View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10853_3 (Length: 639)

Name: NF10853_3
Description: NF10853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10853_3
NF10853_3
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (16-634)||(23036624-23037243)
chr3 (16-485)||(23039651-23040120)
chr3 (16-484)||(23146527-23146995)
chr3 (16-476)||(23017869-23018329)
chr3 (40-498)||(23033451-23033902)
chr3 (19-177)||(23025185-23025343)
chr3 (22-476)||(23149496-23149947)
chr3 (22-177)||(23141182-23141337)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-510)||(21780514-21781010)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (44-477)||(5471-5901)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (229-401)||(12610715-12610884)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 23037243 - 23036624
Alignment:
Q  16 caaccgattagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23037243 caaccgattagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgt 23037144  T
Q  116 acacaattgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23037143 acacaattgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaa 23037044  T
Q  216 cttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23037043 cttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagcgtattactggtttgaggcctaagctggagaggattcatcgacaaactgatcagatattagaa 23036944  T
Q  316 aacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgagg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  23036943 aacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtagagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaattacgagg 23036844  T
Q  416 atggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcgaattaactttccaaatacttcgaagaagaaaaactac 515  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036843 atggcagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataataatggtaagcgaattaactttccaaatacttcgaagaagaaaaactac 23036744  T
Q  516 ttttcaaaagaaaaatttaggtgaatagttaaaatctgcttgcatcttatatctctactctgtagcattggatgctatttgttagtt-tctttttatata 614  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||    
T  23036743 tttacaaaagaaaaatttagatgaataattaaaatctgctcgcatcttatatctctactctgtagcattggatgctatctactagttgtctttttatata 23036644  T
Q  615 tcgccttaaatattcttgga 634  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  23036643 tcgccttaaagattcttgga 23036624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 23040120 - 23039651
Alignment:
Q  16 caaccgattagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgt 115  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||| ||  |||||||||||| |||  | || |    
T  23040120 caaccaattagagaagaagtgttttccaatcttgtcaaatggattgcttcacgggacggaattccaatcaacattactgaagctgtacgttcttcaatat 23040021  T
Q  116 acacaattgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaa 215  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||| ||||||||| |    
T  23040020 acacaattgtttcaagggctgcctttggcaatgaatgcaaggaccaagacaaatttatatcagtggtaaaacaatcaataaaggttgccgggggttttga 23039921  T
Q  216 cttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23039920 cttgggagatttgtttccctcagctaaatggttacagcttgttactggtatgaggcctaagcttgagaggtttcatcgacaaactgatcagatattagaa 23039821  T
Q  316 aacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgagg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||    
T  23039820 aacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaaatatgagg 23039721  T
Q  416 atggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcgaattaac 485  Q
    | ||||| ||||| ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  23039720 acggtagcaaccaggagtttaccttaacaaaaaacaatatcaaggccataatcctggtaagcaaattaac 23039651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 16 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 23146995 - 23146527
Alignment:
Q  16 caaccgattagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgt 115  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||   |||| ||||||||| ||  |||||||||||| |||  | || |    
T  23146995 caaccaattagagaagaagtgtttttcaatcttgccaaatggattgcctcacaggtcggaattccaatcaacattactgaagctgtacgttcgtcaatat 23146896  T
Q  116 acacaattgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaa 215  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  23146895 acacaattgtttcgagggctgcttttggcaatgaatgcaaagaccaagataaatttatatcagtggtaaaacaatcaataaaggttgcagggggttttga 23146796  T
Q  216 cttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  23146795 cttgggagatttgtttccctcagctaaatggttacagcttgttactggtatgaggcctaagcttgagaggtttcatcgacaaactgatcagatatttgaa 23146696  T
Q  316 aacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgagg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||    
T  23146695 aacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtagaagaagatctgatagacgttctcttaaaatatgagg 23146596  T
Q  416 atggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcgaattaa 484  Q
    | ||||| ||||| ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  23146595 acggtagcaaccaggagtttaccttaacaaaaaacaatatcaaggccataatcctggtaagcaaattaa 23146527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 23018329 - 23017869
Alignment:
Q  16 caaccgattagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgt 115  Q
    ||||||||||||||||| ||  | ||||||||| |||| | |||||||||| |||| ||| | ||||||||  || ||||||||||||||||  | || |    
T  23018329 caaccgattagagaagaggttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcgccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatat 23018230  T
Q  116 acacaattgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaa 215  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |  ||||| ||||||  |||||| |    
T  23018229 acacaattgtttcaagggctgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttga 23018130  T
Q  216 cttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaa 315  Q
    ||||||||||| |||||| ||  |||||||||| || | | |||| ||||||||||||||| | ||||   ||||||  ||||| ||| ||||||||||     
T  23018129 cttgggagattcgtttccttcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatattagag 23018030  T
Q  316 aacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgagg 415  Q
    ||||||||  |||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | || | |||||||||||||||| |||| ||||| || ||||    
T  23018029 aacatcattgatgaacataaaagggaaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgagg 23017930  T
Q  416 atggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaag 476  Q
    |||||||  |||||||  | || || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23017929 atggtagtgaccaagatttctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 23017869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 40 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 23033902 - 23033451
Alignment:
Q  40 tccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgtacacaattgtttcgaggtctgcgt 139  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| | ||  ||||  |  ||||||||||| ||||  | || |||||||||||||| ||| | || |    
T  23033902 tccaatcttgtcaaaacgattgcttcgcagaatggatcacccttcaaccttactgaagctgtaatttcttcaatatacacaattgtttcaagggccgcct 23033803  T
Q  140 ttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaacttgggagatttgtttccctcagc 239  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  23033802 ttggcaatgaatgcagagaccaagaaaaatttatatcggtggtaaaacaaacactaaagattgcaggaggttttaacttgggagatttgtttccttcttc 23033703  T
Q  240 taaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaaaacatcatcaatgagcataaagag 339  Q
    ||||||||| ||   | |||||||| | ||||||||||| |||| | ||||||| |||| |||| |||| || |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  23033702 taaatggcttcaacatgttactggtattaggcctaagcttgagaagtttcatcgacaaaatgatgagatgtttgaaaacatcatcgatgagcataaaaag 23033603  T
Q  340 gaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgaggatggtagaaaccaagacctttcct 439  Q
    | |||||||||||| |||         |||||||| || | |||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||  |||||||  | | ||    
T  23033602 gcaaagtacacaaacgcc---------caaggtaaggtagtagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagatttcttct 23033512  T
Q  440 tgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcg-aattaact-ttccaaatactt 498  Q
    | |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  23033511 taacaaaagacaatatcaaggctataatcttggtaagcgtaataaactcttccaaatactt 23033451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 23025343 - 23025185
Alignment:
Q  19 ccgattagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgtaca 118  Q
    |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | || |||||  || || |||||||||||||  | || ||||    
T  23025343 ccgattagagaagaagagttctccaatcttgtcaaatggattgcttcgaaggaaggatcacccatcaacctcactcaagctgtactttcttcaatataca 23025244  T
Q  119 caattgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatca 177  Q
    | |||||||| |  ||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23025243 ctattgtttcaaaatctgcctttggcaagaaattcaaagaccaagaaaaatttatatca 23025185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 23149947 - 23149496
Alignment:
Q  22 attagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgtacacaa 121  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||  || ||||| | || |||||  || || |||||||| |||| |  || ||||| |    
T  23149947 attagagaagaagagctctctaatcttgtcaaatggattgcttcgaaggaaggatcacccatcaacctcactcaagctgtaatttctataatatacacca 23149848  T
Q  122 ttgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaacttggg 221  Q
    ||||||| |   |||| ||||||||  | | |||||||||||| ||||||||||||   |||| | |     ||||||| ||||  ||||||||||| |     
T  23149847 ttgtttcaaaagctgcctttggcaagaagttcaaagaccaagacaaatttatatcagcagtaaaagagttagtaaaggtggcagcaggttttaacttagc 23149748  T
Q  222 agatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaaaacatc 321  Q
    |||||| ||||| ||   || |||||| || | | | |||||||| |||| ||| || ||||||   ||||  |||| |||||||||| | |||||||||    
T  23149747 agatttctttccttctattacatggctgcaatatttcactggtttaaggcgtaaccttgagagggagcatctacaaattgatcagataatggaaaacatc 23149648  T
Q  322 atcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgaggatggta 421  Q
    ||||  ||||| |||||||  ||||   |||||| ||   |||| |||| | ||   ||  ||||||||||||| |||||  |||| || || ||||| |    
T  23149647 atcaccgagcacaaagaggccaagt---caaaaggcagttatgaccaagctgaaacagatcaagatctggtagatgttctcataaaatatgaagatggca 23149551  T
Q  422 gaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaag 476  Q
    | ||| | ||  ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23149550 gcaacaaggaatttttcttgaccaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 23149496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 23141337 - 23141182
Alignment:
Q  22 attagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgtacacaa 121  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |  | |||||  || || |||||||||||||  | || ||||| |    
T  23141337 attagagaagaagagttctccaatcttgtcaaatggataacttcaaagaaaggatcatccatcaacctcactcaagctgtactttcttcaatatacacta 23141238  T
Q  122 ttgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatca 177  Q
    || |||| |  ||||| ||||||||  | ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  23141237 ttctttcaaaatctgcatttggcaagaagtgcaacgaccaagacaaatttatatca 23141182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 21781010 - 21780514
Alignment:
Q  16 caaccgattagagaagaagtgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgt 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| | ||||||||  || || ||||||||  |||  |  | |    
T  21781010 caaccgattagagaagaggtgctctccaatcttgtcagatggattgtttcacagaatggatcgccaatcaacctcactcaagctgtaacttcttcagtat 21780911  T
Q  116 acacaattgtttcgaggtctgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaa 215  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||| | ||||| ||| |||  ||||||||    
T  21780910 acactattgtttcgaggtccgcctttggaaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagttataaaacaatcgataaaagtttcagcaggttttaa 21780811  T
Q  216 cttgggagatttgtttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaa 315  Q
     ||||||||||||||||| ||  |||||||| |  |   | ||||||| |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||||| |||    
T  21780810 tttgggagatttgtttccttctactaaatggattgaacatgttactggattgaggcctaagcttgagagttttcaacgacaaactgatcagatatttgaa 21780711  T
Q  316 aacatcatcaatgagcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgagg 415  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||| | ||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||    
T  21780710 aacatcatcaaggaccataaagaggcaaagcacacaaaaccgaaagaagatgaaggtgaagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaaatatgagg 21780611  T
Q  416 atggtagaaaccaagacctttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagcgaattaa-ct-ttccaaatacttcgaagaagaaaa 510  Q
    ||||||| ||||  ||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  21780610 atggtagcaacctggatttttccttaacaaaagacaatatcaaggccataataatggtaagccaattaatctcttccaaatacttcgaagaagaaaa 21780514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 44 - 477
Target Start/End: Original strand, 5471 - 5901
Alignment:
Q  44 atcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgtacacaattgtttcgaggtctgcgtttgg 143  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||| || |  ||||| || ||||  | || |||||||||||||||||| | || |||||    
T  5471 atcttgtcaaatggattgcttcagagaacggatcaccaatcaatctcacaaaagctttaatttcttcaatatacacaattgtttcgagggcagcctttgg 5570  T
Q  144 caatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaacttgggagatttgtttccctcagctaaa 243  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  5571 caataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaacaaacaataaggattgcaggaggttttgacttgggagatttgtttccatctgctaaa 5670  T
Q  244 tggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaaaacatcatcaatgagcataaagaggaaa 343  Q
    ||||||||     |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  5671 tggctacaacaagttactggtttgaggcctaagcttgagatgcttcatcgacaaactgatcaaatacttgaaaacatcatcaatgagcataaagaagcaa 5770  T
Q  344 agtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttctgttaaattacgaggatggtagaaaccaagacctttccttgac 443  Q
      |||  ||||   ||||| ||| ||||| ||   |||||||||||  |||||||||| ||||| || || |||||||| ||| | ||  ||||||| ||    
T  5771 gatacggaaaattaaaagaggatgaaggtgaa---gaagaagatctattagacgttctcttaaaatatgaagatggtagcaacaaggagttttccttaac 5867  T
Q  444 aaaaaacaatatcaaggccataatcatggtaagc 477  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5868 aaaagacaatatcaaagccattatcatggtaagc 5901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 12610884 - 12610715
Alignment:
Q  229 tttccctcagctaaatggctacagtgtattactggtttgaggcctaagctagagaggattcatcggcaaactgatcagatattagaaaacatcatcaatg 328  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||  || || | |||||||||||||| || |||||| | ||| |||||| |||||| ||| ||||||||||  ||| ||    
T  12610884 tttccttcagcgaaatggcttcaacgtgtttccggtttgaggcctaaactggagaggttgcataggcaaattgatcaaatactagaaaacattgtcactg 12610785  T
Q  329 agcataaagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtggaagaagatctggtagacgttct 401  Q
    | |||||||| | |||||   ||||||| || ||   |||||||  ||  |||||||||||||||||||||||    
T  12610784 aacataaagaagcaaagt---caaaagcaaatgaaagtcaaggtggagaagaagaagatctggtagacgttct 12610715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University