View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1084_low_5 (Length: 599)

Name: NF1084_low_5
Description: NF1084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1084_low_5
NF1084_low_5
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (36-413)||(38176957-38177334)
chr4 (78-409)||(5532525-5532856)
chr4 (102-395)||(5934651-5934944)
chr4 (183-412)||(37088724-37088938)
chr4 (132-395)||(5921191-5921454)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (39-413)||(11731813-11732187)
chr2 (519-599)||(41071460-41071540)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (39-394)||(45452394-45452749)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (36-412)||(53145970-53146346)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (90-394)||(34841606-34841910)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (87-400)||(40916254-40916567)
chr8 (39-395)||(45320262-45320618)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 38177334 - 38176957
Alignment:
Q  36 aatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatga 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38177334 aatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatga 38177235  T
Q  136 ttaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggc 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38177234 ttaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggc 38177135  T
Q  236 atccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattgg 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38177134 atccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattgg 38177035  T
Q  336 tacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccag 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38177034 tacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccag 38176957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 78 - 409
Target Start/End: Original strand, 5532525 - 5532856
Alignment:
Q  78 actgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtgga 177  Q
    ||||||||||| |||||  | || |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  5532525 actgcttcagccatgtttagaggcaagatgagcaccaaggaggttgatgaacaaatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatgga 5532624  T
Q  178 tacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgtt 277  Q
    | || ||||| || |||||||  || |||||||| || ||||| ||  | ||  |||| || || |||||||| || || ||||| ||||| || |||||    
T  5532625 ttccaaacaatgtgaagtctactgtctgtgatattcccccaacagggttgaaaatggcttcaacattcattggaaactccacatccattcaggaaatgtt 5532724  T
Q  278 caggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggcc 377  Q
    | | || || || ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||     
T  5532725 ccgtagggtgagtgagcagttcactgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacactggtgaaggcatggacgaaatggaattcactgaggct 5532824  T
Q  378 gagagtaacatgaatgatttggtggcagagta 409  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||||    
T  5532825 gagagcaacatgaatgatctggttgctgagta 5532856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 102 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 5934944 - 5934651
Alignment:
Q  102 aagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcg 201  Q
    ||||||||||| ||||| || || || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| || |  |    
T  5934944 aagatgagcacaaaggaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactg 5934845  T
Q  202 tgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcac 301  Q
    | |||||||| |||||||| ||  | ||| |||| || || ||||| || || ||||| || |||||||| |||||| | || || || |||||||| ||    
T  5934844 tttgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttac 5934745  T
Q  302 agctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgat 395  Q
     |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5934744 tgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgat 5934651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 183 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37088938 - 37088724
Alignment:
Q  183 aacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcagga 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || || |  ||         |||||||| ||||||||| | |||||  ||||||||| ||    
T  37088938 aacaacgtcaagtctagcgtgtgtgttataccaccaaagagtatttatatg---------ttcattggaaattcaacacccattca--agatgttcaaga 37088850  T
Q  283 gagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagag 382  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||    ||  | | ||||| |||||    
T  37088849 gagttagcgagaagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgtattggtacgctggtgagggaatggaagaa----agcaccccgaggctgagag 37088754  T
Q  383 taacatgaatgatttggtggcagagtacca 412  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37088753 taacatgaatgatttggtggctgagtacca 37088724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 132 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 5921454 - 5921191
Alignment:
Q  132 atgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagt 231  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||| || ||||| ||||| || |  || |||||||| |||||||| ||  | |||     
T  5921454 atgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaaga 5921355  T
Q  232 tggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgca 331  Q
    |||| || || ||||| || || ||||| || |||||||| |||||| | || || || |||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  5921354 tggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttactgctatgttcaggagaaaggctttcttgca 5921255  T
Q  332 ttggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgat 395  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5921254 ttggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgat 5921191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 39 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 11732187 - 11731813
Alignment:
Q  39 atgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgatta 138  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |    
T  11732187 atgatgtgtgctgctgatccacgccatggccgttatttgaccgcatcagcaatgttccgtggtaagatgagcacaaaggaagtagatgagcagatgatca 11732088  T
Q  139 atgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatc 238  Q
    |||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||    
T  11732087 atgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagggccttaagatggcatc 11731988  T
Q  239 cactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtac 338  Q
     |||||||| || |||||||| || || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11731987 aactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtac 11731888  T
Q  339 actggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccag 413  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || |||||||||    
T  11731887 actggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccag 11731813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 519 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 41071540 - 41071460
Alignment:
Q  519 gtgtgccaaatccatgaggtgagccccataaccagggagaca-gtgtaagcttgttatcaaagacaaatctattaaaatttc 599  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  41071540 gtgtgccaaatccatgaggtgggccccatcaccaggtagacatgtg-cagcttgtgatcaaagaaaaatctattaaaatttc 41071460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 39 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 45452749 - 45452394
Alignment:
Q  39 atgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgatta 138  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |    
T  45452749 atgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggttgatgagcagatgatca 45452650  T
Q  139 atgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatc 238  Q
    |||| |||||||| || || || ||||||||||||||||| |||||||| || || || |  || |||||||| || ||||| ||||||||  |||| ||    
T  45452649 atgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactgtctgtgatatccctccaactggtcttaaaatggcttc 45452550  T
Q  239 cactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtac 338  Q
     ||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||  |  | || |||||||||||||||||     
T  45452549 tacttttattggtaactccacatctattcaagaaatgtttaggagggtgagtgagcaattcacggctatgttccgcagaaaagctttcttgcattggtat 45452450  T
Q  339 actggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatga 394  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || || || |||||||||||    
T  45452449 actggagagggtatggatgagatggagtttactgaagcagaaagcaacatgaatga 45452394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 36 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 53146346 - 53145970
Alignment:
Q  36 aatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatga 135  Q
    ||||||||||| ||||| || || || || ||||| || || ||||| || ||||||||| | || |||||||||||||| ||||| || || || || |    
T  53146346 aatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatca 53146247  T
Q  136 ttaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggc 235  Q
    | ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| | |  | | ||| || |    
T  53146246 tcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtc 53146147  T
Q  236 atccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattgg 335  Q
     |||||||| ||||| || || || || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||  |||||||||| || |||||||||    
T  53146146 gtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgcattgg 53146047  T
Q  336 tacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtacca 412  Q
    || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  53146046 tatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtacca 53145970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 90 - 394
Target Start/End: Original strand, 34841606 - 34841910
Alignment:
Q  90 atgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacg 189  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  34841606 atgttcaggggtaagatgagcaccaaagaggtggatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatccccaacaatg 34841705  T
Q  190 tcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcag 289  Q
    | ||||| || || ||||| ||  | || |  |||||     |||| ||||| || || || || ||||| || ||||| || ||||| ||||| || ||    
T  34841706 ttaagtcaagtgtttgtgacattgctcctagaggtctctccatggcctccacctttatcggtaactcaacctcaattcaggaaatgtttaggagggtgag 34841805  T
Q  290 cgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatg 389  Q
    |||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||    
T  34841806 cgagcaatttaccgctatgtttaggaggaaggctttcttgcattggtacactggtgaaggcatggatgaaatggaattcacagaagcagagagcaacatg 34841905  T
Q  390 aatga 394  Q
    |||||    
T  34841906 aatga 34841910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 87 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 40916567 - 40916254
Alignment:
Q  87 gcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaaca 186  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || || || ||  | |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||    
T  40916567 gcaatgttccgtggcaaaatgagcacaaaagaagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaaca 40916468  T
Q  187 acgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagt 286  Q
    | || || || || || |||||||| || ||||| ||  |   | || | || || || || || ||||| |||||||||||||| ||||| ||  | ||    
T  40916467 atgtgaaatcaagtgtttgtgatattccgccaacagggttgtcgatgtcttcgacatttatggggaattcgacatctattcaagaaatgtttagacgtgt 40916368  T
Q  287 cagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaac 386  Q
        |||||||| || | |||||||| | | ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||     
T  40916367 ttcggagcagtttactgttatgtttaagagaaaggcatttttgcattggtatactgctgaaggaatggatgagatggagtttactgaggctgagagtaat 40916268  T
Q  387 atgaatgatttggt 400  Q
    ||||||||||||||    
T  40916267 atgaatgatttggt 40916254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 39 - 395
Target Start/End: Original strand, 45320262 - 45320618
Alignment:
Q  39 atgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgatta 138  Q
    |||||||| || || ||||||||||| || |||||||| || || |||||  ||||  | || || |||||||| || || ||||| || ||| | || |    
T  45320262 atgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaatgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatga 45320361  T
Q  139 atgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatc 238  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| || || |||||| | ||||| |  || |||  | |||| ||    
T  45320362 atgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctgtgatgtcccacctagaggcctttcgatggcttc 45320461  T
Q  239 cactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtac 338  Q
     || ||  |||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || || |||||| | || ||||| ||  | || || ||||||||||||||     
T  45320462 gacatttgttggcaattcgacatctatacaggagatgtttaggagagtgagtgaacagttctctgccatgttcagaaggaaagcattcttgcattggtat 45320561  T
Q  339 actggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgat 395  Q
    || || || ||||||||||||||||| || ||||| || || || || |||||||||    
T  45320562 accggagaaggaatggatgaaatggaatttactgaagcagaaagcaatatgaatgat 45320618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University