgactgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttccga 55199182  T
Q  640 aagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
     |   |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  55199183 taatcgagacactgctggtcgggtggctttacttctttgacaaatttgggctgcacg 55199239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 624 - 696
Target Start/End: Original strand, 1070659 - 1070731
Alignment:
Q  624 acatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||| || || ||||| ||||||||| |||||||| ||||||    
T  1070659 acatatgttgttcagaaaaccgagacattgctggttgggtgactttaattctttggccaatttgggttgcacg 1070731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 1e-83; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 346 - 694
Target Start/End: Original strand, 5608707 - 5609056
Alignment:
Q  346 aaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgact 444  Q
    |||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| |||||| |||||  || ||| || ||| |    
T  5608707 aaggagcgtggcaaagaatctggaaggtgaattcccctcataaagcttataatttgttgtggaggatttgtaggggatgtgttctgacgcgtctccgatt 5608806  T
Q  445 acaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgag 544  Q
    |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| |||||  |||| | ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  5608807 acaatcatgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccttggtgtgatacaattgttgaggatgattggaatgcttttgtgggttgtactgtggcgcgtgag 5608906  T
Q  545 agttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagct 644  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| || |||||| |  ||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||      
T  5608907 agttggtattgggcaggactttcgactgtgcggcaaccgcgagttggaactgtgagtagtttggcagattttatttttgatatatgtcgttcagaaagtc 5609006  T
Q  645 gagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgca 694  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5609007 gagacattgttggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgca 5609056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 330 - 696
Target Start/End: Original strand, 51112667 - 51113034
Alignment:
Q  330 gatcggttccatgttgaaggagagtagcatagaatctggaatgtgaattcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagggga-gtgttt 428  Q
    |||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||  |||||     
T  51112667 gatcggtttcatgttgaagaagaatggcatagaatctggaaggtgaactcccctcataaagcacgtaatttgttatggaggatctgtagggggtgtgttc 51112766  T
Q  429 cgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgatttgtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttg 528  Q
    ||| ||| || ||||||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||  ||||   ||||   ||||||| ||||||  |||| ||||||||||||    
T  51112767 cgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtctgtggtatgatacagttgttgagaatgattggcatgtttttgtgggttg 51112866  T
Q  529 tactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgctgcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacata 628  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||   |||| ||  |||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  51112867 tacggtggcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgattgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcagattttgtttttgacata 51112966  T
Q  629 tgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctttggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    |||||||| ||||   |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51112967 tgttgttccgaaaatcgagacactgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggttgcacg 51113034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 12 - 319
Target Start/End: Original strand, 5608355 - 5608662
Alignment:
Q  12 tggacaattggacatgggcagcaggttagtgtgatgaatgatccatgggtttgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgc 111  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| | || ||||| || || | |||||||||||||||||| || | |||||    
T  5608355 tggacagttggaaatgggcagcaggtcagcgtgatgaatgacccatgggttcgtggagttcaaggtagctagattcaatccccacaaagtcagggtgtgc 5608454  T
Q  112 ataatttgcatgtgtctgatttgatagctgatgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattct 211  Q
    |||   |   ||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  5608455 atagcctaagtgtgtttgatttgataactgacgaggatcgagtttggaatgttgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagttattct 5608554  T
Q  212 tgacacgccactgttttcgaaagttcagaatgatagaataacgtggatgatggaacgtaacgggaggtatactattaaaactggttataaactggctatg 311  Q
     ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| | | || |||| ||||||||| ||||||    
T  5608555 cgacacaccactgtttgcggaagttcagaatgatagaataacatggatgatggaacggaacaggaggtatattgtcaagactgattataaactagctatg 5608654  T
Q  312 atggagtt 319  Q
    ||||||||    
T  5608655 atggagtt 5608662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 378 - 696
Target Start/End: Original strand, 36733093 - 36733412
Alignment:
Q  378 tcccctcataaagctcgtaatttgttatggatgatttgcagggga-gtgtttcgatgcgccttcgactacaatcacaacacgtacaatgcgaggtgattt 476  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||  || || | ||| | ||||| | | |||||||| |||||||| |    
T  36733093 tcccctcataaaacacgtaatttgttatggaggatttgcaggagatgtgtttcgactcgtctccaacttcgatcacgatatgtacaatgtgaggtgatct 36733192  T
Q  477 gtccctggtgcaatacgaatgttgaggatgattaacatgcttttgtgggttgtactgtggcacatgagagttggtattgggcagggttttcgactgtgct 576  Q
    | ||||||||  ||||   ||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||| |||||   ||| ||||||||||||||||   |||||||||||||    
T  36733193 gcccctggtgtgatacagttgttgaggacgattgacatgcttttgagagttgtacggtggcgtgtgaaagttggtattgggcagaactttcgactgtgct 36733292  T
Q  577 gcaactgcgagctgaaactgtaaccagtttagcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcggatggctttacttctt 676  Q
    ||||  ||||  || |||||  | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36733293 gcaaacgcgaattggaactgagagcagtttgacagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagttgagacattgctggtcgggtggctttacttctt 36733392  T
Q  677 tggcaaatttgggctgcacg 696  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  36733393 tggcaaatttgggctgcacg 36733412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University