View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10809_1 (Length: 846)

Name: NF10809_1
Description: NF10809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10809_1
NF10809_1
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (22-823)||(16236460-16237261)
chr2 (99-823)||(32714168-32714892)
chr2 (23-250)||(160868-161093)
chr2 (558-696)||(158745-158883)
chr2 (504-666)||(158887-159049)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-823)||(28575183-28575984)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (14-665)||(20633367-20634018)
chr3 (14-145)||(48823398-48823529)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (24-660)||(38835871-38836496)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (48-635)||(18568090-18568670)
chr6 (684-822)||(18567949-18568087)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (189-573)||(5698895-5699279)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 754; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 754; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 16237261 - 16236460
Alignment:
Q  22 gataagtcctccacaccccacgatactaccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctcc 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16237261 gataagtcctccacaccccgcgatactaccatccttacacgctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctcc 16237162  T
Q  122 aaatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgttattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtcttt 221  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16237161 aaatgtctcagctgagatgtcacaataacagactttgctattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtcttt 16237062  T
Q  222 ggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaatagac 321  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  16237061 ggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagac 16236962  T
Q  322 attagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggct 421  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236961 attagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggct 16236862  T
Q  422 tttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttg 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236861 tttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttg 16236762  T
Q  522 ttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcatt 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236761 ttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgctttatacgttcaggtgctctaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcatt 16236662  T
Q  622 gtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaatttcccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggc 721  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236661 gtcaaattttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaattttccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggc 16236562  T
Q  722 accgcaatggtcatgatcctctgaacaacatcataaggcaaccattgattcaacaattcaaaattccaattaccattaaaatcaaccagatctgcaacct 821  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236561 accgcaatggtcatgatcctctgaacaacatcataaggcaaccattgattcaacaattcaaaattccaattaccattaaaatcaaccagatctgcaacct 16236462  T
Q  822 tc 823  Q
    ||    
T  16236461 tc 16236460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 99 - 823
Target Start/End: Original strand, 32714168 - 32714892
Alignment:
Q  99 gttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgttattgcattatgataatcattaacataactcataataat 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714168 gttccttccatcccacttcctccaaatgtctcagctgagatgtcacaataacagactttgctattgcattatgataatcattaacataactcataataat 32714267  T
Q  199 atttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccat 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32714268 atttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccac 32714367  T
Q  299 tccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccacta 398  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714368 tccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccacta 32714467  T
Q  399 cacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccc 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714468 cacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccc 32714567  T
Q  499 catcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaac 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32714568 catcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgctttatacgttcaggtgctctaatcttccacaactttaac 32714667  T
Q  599 caaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaatttcccattagaagaacccgaccacatttgcttgt 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714668 caaatctcatcttgtgcatcattgtcaaattttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaattttccattagaagaacccgaccacatttgcttgt 32714767  T
Q  699 catttccatcattctcatccggcaccgcaatggtcatgatcctctgaacaacatcataaggcaaccattgattcaacaattcaaaattccaattaccatt 798  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32714768 catttccatcattctcatccggcaccgcaatggtcatgatcctctgaacaacatcataaggcaaccattgattcaacaattcaaaattccaattaccata 32714867  T
Q  799 aaaatcaaccagatctgcaaccttc 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  32714868 aaaatcaaccagatctgcaaccttc 32714892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 23 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 161093 - 160868
Alignment:
Q  23 ataagtcctccacaccccacgatactaccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctcca 122  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |  |||||||||| |||||||||||||| |||||  || ||||| ||||||| | ||| |    
T  161093 ataagtcctccacaccccgcgatactatcatccttataaacatcgtcagtattaatcttgacccaccc-atcggcagtcccttcaatcccaccttctcta 160995  T
Q  123 aatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgttattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttg 222  Q
    || || || ||||||||||    ||| ||||| ||||| ||||| | |||||||||  |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  160994 aacgtgtcggctgagatgtagttatagcagaccttgttgttgcaatgtgataatcaccaacacaactcaaaataata-ttttagcatgtaaaggtctttg 160896  T
Q  223 gtagttatcattatgcgtttccttgttt 250  Q
      | ||||||||||| ||||||||||||    
T  160895 aaaattatcattatgagtttccttgttt 160868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 558 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 158883 - 158745
Alignment:
Q  558 gttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaat 657  Q
    |||| ||||||| ||| || ||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||  || |||| ||||| ||||||| || || ||||  ||| |||||    
T  158883 gtttaatacgttgaggagctctactcttccagaacttcaaccaaatcgcatcttgaacaacattatcaaagtttgacatcacattataaattgaagcaat 158784  T
Q  658 tgtgaatttcccattagaagaacccgaccacatttgctt 696  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  158783 tgtgaattttccattagtagaacccgaccacatttgctt 158745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 504 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 159049 - 158887
Alignment:
Q  504 tatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaat 603  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||| ||| |||||||| ||||||| ||| || ||| ||||||| | ||| ||||||||    
T  159049 tatgcttcctcgaatttgttaacaatctttcataatagaacatccccatgaaatgtttaatacgttgaggagctctactcttccagagcttcaaccaaat 158950  T
Q  604 ctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaattt 666  Q
    | |||||||   | |||| ||||| ||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||    
T  158949 cacatcttgaagaacattatcaaagtttgacatcacattataagttgaagcaattgtgaattt 158887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 750; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 750; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 823
Target Start/End: Original strand, 28575183 - 28575984
Alignment:
Q  22 gataagtcctccacaccccacgatactaccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctcc 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575183 gataagtcctccacaccccgcgatactaccatccttacacgctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctcc 28575282  T
Q  122 aaatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgttattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtcttt 221  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575283 aaatgtctcagctgagatgtcacaataacagactttgctattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtcttt 28575382  T
Q  222 ggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaatagac 321  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  28575383 ggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagac 28575482  T
Q  322 attagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggct 421  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575483 attagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggct 28575582  T
Q  422 tttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttg 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575583 tttggacagtccctcaaaacatgaatttcagcctcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttg 28575682  T
Q  522 ttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcatt 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575683 ttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgctttatacgttcaggtgctctaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcatt 28575782  T
Q  622 gtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaatttcccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggc 721  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575783 gtcaaattttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaattttccattagaagaacccgaccacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggc 28575882  T
Q  722 accgcaatggtcatgatcctctgaacaacatcataaggcaaccattgattcaacaattcaaaattccaattaccattaaaatcaaccagatctgcaacct 821  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575883 accgcaatggtcatgatcctctgaacaacatcataaggcaaccattgattcaacaattcaaaattccaattaccattaaaatcaaccagatctgcaacct 28575982  T
Q  822 tc 823  Q
    ||    
T  28575983 tc 28575984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 665
Target Start/End: Original strand, 20633367 - 20634018
Alignment:
Q  14 gaacctgtgataagtcctccacaccccacgatactaccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatccca 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  20633367 gaacctctgataagtcctccacaccccgcgatactaccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccacctaatcgctggttccttccatccca 20633466  T
Q  114 cttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgttattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaa 213  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20633467 cttcctccaaatgtctcggctgagatgtcacaataacaaattttgctatagcattgtgataatcattaacataaatcataataatatttttagcatgtaa 20633566  T
Q  214 aggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  20633567 aggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatatagtgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattattattc 20633666  T
Q  314 caatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633667 caatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaactagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtg 20633766  T
Q  414 ccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcct 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633767 ccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcct 20633866  T
Q  514 caaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgt 613  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633867 caaatttgttgacaatcttccatggtagagcatcgacataaaatgttttatacgttcaggtgctctaatattccacaactttaaccaaatctcatcttgt 20633966  T
Q  614 gcatcattgtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaatt 665  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633967 gcatcattgtcaaaatttgacagcatatgataagctgatgcaattgtgaatt 20634018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 145
Target Start/End: Original strand, 48823398 - 48823529
Alignment:
Q  14 gaacctgtgataagtcctccacaccccacgatactaccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatccca 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  48823398 gaacctctgataagtcctccacaccccgcgatactaccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccatccaatcgctggttccttccatccca 48823497  T
Q  114 cttcctccaaatgtctctgctgagatgtcaca 145  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  48823498 cttcctctaaatgtcttggctgagatgtcaca 48823529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 660
Target Start/End: Original strand, 38835871 - 38836496
Alignment:
Q  24 taagtcctccacaccccacgatactaccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaa 123  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38835871 taagtcctccacaccccgcgatactaccatccttacaagcttcgttagtattgatcttgacccacgcaatcagtggttccttccatcccacttcctccaa 38835970  T
Q  124 atgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgttattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttgg 223  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38835971 atgtctcggctgagatatcacaataacagactttgctaatacattgtgataataattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttgg 38836070  T
Q  224 tagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaatagacat 323  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38836071 tagttgtcattatgagtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcggtggcccaaaagtctctccactccacattatgattccaatagacat 38836170  T
Q  324 tagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttt 423  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  38836171 tagtaaacaaattaaatataatccaactagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactgcacacaatcaaagtgccgtggcttt 38836270  T
Q  424 tggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgtt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836271 tggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgtt 38836370  T
Q  524 aacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgt 623  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||           || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  38836371 aacaatcttccatggtagagcattcacataaaatgttttatacg-----------tattcttccacaactttaatcaaatctcatcttgtgcagcattgt 38836459  T
Q  624 caaaatttgacagcatatgataagctgatgcaattgt 660  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38836460 caaaatttgacagtatatgataagctgatgcaattgt 38836496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 48 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 18568670 - 18568090
Alignment:
Q  48 taccatccttacaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaa- 146  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||     
T  18568670 taccatccttacaagcatcgttagtattgatcttgacccacccaattggtggtaccttccatcccacttccgccaaatgtctcggctgagatgtcacaac 18568571  T
Q  147 ------taacagactttgttattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgt 240  Q
          ||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||    
T  18568570 tcacaataacaaactttgttgttgcattgtgataatcgttaacataactca--ataatatttttagcatgtaaaggtgtttggtaattattattatgagt 18568473  T
Q  241 ttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccacattatgattccaa-tagacattagtaaacaaattaaa 339  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||           ||||||||| |||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  18568472 ttccttgtttctccaattccaaatagcgtg-----------cccaaaagtttctccactctacattatgattcctagtagacattagtaaacaaattaaa 18568384  T
Q  340 tttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaa 439  Q
    |||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||| | |||||| ||||||||||||      
T  18568383 tttaatccaatgcgataaaccaccttcaaa-aaacttgttcttgcagcaaagtccactacacacaacgaaattgccatcgcttttagacagtccctcagt 18568285  T
Q  440 acatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggt 539  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  18568284 acataaatttcagactcaatctgatcatgacaaaacctacacatttgattaccaatccacatcttatgcttcctcaa-tttgttaacaatcttccatgat 18568186  T
Q  540 agagcatccacataaaatgttttatacgttcaggtgcactaatcttccacaactttaaccaaatctcatcttgtgcatcattgtcaaaatttgaca 635  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18568185 agagcttccacataaaatgttttatacgttcaggtactctaaacttccacaactttaactaagtctcatcttgtgcaacattgtcaaaatttgaca 18568090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 684 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 18568087 - 18567949
Alignment:
Q  684 accacatttgcttgtcatttccatcattctcatccggcaccgcaatggtcatgatcctctgaacaacatcataaggcaaccattgattcaacaattcaaa 783  Q
    |||||||||| || | ||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||    
T  18568087 accacatttgtttatgattaccatcattctcattacgcaccgcaatggtcatgatcctttgaacaacatcataaggcaactattgattcaacatatccaa 18567988  T
Q  784 attccaattaccattaaaatcaaccagatctgcaacctt 822  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  18567987 attccgatttccattgaaatcaaccaactctgcaacctt 18567949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 189 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 5699279 - 5698895
Alignment:
Q  189 tcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaa 288  Q
    |||| |||||||  ||| ||||||| ||||||||  | ||||||| |||   ||||||||| ||||| ||||| | ||  ||||||||| | ||||||||    
T  5699279 tcatgataatatcgttaacatgtaatggtctttgaaaattatcatcatgaacttccttgttcctccacttccagagagtatgacaagcaatagcccaaaa 5699180  T
Q  289 gtctctccattccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagca 388  Q
     ||||||||  | |||| |||  |||||    | | | || ||| |||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||  ||| ||| |    
T  5699179 atctctccaagcaacatcatgtctccaagctccttcactatacatattaaaattgatccaatgagatagatcaccttcaaagaaagctgcccttccagta 5699080  T
Q  389 ttgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggat 488  Q
     | || ||||| | || ||| || |||   ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||| |||     
T  5699079 gtatctactaccctcatccagagagccaaagcttttggacaatctcttaaaacatgaatctcagactcaatcacatcatgacaaaaactacacattggac 5698980  T
Q  489 taccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgttttatacgttcagg 573  Q
    | |||||||||||||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||| || |  ||||||||||||  ||| | |||||||||    
T  5698979 ttccaatccccatcttactcctcctcaaatatgttagcaatcttccatgatatataatccacataaaaaatttaacacgttcagg 5698895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University