View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10845_low_8 (Length: 250)

Name: NF10845_low_8
Description: NF10845
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10845_low_8
NF10845_low_8
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-238)||(30719885-30720137)
chr4 (1-238)||(30892305-30892557)
chr4 (1-238)||(30881222-30881474)
chr4 (1-144)||(44731321-44731464)
chr4 (1-147)||(16867708-16867854)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-147)||(8898943-8899089)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-147)||(31727101-31727247)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 154; Significance: 9e-82; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 30719885 - 30720137
Alignment:
Q  1 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30719885 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggatt 30719984  T
Q  101 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa-------------------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacat 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||| |||||||||||||||||||||||       
T  30719985 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaaattaactagagtttaatgacaattcaatatttgatca--- 30720081  T
Q  182 gcatagtatgtaattgaatgcattacatgttagatagacacttaccacattgacctt 238  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  30720082 -catagtttgtaattgaatgcattacataatagatagacacttaccacattgacctt 30720137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30892557 - 30892305
Alignment:
Q  1 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30892557 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggatt 30892458  T
Q  101 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa-------------------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacat 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||| |||||||||||||||||||||||       
T  30892457 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaaattaactagagtttaatgacaattcaatatttgatca--- 30892361  T
Q  182 gcatagtatgtaattgaatgcattacatgttagatagacacttaccacattgacctt 238  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  30892360 -catagtttgtaattgaatgcattacataatagatagacacttaccacattgacctt 30892305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30881474 - 30881222
Alignment:
Q  1 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30881474 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggatt 30881375  T
Q  101 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa-------------------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacat 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||| || |||||||||||||||||||||||       
T  30881374 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaaattaactagaatttaatgacaattcaatatttgatca--- 30881278  T
Q  182 gcatagtatgtaattgaatgcattacatgttagatagacacttaccacattgacctt 238  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  30881277 -catagtttgtaattgaatgcattacataatagatagacacttaccacattgacctt 30881222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 44731321 - 44731464
Alignment:
Q  1 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||    
T  44731321 aagaccaccctcacaaccttggtccacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaactttccagtactcaacttagtaatt 44731420  T
Q  101 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctac 144  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44731421 ccttcggttgctgcaacagctgaaaatgcccaacaacatcctac 44731464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Original strand, 16867708 - 16867854
Alignment:
Q  1 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  16867708 aagaccaccctcacaaccttggtccacacctttcgtgtcacagtcaacgagttcttgttctgataaagagatcaactttccagtactcaacttatgaatt 16867807  T
Q  101 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa 147  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16867808 ccttcggttgctgcaacagcagaaaacgcccaacaacatcctacaaa 16867854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 5e-68; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 8899089 - 8898943
Alignment:
Q  1 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8899089 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttctgataaagagaccaactttccagtactcaacttatgaatt 8898990  T
Q  101 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa 147  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8898989 ccttcggttgctgcaacagcagaaaacgcccaacaacatcctacaaa 8898943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 31727247 - 31727101
Alignment:
Q  1 aagaccaccctcacaaccttggtctacaccttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||    
T  31727247 aagaccaccctcacaaccttggtcttcaccatttgtgtcacaatcaacaagttcttgttctgataaagagaccaaatttcctgtggtcaacttatgaatt 31727148  T
Q  101 ccttcggttgccgcaacagcagaaaatgcccaacaacatcctacaaa 147  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31727147 ccttcggttgatgcaaccgcagaaaacgcccaacaacatcctacaaa 31727101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University