View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10855A_low_1 (Length: 816)

Name: NF10855A_low_1
Description: NF10855A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10855A_low_1
NF10855A_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-798)||(49085363-49086161)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 49086161 - 49085363
Alignment:
Q  5 ttacagtagcagaattcatcaatgtttcgaagcgttatttaaaaaatctttttgaatgataaaatacaatttgagagtatattttatgaatcgtgcttat 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  49086161 ttacagaagcagaattcatcaatgtttcgaagcgttatttaaaaaatctttttgaatgataaaatacaattttagagcatattttatgaatcttgcttat 49086062  T
Q  105 attctactcnnnnnnnggcacagaaataatgtaagaacggacgaaatcattcctgcaaatgcaattcttccagctaaaagcaggatcttggcctcatcgt 204  Q
    |||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  49086061 attctactcaaaaaaaggcacagaaataatgtaagaacggacgaaatcattcctgcaaatgcaattcttccagctaaaagcaggatcttggcttcatcgt 49085962  T
Q  205 tattagacataagcatactagttaaaccacagccctaacaagtaaggtttaca----cgaggtacaataaaaaattcaaatcaatcactacataataatt 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49085961 tattagacataagcatgctagttaaaccacagccctaacaagtaagatttaaataaacgaggtacaataaaaaattcaaatcaatcactacataataatt 49085862  T
Q  301 acaatcctaaatttgtaggagacagtcaatgagtcaatataattaacaatcaagccgacagaaagcactaaaaatgctattaaaaacaatttgatttcac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49085861 acaatcctaaatttgtaggagacagtcaatgagtcaatgtaattaacaaacaagccgacagaaagcactaaaaatgctattaaaaacaatttgatttcac 49085762  T
Q  401 tagacctacactacagttaaccattgttgagtcaaattagtgttcaagtcagactgtaaatcaataatgaaggtaacttgaaacaaaacaatctcagtag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49085761 tagacctacactacagttaaccattgttgagtcaaattagtgttcaagtcagactgtaaatcaataatgaaggtaacttgaaacaaaacaatctcagtag 49085662  T
Q  501 cctctggtttcagctactggaacttcaccctgtacttggcgaacaaactgccctttcacccgggggcggttctctgcctgtctttttcggctttcatatc 600  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49085661 cctctggtttcagctaccggaacttcaccctgtacttggcgaacaaactgccctttcacccgggggcggttctctgcctgtctttttcggctttcatatc 49085562  T
Q  601 ggacctgtaaaataaatttgaccaatgagcatctgaaatatctttaataatgtcagcctagacatgtttgagattactaaaa-cacacagtaggagtttc 699  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49085561 ggacctgtaaaataaatttgagcaatgagcatctgaaatatctttaataatgtcagcctagacatgtttgagattactaaaaccacacagtaggagtttc 49085462  T
Q  700 caaacttactaaaaacactaataccatattgataaatcaactcaaattgttccctatgataaaaatatttctagagtggttcttctcaaaagtagtgat 798  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49085461 caaacttactaaaaacactgataccatattgataaatcaactcaaattgttccctatgacaaaaatatttctagagtggttcttctcaaaagtagtgat 49085363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University