View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10829A_low_71 (Length: 396)

Name: NF10829A_low_71
Description: NF10829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10829A_low_71
NF10829A_low_71
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-391)||(36314413-36314806)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (1-343)||(19345131-19345458)
chr8 (11-343)||(19503885-19504202)
chr8 (1-317)||(19390545-19390864)
chr8 (1-346)||(19410742-19411072)
chr8 (1-346)||(19457761-19458091)
chr8 (1-346)||(19522987-19523317)
chr8 (1-343)||(19592092-19592416)
chr8 (1-346)||(19469355-19469682)
chr8 (1-346)||(19540279-19540606)
chr8 (13-168)||(19337427-19337582)
chr8 (1-137)||(19468610-19468746)
chr8 (1-137)||(19555531-19555667)
chr8 (11-168)||(19355445-19355602)
chr8 (231-343)||(19337681-19337793)
chr8 (244-343)||(19355714-19355813)
chr8 (220-343)||(19468410-19468533)
chr8 (220-343)||(19555331-19555454)
chr8 (220-325)||(19404923-19405028)
chr8 (226-323)||(19376801-19376898)
chr8 (8-125)||(19172846-19172963)
chr8 (1-128)||(19376579-19376706)
chr8 (8-125)||(19287683-19287800)
chr8 (13-137)||(19404722-19404846)
chr8 (13-125)||(19370934-19371046)
chr8 (235-317)||(19172660-19172742)
chr8 (232-330)||(19287901-19287999)
chr8 (13-125)||(19341154-19341266)
chr8 (254-301)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (220-316)||(19543241-19543337)
chr6 (1-128)||(19543028-19543155)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 36314806 - 36314413
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36314806 atcaaaaaacgcgggaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccagtgaatgttcaacatatgtatcagtaca 36314707  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314706 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatatgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 36314607  T
Q  201 tgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314606 tgttgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 36314507  T
Q  301 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacacc---aagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314506 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 36314413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 19345131 - 19345458
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  19345131 atcaagaaaagcggcatagcgtattggaaaagcggaaaacttaatagcaatggaatattcgagaacattcccacgaaagttcaacgtatatatcagtaca 19345230  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||| || | ||||  |   ||    
T  19345231 ttattgtctctaacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaacgggaggttagta---gg 19345327  T
Q  201 tgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 300  Q
    | ||||            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19345328 tcatga------------tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgt 19345415  T
Q  301 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 343  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19345416 agggaaaatggtgaggtttttcagaaaatggtgggaacaccaa 19345458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 11 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 19504202 - 19503885
Alignment:
Q  11 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 110  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  19504202 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggaatattcgagaacattcccacaaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctc 19504103  T
Q  111 taacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||| | ||||  |   ||| ||||        
T  19504102 taacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaaggggaggttagta---ggtcatga---- 19504010  T
Q  211 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 310  Q
            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||    
T  19504009 --------tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatg 19503918  T
Q  311 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 343  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  19503917 gtgaggtttttcagaaaattgcgggaacaccaa 19503885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 19390545 - 19390864
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  19390545 atcaagaaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggtttattcgagaacattccggtgaatgttcaacgtatatatcaataca 19390644  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    |  |||||||||| | ||||| |||||     
T  19390645 ttattgtctctaacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaaagatgggaagtttatacgatggttcattacctcgaaggggaggttaataagtgc 19390744  T
Q  201 tgatga---agacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaact 297  Q
    ||||||   ||| | |  ||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19390745 tgatgagggagagatttatagtgcagacattgctaatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaact 19390844  T
Q  298 tgtagggaacctggtgaggt 317  Q
    || ||||| ||| |||||||    
T  19390845 tgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 19410742 - 19411072
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||    
T  19410742 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtaca 19410841  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||    
T  19410842 ttattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---gg 19410938  T
Q  201 tgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 300  Q
    ||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19410939 tgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgc 19411026  T
Q  301 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 346  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19411027 agggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19411072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 19457761 - 19458091
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||    
T  19457761 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtaca 19457860  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||    
T  19457861 ttattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---gg 19457957  T
Q  201 tgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 300  Q
    ||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19457958 tgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgc 19458045  T
Q  301 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 346  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19458046 agggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 19523317 - 19522987
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||    
T  19523317 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtaca 19523218  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||    
T  19523217 ttattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---gg 19523121  T
Q  201 tgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 300  Q
    ||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19523120 tgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgc 19523033  T
Q  301 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 346  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19523032 agggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 19592092 - 19592416
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||    
T  19592092 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtaca 19592191  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||    
T  19592192 ttattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---gg 19592288  T
Q  201 tgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 300  Q
    ||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  19592289 tgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgc 19592373  T
Q  301 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19592374 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggcgggaacaccaa 19592416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 19469682 - 19469355
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||    
T  19469682 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtaca 19469583  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||    
T  19469582 ttattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---gg 19469486  T
Q  201 tgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 300  Q
    ||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  19469485 tgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgc 19469401  T
Q  301 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 346  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19469400 agggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19469355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 19540606 - 19540279
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||    
T  19540606 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtaca 19540507  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtgg 200  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||    
T  19540506 ttattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---gg 19540410  T
Q  201 tgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgt 300  Q
    ||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  19540409 tgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgc 19540325  T
Q  301 agggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 346  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19540324 agggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19540279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 168
Target Start/End: Original strand, 19337427 - 19337582
Alignment:
Q  13 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||    
T  19337427 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaactcaaaagcaatggaatgttcgagaacattcctgcgaaagttcaacgtatataccagtacattattgtgtcta 19337526  T
Q  113 acaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgg 168  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  19337527 acaaggatgaagattcttttgcttttgaagttaaagatgggaaatttatacgatgg 19337582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 19468746 - 19468610
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  19468746 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtaca 19468647  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 137  Q
    ||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19468646 ttattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19468610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 19555667 - 19555531
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  19555667 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtaca 19555568  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 137  Q
    ||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19555567 ttattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19555531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 11 - 168
Target Start/End: Original strand, 19355445 - 19355602
Alignment:
Q  11 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 110  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||| |||||||||||| ||    
T  19355445 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttagaagtaatggaatattcgagaacattccagcgaaagttcaaagtatatatcggtacattattgtgtc 19355544  T
Q  111 taacaagaatgaagattctttcgcttttgacgttaaagatgggaagtttatacgatgg 168  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19355545 taacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaatgatgggaattttatacgatgg 19355602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 231 - 343
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337793
Alignment:
Q  231 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 330  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  331 gtgggaacaccaa 343  Q
    ||||||| |||||    
T  19337781 gtgggaagaccaa 19337793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 244 - 343
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355813
Alignment:
Q  244 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 343  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 220 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  220 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 319  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  320 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 343  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 220 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555331
Alignment:
Q  220 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 319  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  320 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 343  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19555331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 220 - 325
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405028
Alignment:
Q  220 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 319  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  320 ttcaga 325  Q
    ||||||    
T  19405023 ttcaga 19405028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 226 - 323
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19376898
Alignment:
Q  226 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttca 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttca 19376898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 19172963 - 19172846
Alignment:
Q  8 aacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  19172963 aacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaacagcaatggattattcaagaacattctagtgaaagttcaacatgtgtatcaatacattattgt 19172864  T
Q  108 ttctaacaagaatgaaga 125  Q
     ||||||||| |||||||    
T  19172863 ctctaacaaggatgaaga 19172846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 19376579 - 19376706
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||||    
T  19376579 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaatatgtatcggtaca 19376678  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattc 128  Q
    | ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19376679 tcattgtctctaacaaggatgaagattc 19376706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 8 - 125
Target Start/End: Original strand, 19287683 - 19287800
Alignment:
Q  8 aacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  19287683 aacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacgtagacgcaatggtttattcgagaacattccagtgaaagttcaacgtgtgtatcaatacattattgt 19287782  T
Q  108 ttctaacaagaatgaaga 125  Q
     ||||||||| |||||||    
T  19287783 ctctaacaaggatgaaga 19287800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 137
Target Start/End: Original strand, 19404722 - 19404846
Alignment:
Q  13 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||    |||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||    
T  19404722 ggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcgatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaactatgtatcaatacactattgtctcta 19404821  T
Q  113 acaagaatgaagattctttcgcttt 137  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||    
T  19404822 acaaggatgaagattctttcacttt 19404846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 13 - 125
Target Start/End: Original strand, 19370934 - 19371046
Alignment:
Q  13 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19370934 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttagaagcaatggattattcgagaacattccagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19371033  T
Q  113 acaagaatgaaga 125  Q
    ||||  |||||||    
T  19371034 acaaagatgaaga 19371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 235 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  235 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 317  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 232 - 330
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  232 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 330  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 125
Target Start/End: Original strand, 19341154 - 19341266
Alignment:
Q  13 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19341154 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttggaagcaatggattattcgagaacattctagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19341253  T
Q  113 acaagaatgaaga 125  Q
    ||||  |||||||    
T  19341254 acaaagatgaaga 19341266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 254 - 301
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  254 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 301  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 220 - 316
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  220 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 316  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 19543028 - 19543155
Alignment:
Q  1 atcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtaca 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  | |||| |||||| ||   ||||||||||| | ||||| | ||||    
T  19543028 atcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttagaagaaatgggttattcgtgaacataccggcgaatgttcaacgtgtgtatgaataca 19543127  T
Q  101 ttattgtttctaacaagaatgaagattc 128  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  19543128 ttattgtttctaagaaagatgaagattc 19543155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University