View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10794_high_1 (Length: 358)

Name: NF10794_high_1
Description: NF10794
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10794_high_1
NF10794_high_1
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (9-344)||(20230696-20231035)
chr7 (83-344)||(20263229-20263490)
chr7 (83-344)||(20242736-20243000)
chr7 (121-324)||(20293843-20294046)
chr7 (122-299)||(20168745-20168922)
chr7 (121-344)||(20278794-20279016)
chr7 (121-302)||(20273059-20273239)
chr7 (115-297)||(20283367-20283549)
chr7 (154-263)||(20063211-20063320)
chr7 (130-262)||(20302963-20303095)
chr7 (282-344)||(20273243-20273305)
chr7 (172-270)||(20288542-20288640)
chr7 (129-262)||(20006020-20006153)
chr7 (131-262)||(19938311-19938442)
chr7 (131-262)||(19969450-19969581)
chr7 (121-278)||(20089880-20090037)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (141-283)||(40824481-40824623)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 9 - 344
Target Start/End: Original strand, 20230696 - 20231035
Alignment:
Q  9 gagatggacatcaaaccacccaggtaatgtacacacttcatgtagtctactttagtcataaaattcactttctat----aagctcaagttatgcttttca 104  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| |    
T  20230696 gagaaggacatcaaaccgcccaggtaatgtacacacttcatgtagtctactttagtcataaaattcactttctattgataagctcaagttatgcttttaa 20230795  T
Q  105 ctgcagctaattctaatgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20230796 ctgcagctaattctaatgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaa 20230895  T
Q  205 caactttgacctgtctaacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaatttataatattttaaaaccattgtgt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  20230896 caactttgacctgtctaacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaagttataatactttaaaaccattgtgt 20230995  T
Q  305 ataattgttgtcacataatattttcttctaggggaaactg 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20230996 ataattgttgtcacataatattttcttctaggggaaactg 20231035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 83 - 344
Target Start/End: Original strand, 20263229 - 20263490
Alignment:
Q  83 taagctcaagttatgcttttcactgcagctaattctaatgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttg 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  20263229 taagctcaagttatgcttttcactgcagctaattctagtgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagttattaaaatttgattttc 20263328  T
Q  183 aaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaattta 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||    
T  20263329 aaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacttgtcaaataaacttggtcagggtggttttggtcccgtatacaaggtaccttacatgtaacaaagtta 20263428  T
Q  283 taatattttaaaaccattgtgtataattgttgtcacataatattttcttctaggggaaactg 344  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20263429 taatattttaaaaccattgtggatagttgttttcacataatattttcttctaggggaaactg 20263490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 83 - 344
Target Start/End: Original strand, 20242736 - 20243000
Alignment:
Q  83 taagctcaagttatgcttttcactgcagctaattctaatgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttg 182  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20242736 taagctcaagttatgcatttcactgcagctaattctagtgacaacataattggagaaatgtcgcaagataaactacaagagctattaaaatttgattttg 20242835  T
Q  183 aaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaattta 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | | | |||    
T  20242836 aaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtcaaacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatacaaggtgccttaaatgctaaatagtta 20242935  T
Q  283 taatattttaaaaccattgtgtataattgttgtcac---ataatattttcttctaggggaaactg 344  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  20242936 tgatattttaaaaccattgtgtatagttgttatcacataataataatttcttctaggggaaactg 20243000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 121 - 324
Target Start/End: Original strand, 20293843 - 20294046
Alignment:
Q  121 tgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtct 220  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| || | ||     
T  20293843 tgacaacgcaattggagaaatgtcccaagtcaaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaacttgcagccgccacaaacaactttcacttttcc 20293942  T
Q  221 aacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaatttataatattttaaaaccattgtgtataattgttgtcacat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||| ||||    
T  20293943 aacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggttccttaattgaaacaaagttataatattttataaccattgtctatagctgttgtaacat 20294042  T
Q  321 aata 324  Q
    ||||    
T  20294043 aata 20294046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 122 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 20168922 - 20168745
Alignment:
Q  122 gacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtcta 221  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || | || |    
T  20168922 gacaacgtaattggagaaatgtcgcaaatcaaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaacttgcaactgccacaaacaacttccacttttcca 20168823  T
Q  222 acaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaatttataatattttaaaaccat 299  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||    
T  20168822 acaaacttggacaaggtggttttggtcccgtatacaaggtaccttaaatgcgacaaagttatactatttttaaaccat 20168745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 121 - 344
Target Start/End: Original strand, 20278794 - 20279016
Alignment:
Q  121 tgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtct 220  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||  || | ||     
T  20278794 tgacaacgtaattggagaaatgtcccaagttaaactgcaagagctattaatatttgattttgagaaattggcaactgccactaacaacttccacttatcc 20278893  T
Q  221 aacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaatttataatattttaaaaccattgtgtataattgttgtcacat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||   | ||| |||  ||||||||||||    
T  20278894 aacaaacttggacagggtggttttggtatagtatacaaggtaccttacatgcaacaattata-aatattttaaagttactgtctattgttgttgtcacat 20278992  T
Q  321 aatattttcttctaggggaaactg 344  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  20278993 aatatttttttctaggggaaactg 20279016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 121 - 302
Target Start/End: Original strand, 20273059 - 20273239
Alignment:
Q  121 tgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtct 220  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||  || ||||     
T  20273059 tgacaacgtaattggagaaatgtcccaagttaaactgcaagagttattaatatttgattttgagaaacttgcaactgccactaacaacttccacttgtcc 20273158  T
Q  221 aacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaatttataatattttaaaaccattgt 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||    
T  20273159 aacaaacttggacagggtggttttggtatagtatacaaggtaccttaaatgcaacaattata-aatattttaaagccattgt 20273239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 115 - 297
Target Start/End: Original strand, 20283367 - 20283549
Alignment:
Q  115 ttctaatgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgac 214  Q
    ||||| |||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||    
T  20283367 ttctagtgacgacgtaattggagaaatgtcccaagttagactacaagagatattaatatttgattttgaaaagattgcaactgccacaaacaacttccac 20283466  T
Q  215 ctgtctaacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaatttataatattttaaaacc 297  Q
     | || |||||||||||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| ||| | ||| || |||||||||    
T  20283467 ttatccaacaaacttggatagggtggttttggtatagtatacaaggtaccttaaatgcaaaaaagtaatattagtttaaaacc 20283549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 154 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 20063320 - 20063211
Alignment:
Q  154 actacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaacttggacagggtggttttggtcccgta 253  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||  || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  20063320 actacaagagctattattatttgattttgaaaagcttgcaactgccacaaacaatttccacttgtccaacaaacttggacagggtggtttcggtcctgtg 20063221  T
Q  254 tataaggtac 263  Q
    || |||||||    
T  20063220 tacaaggtac 20063211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 130 - 262
Target Start/End: Original strand, 20302963 - 20303095
Alignment:
Q  130 aattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaactt 229  Q
    |||||||| | | ||||||| ||||||||| ||||| |||  ||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||    
T  20302963 aattggaggattttcccaagttaaactacaggagctgttagtatttgatttcggaaagcttgcaactgccacaaacaacttccacttgtccaacaaactt 20303062  T
Q  230 ggacagggtggttttggtcccgtatataaggta 262  Q
    ||  |||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  20303063 ggcgagggtggtttcggtccagtatacaaggta 20303095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 344
Target Start/End: Original strand, 20273243 - 20273305
Alignment:
Q  282 ataatattttaaaaccattgtgtataattgttgtcacataatattttcttctaggggaaactg 344  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20273243 ataatattttataaccattgtttatagctgttgtaacataatattttcttctaggggaaactg 20273305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 270
Target Start/End: Original strand, 20288542 - 20288640
Alignment:
Q  172 atttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaat 270  Q
    ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||  ||  ||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  20288542 atttgattttgaaaggcttgcaattgccacaaacaacttccactcgtccaataaacttgggcaaggtggttttggtcctgtatacaaggtaccttaaat 20288640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 129 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 20006153 - 20006020
Alignment:
Q  129 taattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaact 228  Q
    ||||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||  || |  |||||||||  |||||| |||||||||||||||  |  | || ||||||||    
T  20006153 taattggagaactgtcacaagcaaagctacaagagctattactatatagttttgaaaagcttgcaattgccacaaacaacttccatttatccaacaaact 20006054  T
Q  229 tggacagggtggttttggtcccgtatataaggta 262  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  20006053 tggacaaggaggttttggtcctgtatacaaggta 20006020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 262
Target Start/End: Original strand, 19938311 - 19938442
Alignment:
Q  131 attggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaacttg 230  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||  |||| ||||||  ||  |||||||||| || ||||||||| ||   || ||||||||||    
T  19938311 attggagaactgtcacaagttaaactccaagagctattactatttaattttggcaagcttgcaactgcaaccaacaactttcactcatccaacaaacttg 19938410  T
Q  231 gacagggtggttttggtcccgtatataaggta 262  Q
    | ||||| ||||| || || ||||| ||||||    
T  19938411 ggcagggaggtttcggaccggtatacaaggta 19938442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 262
Target Start/End: Original strand, 19969450 - 19969581
Alignment:
Q  131 attggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaacttg 230  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||  |||| ||||||  ||  |||||||||| || ||||||||| ||   || ||||||||||    
T  19969450 attggagaactgtcacaagttaaactccaagagctattactatttaattttggcaagcttgcaactgcaaccaacaactttcactcatccaacaaacttg 19969549  T
Q  231 gacagggtggttttggtcccgtatataaggta 262  Q
    | ||||| ||||| || || ||||| ||||||    
T  19969550 ggcagggaggtttcggaccggtatacaaggta 19969581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 121 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 20090037 - 20089880
Alignment:
Q  121 tgacaacataattggagaaatgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtct 220  Q
    |||| ||||||||||| || |||| |||| |||| |||| ||| |||||  ||||| ||||  |||  ||  || ||||||||| ||||| | | ||||     
T  20090037 tgacgacataattggaaaactgtcgcaagctaaattacaggagttattactatttggttttcgaaagcttaaaattgccacaaagaacttcgccttgtcc 20089938  T
Q  221 aacaaacttggacagggtggttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaa 278  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||| |||||||    
T  20089937 aacaaacttggagagagtggttttggtctagtatacaaggtatcgtaaatacaacaaa 20089880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 141 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 40824623 - 40824481
Alignment:
Q  141 tgtcccaagataaactacaagagctattaaaatttgattttgaaaaagttgcaactgccacaaacaactttgacctgtctaacaaacttggacagggtgg 240  Q
    |||| |||| |||||| || ||||| |||  |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  |   ||| || |||||||||||||||||    
T  40824623 tgtcacaagttaaactccaggagctgttactatttgattttgaaaagcttgcaattgccacaaacaacttctattcgtccaataaacttggacagggtgg 40824524  T
Q  241 ttttggtcccgtatataaggtaccttaaatgcaacaaatttat 283  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||    
T  40824523 ttttggtcctgtatacaaggtactttaaacacaacaaagttat 40824481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University