View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1084_low_1 (Length: 1042)

Name: NF1084_low_1
Description: NF1084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1084_low_1
NF1084_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (93-1042)||(37137021-37137952)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 760; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 760; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 93 - 1042
Target Start/End: Original strand, 37137021 - 37137952
Alignment:
Q  93 tcatcagaggaaaaatatggagggtgaagaatatgaagatgaagaaggcattgttcctttggtgtcaaccatgaagaagaagaagagcattgatgagagt 192  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37137021 tcataagaggaaaaacatggagggtgaagaatacgaagatgaagaaggcattgttcctttggtgtcaaccatgaagaagaagaagagcattgatgagagt 37137120  T
Q  193 cagaagaaagattttagctcttctcaattgtcaacaggtaaaatcactcaactcttcttgcaatttgacatattcgattcctattagattatcacatgca 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37137121 cagaagaaagattttagctcttctcaattgtcaacaggtaaaatcactcaactcttcttgcaatttgacacattcgattcctattagattatcacatgca 37137220  T
Q  293 taataaaaactcaagttaatattgttgttatatagaattaacattgttacatgaatttcaactcacttattttatgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtt 392  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||    
T  37137221 taataaaaactcaagtcaatattgttgttatatagaattaacattgttacatgaatttcaactcacttattttatgt------------atatatatgtt 37137308  T
Q  393 gatgggatggttagatactaagaaattattttggtggtgagttggtgtctcattctatacatgtgacattatcatcaattctttgtgaatattcaataat 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37137309 gatgggatggttagatactaagaaattattttggtggtgagttggtgtctcattctatacatgtgacattatcatcaattctttgtgaatattcaataat 37137408  T
Q  493 catgaaaaccagaagagattacaagtgaatattttgaaaatgttgtgattcgtggttttaaattgtggtttgcaaccaaaattacatacaaatgatgaag 592  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37137409 catgaaaactagaagagattacaagtgaatattttgaaaatgttgtgattcgtggctttaaattgtggtttgcaaccataattacatacaaatgatgaag 37137508  T
Q  593 aattttgaggtctc-tacaacgacaaatataatagcaccgactatattttgcagcaatataaaaatgaatttaatttgtataccttgattttacacatgc 691  Q
    |||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  37137509 aattttgaggtctcttgcaacgaaaaatttaatagcaccgactatattttgctccaatataaaaatgaatttaatttgtataccctgattttaaacatgc 37137608  T
Q  692 atttaatcaaatcactttatagtttcacttttataattaattcctaaaatattgttacaaatatcttggtgtcgtgatttaattgaatgcatgtgtaaac 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  37137609 atttaatcaaatcactttatagttttacttttataattaattcctaaaatattgttacaaatatcttggtgtcgtgatttgattgaatgctggtgtaaac 37137708  T
Q  792 atgttgtgattgatacaagatgaatttttatattgtgattgaaaattaaaaatttatatttatgataatcaaacatatatttaagtttttgaacaatatt 891  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37137709 atgttgtgatcgatacaagatgaatttttatattgtgattg-------aaaatttatatttatgataatcaaacatatatttaagtttttgaacaatatt 37137801  T
Q  892 aggacttttcttttcatttaatttgatgagtgtatagatagtgttaaagaaaaagatgctcttgtacaatttctactcattgcattgcattcatatactc 991  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37137802 aggacttttcttttcatttaatttgatgactgtataaatagtgtcaaagaaaaagatgctcttgtacaatttctactcattgcattgcattcatatactc 37137901  T
Q  992 ttgtatgattcttgccatgacagtgcactaaagtcatatgaaacttgtaaa 1042  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37137902 ttgtatgattcttgccatgacagtgcactaaagtcatatgaaacttgtaaa 37137952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University