View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10855A_low_3 (Length: 606)
Name: NF10855A_low_3
Description: NF10855A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10855A_low_3 |
 | |
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| [»] scaffold0514 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0470 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0514 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0514
Description:
Target: scaffold0514; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 128 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 4210 - 3736
Alignment:
| Q |
128 |
cattgcaacaacctcgacggccacaatcgcaatttaaaatattaaaaagcttcccaacctaaccttatgaattaagttta---atgtgtgtatatatctg |
224 |
Q |
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| T |
4210 |
cattgcaataacctcgacggccacaat-----ttaaaaatattaaaaagcattccgaactaaccttatgaagtaagtttagtcttgtatatatatatctg |
4116 |
T |
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| Q |
225 |
ccttacttggctttaaaagcacagtccacctccacagtacaaaaatagcatttggagttatacgagtaaattagctaagccaaattaattaaggtacgta |
324 |
Q |
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| T |
4115 |
ccttacttggcttcaaaagtacagtccacattcacaatacacaaatatcattttgagctatacgagtgaattagctaagccaaattaattaaggtacgta |
4016 |
T |
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| Q |
325 |
ctcaatatattcattgtcctatgattaacttttgtagtgtttataaggtacaagcatttagcaataataacc----atacactcatgatattttatgtac |
420 |
Q |
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| T |
4015 |
ctcaatatattcattgtcctacgattaacttttgtagtgtttataagatacaagcatttagcaataataaccatatatacattcatgatattttatgtac |
3916 |
T |
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| Q |
421 |
aattaatattgcattaacccgagtctgcatctgctaaactttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagtgcacatttga |
520 |
Q |
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| T |
3915 |
agttaatattacattaaccctagtctgcatctgctaaactttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagtgcacatttga |
3816 |
T |
|
| Q |
521 |
tattaaggtggacggtgacaacataattttgttgaaattttaaagttgtagctgtaattctataaaactcaccaagaatc |
600 |
Q |
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| T |
3815 |
tattaaggtggacggtgacaacataattttgttgaaattttaaagttgtagctgtaattctataaaactcaccaagaatc |
3736 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 128 - 600
Target Start/End: Original strand, 6792413 - 6792887
Alignment:
| Q |
128 |
cattgcaacaacctcgacggccacaatcgcaatttaaaatattaaaaagcttcccaacctaaccttatgaattaagttta---atgtgtgtatatatctg |
224 |
Q |
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| T |
6792413 |
cattgcaataacctcgacggccacaat-----ttaaaaatattaaaaagcattccgaactaaccttatgaagtaagtttagtcttgtatatatatatctg |
6792507 |
T |
|
| Q |
225 |
ccttacttggctttaaaagcacagtccacctccacagtacaaaaatagcatttggagttatacgagtaaattagctaagccaaattaattaaggtacgta |
324 |
Q |
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| T |
6792508 |
ccttacttggcttcaaaagtacagtccacattcacaatacacaaatatcattttgagctatacgagtgaattagctaagccaaattaattaaggtacgta |
6792607 |
T |
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| Q |
325 |
ctcaatatattcattgtcctatgattaacttttgtagtgtttataaggtacaagcatttagcaataataacc----atacactcatgatattttatgtac |
420 |
Q |
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| T |
6792608 |
ctcaatatattcattgtcctacgattaacttttgtagtgtttataagatacaagcatttagcaataataaccatatatacattcatgatattttatgtac |
6792707 |
T |
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| Q |
421 |
aattaatattgcattaacccgagtctgcatctgctaaactttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagtgcacatttga |
520 |
Q |
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| T |
6792708 |
agttaatattacattaaccctagtctgcatctgctaaactttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagtgcacatttga |
6792807 |
T |
|
| Q |
521 |
tattaaggtggacggtgacaacataattttgttgaaattttaaagttgtagctgtaattctataaaactcaccaagaatc |
600 |
Q |
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| T |
6792808 |
tattaaggtggacggtgacaacataattttgttgaaattttaaagttgtagctgtaattctataaaactcaccaagaatc |
6792887 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 128 - 600
Target Start/End: Original strand, 6592812 - 6593278
Alignment:
| Q |
128 |
cattgcaacaacctcgacggccacaatcgcaatttaaaatattaaaaagcttcccaacctaaccttatgaattaagtttaatgtgtgtata--tatctgc |
225 |
Q |
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| T |
6592812 |
cattgcaataacctcgacggccgcaat-----ttaaaaatattaaaaagcatcccaaactaaccttatgaagtaagtttagtctgtatatatatatctgc |
6592906 |
T |
|
| Q |
226 |
cttacttggctttaaaagcacagtccacctccacagtacaaaaatagcatttggagttatacgagtaaattagctaagccaaattaattaaggtacgtac |
325 |
Q |
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| T |
6592907 |
cttacatggcttcaaaagtacagtccacattcacaatacacaaatagcattttgagctatacgagtgaattagctaagccaaattaattaaggtacgtac |
6593006 |
T |
|
| Q |
326 |
tcaatatattcattgtcctatgattaacttttgtagtgtttataaggtacaagcatttagc-aataataaccatacactcatgatattttatgtacaatt |
424 |
Q |
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| T |
6593007 |
tcaatatattcattgtcctacgattaacttttgtagtgtttataagatacaagcatttagcaaataataaccatacattcatgatattttatgtacagtt |
6593106 |
T |
|
| Q |
425 |
aatattgcattaacccgagtctgcatctgctaaa----ctttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagtgcacatttga |
520 |
Q |
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| T |
6593107 |
aatattgcattaaccctagtgtgcatctgctaaactttctttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagtgcacatttga |
6593206 |
T |
|
| Q |
521 |
tattaaggtggacggtgacaacataattttgttgaaattttaaagttgtagctgtaattctataaaactcaccaagaatc |
600 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
6593207 |
tattaaggtggacggtgacaacataattt--------ttttaaagttgtagctgtaattctataaaactcacaaagaatc |
6593278 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 155 - 549
Target Start/End: Original strand, 6618538 - 6618934
Alignment:
| Q |
155 |
cgcaatttaaaa-tattaaaaagcttcccaacctaaccttatgaattaagtttaatgt-gtgtatatatctgccttacttggctttaaaagcacagtcca |
252 |
Q |
| |
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|
|
| T |
6618538 |
cgcaatttaaaaatattaaaaagcattccaaactaaccttatgaagtaagtttagtcttgtatatatatctgccttatttggcttcaaaagtacagtcca |
6618637 |
T |
|
| Q |
253 |
cctccacagtacaaaaatagcatttggagttatacgagtaaattagctaagccaaattaattaaggtacgtactcaatatattcattgtcctatgattaa |
352 |
Q |
| |
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| | |||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |
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|
| T |
6618638 |
cattcacaatacacaaatagcattttgagctatacgagtgaattagctaagccaaattaattaaggtacgtactcaatatattccttgttctacgattaa |
6618737 |
T |
|
| Q |
353 |
cttttgtagtgtttataaggtacaagcatttagcaataataaccatacactcatgatattttatgtacaattaatattgcattaacccgagtctgcatct |
452 |
Q |
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| T |
6618738 |
cttttgtagtgtttataagatacaagcatttagcaataataaccatacattcatgatattttatgtacagttaatattgcattaaccctagtatgcatct |
6618837 |
T |
|
| Q |
453 |
gctaaactttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagtgcacatttgatattaaggtggacggtgacaacataattt |
549 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6618838 |
gctaaactttttgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagggcacatttgatattaaggtggacggtgacaacataattt |
6618934 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 146 - 450
Target Start/End: Original strand, 6805144 - 6805455
Alignment:
| Q |
146 |
ggccacaatcgcaatttaaaa-tattaaaaagcttcccaacctaaccttatgaattaagtttaatgtgtgtatatat--ctgccttacttggctttaaaa |
242 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
6805144 |
ggccgcaaccgcaatttaaaaatattaaaaagcatctcaacctaaccttatgaattacgtttaatgtgtatatatatgtctgccttacttggcttcaaaa |
6805243 |
T |
|
| Q |
243 |
gcacagtccacctccacagtacaaaaatagcatttggagttatacgagtaaattagctaagccaaattaattaaggtacgtac----tcaatatattcat |
338 |
Q |
| |
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|||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
6805244 |
gcacagtccaactccacaatacacaaatagcattttcagctatacgagtaaattagctaagccaaattaattaaggtacgtatatattcaatatattcat |
6805343 |
T |
|
| Q |
339 |
tgtcctatgattaacttttgtagtgtttataaggtacaagcatttagcaataataaccatacactcatgatattttatgtacaattaatattgcattaac |
438 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
6805344 |
tgtcctatgattaacttttgtagtgtttataaggtacaagtatttagcaataataaccatacattcatgatattttatgtacaattaatattgaattaac |
6805443 |
T |
|
| Q |
439 |
ccgagtctgcat |
450 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
6805444 |
ccgagtctgcat |
6805455 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0470 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: scaffold0470
Description:
Target: scaffold0470; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 155 - 549
Target Start/End: Original strand, 7856 - 8256
Alignment:
| Q |
155 |
cgcaatttaaaa-tattaaaaagcttcccaacctaaccttatgaattaagtttaatgt-gtgtatatatctgccttacttggctttaaaagcacagtcca |
252 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||| | | || ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
7856 |
cgcaatttaaaaatattaaaaagcattccaaactaaccttatgaagtaagtttagtcttgtatatatatctgccttatttggcttcaaaagtacagtcca |
7955 |
T |
|
| Q |
253 |
cctccacagtacaaaaatagcatttggagttatacgagtaaattagctaagccaaattaattaaggtacgtactcaatatattcattgtcctatgattaa |
352 |
Q |
| |
|
| | |||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
7956 |
cattcacaatacacaaatagcattttgagctatacgagtgaattagctaagccaaattaattaaggtacgtactcaatatattcattgtactacgattaa |
8055 |
T |
|
| Q |
353 |
cttttgtagtgtttataaggtacaagcatttagcaataataaccatacactcatgatattttatgtacaattaatattgcattaacccgagtctgcatct |
452 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
8056 |
cttttgtagtgtttataagatacaagcatttagcaataataaccatacattcatgatattttatgtacagttaatattgcattaaccctagtctgtatct |
8155 |
T |
|
| Q |
453 |
gctaaa----ctttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagtgcacatttgatattaaggtggacggtgacaacataatt |
548 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8156 |
gctaaactttctttctgcatgtattgatagttatcttgcaaaactcatcaatttgttgcagggcacatttgatattaaggtggacggtgacaacataatt |
8255 |
T |
|
| Q |
549 |
t |
549 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
8256 |
t |
8256 |
T |
|
Back To:
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