View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1084_low_8 (Length: 576)

Name: NF1084_low_8
Description: NF1084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1084_low_8
NF1084_low_8
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (10-390)||(38176957-38177337)
chr4 (55-386)||(5532525-5532856)
chr4 (79-372)||(5934651-5934944)
chr4 (160-389)||(37088724-37088938)
chr4 (109-372)||(5921191-5921454)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (10-390)||(11731813-11732193)
chr2 (496-576)||(41071460-41071540)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-371)||(45452394-45452755)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-389)||(53145970-53146349)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (67-371)||(34841606-34841910)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (64-377)||(40916254-40916567)
chr8 (10-372)||(45320256-45320618)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 38177337 - 38176957
Alignment:
Q  10 aagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcaga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38177337 aagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcaga 38177238  T
Q  110 tgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagtt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38177237 tgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagtt 38177138  T
Q  210 ggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38177137 ggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 38177038  T
Q  310 tggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccag 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38177037 tggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccag 38176957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 55 - 386
Target Start/End: Original strand, 5532525 - 5532856
Alignment:
Q  55 actgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtgga 154  Q
    ||||||||||| |||||  | || |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  5532525 actgcttcagccatgtttagaggcaagatgagcaccaaggaggttgatgaacaaatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatgga 5532624  T
Q  155 tacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgtt 254  Q
    | || ||||| || |||||||  || |||||||| || ||||| ||  | ||  |||| || || |||||||| || || ||||| ||||| || |||||    
T  5532625 ttccaaacaatgtgaagtctactgtctgtgatattcccccaacagggttgaaaatggcttcaacattcattggaaactccacatccattcaggaaatgtt 5532724  T
Q  255 caggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggcc 354  Q
    | | || || || ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||     
T  5532725 ccgtagggtgagtgagcagttcactgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacactggtgaaggcatggacgaaatggaattcactgaggct 5532824  T
Q  355 gagagtaacatgaatgatttggtggcagagta 386  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||||    
T  5532825 gagagcaacatgaatgatctggttgctgagta 5532856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 79 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 5934944 - 5934651
Alignment:
Q  79 aagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcg 178  Q
    ||||||||||| ||||| || || || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| || |  |    
T  5934944 aagatgagcacaaaggaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactg 5934845  T
Q  179 tgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcac 278  Q
    | |||||||| |||||||| ||  | ||| |||| || || ||||| || || ||||| || |||||||| |||||| | || || || |||||||| ||    
T  5934844 tttgtgatattccaccaacagggttgaagatggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttac 5934745  T
Q  279 agctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgat 372  Q
     |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5934744 tgctatgttcaggagaaaggctttcttgcattggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgat 5934651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 160 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 37088938 - 37088724
Alignment:
Q  160 aacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcagga 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || || |  ||         |||||||| ||||||||| | |||||  ||||||||| ||    
T  37088938 aacaacgtcaagtctagcgtgtgtgttataccaccaaagagtatttatatg---------ttcattggaaattcaacacccattca--agatgttcaaga 37088850  T
Q  260 gagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagag 359  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||    ||  | | ||||| |||||    
T  37088849 gagttagcgagaagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgtattggtacgctggtgagggaatggaagaa----agcaccccgaggctgagag 37088754  T
Q  360 taacatgaatgatttggtggcagagtacca 389  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37088753 taacatgaatgatttggtggctgagtacca 37088724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 109 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 5921454 - 5921191
Alignment:
Q  109 atgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagt 208  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||| || ||||| ||||| || |  || |||||||| |||||||| ||  | |||     
T  5921454 atgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccaccaacagggttgaaga 5921355  T
Q  209 tggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgca 308  Q
    |||| || || ||||| || || ||||| || |||||||| |||||| | || || || |||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  5921354 tggcttctacattcatcggaaactcaacttcaattcaagaaatgttccgaagggtgagtgagcagtttactgctatgttcaggagaaaggctttcttgca 5921255  T
Q  309 ttggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgat 372  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5921254 ttggtacacaggtgaaggaatggatgagatggagttcactgaggctgagagcaacatgaatgat 5921191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 11732193 - 11731813
Alignment:
Q  10 aagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcaga 109  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  11732193 aagaacatgatgtgtgctgctgatccacgccatggccgttatttgaccgcatcagcaatgttccgtggtaagatgagcacaaaggaagtagatgagcaga 11732094  T
Q  110 tgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagtt 209  Q
    |||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| |||||| |    
T  11732093 tgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccagcgtatgtgatatcccaccaaagggccttaagat 11731994  T
Q  210 ggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 309  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11731993 ggcatcaactttcatcggtaattcaacttcgatccaggagatgttcaggagagttagtgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 11731894  T
Q  310 tggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtaccag 390  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || |||||||||    
T  11731893 tggtacactggtgagggaatggacgaaatggagttcactgaggctgagagtaacatgaatgatcttgttgctgagtaccag 11731813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 496 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 41071540 - 41071460
Alignment:
Q  496 gtgtgccaaatccatgaggtgagccccataaccagggagaca-gtgtaagcttgttatcaaagacaaatctattaaaatttc 576  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  41071540 gtgtgccaaatccatgaggtgggccccatcaccaggtagacatgtg-cagcttgtgatcaaagaaaaatctattaaaatttc 41071460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 45452755 - 45452394
Alignment:
Q  10 aagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcaga 109  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  45452755 aagaacatgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggttgatgagcaga 45452656  T
Q  110 tgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagtt 209  Q
    |||| ||||| |||||||| || || || ||||||||||||||||| |||||||| || || || |  || |||||||| || ||||| ||||||||  |    
T  45452655 tgatcaatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactgtctgtgatatccctccaactggtcttaaaat 45452556  T
Q  210 ggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 309  Q
    ||| || ||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||  |  | || ||||||||||||    
T  45452555 ggcttctacttttattggtaactccacatctattcaagaaatgtttaggagggtgagtgagcaattcacggctatgttccgcagaaaagctttcttgcat 45452456  T
Q  310 tggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatga 371  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || || || |||||||||||    
T  45452455 tggtatactggagagggtatggatgagatggagtttactgaagcagaaagcaacatgaatga 45452394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 53146349 - 53145970
Alignment:
Q  10 aagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcaga 109  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || || ||||| || || ||||| || ||||||||| | || |||||||||||||| ||||| || || || |    
T  53146349 aagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaa 53146250  T
Q  110 tgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagtt 209  Q
    | || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| | |  | | ||| |    
T  53146249 tcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagat 53146150  T
Q  210 ggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 309  Q
    | | |||||||| ||||| || || || || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||  |||||||||| || ||||||    
T  53146149 gtcgtccacttttattgggaactctacttcaattcaggagatgttcaggagggtcagtgagcagtttactgcaatgttccggcgcaaggcctttttgcat 53146050  T
Q  310 tggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgatttggtggcagagtacca 389  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  53146049 tggtatactggggagggaatggatgagatggagttcacggaggcagaaagtaacatgaacgatttggtagcagagtacca 53145970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 67 - 371
Target Start/End: Original strand, 34841606 - 34841910
Alignment:
Q  67 atgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacg 166  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  34841606 atgttcaggggtaagatgagcaccaaagaggtggatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatccccaacaatg 34841705  T
Q  167 tcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcag 266  Q
    | ||||| || || ||||| ||  | || |  |||||     |||| ||||| || || || || ||||| || ||||| || ||||| ||||| || ||    
T  34841706 ttaagtcaagtgtttgtgacattgctcctagaggtctctccatggcctccacctttatcggtaactcaacctcaattcaggaaatgtttaggagggtgag 34841805  T
Q  267 cgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatg 366  Q
    |||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||    
T  34841806 cgagcaatttaccgctatgtttaggaggaaggctttcttgcattggtacactggtgaaggcatggatgaaatggaattcacagaagcagagagcaacatg 34841905  T
Q  367 aatga 371  Q
    |||||    
T  34841906 aatga 34841910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 64 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 40916567 - 40916254
Alignment:
Q  64 gcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaaca 163  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || || || ||  | |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||    
T  40916567 gcaatgttccgtggcaaaatgagcacaaaagaagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaaca 40916468  T
Q  164 acgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagttggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagt 263  Q
    | || || || || || |||||||| || ||||| ||  |   | || | || || || || || ||||| |||||||||||||| ||||| ||  | ||    
T  40916467 atgtgaaatcaagtgtttgtgatattccgccaacagggttgtcgatgtcttcgacatttatggggaattcgacatctattcaagaaatgtttagacgtgt 40916368  T
Q  264 cagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcattggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaac 363  Q
        |||||||| || | |||||||| | | ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||     
T  40916367 ttcggagcagtttactgttatgtttaagagaaaggcatttttgcattggtatactgctgaaggaatggatgagatggagtttactgaggctgagagtaat 40916268  T
Q  364 atgaatgatttggt 377  Q
    ||||||||||||||    
T  40916267 atgaatgatttggt 40916254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 372
Target Start/End: Original strand, 45320256 - 45320618
Alignment:
Q  10 aagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggtggacgagcaga 109  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||||||| || || |||||  ||||  | || || |||||||| || || ||||| || |||     
T  45320256 aagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaatgagcacaaaagaagtggatgaacagg 45320355  T
Q  110 tgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgatataccaccaacgggtcttaagtt 209  Q
    | || ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| || || |||||| | ||||| |  || |||  | |    
T  45320356 taatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctgtgatgtcccacctagaggcctttcgat 45320455  T
Q  210 ggcatccactttcattggcaattcaacatctattcaagagatgttcaggagagtcagcgagcagttcacagctatgtttaggcgcaaggctttcttgcat 309  Q
    ||| || || ||  |||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || || |||||| | || ||||| ||  | || || |||||||||    
T  45320456 ggcttcgacatttgttggcaattcgacatctatacaggagatgtttaggagagtgagtgaacagttctctgccatgttcagaaggaaagcattcttgcat 45320555  T
Q  310 tggtacactggtgagggaatggatgaaatggagttcactgaggccgagagtaacatgaatgat 372  Q
    ||||| || || || ||||||||||||||||| || ||||| || || || || |||||||||    
T  45320556 tggtataccggagaaggaatggatgaaatggaatttactgaagcagaaagcaatatgaatgat 45320618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University