View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10838_low_36 (Length: 241)

Name: NF10838_low_36
Description: NF10838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10838_low_36
NF10838_low_36
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-223)||(13086093-13086315)
chr1 (1-223)||(13271572-13271794)
chr1 (1-221)||(13080851-13081071)
chr1 (1-215)||(13244513-13244727)
chr1 (1-222)||(19279153-19279374)
chr1 (1-223)||(12963859-12964081)
chr1 (2-200)||(30368115-30368313)
chr1 (1-223)||(13204445-13204667)
chr1 (8-223)||(13094392-13094607)
chr1 (1-223)||(13070160-13070382)
chr1 (1-223)||(13007186-13007408)
chr1 (2-209)||(13065211-13065418)
chr1 (8-197)||(13129821-13130010)
chr1 (7-223)||(13100992-13101208)
chr1 (16-201)||(13161522-13161707)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 13086093 - 13086315
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086093 acctgcattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 13086192  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086193 catatttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 13086292  T
Q  201 acttgtgctgaaatggtacagga 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  13086293 acttgtgctgaaatggtacagga 13086315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 13271572 - 13271794
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||   ||||    
T  13271572 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcaccaccc 13271671  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    ||||  |||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||   |||||  | ||||||||||||||||||||  || | |||||    
T  13271672 catacatgttccattcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagaattaactgcac 13271771  T
Q  201 acttgtgctgaaatggtacagga 223  Q
    ||||||| | |||||||| ||||    
T  13271772 acttgtgatcaaatggtatagga 13271794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 13081071 - 13080851
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||  |||    
T  13081071 acctgcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctccc 13080972  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||||| ||||    
T  13080971 catatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggaagtttatccgatttgatagcac 13080872  T
Q  201 acttgtgctgaaatggtacag 221  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  13080871 acttgtgctgaaatgctacag 13080851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 13244727 - 13244513
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||   |||| || ||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |  |||    
T  13244727 acctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctccc 13244628  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||   |||||  |||||||||||||||||||||| |||||| || |    
T  13244627 catatttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatgttctccactaggtagtatatcagatttgatagcgc 13244528  T
Q  201 acttgtgctgaaatg 215  Q
    |||||||||||||||    
T  13244527 acttgtgctgaaatg 13244513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 19279374 - 19279153
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||  |||||| | || ||| | ||||    
T  19279374 acctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcaccc 19279275  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| |  || | |||||    
T  19279274 catatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttagactaacatggtctccactaggtagtatatcggaattaactgcac 19279175  T
Q  201 acttgtgctgaaatggtacagg 222  Q
    ||||||| | ||||||||||||    
T  19279174 acttgtgttcaaatggtacagg 19279153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 12964081 - 12963859
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||| | |||| ||| |||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |  |||    
T  12964081 acctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccc 12963982  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||||| |||||| | ||| |||||||    
T  12963981 catatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtaatatatctgatttaattgcac 12963882  T
Q  201 acttgtgctgaaatggtacagga 223  Q
    ||||||| | |||||||| ||||    
T  12963881 acttgtgttcaaatggtatagga 12963859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30368313 - 30368115
Alignment:
Q  2 cctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttacccc 101  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | || ||| |  ||||    
T  30368313 cctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctcccc 30368214  T
Q  102 atatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30368213 atattttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacattctctccactaggtagtatatcagatttgattgcac 30368115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 13204445 - 13204667
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  |||    
T  13204445 acctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccc 13204544  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    |||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |||| | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  13204545 catatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcac 13204644  T
Q  201 acttgtgctgaaatggtacagga 223  Q
    |  | |||| ||| |||||||||    
T  13204645 atatatgctcaaaaggtacagga 13204667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 223
Target Start/End: Original strand, 13094392 - 13094607
Alignment:
Q  8 ttgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatattt 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||    
T  13094392 ttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattt 13094491  T
Q  108 gtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtg 207  Q
    ||| |||||||||||| | ||| | |||||| |||||  | ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||    
T  13094492 gttccatccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgcacagatatg 13094591  T
Q  208 ctgaaatggtacagga 223  Q
    || ||| |||||||||    
T  13094592 ctcaaaaggtacagga 13094607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 13070382 - 13070160
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  |||    
T  13070382 acctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccc 13070283  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    |||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |||| | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  13070282 catatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcac 13070183  T
Q  201 acttgtgctgaaatggtacagga 223  Q
    |  | |||| ||| |||||||||    
T  13070182 atatatgctcaaaaggtacagga 13070160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 13007186 - 13007408
Alignment:
Q  1 acctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccc 100  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  |||    
T  13007186 acctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccc 13007285  T
Q  101 catatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcac 200  Q
    |||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |||| | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  13007286 catatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggaattgattgcac 13007385  T
Q  201 acttgtgctgaaatggtacagga 223  Q
    |  | |||| ||| |||||||||    
T  13007386 agatatgctcaaaaggtacagga 13007408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 2 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 13065418 - 13065211
Alignment:
Q  2 cctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttacccc 101  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  | | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||    
T  13065418 cctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctcccc 13065319  T
Q  102 atatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcaca 201  Q
    ||||||  | |||||||||||||| ||| | | |||||| || | | ||||||||  | ||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  13065318 atattttctccatccttcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccactaggaagtatatcagctttgattgcaaa 13065219  T
Q  202 cttgtgct 209  Q
    ||| ||||    
T  13065218 cttttgct 13065211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 8 - 197
Target Start/End: Original strand, 13129821 - 13130010
Alignment:
Q  8 ttgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatattt 107  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||    
T  13129821 ttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattt 13129920  T
Q  108 gtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattg 197  Q
    ||| |||||||||||| | ||| | |||||| || ||  | ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13129921 gttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggactaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattg 13130010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Original strand, 13100992 - 13101208
Alignment:
Q  7 attgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatt 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  |||||||||    
T  13100992 attgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatt 13101091  T
Q  107 tgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgt 206  Q
    |||| |||||||||||| || || | |||||| | |||| | ||||||||  ||| |   ||||||||||| |||||||| | |||||||| |||  | |    
T  13101092 tgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaacgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaacatatat 13101191  T
Q  207 gctgaaatggtacagga 223  Q
    ||| ||| |||||||||    
T  13101192 gctcaaaaggtacagga 13101208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 201
Target Start/End: Original strand, 13161522 - 13161707
Alignment:
Q  16 tatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatc 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||| ||||| ||||    
T  13161522 tatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatc 13161621  T
Q  116 cttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcaca 201  Q
    || ||||| | ||| |||||||| |||||  | ||||||||  ||| |   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13161622 ctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggactaatacgttctccactaggtagtatatcggatttgattgcaca 13161707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University