View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10847_high_1 (Length: 364)

Name: NF10847_high_1
Description: NF10847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10847_high_1
NF10847_high_1
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (9-354)||(11170259-11170604)
chr6 (7-357)||(11209079-11209429)
chr6 (38-354)||(11275672-11275988)
chr6 (44-354)||(11155994-11156304)
chr6 (44-354)||(11196447-11196757)
chr6 (44-354)||(11160861-11161171)
chr6 (44-354)||(11241556-11241867)
chr6 (44-267)||(11199437-11199660)
chr6 (74-173)||(11315048-11315147)
chr6 (144-354)||(11199712-11199922)
chr6 (47-117)||(11132721-11132791)
[»] scaffold1207 (1 HSPs)
scaffold1207 (7-354)||(575-922)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 9 - 354
Target Start/End: Original strand, 11170259 - 11170604
Alignment:
Q  9 ttttgcataactccgtcccactgctctttttaattccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaac 108  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170259 ttttacataactccgtcccactacccttattaattccaaagaaatcaatcaaacgttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaac 11170358  T
Q  109 atcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaattt 208  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||    
T  11170359 atcatgaattttactcttcactatcccactatcttctatacacttttctacactctccatgcaccggtcaaaaagactcttactgagattgtcgaaaatt 11170458  T
Q  209 gcacgactaatcactgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtacatttagctctctcgc 308  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  11170459 ccacgactaatcactgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcgatgtcagtcttattattggatgaaagtgtacattttgctctctcgc 11170558  T
Q  309 aagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatctccactgatgtc 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11170559 aagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatctccactaatgtc 11170604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 7 - 357
Target Start/End: Original strand, 11209079 - 11209429
Alignment:
Q  7 gcttttgcataactccgtcccactgctctttttaattccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcaca 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11209079 gcttttacataactccgtcccactaccttttttaattccaaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagacccgccaacaagcaca 11209178  T
Q  107 acatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaat 206  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  11209179 acatcatgaatgttactcttcactatcccactatcttctatacacttttctacaatctccatgcactggtcaaaaagactcttgttgagatcgtcgaact 11209278  T
Q  207 ttgcacgactaatcactgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtacatttagctctctc 306  Q
    ||||||||||||||  |||  | ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||  | |||||   |||||| | | ||| ||||||||    
T  11209279 ttgcacgactaatcgttgacaaaaaatctttaccttcatttaaacaatctatctcaatgttagtcgcagtattgacagaaagtatcctttttgctctctc 11209378  T
Q  307 gcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatctccactgatgtccat 357  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  11209379 gcaagcagtcttcagcctcctaagggctcttggatttccactaatgtccat 11209429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 38 - 354
Target Start/End: Original strand, 11275672 - 11275988
Alignment:
Q  38 ttaattccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccac 137  Q
    |||||| | |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||    
T  11275672 ttaatttcaaagaaatcaaccaaaaggtcttgcacttttacaatcctggtagacccgccaacaagcacaacatcatgaatgttactcttgtttatcccac 11275771  T
Q  138 tatcttttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaatttgcacgactaatcactgaggagaaatcttc 237  Q
    |||||  |||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||      
T  11275772 tatctgctatacacttttctacaatttccatgcactggtaaaaaagactcttgttgagatcatcgaactttgcacgactaatcaacgaggagaaatctgt 11275871  T
Q  238 acctttatataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtacatttagctctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctctt 337  Q
    |||||  | |||||| ||||||||||||||||||| | |||||   |||||| | | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11275872 accttggtttaaacattctatctcaatggtagtctcactattgacagaaagtatcctttttactctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctctt 11275971  T
Q  338 ggatctccactgatgtc 354  Q
    ||||||||||| |||||    
T  11275972 ggatctccactaatgtc 11275988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 354
Target Start/End: Original strand, 11155994 - 11156304
Alignment:
Q  44 ccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatctt 143  Q
    |||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||      
T  11155994 ccgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctggtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaa 11156093  T
Q  144 ttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaatttgcacgactaatcactgaggagaaatcttcaccttt 243  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||  || ||  || ||||| |||| || || || |||||||||||||||  |||| ||||||||  |||||     
T  11156094 ttatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgttgagttcctcaaactttgcacgactaatcgatgagtagaaatctataccttg 11156193  T
Q  244 atataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtacatttagctctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatct 343  Q
    || |||||  ||||||| |||||| ||   | ||||||  |||||| | | ||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  11156194 atttaaactctctatctgaatggtggttgtaatattggaagaaagtatcctttttgctttctcgcaagcagacttcaacctcctaagggctcttggatct 11156293  T
Q  344 ccactgatgtc 354  Q
    ||||| |||||    
T  11156294 ccactaatgtc 11156304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 354
Target Start/End: Original strand, 11196447 - 11196757
Alignment:
Q  44 ccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatctt 143  Q
    |||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||      
T  11196447 ccgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctagtagagccgccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaa 11196546  T
Q  144 ttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaatttgcacgactaatcactgaggagaaatcttcaccttt 243  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||  || ||  || ||||| |||| || || || ||||| |||||||||  |||| ||||||||  |||||     
T  11196547 ttatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgttgagttcctcaaactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctataccttg 11196646  T
Q  244 atataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtacatttagctctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatct 343  Q
    || |||||   ||||||||||||| |||  | ||||||  |||||| | | ||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  11196647 atttaaactccctatctcaatggtggtcgtagtattggaagaaagtatcctttttgctttctcgcaagcagacttcaacctcctaagggctcttggatct 11196746  T
Q  344 ccactgatgtc 354  Q
    ||||| |||||    
T  11196747 ccactaatgtc 11196757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 354
Target Start/End: Original strand, 11160861 - 11161171
Alignment:
Q  44 ccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatctt 143  Q
    |||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||      
T  11160861 ccgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctagtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaa 11160960  T
Q  144 ttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaatttgcacgactaatcactgaggagaaatcttcaccttt 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||  || ||||| |||| || || || ||||| |||||||||  |||| ||||||||   ||||     
T  11160961 ttatacacttttctacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgttgagttcctcaaactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctattccttg 11161060  T
Q  244 atataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtacatttagctctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatct 343  Q
    || |||||  |||||||||||||| |||  | ||||||  |||||| | | ||| ||| ||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||    
T  11161061 atttaaactctctatctcaatggtggtcgtagtattggaagaaagtatcctttttgctttctcgcaagcagagttcaacctcctaagggctcttggatct 11161160  T
Q  344 ccactgatgtc 354  Q
    ||||| |||||    
T  11161161 ccactaatgtc 11161171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 44 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 11241867 - 11241556
Alignment:
Q  44 ccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatctt 143  Q
    |||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||      
T  11241867 ccgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctaatagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaa 11241768  T
Q  144 ttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaatttgcacgactaatcactgaggagaaatcttcaccttt 243  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||  || ||  || ||||| |||| || || || ||||| |||||||||  |||| ||||||||  |||||     
T  11241767 ttatacacttttccacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgttgagttcctcaaactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctataccttg 11241668  T
Q  244 atataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtac-atttagctctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatc 342  Q
    || |||||  |||||||||||||| |||  | ||||||   ||||| | |  ||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  11241667 atttaaactctctatctcaatggtggtcgtagtattggaataaagtatccttttttgctttctcgcaagcagacttcaacctcctaagggctcttggatc 11241568  T
Q  343 tccactgatgtc 354  Q
    || ||| |||||    
T  11241567 tctactaatgtc 11241556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 44 - 267
Target Start/End: Original strand, 11199437 - 11199660
Alignment:
Q  44 ccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatctt 143  Q
    |||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  | |||||||||||      
T  11199437 ccgaagaaatcactcaccatttgttgcacttttacaatcctagtagagccaccaacaaggacaacatcatgaatgctactcttgtccatcccactatcaa 11199536  T
Q  144 ttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaatttgcacgactaatcactgaggagaaatcttcaccttt 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||  || ||||| |||| || || || ||||| |||||||||  |||| ||||||||  |||||     
T  11199537 ttatacacttttctacaatctccatgcacttgtcgaagtgattcttgttgagttcctcaaactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctataccttg 11199636  T
Q  244 atataaacaatctatctcaatggt 267  Q
    || |||||  ||||||||||||||    
T  11199637 atttaaactctctatctcaatggt 11199660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 74 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 11315147 - 11315048
Alignment:
Q  74 tttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcact 173  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||| | || ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  11315147 tttacaatcctagtagagccgccaacaagcacaacatcatgaatgtcactcttgaccatcccactatcctctagacacttttctacaatcttcatgcact 11315048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 144 - 354
Target Start/End: Original strand, 11199712 - 11199922
Alignment:
Q  144 ttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaatttgcacgactaatcactgaggagaaatcttcaccttt 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||   | ||||| |||| || || || ||||| |||||||||  |||| ||||||||  |||||     
T  11199712 ttatacacttttctacaatctccatgcacttgtcgaagtcattcttgttgagttcctcaaactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctaaaccttg 11199811  T
Q  244 atataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtacatttagctctctcgcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatct 343  Q
    || |||||  |||||||||||||| |||  | ||||||  |||||| | | ||| ||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||    
T  11199812 atttaaactctctatctcaatggtggtcgtagtattggaagaaagtatcctttttgctttctcgcaagcagacttctacctcctaagggctcttggatct 11199911  T
Q  344 ccactgatgtc 354  Q
    ||||| |||||    
T  11199912 ccactaatgtc 11199922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 117
Target Start/End: Original strand, 11132721 - 11132791
Alignment:
Q  47 aagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcacaacatcatgaat 117  Q
    ||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  11132721 aagaaatcactcaatatttgttgtacttttacaatcctcgtagacccgccaacaaggacaacatcatgaat 11132791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 136; Significance: 7e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 354
Target Start/End: Original strand, 575 - 922
Alignment:
Q  7 gcttttgcataactccgtcccactgctctttttaattccgaagaaatcaatcaaaagttgttgcacttttacaatcctggtagagccgccaacaagcaca 106  Q
    |||||||||||||| ||||| |||   ||  |||||| | |||||||||| ||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  575 gcttttgcataacttcgtcctactatgctcattaatttcaaagaaatcaaccaaaaggccttgaacttttacaatccttgtagagccgccaacaaggaca 674  T
Q  107 acatcatgaatgttagtcttcactatcccactatcttttatacacttttctacactctccatgcactgctcaaaaagactcttgctgagatcgtcgaaat 206  Q
    |||||||||| |||| ||||   |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| || || |    
T  675 acatcatgaaagttactcttgtttatcccactatctgctatacagttttctacactctccatgcactggttaaaaagactcttgttgagatcatcaaact 774  T
Q  207 ttgcacgactaatcactgaggagaaatcttcacctttatataaacaatctatctcaatggtagtctgattattggttgaaagtgtacatttagctctctc 306  Q
    ||||||||||||||   |||||||||| |  |||||  | |||||| ||||||||||||||||||| | |||||   |||||| | | ||| | ||||||    
T  775 ttgcacgactaatcgacgaggagaaatttgtaccttggtttaaacactctatctcaatggtagtctaagtattgacagaaagtatcctttttgatctctc 874  T
Q  307 gcaagcagtcttcagcctcctaatggctcttggatctccactgatgtc 354  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  875 acaagcagtcttcagcctcctaacggctcttggatctccactaatgtc 922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University