View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10829A_low_27 (Length: 479)

Name: NF10829A_low_27
Description: NF10829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10829A_low_27
NF10829A_low_27
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (20-479)||(47701898-47702357)
chr1 (104-479)||(41395102-41395477)
chr1 (20-334)||(47101013-47101328)
chr1 (272-479)||(13599886-13600093)
chr1 (27-438)||(9524665-9525077)
chr1 (27-438)||(2396087-2396499)
chr1 (20-109)||(41392218-41392308)
chr1 (85-261)||(7155149-7155324)
chr1 (322-359)||(13599844-13599881)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (20-479)||(26401211-26401671)
chr8 (20-479)||(26298148-26298608)
chr8 (20-479)||(26311405-26311865)
chr8 (20-479)||(33035794-33036254)
chr8 (20-479)||(10687125-10687585)
chr8 (20-479)||(18868531-18868991)
chr8 (20-479)||(35742155-35742615)
chr8 (27-438)||(4814058-4814470)
chr8 (27-477)||(28330793-28331244)
chr8 (27-438)||(16754092-16754504)
chr8 (27-438)||(25682844-25683256)
chr8 (134-432)||(28893707-28894005)
chr8 (224-429)||(21040376-21040581)
chr8 (124-228)||(40827427-40827531)
chr8 (134-438)||(15947599-15947903)
chr8 (235-377)||(40827259-40827401)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (20-470)||(3791003-3791454)
chr4 (20-479)||(18857342-18857802)
chr4 (20-479)||(16626853-16627313)
chr4 (20-479)||(5144676-5145134)
chr4 (189-479)||(9227262-9227552)
chr4 (134-438)||(15315254-15315558)
chr4 (27-438)||(4568280-4568692)
chr4 (20-130)||(9227542-9227653)
chr4 (27-438)||(16637098-16637510)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (20-479)||(1307637-1308097)
chr3 (20-479)||(16256835-16257295)
chr3 (20-479)||(32477106-32477566)
chr3 (20-479)||(8513860-8514320)
chr3 (20-479)||(22171169-22171629)
chr3 (20-479)||(2675081-2675541)
chr3 (127-479)||(3326387-3326739)
chr3 (27-477)||(54191406-54191857)
chr3 (27-438)||(10095638-10096050)
chr3 (27-438)||(47879721-47880133)
chr3 (27-438)||(10202524-10202936)
chr3 (27-438)||(10899946-10900358)
chr3 (27-438)||(10609605-10610017)
chr3 (27-438)||(16460401-16460813)
chr3 (27-294)||(22622957-22623225)
chr3 (20-94)||(3326735-3326810)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (20-479)||(18410423-18410883)
chr7 (20-479)||(24264184-24264644)
chr7 (20-479)||(21985685-21986145)
chr7 (20-479)||(21641456-21641916)
chr7 (20-479)||(16881693-16882153)
chr7 (20-479)||(9188006-9188466)
chr7 (20-479)||(24272761-24273226)
chr7 (108-432)||(12404825-12405149)
chr7 (134-477)||(3321728-3322071)
chr7 (27-438)||(7072988-7073400)
chr7 (27-438)||(25403594-25404006)
chr7 (27-438)||(25408351-25408763)
chr7 (20-117)||(12398521-12398619)
chr7 (161-381)||(5071564-5071774)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (20-479)||(17170-17630)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (20-479)||(39486072-39486532)
chr2 (21-479)||(39484524-39484983)
chr2 (20-479)||(19346044-19346504)
chr2 (20-479)||(31057725-31058184)
chr2 (41-414)||(31134510-31134883)
chr2 (27-477)||(39685145-39685596)
chr2 (27-438)||(2739142-2739554)
chr2 (27-438)||(22714066-22714478)
chr2 (27-438)||(20051594-20052005)
chr2 (278-438)||(17935021-17935181)
chr2 (27-192)||(17942004-17942170)
chr2 (221-297)||(27568379-27568455)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (20-479)||(27446589-27447049)
chr5 (20-479)||(33769805-33770265)
chr5 (20-479)||(28805583-28806043)
chr5 (20-479)||(37559454-37559914)
chr5 (20-479)||(31399853-31400313)
chr5 (20-479)||(43593887-43594347)
chr5 (20-479)||(43626681-43627141)
chr5 (85-479)||(24558445-24558839)
chr5 (85-479)||(24599477-24599871)
chr5 (20-370)||(28833825-28834176)
chr5 (366-479)||(28835415-28835528)
chr5 (27-438)||(25450694-25451106)
chr5 (124-411)||(31301203-31301490)
chr5 (165-313)||(30102726-30102874)
chr5 (284-411)||(31333674-31333801)
chr5 (178-313)||(28664136-28664275)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (20-479)||(246-706)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (20-479)||(14740433-14740892)
chr6 (20-479)||(33333937-33334397)
chr6 (193-479)||(24434175-24434460)
chr6 (27-477)||(13881637-13882088)
chr6 (27-477)||(35202895-35203346)
chr6 (20-196)||(24714559-24714730)
chr6 (134-438)||(17691792-17692096)
chr6 (134-438)||(25944606-25944910)
chr6 (138-438)||(22347917-22348219)
chr6 (27-68)||(22345832-22345873)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (20-479)||(33806-34265)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (272-479)||(7683-7890)
scaffold0006 (322-359)||(7641-7678)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (221-438)||(170-387)
[»] scaffold0559 (1 HSPs)
scaffold0559 (235-377)||(4835-4977)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 47702357 - 47701898
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtcacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47702357 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtcacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccgg 47702258  T
Q  120 tctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctc 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702257 tttccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctc 47702158  T
Q  220 cacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702157 cacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtattcacatccatttgttccaactcaagattgaattga 47702058  T
Q  320 ttcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggcta 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702057 ttcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggcta 47701958  T
Q  420 caagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47701957 caagtctttctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 47701898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 104 - 479
Target Start/End: Original strand, 41395102 - 41395477
Alignment:
Q  104 cttcttacaaaaccagtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacata 203  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41395102 cttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacaca 41395201  T
Q  204 ccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaa 303  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395202 ccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtgaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaa 41395301  T
Q  304 ctcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccacttta 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |    
T  41395302 ctcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagttctcgttgtagtcgatcccctccacttga 41395401  T
Q  404 gtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  41395402 gtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 41395477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 20 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 47101328 - 47101013
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtc-acacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  47101328 catcaacatatcatccacatataaaagaagttagagaatgactttctcaccccttttcaacatgtatacacaagaatcatatccgcttctcacaaatccg 47101229  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
     ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47101228 atcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgtctatggctttgcttcaacctatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 47101129  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47101128 ccacaaaaccttccagttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattcaattg 47101029  T
Q  319 attcacaatagccata 334  Q
    ||||||||||||||||    
T  47101028 attcacaatagccata 47101013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 272 - 479
Target Start/End: Original strand, 13599886 - 13600093
Alignment:
Q  272 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaga 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  13599886 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaataatgtttcaccactggtgaga 13599985  T
Q  372 agatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttccttttt 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13599986 agatctcattgtagtcgatcccctccacttgattgaaacccttggccacaagtcttgctttgtatcttggaccttcaacacccggaataccttccttttt 13600085  T
Q  472 cttgaaga 479  Q
    ||||||||    
T  13600086 cttgaaga 13600093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 9525077 - 9524665
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  9525077 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 9524978  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  9524977 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 9524878  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  9524877 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 9524778  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  9524777 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 9524678  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  9524677 ttgccttatacct 9524665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 2396087 - 2396499
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| ||||||| || ||  |    
T  2396087 atatcatatacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaactagccttta 2396186  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  || |  || || ||    
T  2396187 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaa 2396286  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || |||    
T  2396287 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaaatctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 2396386  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  2396387 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgagaagatttcattgtaataaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 2396486  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  2396487 ttgccttatacct 2396499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 109
Target Start/End: Original strand, 41392218 - 41392308
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttctt 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41392218 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctt 41392308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 85 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 7155324 - 7155149
Alignment:
Q  85 cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaa 184  Q
    |||| |||||||||||||  ||||  || |||| |||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||     |||||||| |||||  ||||||||    
T  7155324 cacataagaatcatatcc--ttctcccacaaccggtcttcaaaagaaatttctcaaactgacgataccattcatgtgggctttgtttcaaggcatacaaa 7155227  T
Q  185 gatttctt-caaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaag 261  Q
    ||||| || ||||||||||  ||||  ||| |  | ||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  7155226 gatttttttcaaaagacatgtcttaaccttatctttcacaaaaccttctagttactccatgtatattatctcttcaag 7155149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 322 - 359
Target Start/End: Original strand, 13599844 - 13599881
Alignment:
Q  322 cacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttca 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13599844 cacaatagccataagtatccttatggaataatgtttca 13599881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 26401671 - 26401211
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||      
T  26401671 catcaagatatcatccacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatatacacgcaagaatcatatccgcttctcacaaaactg 26401572  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26401571 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaactcatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 26401472  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401471 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccttgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 26401372  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  26401371 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctcattgtagtcgatctcctccacttgagtgaaacccttggcc 26401272  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401271 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaactcccggaataccttcctttttcttgaaga 26401211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 26298148 - 26298608
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  26298148 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaactg 26298247  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26298248 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 26298347  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298348 ccacaaaacctttcggttgctccatgtagattgtctctttaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 26298447  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  26298448 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 26298547  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298548 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 26298608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 26311405 - 26311865
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  26311405 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaactg 26311504  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26311505 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 26311604  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311605 ccacaaaacctttcggttgctccatgtagattgtctctttaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 26311704  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  26311705 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 26311804  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311805 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 26311865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 33036254 - 33035794
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  33036254 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 33036155  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  33036154 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttggacttgtcct 33036055  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036054 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 33035955  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  33035954 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagcc 33035855  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035854 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 33035794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 10687585 - 10687125
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  10687585 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 10687486  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  10687485 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 10687386  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687385 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 10687286  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  10687285 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 10687186  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  10687185 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 10687125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 18868991 - 18868531
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  18868991 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccccttctcacaaaaccg 18868892  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  18868891 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacctatacaaagatttcttcaaaagacacaccttggacttgtcct 18868792  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868791 ccacagaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 18868692  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  18868691 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagcc 18868592  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  18868591 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 18868531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 35742155 - 35742615
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  35742155 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaataactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaactg 35742254  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  35742255 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 35742354  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742355 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 35742454  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  35742455 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 35742554  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  35742555 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccagaatgccatcctttttcttgaaga 35742615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 4814058 - 4814470
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  4814058 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 4814157  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  4814158 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 4814257  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  4814258 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 4814357  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  4814358 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 4814457  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  4814458 ttgccttatacct 4814470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 27 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 28331244 - 28330793
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  28331244 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 28331145  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  28331144 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 28331045  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    ||||||| |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    || |||    
T  28331044 accttctagttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattatacatgttaaca 28330945  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  28330944 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttcgctacaagtc 28330845  T
Q  426 ttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaa 477  Q
    |||| || ||||| ||  |||| || || || |||||||| || ||||||||    
T  28330844 ttgccttataccttggtgcttcgacccctggtataccttctttcttcttgaa 28330793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 16754092 - 16754504
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||   |||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  16754092 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactgtcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 16754191  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  16754192 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 16754291  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  16754292 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 16754391  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| || ||||| ||||||||||    
T  16754392 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaagccctttgctacaagtc 16754491  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  16754492 ttgccttatacct 16754504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 25683256 - 25682844
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  25683256 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 25683157  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  25683156 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 25683057  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    ||||||| |||  | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||   |    || |||    
T  25683056 accttctagttattgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctagctcaagatcatacatgttaaca 25682957  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| | |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  25682956 atcgccataagtacctttatagaacaatgctttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 25682857  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  25682856 ttgccttatacct 25682844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 134 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 28894005 - 28893707
Alignment:
Q  134 tcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctg 233  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || | |||||||||||    
T  28894005 tcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctataaaaccttctg 28893906  T
Q  234 gttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccat 333  Q
    |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || || |||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||    
T  28893905 gttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcagtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccat 28893806  T
Q  334 aagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgcttt 432  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  28893805 aagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagttttgcttt 28893707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 224 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 21040581 - 21040376
Alignment:
Q  224 aaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattca 323  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| |||||  |||||||||   |    || |    
T  21040581 aaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttcttactcaagatcatacatgttaa 21040482  T
Q  324 caatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaag 423  Q
    ||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||  | ||| |||||||| ||||||||    
T  21040481 caatctccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccaactgagtaaaaccctttgctacaag 21040382  T
Q  424 tcttgc 429  Q
    ||||||    
T  21040381 tcttgc 21040376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 124 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 40827531 - 40827427
Alignment:
Q  124 caaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccaca 223  Q
    ||||| ||| |||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |   | ||||||||||| |||||||    
T  40827531 caaaataaactcatcaaactaacaataccatttcctagggctttgcttcaacctatagaaagatatcttcaaaatatgcaacttagacttgtcctccaca 40827432  T
Q  224 aaacc 228  Q
    |||||    
T  40827431 aaacc 40827427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 134 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 15947903 - 15947599
Alignment:
Q  134 tcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctg 233  Q
    ||||||||| || || |||| ||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||| || || |  || |  ||||||||||    
T  15947903 tcatcaaaccgaagaaaccactgccttggactttgcttcaacctatagaaagatttcttcaacatacatacctttgaattatcttctatgaaaccttctg 15947804  T
Q  234 gttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccat 333  Q
    |||| |||||  | ||  | ||||| |  || |||||||  || ||||| ||||||||||| | ||  |||| |||||   |    || ||||  |||||    
T  15947803 gttgttccatacatatattttcttccaactctccatgtagaaatgcggtattcacatccatctattttaacttaagatcatacatgttaacaaacgccat 15947704  T
Q  334 aagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttg 433  Q
    ||||||||||||  || ||||||| |||| |||||| ||||| |  ||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||| || ||||||||||| ||     
T  15947703 aagtatccttatacaagaatgttttaccatcggtgaaaagattttgttgtaatcgatcccttccacctgagtaaaacccttagccacaagtcttgcctta 15947604  T
Q  434 tacct 438  Q
    |||||    
T  15947603 tacct 15947599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 235 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 40827401 - 40827259
Alignment:
Q  235 ttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccata 334  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  |  ||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||| |  |||  ||||    
T  40827401 ttgctccatttagattgtctcttcaaaatatccatgtaaggacacaatcttcacatccatttattccaaatcaagattgtattcattgaatataaacata 40827302  T
Q  335 agtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatct 377  Q
    |||| ||||||  |||||||||| | ||| |||||||| ||||    
T  40827301 agtacccttattaaacaatgttttaacactggtgagaaaatct 40827259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 3791454 - 3791003
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3791454 catcaagatatcatccacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccg 3791355  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3791354 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttacttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 3791255  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3791254 ccaaaaaaccttccggttgctccatgtagattttctcttcaaggtcaccatgtaacaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 3791155  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  3791154 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtactcgatcccctccacttgagtgaaacccttgacc 3791055  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3791054 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccatcctttt 3791003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 18857342 - 18857802
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  18857342 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 18857441  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  18857442 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 18857541  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857542 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 18857641  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  18857642 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 18857741  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  18857742 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 18857802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 16627313 - 16626853
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |     
T  16627313 catcaagatatcatcaacatataaaagaagatagagaatgactctctcacccctctgcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcaaaaaatcg 16627214  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16627213 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgccttgggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 16627114  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    | |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16627113 ctacaaaaccttccagttgctccatgtagattgtcttttcaaggtcaccatgtaagaaaacggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 16627014  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  16627013 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccatcggtgagaagatctcattgtagtccatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 16626914  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626913 acaagtcttgctttgtacctaaaaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 16626853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 5144676 - 5145134
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
T  5144676 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcacccttcttcaacatgtacacacaagaatcttatccgcttctcacaaaaccg 5144775  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  5144776 ggcttcaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcccagggatttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacataccttagacttgtctt 5144875  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5144876 tcacaaaaccttccggttgctccatgta--ttgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcagtcttcacatccatttgttcaaactcaagattgaattg 5144973  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  5144974 attcacaataaccataagtatcgttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 5145073  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5145074 ataagtattgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatacctttctttttcttgaaga 5145134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 189 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 9227552 - 9227262
Alignment:
Q  189 tcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcac 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227552 tcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttctagttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcac 9227453  T
Q  289 atccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcg 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  9227452 atccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccactggtgaaaagatctcgttgtagtcg 9227353  T
Q  389 atcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  9227352 atcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 9227262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 134 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 15315558 - 15315254
Alignment:
Q  134 tcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctg 233  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||    || |  || || ||||||||||    
T  15315558 tcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttctattatcttctacgaaaccttctg 15315459  T
Q  234 gttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccat 333  Q
    |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||    
T  15315458 gttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccat 15315359  T
Q  334 aagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttg 433  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || | ||| |||||||| |||||||||||||| ||     
T  15315358 aagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtagtcaatcccttcaacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgcctta 15315259  T
Q  434 tacct 438  Q
    |||||    
T  15315258 tacct 15315254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 4568692 - 4568280
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| ||||||||||  |  |    
T  4568692 atatcatcaacataaaggagaaaatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagcattta 4568593  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| || || |  || |  || || ||    
T  4568592 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaa 4568493  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| |||||  | ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || |||    
T  4568492 accttctggttgttgcatatagatattttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 4568393  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  4568392 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttatcaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 4568293  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  4568292 ttgccttatacct 4568280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 9227653 - 9227542
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | | | |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  9227653 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttttccaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 9227554  T
Q  119 gtctccaaaaga 130  Q
    |||| |||||||    
T  9227553 gtcttcaaaaga 9227542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 16637510 - 16637098
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    ||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||  |||  ||| ||||| |||||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  16637510 atatcttctacataaaggagaaggaagagaatgactttctcattccttctcatcatgtacacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 16637411  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
     ||| || ||||||||| || ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||  ||    || |  || || ||    
T  16637410 caaggaactcatcaaacagacgataccactgccttggactttgattcaatccatacaaagatttcttcaacaaacataattttatattatcttctacgaa 16637311  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    ||||| |||||| | ||| ||||| ||  |||| |  || |||||||  || | |||||||||||| || ||||  ||||||||||   |    || |||    
T  16637310 accttttggttgttacatatagatagttacttccaaatctccatgtagaaatgtggtcttcacatctatctgttttaactcaagatcatacatgttaaca 16637211  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||| |    
T  16637210 atcgccataagtacccttattgaacaatgttttaccaccgctgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacatgagtaaaaccctttgctacaagcc 16637111  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  16637110 ttgccttatacct 16637098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 1307637 - 1308097
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  1307637 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgaatttctcactcttcttcaacatgtacacataagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 1307736  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1307737 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 1307836  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307837 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttgaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 1307936  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  1307937 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttaagtgaaacccttggcc 1308036  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1308037 acaagtcttgttttgtaccttggaccttcaacacccagaataccttcctttttcttgaaga 1308097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 16256835 - 16257295
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  16256835 catcaagatatcatcaacatataaaacaaggtagagaatgactttctcactcctcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 16256934  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    ||||  |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16256935 gtctttaaaagaaattcatcaaatcgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 16257034  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16257035 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 16257134  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  16257135 attcacaatagtcataagtatccttatggtacaatgtttcaccaccggtgaaaatatcttattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagcc 16257234  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16257235 acaagtcttgctttgtaccttggaccattaacacccggaatacgttcctttttcttgaaga 16257295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 32477106 - 32477566
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  32477106 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 32477205  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  32477206 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 32477305  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477306 ctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 32477405  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  32477406 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 32477505  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  32477506 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 32477566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 8513860 - 8514320
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||   | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  8513860 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcgttcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 8513959  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  8513960 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagtgctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 8514059  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514060 ctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 8514159  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  8514160 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 8514259  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  8514260 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 8514320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 22171629 - 22171169
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| | |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  22171629 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaataaatttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 22171530  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    ||||  |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  22171529 gtctttaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 22171430  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171429 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 22171330  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  22171329 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaaaatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 22171230  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  22171229 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 22171169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 2675541 - 2675081
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||     
T  2675541 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacgcaagagtcatatccgcttctcacaaaaccg 2675442  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  2675441 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgaccataccattgcctaaggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 2675342  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2675341 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagatcgaattg 2675242  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  2675241 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 2675142  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  2675141 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 2675081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 127 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 3326739 - 3326387
Alignment:
Q  127 aagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaa 226  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  || ||||||    
T  3326739 aagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacattccttagatttgtcttctacaaaa 3326640  T
Q  227 ccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaa 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3326639 ccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaa 3326540  T
Q  327 tagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtct 426  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  3326539 tagcgatatgtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtaagaagatctcattgtagtcgatcccctccatttgagtgaaacccttggccacaagtct 3326440  T
Q  427 tgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  3326439 tgctttgtaccttggaccttcaacaccctgaataccttcttttttcttgaaga 3326387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 27 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 54191857 - 54191406
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  54191857 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 54191758  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||  || |||||    
T  54191757 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaa 54191658  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || |||    
T  54191657 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 54191558  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  54191557 atcgccataagtacccttatagaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 54191458  T
Q  426 ttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaa 477  Q
    |||| || ||||| ||  |||| || ||||| |||||||| |||||||||||    
T  54191457 ttgccttataccttggtgcttcgacccccggtataccttcttttttcttgaa 54191406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 10095638 - 10096050
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  10095638 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 10095737  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  10095738 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaagatttcttgaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 10095837  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  10095838 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 10095937  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  10095938 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 10096037  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  10096038 ttgccttatacct 10096050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 47879721 - 47880133
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  47879721 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 47879820  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || |||||||||| | || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  47879821 ctaggaattcatcaatccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 47879920  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |   ||| |||    
T  47879921 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatatgttctaactcaagatcatacatattaaca 47880020  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||| || ||||  ||||| | ||| |||||| | ||||||||||    
T  47880021 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccatcggtgaaaagatttcattgtaatcaatccattccacctgagtaaaacccattgctacaagtc 47880120  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  47880121 ttgccttatacct 47880133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 10202524 - 10202936
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  10202524 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 10202623  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  10202624 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaatatttcttgaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 10202723  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  10202724 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 10202823  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  10202824 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 10202923  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  10202924 ttgccttatacct 10202936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 10900358 - 10899946
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | || ||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  10900358 atatcatctacataaagaagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacataactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 10900259  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  |  || ||    
T  10900258 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttatacgaa 10900159  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || |||    
T  10900158 accttctggttgctgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 10900059  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||| ||||||    
T  10900058 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctgcaagtc 10899959  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  10899958 ttgccttatacct 10899946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 10609605 - 10610017
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||  | |  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  10609605 atatcatccacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattctttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 10609704  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || |  ||||  || || ||    
T  10609705 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactaccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaaaacaaacttttgtattgtcttctacgaa 10609804  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||   |    || |||    
T  10609805 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccattcgttctaactcaagatcatacatgttaaca 10609904  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    ||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| ||| |||| ||||||||||    
T  10609905 attaccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaatcctttgctacaagtc 10610004  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  10610005 ttgccttatacct 10610017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 16460813 - 16460401
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||  |||  ||| ||||| | |||||   |||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  16460813 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatcactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactgtcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 16460714  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  16460713 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 16460614  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    ||||| |||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  16460613 accttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtattcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 16460514  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||| | ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  16460513 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcacttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 16460414  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  16460413 ttgccttatacct 16460401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 27 - 294
Target Start/End: Original strand, 22622957 - 22623225
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  22622957 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 22623056  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||  || |||||    
T  22623057 ctaggaactcatcaaaccgacgataccattgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaa 22623156  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccat 294  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || |||||||||||||||||    
T  22623157 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccat 22623225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 3326810 - 3326735
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaa 94  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  3326810 catcaagatatcatccacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccatcttcaacatgtacacacaagaa 3326735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 18410423 - 18410883
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  18410423 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcattcttctttaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaagccg 18410522  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  18410523 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcgt 18410622  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410623 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcaatcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 18410722  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  18410723 attcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 18410822  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410823 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 18410883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 24264644 - 24264184
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  24264644 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 24264545  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  24264544 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 24264445  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264444 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 24264345  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  24264344 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 24264245  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  24264244 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 24264184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 21985685 - 21986145
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  21985685 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtacacacaagaatcatacccgcttctcacaaaaccg 21985784  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| |||||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |    
T  21985785 gtcttcaaaagaaattcatgaaaccgacgatagcattgcctagggctttgcttcaaccgatacaaagatttctttaaaaaacataccttagacttgtctt 21985884  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
     || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21985885 tcaaaaaaccttctggtttctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 21985984  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  21985985 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 21986084  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  21986085 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacactcagaataccttcctttttcttgaaga 21986145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 21641456 - 21641916
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  21641456 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 21641555  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  21641556 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 21641655  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641656 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 21641755  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||     
T  21641756 attcacgatagtcataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttaaatgaaacccttagcc 21641855  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21641856 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacactcggaataccttcctttttcttgaaga 21641916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 16881693 - 16882153
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  16881693 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatacccgcttctcacaaaaccg 16881792  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  16881793 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 16881892  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881893 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 16881992  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  16881993 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 16882092  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  16882093 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 16882153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 9188466 - 9188006
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||     
T  9188466 catcaagatatcatcaacatataaaagaaggtagaaaataactttctcactcctcttcaacatgtacacacaagaatcatatctgcttctcacaaaaccg 9188367  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
     ||| |||||||||||||||||||| |  |||| |||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  9188366 atcttcaaaagaaattcatcaaacttacaatacaattgcctatgactttgtttcaatccatacaaagatttctttaaaagacataccttagacttgtcct 9188267  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9188266 ccacaaaaccttccgtttgctccatgtagattgtctcttcaagatcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 9188167  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  9188166 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcactaccagtgaaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 9188067  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9188066 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 9188006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 24273226 - 24272761
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaa-tgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| || | || ||| |||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  24273226 catcaagatatcatcaacatataaaagaagataaaaaaatgaatttctcattcctcttcaacatgtacacacaataatcatatccgcttctcataaaacc 24273127  T
Q  118 agtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttc 217  Q
     |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  24273126 ggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctaagactttacttcaacccatacaaagatttcttcaatagatataccttagacttgtcc 24273027  T
Q  218 tccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaac----tcaagattg 313  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||    
T  24273026 tccacaaaatcttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaagtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcgatcaagattg 24272927  T
Q  314 aattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaaccct 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  24272926 aattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccatttgagtgacaccct 24272827  T
Q  414 tggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    | || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24272826 tagccacaagtcttgctttgtaccttgaaccttcaacacccggaataccttcttttttcttgaaga 24272761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 108 - 432
Target Start/End: Original strand, 12404825 - 12405149
Alignment:
Q  108 ttacaaaaccagtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacatacctt 207  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12404825 ttacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggcttttcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacacctt 12404924  T
Q  208 agacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactca 307  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12404925 agacttgtcctccataaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactca 12405024  T
Q  308 agattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtga 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  12405025 agattgaattgattcacaatagccataactatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtctatcccctccacttgagtga 12405124  T
Q  408 aacccttggctacaagtcttgcttt 432  Q
    ||||||| || ||||||||||||||    
T  12405125 aaccctttgccacaagtcttgcttt 12405149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 134 - 477
Target Start/End: Original strand, 3321728 - 3322071
Alignment:
Q  134 tcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctg 233  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||  || |||||||||||||    
T  3321728 tcatcaaaccgacgataccattgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaaaccttctg 3321827  T
Q  234 gttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccat 333  Q
    |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||    
T  3321828 gttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccat 3321927  T
Q  334 aagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttg 433  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| ||     
T  3321928 aagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgcctta 3322027  T
Q  434 tacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaa 477  Q
    ||||| ||  |||| || || || |||||||| || ||||||||    
T  3322028 taccttggtgcttcgacccctggtataccttctttcttcttgaa 3322071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 7073400 - 7072988
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  7073400 atatcatctacataaagaagatgatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 7073301  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  7073300 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaatccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 7073201  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || |||    
T  7073200 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 7073101  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  7073100 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 7073001  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  7073000 ttgccttatacct 7072988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 25404006 - 25403594
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||| |||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  25404006 atatcatctacataaaggagaagatagataatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 25403907  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||| || || |  ||||  || || ||    
T  25403906 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacatggatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacgaa 25403807  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || | |    
T  25403806 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaata 25403707  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| ||| |||| ||||||||||    
T  25403706 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaatcctttgctacaagtc 25403607  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  25403606 ttgccttatacct 25403594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 25408763 - 25408351
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||| |||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  25408763 atatcatctacataaaggagaagatagataatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 25408664  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||| || || |  ||||  || || ||    
T  25408663 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgcctaggactttgcttcaacccatacatggatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacgaa 25408564  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || | |    
T  25408563 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaata 25408464  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  25408463 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccgatgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 25408364  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  25408363 ttgccttatacct 25408351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 20 - 117
Target Start/End: Original strand, 12398521 - 12398619
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacc 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12398521 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaacc 12398619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 161 - 381
Target Start/End: Original strand, 5071564 - 5071774
Alignment:
Q  161 gggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaa 260  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  ||      ||| ||||||||| |||||   | | |||||| ||    
T  5071564 gggctttgtttcaaccaatacaaatatttcttcaaaagacacatcttagacttgtcttc------accctctggttgcaccatg---agtctctcttaaa 5071654  T
Q  261 ggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcac 360  Q
    | |  |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||  ||||  || |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5071655 gctttccatgtaagaacatgatcttcacgtccatttgttccaactcg-gattatatcgattcacaatcgctataagtatccttatggaacaatgtttcac 5071753  T
Q  361 caccggtgagaagatctcatt 381  Q
    |||  ||| ||| ||||||||    
T  5071754 cacaagtgtgaaaatctcatt 5071774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 17630 - 17170
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  17630 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 17531  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  17530 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 17431  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17430 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 17331  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  17330 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 17231  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  17230 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 17170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 39486532 - 39486072
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39486532 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttcacaaacatcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaacca 39486433  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  39486432 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgatatcattgtctagggctttgcttcaacccatacaaagatatcttcaaaagacatatcttagacttgtcct 39486333  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39486332 ccacaaaaccttctggttactccatgtagattgtctcttcaaggtcaacatgtaagaaagcggtcttcacatccatttcttccaactcaagattgaattg 39486233  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  39486232 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagcc 39486133  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486132 acaagtcttgctttgtacctagtactttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 39486072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 479
Target Start/End: Original strand, 39484524 - 39484983
Alignment:
Q  21 atcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccag 119  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  39484524 atcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttctcacccatctccaacatgtacacacaagaatcatatctgcttctcacaaaaccgg 39484623  T
Q  120 tctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctc 219  Q
    ||| |||||||||||||| |||   | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  39484624 tcttcaaaagaaattcataaaaacaacgataccattgcctaaggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctc 39484723  T
Q  220 cacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattga 319  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39484724 tacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggttaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattgaattga 39484823  T
Q  320 ttcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggcta 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  39484824 ttcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggcca 39484923  T
Q  420 caagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484924 caagtcttgctttgtacctttgaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 39484983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 19346044 - 19346504
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  19346044 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 19346143  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  19346144 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagattttttcaaaagacacaccttagacttgtcct 19346243  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346244 ccacaaaaccttccggttgttccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatataagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 19346343  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |     
T  19346344 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgaccccctccacttgagtgaaaccctttacc 19346443  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  19346444 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 19346504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 31057725 - 31058184
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  31057725 catcaagatatcatccacatataaaagaaggtagagaatgactttc-cacccctcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 31057823  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31057824 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccatttcctagggttttgcttcaactcatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcct 31057923  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31057924 ccacaaaaccttccaattgctccatgtagattgtctcttcatggtcagcatgtaagaaatcagtcttcacatccatttgttccaacttaagattgaattg 31058023  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||     
T  31058024 attcacaatggtcataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccgatgagaagatctgattgtagtggatcccctccacttgagtgaaacccttggcc 31058123  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31058124 acaagtcttgctttctacctacgaccttcaacacccgaaataccttcctttttcttgaaga 31058184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 41 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 31134883 - 31134510
Alignment:
Q  41 tagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctccaaaagaaattcatca 139  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || |||| || |||| |||| || ||||||| |  |||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||    
T  31134883 tagaagaaggtagagaatgactttttcatccttctttaatatgtacacataaaaatcatacctacttcttacaacaccggtcttcaaaagaaactcatca 31134784  T
Q  140 aactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgct 239  Q
    ||||||||| || |||| || || ||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||||||||  ||| ||    
T  31134783 aactgatga-actattgtcttggactttgtttcaacacatacaacaatttcttcaaaagacacatcttggacttgtcctccataaaaccttccagtttct 31134685  T
Q  240 ccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtat 339  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| || |||||  | ||||||||||||| | |||||||   |||| |||||||     
T  31134684 ccatatagatcgtctcttcaatgtcaccatataagaaggcggtcttcatatacattttcttcaactcaagattgtaatgattcatggtagctataagtaa 31134585  T
Q  340 ccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaaccctt 414  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||| |||||| ||||| || |||  ||||||||||||    
T  31134584 ccttatggaacaatgcttcaccacatgtgaaaagatctcatagtagtcaatcccttcaactagagtgaaaccctt 31134510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 27 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 39685596 - 39685145
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  39685596 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 39685497  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  39685496 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgctttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 39685397  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    || || |||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    || |||    
T  39685396 acgttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattatacatgttaaca 39685297  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  39685296 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttcgctacaagtc 39685197  T
Q  426 ttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaa 477  Q
    |||| || ||||| ||  |||| || || || |||||||| || ||||||||    
T  39685196 ttgccttataccttggtgcttcgacccctggtataccttctttcttcttgaa 39685145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 2739554 - 2739142
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  2739554 atatcatctacataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 2739455  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || |||||| || || ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||   | | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  2739454 ctaggaactcatcataccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttctattacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 2739355  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  2739354 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgtggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 2739255  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  2739254 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccagcggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttagctacaagtc 2739155  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  2739154 ttgccttatacct 2739142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 22714066 - 22714478
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||  |||  ||| ||||| | |||||   |||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  22714066 atatcatctacataaaggagaaggtagagaataactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactgtcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 22714165  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  22714166 ctaggaactcatcaaaccgacgataccaatgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 22714265  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    ||||| |||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  22714266 accttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtattcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 22714365  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||| | ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  22714366 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcacttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 22714465  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  22714466 ttgccttatacct 22714478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 20051594 - 20052005
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtc-acacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| |||||  ||||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  20051594 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtagacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 20051693  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||| | ||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| || || |  || |  || || ||    
T  20051694 ctaggaactcatcaaaccgacgatac-actgccttggactttgcttcaaccgatacaaagttttcttcaacaaacacactttggtattatcttctacgaa 20051792  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  20051793 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 20051892  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  20051893 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattataatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 20051992  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  20051993 ttgccttatacct 20052005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 278 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 17935181 - 17935021
Alignment:
Q  278 gcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatct 377  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  17935181 gcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagattt 17935082  T
Q  378 cattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacct 438  Q
    |||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  17935081 cattgtagtcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttatacct 17935021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17942170 - 17942004
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||  ||  |    
T  17942170 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccaaccttta 17942071  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttctt 192  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17942070 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttctt 17942004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 221 - 297
Target Start/End: Original strand, 27568379 - 27568455
Alignment:
Q  221 acaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttg 297  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||||| ||| ||||  || ||||||||||||||    
T  27568379 acaaaaccttcaggttgttccatatagattacttcttcaagttcaccatttaaaaaagttgttttcacatccatttg 27568455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 27446589 - 27447049
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  27446589 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 27446688  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||    
T  27446689 gtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcct 27446788  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446789 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 27446888  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  27446889 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 27446988  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  27446989 acaagtcttgctttgtaccttagaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 27447049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 33769805 - 33770265
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  33769805 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 33769904  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  33769905 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 33770004  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33770005 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 33770104  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||     
T  33770105 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgaccccctccacttgagtgaaaccctttgcc 33770204  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  33770205 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 33770265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28806043 - 28805583
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||     
T  28806043 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagagtcatatccgcttctcacaaaaccg 28805944  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||    
T  28805943 gtcttcaaaagaaactcgtcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacgcaccttagacttgtcct 28805844  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805843 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtattcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 28805744  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  28805743 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 28805644  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  28805643 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 28805583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 37559914 - 37559454
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  37559914 catcaagatgtcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcactcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 37559815  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  37559814 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacgccttagacttgtcct 37559715  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37559714 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaatta 37559615  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  37559614 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 37559515  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  37559514 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 37559454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 31400313 - 31399853
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  31400313 catcaagatatcatccacatatagaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 31400214  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  31400213 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 31400114  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31400113 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagatcgaattg 31400014  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||     
T  31400013 attcactatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctacacttgagtgaaaccctttgcc 31399914  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  31399913 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 31399853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 43593887 - 43594347
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  43593887 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcacttttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 43593986  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||    
T  43593987 gtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcgtagggctttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcct 43594086  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594087 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 43594186  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  43594187 attcacaatagtcataaatatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 43594286  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  43594287 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 43594347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 43626681 - 43627141
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  43626681 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcacttttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 43626780  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||    
T  43626781 gtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcgtagggctttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcct 43626880  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626881 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 43626980  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  43626981 attcacaatagtcataaatatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 43627080  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  43627081 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 43627141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 85 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 24558839 - 24558445
Alignment:
Q  85 cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaa 184  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  24558839 cacacatgaatcatatccgcttctcacaaaatcgatcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaacccatataaa 24558740  T
Q  185 gatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtct 284  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  24558739 gatttattcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtaaccgtgtaagaaagcggtct 24558640  T
Q  285 tcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgta 384  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24558639 ttacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgta 24558540  T
Q  385 gtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24558539 gtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaactcccggaataccttcctttttcttgaaga 24558445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 85 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 24599871 - 24599477
Alignment:
Q  85 cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaa 184  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  24599871 cacacatgaatcatatccgcttctcacaaaatcgatcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaacccatataaa 24599772  T
Q  185 gatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtct 284  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  24599771 gatttattcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtaaccgtgtaagaaagcggtct 24599672  T
Q  285 tcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgta 384  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599671 ttacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgta 24599572  T
Q  385 gtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599571 gtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaactcccggaataccttcctttttcttgaaga 24599477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 20 - 370
Target Start/End: Original strand, 28833825 - 28834176
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |     
T  28833825 catcaagatatcatccacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaatcg 28833924  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |    
T  28833925 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgatatcattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagatataccttagacttgtcat 28834024  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  28834025 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatctatttgttccaaattaagattgaattg 28834124  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgag 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28834125 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgag 28834176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 366 - 479
Target Start/End: Original strand, 28835415 - 28835528
Alignment:
Q  366 gtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttc 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28835415 gtgagaagatctcattgtagtcgattcccttcacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccgaaataccttc 28835514  T
Q  466 ctttttcttgaaga 479  Q
    ||||||||||||||    
T  28835515 ctttttcttgaaga 28835528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 25451106 - 25450694
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  25451106 atatcatctagataaaggagaaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 25451007  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || | ||||||| || ||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  25451006 ctaggaactaatcaaaccgacgataccactaccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 25450907  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||  | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || |||    
T  25450906 accttctggttattgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaaca 25450807  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  25450806 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcgttgtaatcaatcccttccacctaagtaaaaccctttgctacaagtc 25450707  T
Q  426 ttgctttgtacct 438  Q
    |||| || |||||    
T  25450706 ttgccttatacct 25450694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 124 - 411
Target Start/End: Original strand, 31301203 - 31301490
Alignment:
Q  124 caaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccaca 223  Q
    |||||||| | |||| |||| | |||| |||||||| ||  |||| |||||  | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||| |    
T  31301203 caaaagaattacatctaactaacgatatcattgccttggattttgtttcaattcttacaatgatttcttcaaaagacacaccttagatttgtcttccata 31301302  T
Q  224 aaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattca 323  Q
    |||||||  |  ||||   |||||||||||| || ||||   ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |    
T  31301303 aaacctttcgaatgctttgtgtagattgtctttttaaggggtccatgtaagaatgcggcattcacatccatttgttccaactcaatattgtattgataaa 31301402  T
Q  324 caatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacc 411  Q
    | |||| | | |||||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  31301403 cgatagtcgtgagtatctttatggaacaatgtttttctaccggtgagaagatctcattttagttgatcccctcaacttgagtgaaacc 31301490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 165 - 313
Target Start/End: Original strand, 30102726 - 30102874
Alignment:
Q  165 tttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtc 264  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| |||| || | ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  30102726 tttgtttcaactcatacaaatatttcttcaaaagacccaccgtagatttatcctctacaaaaccttttggttgctctatgtaaattgtctcttcaaggtc 30102825  T
Q  265 accatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg 313  Q
     |||||||||||| | || | |  |||||||||||||||||||| ||||    
T  30102826 tccatgtaagaaaaccgtttacgtatccatttgttccaactcaaaattg 30102874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 284 - 411
Target Start/End: Original strand, 31333674 - 31333801
Alignment:
Q  284 ttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgt 383  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || | ||||||| || |||| | | |||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |    
T  31333674 ttcacatcaatttgttccaactcaatatcgtattgattaacgatagtcgtgagtatctttatggaacaatgtttttccaccggtgaaaagatctcatttt 31333773  T
Q  384 agtcgatcccctccactttagtgaaacc 411  Q
    ||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  31333774 agttgatcccctcaacttgagtgaaacc 31333801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 178 - 313
Target Start/End: Original strand, 28664136 - 28664275
Alignment:
Q  178 atacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaa---aacct-tctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaa 273  Q
    |||||| ||||| |||||| || ||||||||||||| | ||| ||||   || || ||||||||||||||||||||| | |||||||||| |  ||||      
T  28664136 atacaatgatttattcaaatgaaataccttagacttttcctctacaattaaatctctctggttgctccatgtagattttttcttcaaggtaaagatgttg 28664235  T
Q  274 gaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg 313  Q
    |||  || ||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  28664236 gaacacgctcttcacatccatgtgtttcaacttaagattg 28664275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 706 - 246
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  706 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 607  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |    
T  606 gtcttcaaaagaaactcgtcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtctt 507  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  506 ccacaaaaccttcaggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 407  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||     
T  406 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctctttgtagtcgatcccctccacttgggtgaaaccctttgcc 307  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  306 acaagtcttgctttataccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 14740892 - 14740433
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtcacaca-agaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||      
T  14740892 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgtctttctcactcttcttcaacatgt-acacacagaatcatatccgcttctcacaaaactg 14740794  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  14740793 gtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 14740694  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740693 ccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 14740594  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||     
T  14740593 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgcc 14740494  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  14740493 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 14740433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 33334397 - 33333937
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  33334397 catcaagatatcatccacatataaaagaagatagagaatgactttctcattcttcttcaacatgtacacacaagaatcatatccgcttctcacaaaaccg 33334298  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  33334297 gtcttcaaaagaaactcatcaaactgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccgtacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcct 33334198  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33334197 ccacaaaaccttccggttgttccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatctgttccaactcaagattgaattg 33334098  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |     
T  33334097 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttttcc 33333998  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  33333997 acaagtcttgctttgtaccttggaccttcaacacccggaatgccatcctttttcttgaaga 33333937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 193 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 24434460 - 24434175
Alignment:
Q  193 caaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatcc 292  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||| |||||| |||||| ||| |||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |    
T  24434460 caaaagacataccttagacttgtccaacacaaa-ccttcaggtttctccatatagattttcttttcaagatcaccgagtaagaaagcggtctttacatgc 24434362  T
Q  293 atttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcc 392  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||    
T  24434361 atttgttccaactcaaggttgaattgattcacaataaccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctcattgtagtaaatcc 24434262  T
Q  393 cctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| | |  |||||||||| ||||| |  ||||||| |||||||||||||||||    
T  24434261 cctccacttgagtgaaacccttggccataagtcttgttgttcacctaggaccctcaactcttggaatactttcctttttcttgaaga 24434175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 27 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 13882088 - 13881637
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtc-acacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||  |||  ||| |||||  ||||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  13882088 atatcatctacataaaggaggaggtagagaatgactttctcattccttctcatcatgtatacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 13881989  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  13881988 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 13881889  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  13881888 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 13881789  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  13881788 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 13881689  T
Q  426 ttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaa 477  Q
    |||| || ||||| ||  |||| || || || |||||||| || ||||||||    
T  13881688 ttgccttataccttggtgcttcgacccctggtataccttctttcttcttgaa 13881637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 27 - 477
Target Start/End: Original strand, 35202895 - 35203346
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgtca-cacaagaatcatatccgcttcttacaaaaccagtctcca 125  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||| ||||| | |||||  ||||||   |||||| |||||||||| ||  |    
T  35202895 atatcatctacataaaggagaagatagagaatgactttctcattccttctcatcatgtaaacacaactatcatagttgcttctcacaaaaccagccttta 35202994  T
Q  126 aaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaa 225  Q
      || || ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||  || |||||    
T  35202995 ctaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaa 35203094  T
Q  226 accttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcaca 325  Q
    |||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || |||    
T  35203095 accttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaaca 35203194  T
Q  326 atagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtc 425  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  35203195 atcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtc 35203294  T
Q  426 ttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaa 477  Q
    |||| || ||||| ||  |||| || || || |||||||| || ||||||||    
T  35203295 ttgccttataccttggtgcttcgacccctggtataccttctttcttcttgaa 35203346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 196
Target Start/End: Original strand, 24714559 - 24714730
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  24714559 catcaagatatcatacacatataaaagaaggtagagaatgactttctcacccttcttcaacatgtacatacaagaatcatagccgcttctcacaaaaccg 24714658  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaa 196  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24714659 gtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacga------tgcctagggctttgcttcaatccatacaaagatttcttcaaa 24714730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 134 - 438
Target Start/End: Original strand, 17691792 - 17692096
Alignment:
Q  134 tcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctg 233  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  || |  || || ||||||||||    
T  17691792 tcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaataaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctg 17691891  T
Q  234 gttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccat 333  Q
    |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||    
T  17691892 gttgttgcatatagatggtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccat 17691991  T
Q  334 aagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttg 433  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| ||     
T  17691992 aagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgcctta 17692091  T
Q  434 tacct 438  Q
    |||||    
T  17692092 tacct 17692096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 134 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 25944910 - 25944606
Alignment:
Q  134 tcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctg 233  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||| || || |  ||||  || |||||||||||||    
T  25944910 tcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaaaatttcttaaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctg 25944811  T
Q  234 gttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg-aattgattcacaatagcca 332  Q
    |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   || || || ||||| ||||    
T  25944810 gttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatatgttctaactcaagatcataaatg-ttaacaatcgcca 25944712  T
Q  333 taagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgcttt 432  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||| ||    
T  25944711 taagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacttgagtaaaaccctttgctagaagtcttgcctt 25944612  T
Q  433 gtacct 438  Q
     |||||    
T  25944611 atacct 25944606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 138 - 438
Target Start/End: Original strand, 22347917 - 22348219
Alignment:
Q  138 caaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttg 237  Q
    ||||| || ||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| || || |  || |  || || ||||||||||||||    
T  22347917 caaaccgacgatacctctgccttggactttgcttcaacccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctggttg 22348016  T
Q  238 ctccatgta--gattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataa 335  Q
     | ||| ||  ||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| | |||||    
T  22348017 ttgcatatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgtcataa 22348116  T
Q  336 gtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgta 435  Q
    ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||| | | ||| | ||| |||||||| |||||||||| ||| || ||    
T  22348117 gtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcacttacacctaagtaaaaccctttgctacaagtcatgccttata 22348216  T
Q  436 cct 438  Q
    |||    
T  22348217 cct 22348219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 68
Target Start/End: Original strand, 22345832 - 22345873
Alignment:
Q  27 atatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctca 68  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  22345832 atatcatctacatataggagaagatagagaatgactttctca 22345873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 20 - 479
Target Start/End: Original strand, 33806 - 34265
Alignment:
Q  20 catcaagatatcatcaacatatagaagaaggtagagaatgactttctcacccctcttcaacatgt-cacacaagaatcatatccgcttcttacaaaacca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||| || | || |||| ||||| | |||||||||||||||   |||||| | |||||      
T  33806 catcaagatatcatctacatataaaagaagttatagaatgacttcctaagccttctttaacatatacacacaagaatcatacatgcttctaa-aaaactg 33904  T
Q  119 gtctccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttct 218  Q
     ||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||    
T  33905 atcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccatttcctaggactttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcct 34004  T
Q  219 ccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattg 318  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34005 ccccaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaagggtaccatgtaagaaagcagtctttacatccatttgttccaactcaagattgaattg 34104  T
Q  319 attcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggct 418  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| |||||||||||     
T  34105 attcacaatatccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattatactcgatcccctccacctaagttaaacccttggcc 34204  T
Q  419 acaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttcctttttcttgaaga 479  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  34205 acaagtcttgttttgtacctaggaccttcaactcctagaataccttcctttttcttgaaga 34265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 180; Significance: 5e-97; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 272 - 479
Target Start/End: Original strand, 7683 - 7890
Alignment:
Q  272 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaga 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  7683 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaataatgtttcaccactggtgaga 7782  T
Q  372 agatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtcttgctttgtacctaggaccttcaacacccggaataccttccttttt 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7783 agatctcattgtagtcgatcccctccacttgattgaaacccttggccacaagtcttgctttgtatcttggaccttcaacacccggaataccttccttttt 7882  T
Q  472 cttgaaga 479  Q
    ||||||||    
T  7883 cttgaaga 7890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 322 - 359
Target Start/End: Original strand, 7641 - 7678
Alignment:
Q  322 cacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttca 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7641 cacaatagccataagtatccttatggaataatgtttca 7678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 221 - 438
Target Start/End: Original strand, 170 - 387
Alignment:
Q  221 acaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgat 320  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |   ||    
T  170 acaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatat 269  T
Q  321 tcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctac 420  Q
    | ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| | ||| ||||||||  ||||    
T  270 taacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaaaatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttactac 369  T
Q  421 aagtcttgctttgtacct 438  Q
    |||||||||||| |||||    
T  370 aagtcttgctttatacct 387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0559 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0559
Description:

Target: scaffold0559; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 235 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 4977 - 4835
Alignment:
Q  235 ttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccata 334  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  |  ||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||| |  |||  ||||    
T  4977 ttgctccatttagattgtctcttcaaaatatccatgtaaggacacaatcttcacatccatttattccaaatcaagattgtattcattgaatataaacata 4878  T
Q  335 agtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatct 377  Q
    |||| ||||||  |||||||||| | ||| |||||||| ||||    
T  4877 agtacccttattaaacaatgttttaacactggtgagaaaatct 4835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University