View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10855A_low_321 (Length: 248)

Name: NF10855A_low_321
Description: NF10855A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10855A_low_321
NF10855A_low_321
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (7-233)||(33399476-33399702)
chr3 (6-233)||(14399495-14399722)
chr3 (7-224)||(46992149-46992366)
chr3 (7-233)||(7841909-7842135)
chr3 (24-233)||(36816410-36816619)
chr3 (7-222)||(48249772-48249987)
chr3 (26-224)||(13746624-13746822)
chr3 (7-233)||(21955132-21955358)
chr3 (7-233)||(29930309-29930535)
chr3 (7-233)||(29979463-29979689)
chr3 (24-224)||(77923-78123)
chr3 (26-224)||(9428736-9428934)
chr3 (26-224)||(30946545-30946743)
chr3 (24-233)||(7838554-7838763)
chr3 (26-233)||(16445580-16445787)
chr3 (26-224)||(3949703-3949901)
chr3 (7-233)||(6504849-6505075)
chr3 (26-224)||(6741847-6742045)
chr3 (26-224)||(8159886-8160084)
chr3 (76-230)||(25059838-25059992)
chr3 (131-235)||(1275281-1275385)
chr3 (131-235)||(4510341-4510445)
chr3 (26-169)||(50954233-50954376)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (7-224)||(26466173-26466390)
chr1 (7-248)||(32106522-32106760)
chr1 (7-235)||(16246646-16246871)
chr1 (7-232)||(25231244-25231468)
chr1 (7-233)||(21943258-21943484)
chr1 (7-233)||(7980106-7980332)
chr1 (7-233)||(50116657-50116883)
chr1 (7-222)||(38691844-38692059)
chr1 (7-233)||(37015855-37016081)
chr1 (7-233)||(46974105-46974331)
chr1 (24-233)||(51663216-51663425)
chr1 (26-224)||(29355591-29355789)
chr1 (26-224)||(41454797-41454995)
chr1 (115-224)||(5078984-5079093)
chr1 (26-224)||(20350416-20350614)
chr1 (26-224)||(44620006-44620204)
chr1 (77-233)||(13174792-13174948)
chr1 (26-233)||(13630376-13630583)
chr1 (26-224)||(3947364-3947562)
chr1 (26-224)||(3984073-3984271)
chr1 (26-224)||(38775018-38775216)
chr1 (26-224)||(44466542-44466740)
chr1 (131-211)||(39914002-39914082)
chr1 (76-235)||(25593678-25593837)
chr1 (115-222)||(12649484-12649589)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (22-248)||(20285965-20286191)
chr5 (40-232)||(23028455-23028654)
chr5 (31-183)||(13157978-13158130)
chr5 (7-207)||(20286449-20286650)
chr5 (24-233)||(18537230-18537439)
chr5 (115-224)||(7020783-7020892)
chr5 (7-222)||(25896006-25896221)
chr5 (115-224)||(27866748-27866857)
chr5 (115-224)||(34078829-34078938)
chr5 (7-211)||(1035466-1035670)
chr5 (52-224)||(13567005-13567177)
chr5 (7-222)||(7799911-7800126)
chr5 (77-233)||(4202833-4202989)
chr5 (26-224)||(11032355-11032553)
chr5 (26-224)||(37819780-37819978)
chr5 (26-224)||(38859093-38859291)
chr5 (131-224)||(28885311-28885404)
chr5 (139-233)||(1036424-1036518)
chr5 (140-224)||(25048472-25048556)
chr5 (171-234)||(9376666-9376729)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (43-235)||(6182653-6182845)
chr4 (7-224)||(18580231-18580448)
chr4 (24-233)||(4976713-4976922)
chr4 (26-224)||(9890982-9891180)
chr4 (24-233)||(4978848-4979057)
chr4 (77-233)||(11502517-11502673)
chr4 (123-222)||(19072562-19072661)
chr4 (7-221)||(21471735-21471949)
chr4 (115-224)||(3404839-3404948)
chr4 (115-224)||(41024248-41024357)
chr4 (114-218)||(4769178-4769282)
chr4 (24-233)||(51643392-51643603)
chr4 (26-224)||(49565367-49565565)
chr4 (7-99)||(17140530-17140622)
chr4 (143-223)||(38463741-38463821)
chr4 (7-99)||(38463825-38463917)
[»] chr2 (22 HSPs)
chr2 (23-235)||(17997064-17997276)
chr2 (7-229)||(11692712-11692934)
chr2 (7-233)||(41007874-41008100)
chr2 (7-222)||(12907397-12907612)
chr2 (47-233)||(436292-436478)
chr2 (7-233)||(43949176-43949402)
chr2 (26-224)||(7263992-7264190)
chr2 (7-233)||(28354796-28355022)
chr2 (115-224)||(3802469-3802578)
chr2 (115-224)||(27275263-27275372)
chr2 (7-233)||(24750599-24750825)
chr2 (24-233)||(24604983-24605192)
chr2 (26-224)||(212344-212542)
chr2 (26-224)||(10623357-10623555)
chr2 (115-233)||(34920676-34920794)
chr2 (115-224)||(5348216-5348325)
chr2 (115-224)||(41561061-41561170)
chr2 (115-224)||(45476407-45476516)
chr2 (26-224)||(39794930-39795128)
chr2 (26-224)||(38946723-38946921)
chr2 (7-168)||(1100042-1100203)
chr2 (7-97)||(34920802-34920892)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (7-233)||(8400527-8400753)
chr7 (7-233)||(43827500-43827726)
chr7 (7-233)||(47061824-47062050)
chr7 (7-210)||(21799953-21800156)
chr7 (26-224)||(18106348-18106546)
chr7 (26-224)||(617652-617850)
chr7 (26-224)||(30787499-30787697)
chr7 (26-224)||(43623038-43623236)
chr7 (26-224)||(45764339-45764537)
chr7 (115-224)||(15060662-15060771)
chr7 (76-211)||(20908433-20908568)
chr7 (125-235)||(3761964-3762074)
chr7 (26-224)||(42500367-42500565)
chr7 (131-235)||(8194172-8194276)
chr7 (140-224)||(16794516-16794600)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (7-233)||(7168841-7169067)
chr8 (24-233)||(35965639-35965848)
chr8 (7-233)||(39751922-39752148)
chr8 (7-224)||(45455317-45455534)
chr8 (7-223)||(14401676-14401894)
chr8 (77-211)||(22580914-22581048)
chr8 (7-233)||(43689065-43689291)
chr8 (24-233)||(43370725-43370934)
chr8 (26-224)||(7341039-7341237)
chr8 (26-224)||(8422759-8422957)
chr8 (26-224)||(30304513-30304711)
chr8 (26-224)||(32377811-32378009)
chr8 (26-224)||(32431768-32431966)
chr8 (115-224)||(1115821-1115930)
chr8 (47-169)||(2145948-2146070)
[»] scaffold0219 (1 HSPs)
scaffold0219 (7-233)||(17010-17236)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (7-222)||(18606937-18607152)
chr6 (7-222)||(24220107-24220324)
chr6 (26-224)||(28250856-28251054)
chr6 (77-233)||(31147333-31147489)
chr6 (47-233)||(29287842-29288028)
chr6 (26-224)||(1611654-1611852)
chr6 (24-186)||(7362137-7362299)
chr6 (115-233)||(21358241-21358359)
chr6 (115-233)||(23962223-23962341)
chr6 (76-191)||(34111598-34111713)
chr6 (7-99)||(35243544-35243636)
chr6 (26-99)||(13387722-13387795)
[»] scaffold0341 (1 HSPs)
scaffold0341 (115-224)||(16260-16369)
[»] scaffold0494 (1 HSPs)
scaffold0494 (26-224)||(1841-2039)
[»] scaffold0116 (1 HSPs)
scaffold0116 (7-233)||(12203-12429)
[»] scaffold0101 (1 HSPs)
scaffold0101 (26-224)||(33769-33967)
[»] scaffold0340 (1 HSPs)
scaffold0340 (7-186)||(111-290)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 33399476 - 33399702
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399476 aagaaaatgtaggtgtatgttcatggttcgtggatatcttagtaggcaagcaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 33399575  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399576 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtacgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 33399675  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||    
T  33399676 ttttgttaaatttgaagaccaaaagac 33399702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Original strand, 14399495 - 14399722
Alignment:
Q  6 gaagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagat 105  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||    
T  14399495 gaagaaaatgtgggtgtttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattctaaatggagttcacaaccatgccat 14399594  T
Q  106 gtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaat 205  Q
    | | |    ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| ||||    
T  14399595 ggagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaagaaggatgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaat 14399694  T
Q  206 attttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    |||||| || |||||||||  |||||||    
T  14399695 attttgatacatttgaagaacaaaagac 14399722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 46992366 - 46992149
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  46992366 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 46992267  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| ||||     
T  46992266 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatt 46992167  T
Q  207 ttttgttaaatttgaaga 224  Q
    ||||| || |||||||||    
T  46992166 ttttgatacatttgaaga 46992149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 7842135 - 7841909
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  7842135 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 7842036  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  7842035 aagccggctttagaaggacacattcttgcctgtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 7841936  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  7841935 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 7841909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 36816619 - 36816410
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |    
T  36816619 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaagg 36816520  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  36816519 acacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 36816420  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  36816419 aacaaaagac 36816410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 48249987 - 48249772
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  48249987 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 48249888  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    |||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||  |||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  48249887 gagccggctttataaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagactgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 48249788  T
Q  207 ttttgttaaatttgaa 222  Q
    ||||| || |||||||    
T  48249787 ttttgatacatttgaa 48249772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 13746822 - 13746624
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  13746822 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 13746723  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  13746722 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 13746624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21955358 - 21955132
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| | ||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  21955358 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagtaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 21955259  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    | ||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  21955258 gagccggctctagaaggacacattattgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 21955159  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  21955158 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 21955132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 29930309 - 29930535
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  29930309 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 29930408  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
       |    ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| | |||    
T  29930409 atgccggctttagaaggacacattcttggcggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagacata 29930508  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  29930509 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 29930535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 29979463 - 29979689
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  29979463 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 29979562  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
       |    ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| | |||    
T  29979563 atgccggctttagaaggacacattcttggcggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagacata 29979662  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  29979663 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 29979689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 78123 - 77923
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||   |||| | |    ||||||| |    
T  78123 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatttgatggagccggctttagaagg 78024  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    ||||||  |||| |||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  78023 acacattattgccggtagattaaaggaagacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 77924  T
Q  224 a 224  Q
    |    
T  77923 a 77923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9428934 - 9428736
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  9428934 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 9428835  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  9428834 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 9428736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 30946743 - 30946545
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  30946743 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 30946644  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  30946643 acattcttgccggtagattaaaggaggatgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 30946545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Original strand, 7838554 - 7838763
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||| ||||||||||||||| | |||| | |    ||||||| |    
T  7838554 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttagtggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaagg 7838653  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| ||| | |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||     ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  7838654 acacattctttccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaatatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 7838753  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  7838754 aacaaaagac 7838763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 233
Target Start/End: Original strand, 16445580 - 16445787
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  16445580 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 16445679  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 225  Q
    |||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  16445680 acattctttccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 16445779  T
Q  226 aaaaagac 233  Q
    | ||||||    
T  16445780 acaaagac 16445787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 3949703 - 3949901
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  3949703 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 3949802  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  3949803 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 3949901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 6505075 - 6504849
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  6505075 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 6504976  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||| |  |||||| |||||  ||||||||||||||    | || |||||| |||||    
T  6504975 gagccggctttagaatgacacattcttgccggtagactaaaggaggacgaaaagaagattgtacatgacttgaccaagaacaagatgtttccaagaaata 6504876  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  6504875 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 6504849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 6741847 - 6742045
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  6741847 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 6741946  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  6741947 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 6742045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 8160084 - 8159886
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  8160084 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 8159985  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  8159984 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 8159886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 76 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 25059992 - 25059838
Alignment:
Q  76 tattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgac 175  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||||| || |  ||||| | | ||||| |||||||  ||||||| | |||| | |||| || || ||||||||    
T  25059992 tattcttaatggtgttcacaaccataagatgttaccatatttagcagggcacattcttgcggaaagattaatgaaggacgacaaggagattatatgtgac 25059893  T
Q  176 ttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaa 230  Q
    ||||||||||||| ||     | |||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  25059892 ttgaccaagagttcggcaaaacaaaaaaatattttgacaaatttgaagaaaaaaa 25059838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 1275385 - 1275281
Alignment:
Q  131 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaa 230  Q
    |||| ||| ||||||| |||||| | ||||||| |||||  |||||||||||| |||| | ||   |||||||||||||||  |||||| |||| |||||    
T  1275385 cttgtgggaagattaatggaggacgacaagaagattgtacatgacttgaccaatagttcgatgaaaccaaaaaatattttgacaaatttaaagaaaaaaa 1275286  T
Q  231 gacaa 235  Q
    |||||    
T  1275285 gacaa 1275281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 235
Target Start/End: Original strand, 4510341 - 4510445
Alignment:
Q  131 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaa 230  Q
    |||||||| ||||||| |||||| | ||||||  || ||  |||||||||||| |||| ||||   |||||||||||||||  |||||||||||  ||||    
T  4510341 cttgcgggaagattaatggaggacgacaagaaaattatacatgacttgaccaatagttcggtgaaaccaaaaaatattttgacaaatttgaagaagaaaa 4510440  T
Q  231 gacaa 235  Q
    |||||    
T  4510441 gacaa 4510445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 26 - 169
Target Start/End: Original strand, 50954233 - 50954376
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  50954233 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 50954332  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgta 169  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  50954333 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgta 50954376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26466390 - 26466173
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26466390 aagaaaatgtaggtgtatgttcattgttcgtggatatcttagtaggcaaacaaatgattggagattaaacattcttaatggagttcacaaccatgagatg 26466291  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||    
T  26466290 gagccggctttagaatgacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatgataagaagattgtacgtgacttgaccaagactaaggtgcttccaagaaata 26466191  T
Q  207 ttttgttaaatttgaaga 224  Q
    ||||||||||||||||||    
T  26466190 ttttgttaaatttgaaga 26466173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 32106760 - 32106522
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||| || ||||||    
T  32106760 aagaaaatgtgggtgaatgttcatggttcgtggatatcttagaaggtaaacaaatgattggagattgaatattcttaa--gagttcacaatcatgagatg 32106663  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | | |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  32106662 gagccaagtttagaaggacacatgattgctggtagattaaaggagaatgacaaaaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgctttgaaaaaata 32106563  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagacaaaattacaagacaa 248  Q
      ||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||    
T  32106562 -gttgttaaatttgaagagcaaaagacaagattgcaagacaa 32106522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 7 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 16246871 - 16246646
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| | |||||| || ||| |||||| |||||||||||| | ||||    
T  16246871 aagaaaatgtgggtgtatgttcatggttagtgaatatctgtgtaggcaaacaaatgaatggagattgaa-attgttaatgaagttcacaaccatgcgatg 16246773  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |  | ||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||| ||   ||||| ||| || ||||    
T  16246772 gagccgactttagaaggacacatgcttaccggtagattaaaagaggatgacaagaagattgtacgtgactt-accaaaagcaaggtgcatcc-aagaata 16246675  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagacaa 235  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16246674 ttttgttaaatttgaagagaaaaagacaa 16246646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 232
Target Start/End: Original strand, 25231244 - 25231468
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||  ||| || |||| |||||||| |||||||||| | |||||| |||||| | ||||||||||||||||  |||| |    
T  25231244 aagaaaatgtgggtgtatgt-cattcttcctggatatattagtagggaaacaaatgactggagattgaatattttcaatggagttcacaaccgtgagacg 25231342  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | | |||||| ||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||  || |||||    
T  25231343 aagccaagtttggaaggacacatgcttgcaggtagatcaagggaggataccaagaagattgtacgtgacttgaccaaatgtttggtgcttttaacaaata 25231442  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaaga 232  Q
    |||||||||||||||| | |||||||    
T  25231443 ttttgttaaatttgaaaagaaaaaga 25231468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21943484 - 21943258
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||| |||||| ||| |||||  |||||||||||||| || | | |||| || ||||| ||||||||||||||||| | ||||    
T  21943484 aagaaaatgtgggtgcttgtttatggttagtggatatcaaagtaggcaaacaaaggaatggggattgaacattctcaatggagttcacaaccatgggatg 21943385  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |   |||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  21943384 gagccgggtttagaaggacacattcttaccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 21943285  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  21943284 ttttgataaatttgaagaacaaaagac 21943258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 7980332 - 7980106
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  7980332 aagaaaatgtgggtgtttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcaatg 7980233  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     |      ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  7980232 cagtcggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggatgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 7980133  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  7980132 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 7980106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 50116883 - 50116657
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||| ||| || | |||||| || |||||||||||||||||| |||| | ||||    
T  50116883 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaataaaggaatggagattgaacattcttaatggagttcactaccatgcgatg 50116784  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||  |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  50116783 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgttcgtgacttgaccaagagttagatgcttccaagaaata 50116684  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  50116683 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 50116657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 38692059 - 38691844
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  38692059 aagaaaatgtgggtgtttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 38691960  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |  | ||||||| ||||| | ||||| |||| |||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  38691959 gagccgactttagaaggacacgttcttgccggtaaattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 38691860  T
Q  207 ttttgttaaatttgaa 222  Q
    ||||| || |||||||    
T  38691859 ttttgatacatttgaa 38691844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 37015855 - 37016081
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  37015855 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 37015954  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  37015955 gagctggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtgcgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 37016054  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  37016055 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 37016081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 46974105 - 46974331
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||| ||||||| | ||||    
T  46974105 aagaaaatgtgggtgtttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagtttacaaccatgcgatg 46974204  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |  | ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  46974205 gagccgactttagaaggacacattcttgccggtacattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 46974304  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||| ||||  |||||||    
T  46974305 ttttgatacatttaaagaacaaaagac 46974331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Original strand, 51663216 - 51663425
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || |||||||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||| ||||||||| | |||| | |    ||||||| |    
T  51663216 tgttcatgattagtgaatatcaaagtaagcaaacaaaagaatggggattgaacattcttaatggagctcacaaccatgcgatgaagccggctttagaatg 51663315  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| | ||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  51663316 acacattcttgctggtagattaaaggaggaggacaagaagattgtacgcgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 51663415  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  51663416 aacaaaagac 51663425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 29355789 - 29355591
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  29355789 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 29355690  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  29355689 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 29355591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 41454797 - 41454995
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  41454797 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 41454896  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  41454897 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 41454995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 5078984 - 5079093
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||  ||    
T  5078984 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacggcaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttaata 5079083  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  5079084 catttgaaga 5079093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 20350416 - 20350614
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | ||||||| |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  20350416 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattaaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 20350515  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  20350516 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 20350614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 44620204 - 44620006
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  44620204 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 44620105  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  44620104 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 44620006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 77 - 233
Target Start/End: Original strand, 13174792 - 13174948
Alignment:
Q  77 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 176  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    ||||| | ||||||| || || ||||||||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||    
T  13174792 attcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttaggaggacacattctcgctggtagattaaaggaggacgacaagaagattgttcgtgact 13174891  T
Q  177 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||  |||||||    
T  13174892 tgaccaagagcaagatgcttccaataaatattttgatacatttgaagaacaaaagac 13174948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 233
Target Start/End: Original strand, 13630376 - 13630583
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  13630376 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 13630475  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagac 225  Q
    |||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||     
T  13630476 acattctttccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaa 13630575  T
Q  226 aaaaagac 233  Q
    | ||||||    
T  13630576 acaaagac 13630583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3947562 - 3947364
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  3947562 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 3947463  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  3947462 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 3947364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 3984073 - 3984271
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  3984073 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 3984172  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  3984173 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 3984271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 38775216 - 38775018
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  38775216 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 38775117  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  38775116 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 38775018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 44466542 - 44466740
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  44466542 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 44466641  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  44466642 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 44466740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 211
Target Start/End: Original strand, 39914002 - 39914082
Alignment:
Q  131 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttg 211  Q
    |||||| | ||||||| | |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  39914002 cttgcgagaagattaatgaaggatgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagtttggtgcaacaaaaaaatattttg 39914082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 235
Target Start/End: Original strand, 25593678 - 25593837
Alignment:
Q  76 tattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgac 175  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||  | |  ||||| | | ||| | |||||||| | ||||| |||||| | ||||  | |||||||||||    
T  25593678 tattcttaatggtgttcacaaccataagatgttgccatatttagcagggcaccttcttgcgggaatattaatggaggacgacaaggcgattgtatgtgac 25593777  T
Q  176 ttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagacaa 235  Q
    |||||||| |||| |||    |||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||    
T  25593778 ttgaccaatagttcggtaaaaccaaaaaatattttgacaaatttgaagaagaaaagacaa 25593837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 12649589 - 12649484
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||  ||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  12649589 tttagaaggacacattcttgccggtaaattaa--gagcacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 12649492  T
Q  215 aatttgaa 222  Q
     |||||||    
T  12649491 catttgaa 12649484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 22 - 248
Target Start/End: Original strand, 20285965 - 20286191
Alignment:
Q  22 tatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaa 121  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| | || | | || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    |||||||    
T  20285965 tatgttcatggtaagtggatatcttagtaggcaaacaaatgaatggaaactgaacattcttaatggagttcacaaccatgtgatggagccggctttagaa 20286064  T
Q  122 agacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttga 221  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20286065 ggacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatgacaagaagattgtatgtgacttaaccaagagtaaggtgcttccaagaaatattttgttaaatttga 20286164  T
Q  222 agacaaaaagacaaaattacaagacaa 248  Q
    |||  ||||||||| ||| || |||||    
T  20286165 agagcaaaagacaagattgcatgacaa 20286191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 40 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 23028654 - 23028455
Alignment:
Q  40 atatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggt 139  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |   ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  23028654 atatcttagtagggaaacaaatgattggagattgaatattattaatggagttcacaaccatgagatgaaggcaagtttagaagaacacatgcttgcgggt 23028555  T
Q  140 agattaaaggaggatggcaagaagcttgta-------tgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaaga 232  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| |||||        |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  23028554 agattaagggaggatgacaagaagattgtacatgattggtgacttgaccaagagtttgatgctttcaaaaaatattttattaaatttgaagagaaaaaga 23028455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 31 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 13158130 - 13157978
Alignment:
Q  31 ggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatg 130  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||| |   || |||| || ||| ||||    
T  13158130 ggttcgtggatatcttaataagcaaacaaatgattggagattgaacattcttaatggagttcacaaccatgaaatggagtcaaatttaaaaggacgcatg 13158031  T
Q  131 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaa 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  13158030 cttgcgggtagattaaaggaggatgacaagaaacttgtatgtgacttcaccaa 13157978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 7 - 207
Target Start/End: Original strand, 20286449 - 20286650
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttc-gtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagat 105  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||| | ||   | || ||||||||||||||| ||||||| | |||    
T  20286449 aagaaaatgtgggtgtatgttcatgggtaagtggatatcttagtaggcaaacaaatgaatggaacctgaacattcttaatggagtttacaaccatgtgat 20286548  T
Q  106 gtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaat 205  Q
    | | |    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||  ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||    
T  20286549 ggagccggctttagaaggacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatgacaaaaagattgtacatgacttgaccaagagtaaggtgcatccaagaaat 20286648  T
Q  206 at 207  Q
    ||    
T  20286649 at 20286650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 18537439 - 18537230
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| | ||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||  | | |  ||||||| |    
T  18537439 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagaaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgattgagccagctttagaagg 18537340  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  18537339 acacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagtgagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 18537240  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  18537239 aacaaaagac 18537230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 7020892 - 7020783
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  7020892 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtatgtgacttgaccaagaggaagatgcttccaagaaatattttgata 7020793  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  7020792 catttgaaga 7020783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25896221 - 25896006
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    |||    
T  25896221 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatg 25896122  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  25896121 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 25896022  T
Q  207 ttttgttaaatttgaa 222  Q
    ||||| || |||||||    
T  25896021 ttttgatacatttgaa 25896006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27866857 - 27866748
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  27866857 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 27866758  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  27866757 catttgaaga 27866748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 34078829 - 34078938
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  34078829 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 34078928  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  34078929 catttgaaga 34078938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 1035670 - 1035466
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  1035670 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgccatg 1035571  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||  ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  1035570 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaatattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 1035471  T
Q  207 ttttg 211  Q
    |||||    
T  1035470 ttttg 1035466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 52 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 13567177 - 13567005
Alignment:
Q  52 gcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggag 151  Q
    ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | | |  ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  13567177 gcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccagctttagaaggacacattcttgccggtagattaaagaag 13567078  T
Q  152 gatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    || | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  13567077 gacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 13567005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 7800126 - 7799911
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |  ||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  7800126 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgggaattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 7800027  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||  |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  7800026 gagccggctttagaaggacacattcttgtcggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 7799927  T
Q  207 ttttgttaaatttgaa 222  Q
    ||||| || |||||||    
T  7799926 ttttgatacatttgaa 7799911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 77 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4202989 - 4202833
Alignment:
Q  77 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 176  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    ||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||    
T  4202989 attcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaaggacacactcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgact 4202890  T
Q  177 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||| ||||||   | |||||||||  ||||||||| || |||||||||  |||||||    
T  4202889 tgatcaagagcaagatgcttccaagtaatattttgatacatttgaagaacaaaagac 4202833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 11032553 - 11032355
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  11032553 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaagaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaatgac 11032454  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| || ||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  11032453 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaaaagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 11032355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37819978 - 37819780
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  37819978 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 37819879  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    ||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  37819878 acattgttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 37819780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 38859291 - 38859093
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  38859291 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaagaatggagattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 38859192  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| || |    | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  38859191 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaaaaacaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 38859093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 28885404 - 28885311
Alignment:
Q  131 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  28885404 cttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 28885311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 139 - 233
Target Start/End: Original strand, 1036424 - 1036518
Alignment:
Q  139 tagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||||||||||||| | ||||||  ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||  |||||||    
T  1036424 tagattaaaggaggacgacaagaatattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagac 1036518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 224
Target Start/End: Original strand, 25048472 - 25048556
Alignment:
Q  140 agattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||||||||| |||| | ||   ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  25048472 agattaatggaggacgacaagaagattgtatatgacttgaccaatagttcgttgaaaccataaaatattttgataaatttgaaga 25048556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 171 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 9376729 - 9376666
Alignment:
Q  171 gtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagaca 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| | |||||||||  |||||||||    
T  9376729 gtgacttgaccaagagtttggtgccacctaagaatattttgatgaatttgaagggaaaaagaca 9376666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 43 - 235
Target Start/End: Original strand, 6182653 - 6182845
Alignment:
Q  43 tcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtaga 142  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| | | |||||||||| |||| ||||||||  ||| |    
T  6182653 tcttagtagggaaacaaacgattggagattgaatattcttgatggagttcacaaccatgagatgaagccaagtttagaaggacatatgcttgcaagtata 6182752  T
Q  143 ttaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagacaa 235  Q
    |||| ||| | || ||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6182753 ttaagggatggtgacaagaaaattgtacatgacttgaccaagagtttggtgctttcaaaaaatattttgttaaattttaagagaaaaagacaa 6182845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 18580448 - 18580231
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   ||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  18580448 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattaaacattcttaatggagttcacaaccatgcaatg 18580349  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  18580348 aagccggctttagaatgacacattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtatgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 18580249  T
Q  207 ttttgttaaatttgaaga 224  Q
    ||||| || |||||||||    
T  18580248 ttttgatacatttgaaga 18580231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Original strand, 4976713 - 4976922
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||  |||||| | |||| | |    |||||||||    
T  4976713 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagtttgcaaccatgcgatggagccggctttagaaag 4976812  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  4976813 acacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 4976912  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  4976913 aacaaaagac 4976922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 9890982 - 9891180
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  9890982 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 9891081  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  9891082 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 9891180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4979057 - 4978848
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||| |||||| | |||| | |  | ||||||| |    
T  4979057 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcccaaccatgcgatggagccgactttagaagg 4978958  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| |||||  | ||| ||||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  4978957 acacattcttgccagcagactaaaggatgacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 4978858  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  4978857 aacaaaagac 4978848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 77 - 233
Target Start/End: Original strand, 11502517 - 11502673
Alignment:
Q  77 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 176  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | |||| | |    ||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||||||    
T  11502517 attcttaatggagttcacacccatgcgatggagccggctttagaaggacacattcatgccggtagattaaaggaagacgacaagaagattgtacgtgact 11502616  T
Q  177 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||  |||||||    
T  11502617 tgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagac 11502673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 123 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 19072661 - 19072562
Alignment:
Q  123 gacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaa 222  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  19072661 gacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaa 19072562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 221
Target Start/End: Original strand, 21471735 - 21471949
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    |||    
T  21471735 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatacaatg 21471834  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     |   || |||| |||||||||| ||||  | |||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  21471835 gagacaactttaaaaagacacattcttgaagatagaataaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 21471934  T
Q  207 ttttgttaaatttga 221  Q
    ||||| || ||||||    
T  21471935 ttttgatacatttga 21471949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 3404839 - 3404948
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  3404839 tttagaaggacacattcttgccagtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 3404938  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  3404939 catttgaaga 3404948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 41024248 - 41024357
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  41024248 tttagaaggacacattcttgcaggtagattaaaggaggacgaaaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 41024347  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  41024348 catttgaaga 41024357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 218
Target Start/End: Original strand, 4769178 - 4769282
Alignment:
Q  114 gtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtt 213  Q
    |||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||| ||| |||||||||| |    
T  4769178 gtttagaaggacacattcttaccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgctttcaagaaatattttgat 4769277  T
Q  214 aaatt 218  Q
    |||||    
T  4769278 aaatt 4769282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 51643603 - 51643392
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagtt-cacaaccaagagatgtaacgaag-tttagaa 121  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || ||||||||||||||| ||||| || | |||| | |   | |||| ||    
T  51643603 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaattgagattgaacattcttaatggagtttcacaaacatgcgatggagcccggctttataa 51643504  T
Q  122 agacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttga 221  Q
     ||||||| |||||  |||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  51643503 ggacacattcttgccagtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaaaatgctttcaaaaaatattttgatacatttga 51643404  T
Q  222 agacaaaaagac 233  Q
    |||  |||||||    
T  51643403 agaacaaaagac 51643392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 49565565 - 49565367
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  49565565 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 49565466  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  49565465 acattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 49565367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 7 - 99
Target Start/End: Original strand, 17140530 - 17140622
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaacca 99  Q
    ||||| |||| | ||| ||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  17140530 aagaaaatgtggatgtttgttcatggttagtggatatcaaagtaggcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaacca 17140622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 38463821 - 38463741
Alignment:
Q  143 ttaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||| | ||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38463821 ttaaaggaggacgacaagaagattgcacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaaaaaatattttgatacatttgaag 38463741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 38463917 - 38463825
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaacca 99  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  38463917 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaacca 38463825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 22)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 17997276 - 17997064
Alignment:
Q  23 atgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaa 122  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||| || | |||||| || |||||| ||| ||||| |||||| | |||| | |    |||||||     
T  17997276 atgttcaaggttagtggatatcttagtagacaaacaaaggaatggagattgaacattcttcatgaagttcgcaaccatgcgatggagccggctttagaag 17997177  T
Q  123 gacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaa 222  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  17997176 gacacatgcttgctggtagattaaaggaggatgataagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaaggtgcttccaagaaatattttgataaatttgaa 17997077  T
Q  223 gacaaaaagacaa 235  Q
    ||  |||||||||    
T  17997076 gagcaaaagacaa 17997064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11692934 - 11692712
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||     
T  11692934 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgtgatc 11692835  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |  | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  11692834 gagccgactttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 11692735  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaa 229  Q
    ||||| || ||||||||||||||    
T  11692734 ttttgatacatttgaagacaaaa 11692712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 41008100 - 41007874
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  41008100 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 41008001  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
    || |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  41008000 tagccggctttagaatgacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 41007901  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  41007900 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 41007874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 12907612 - 12907397
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  12907612 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggagattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 12907513  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  12907512 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 12907413  T
Q  207 ttttgttaaatttgaa 222  Q
    || || || |||||||    
T  12907412 ttctgatacatttgaa 12907397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 233
Target Start/End: Original strand, 436292 - 436478
Alignment:
Q  47 agtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaa 146  Q
    |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  436292 agtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaa 436391  T
Q  147 aggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||  |||||||    
T  436392 aggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagac 436478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 43949402 - 43949176
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||| ||||||||||||||||||| | || |    
T  43949402 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattattaatggagttcacaaccatgcgaag 43949303  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  43949302 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacggcaagaagattgtacatgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 43949203  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  43949202 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 43949176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 7263992 - 7264190
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| |||    ||||||| |||    
T  7263992 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatctcatggaaccggctttagaaggac 7264091  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | || |||||| |||||||||| || |||||||||    
T  7264092 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatggttccaagaaatattttgatacatttgaaga 7264190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 28355022 - 28354796
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  28355022 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcataaccatgcgatg 28354923  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||| |||   | ||||||||| |||||    
T  28354922 gagcctgctttagaatgacacattcttgctggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccatgagcaagatgcttccaagaaata 28354823  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  28354822 ttttgatacatttgaagaataaaagac 28354796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3802578 - 3802469
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  3802578 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaataaatattttgata 3802479  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  3802478 catttgaaga 3802469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27275372 - 27275263
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  27275372 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 27275273  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  27275272 catttgaaga 27275263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 24750599 - 24750825
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    |||    
T  24750599 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatg 24750698  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||| |||||| ||||   | ||||||||| |||||    
T  24750699 gagccggatttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggatgacaagaagattgtacatgaattgaccgagagcaagatgcttccaagaaata 24750798  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  24750799 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 24750825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 24605192 - 24604983
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    |||||||      
T  24605192 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaagt 24605093  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| ||||  |||||| |||||||||| | ||||||  ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  24605092 acacattcttgtcggtagactaaaggaggacgacaagaaaattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 24604993  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  24604992 aacaaaagac 24604983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 212542 - 212344
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  212542 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 212443  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  212442 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 212344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 10623555 - 10623357
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  10623555 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 10623456  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  10623455 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 10623357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 115 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 34920794 - 34920676
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||| | |||| |||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  34920794 tttagaaggacacattcttaccggtaaattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 34920695  T
Q  215 aatttgaagacaaaaagac 233  Q
     |||||||||  |||||||    
T  34920694 catttgaagaacaaaagac 34920676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 5348216 - 5348325
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  5348216 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 5348315  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     | |||||||    
T  5348316 cacttgaaga 5348325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 41561061 - 41561170
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  41561061 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 41561160  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     | |||||||    
T  41561161 cacttgaaga 41561170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 45476407 - 45476516
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||| ||| |||||||||| ||    
T  45476407 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttacaagaaatattttgata 45476506  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
      ||||||||    
T  45476507 cgtttgaaga 45476516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 39794930 - 39795128
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| | |    
T  39794930 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaagaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaagggc 39795029  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| || ||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  39795030 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaaaagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 39795128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 38946723 - 38946921
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  38946723 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 38946822  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||  |||||||||| || | |||||||    
T  38946823 acattcttgccggtagattaaaggaggacaacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccatgaaatattttgatacacttgaaga 38946921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 1100203 - 1100042
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  1100203 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 1100104  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgt 168  Q
     | |    ||||||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  1100103 gagccggctttagatggacacattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgt 1100042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 34920892 - 34920802
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaac 97  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || |||||||||||||||||||||    
T  34920892 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggagattgaacattcttaatggagttcacaac 34920802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 8400527 - 8400753
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || | | |||| || ||| | ||||||||||||||||| | ||||    
T  8400527 aagaaaatgtgggtgcttgttcatggttagtggatatcttagtaggcaaacaaaagaatggggattgaacattttcaatggagttcacaaccatgcgatg 8400626  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | || | ||||||||||    
T  8400627 gagccggctttagaaggacacattcttgctggtacattaaaggaggatgacaagaagattgtaggtgacttgaccaagagcaagatgttaccaaaaaata 8400726  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  8400727 ttttgataaatttgaagaacaaaagac 8400753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 43827726 - 43827500
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | || |    
T  43827726 aagaaaatgtgggtgtttgttcatggttagtggatatcttagtagacaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgaag 43827627  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | | |  ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||||||||||||| |   | ||||||||| |||||    
T  43827626 gagccagctttagaatgacacattcttaccggtagattaaaggaggacgaaaagaagattgtacgtgacttgaccaagtgcaagatgcttccaagaaata 43827527  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  43827526 ttttgataaatttgaagaacaaaagac 43827500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 47061824 - 47062050
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  47061824 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgaggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 47061923  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |  | ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  47061924 gagccgacttttgaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaaaaagattgtatgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 47062023  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  47062024 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 47062050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 210
Target Start/End: Original strand, 21799953 - 21800156
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||  | | |||||| || ||| ||||||||||||||||||| | ||||    
T  21799953 aagaaaatgtgggtgcatgttcatggttagtggatatcttagtaggaaaacaaagcaatggagattgaacattgttaatggagttcacaaccatgcgatg 21800052  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     |      ||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||  || || ||||||| | ||||||   ||||| |||||||||||    
T  21800053 gagtcggctttagaaggacacatgtttgtcggtagattaaaggaggataacaagaaaattatacgtgacttaatcaagagcaaggtgcatccaaaaaata 21800152  T
Q  207 tttt 210  Q
    ||||    
T  21800153 tttt 21800156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 18106348 - 18106546
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  18106348 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 18106447  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  18106448 acattcttgcaggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 18106546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 617850 - 617652
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  617850 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 617751  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  617750 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 617652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 30787499 - 30787697
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  30787499 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 30787598  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  30787599 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 30787697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 43623236 - 43623038
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  43623236 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 43623137  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  43623136 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 43623038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 45764339 - 45764537
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  45764339 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaatgac 45764438  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  45764439 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 45764537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 15060662 - 15060771
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| |||||   | |||||||||  ||||||||| ||    
T  15060662 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtaagtgacttgacaaagagcaagatgcttccaaggaatattttgata 15060761  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  15060762 catttgaaga 15060771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 76 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 20908568 - 20908433
Alignment:
Q  76 tattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgac 175  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |     ||  |||||| | ||||| ||||| || ||||||| |||||||| ||||||| ||||  |||||    
T  20908568 tattcttaatggagttcacaaccatgagacgacggcaatgttagaagggcacattcttgcaggaagattaagggaggatgacaagaagattgtgcgtgac 20908469  T
Q  176 ttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttg 211  Q
    || ||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  20908468 tttaccaagagtttggtgcaacaaaaaaatattttg 20908433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 235
Target Start/End: Original strand, 3761964 - 3762074
Alignment:
Q  125 cacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||| |||| ||| ||| || || || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| | |||||||||     
T  3761964 cacatgcttgagggaagattaagggaagatgacaaaaagattctaggtaacttgaccaagagtttgatgcagccaaaaaatattttgatgaatttgaagg 3762063  T
Q  225 caaaaagacaa 235  Q
     ||||||||||    
T  3762064 gaaaaagacaa 3762074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 42500367 - 42500565
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | |||||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| ||     
T  42500367 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggagattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggaa 42500466  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||| ||||    | ||||| ||| |||||||||| || |||||||||    
T  42500467 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgacaaagatcaagatgctttcaagaaatattttgatacatttgaaga 42500565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 131 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 8194276 - 8194172
Alignment:
Q  131 cttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaa 230  Q
    |||||||| ||||||| |||||| | ||||||| |||||  |||||||| ||| |||| ||||   |||||||||||||||  |||||||||||  ||||    
T  8194276 cttgcgggaagattaatggaggacgacaagaagattgtacatgacttgagcaatagttcggtgaaaccaaaaaatattttgacaaatttgaagaagaaaa 8194177  T
Q  231 gacaa 235  Q
    |||||    
T  8194176 gacaa 8194172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 140 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16794600 - 16794516
Alignment:
Q  140 agattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||  |||||||||||    
T  16794600 agattaatggaggacgacaagaagattgtacatgacttgaccaatagtttggtgaaaccaaaaaatattttgacaaatttgaaga 16794516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 7168841 - 7169067
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  ||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  7168841 aagaaaatgtgggtgcttgttcatggttagtggatatcaaagtaggcaaacaaaggagtggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 7168940  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |  | ||||||| || |||| |||||  |||||||||||||||| | ||||| | ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  7168941 gagccgactttagaaggatacattcttgctagtagattaaaggaggacgacaagatgattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 7169040  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  7169041 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 7169067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 35965848 - 35965639
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |    ||||||| |    
T  35965848 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccggctttagaagg 35965749  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  35965748 acacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 35965649  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  35965648 aacaaaagac 35965639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 39752148 - 39751922
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| | ||| |||||||| || ||| |||||  |||| |||||||||||| | | |||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  39752148 aagaaaatgtggatgtttgttcatgattggtggatatcaaagtaagcaaacaaatgaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcaatg 39752049  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     |||    ||||||| |||| ||   ||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  39752048 gaaccggctttagaatgacatatttatgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 39751949  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  39751948 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 39751922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 7 - 224
Target Start/End: Original strand, 45455317 - 45455534
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | ||||  | ||||||||||||||| ||||||| | ||||    
T  45455317 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattggacattcttaatggagttaacaaccatgcgatg 45455416  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |  | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||     ||||||||| |||||    
T  45455417 gagccgactttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaaaatgcttccaagaaata 45455516  T
Q  207 ttttgttaaatttgaaga 224  Q
    ||||| || |||||||||    
T  45455517 ttttgatacatttgaaga 45455534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 14401894 - 14401676
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||| |||||| | | | || |||| |||||||| ||||||| |||| ||  ||   |||||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  14401894 aagaaaatgtgggtgtgtgttcaagttgcatggatatgttagtagggaaacaaaggattggaagttggctattcttaatggagttcacaaccatgaattg 14401795  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgta--tgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaa 204  Q
       | |||||||||| | ||||| ||||| || ||||||| ||| |||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  14401794 gtgccaagtttagaatggcacattcttgcaggaagattaagggatgatgacaagaagattgtacatatgacttgaccaagagtttggtgccaccaaaaaa 14401695  T
Q  205 tattttgttaaatttgaag 223  Q
    ||||||| | |||||||||    
T  14401694 tattttgatgaatttgaag 14401676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 77 - 211
Target Start/End: Original strand, 22580914 - 22581048
Alignment:
Q  77 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 176  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | |||| | |  | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||    
T  22580914 attcttaatggagtttacaaccatgcgatggagccgactttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgact 22581013  T
Q  177 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttg 211  Q
    ||||||||||   | ||||||||| ||||||||||    
T  22581014 tgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttg 22581048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 43689291 - 43689065
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  43689291 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggatttaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 43689192  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     |      ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | |||||| || |||||    
T  43689191 gagtcggctttagaaggacacattcttgccggtagattaaaagaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttcgaagaaata 43689092  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  43689091 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 43689065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 233
Target Start/End: Original strand, 43370725 - 43370934
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | | || || ||||||||||||||||||||||| | |||| |      ||||||| |    
T  43370725 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggtttgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagtcggctttagaagg 43370824  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaag 223  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  43370825 acacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaag 43370924  T
Q  224 acaaaaagac 233  Q
    |  |||||||    
T  43370925 aacaaaagac 43370934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 7341039 - 7341237
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  7341039 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 7341138  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  7341139 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 7341237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 8422957 - 8422759
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||||| |    ||| | |    ||||||| |||    
T  8422957 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattaaacattcttaatggagttcacaactatcccatggagccggctttagaatgac 8422858  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  8422857 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 8422759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 30304711 - 30304513
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  30304711 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 30304612  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  30304611 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 30304513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 32378009 - 32377811
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  32378009 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 32377910  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  32377909 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 32377811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 32431966 - 32431768
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  32431966 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 32431867  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  32431866 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 32431768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 1115821 - 1115930
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  1115821 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatagtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 1115920  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     | |||||||    
T  1115921 caattgaaga 1115930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 2146070 - 2145948
Alignment:
Q  47 agtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaa 146  Q
    |||| |||||||||||| | |||||| || ||| ||||||||||||||||||| | |||| | |  | ||||||| |||| || ||||| ||||||||||    
T  2146070 agtaagcaaacaaatgaatggagattgaacatttttaatggagttcacaaccatgcgatggagccgactttagaaggacatattcttgccggtagattaa 2145971  T
Q  147 aggaggatggcaagaagcttgta 169  Q
    ||||||| | ||||||| |||||    
T  2145970 aggaggacgacaagaagattgta 2145948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0219
Description:

Target: scaffold0219; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 17010 - 17236
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  17010 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatagggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 17109  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  17110 gagccggctttagaaggacacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtaagtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 17209  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  17210 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 17236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Original strand, 18606937 - 18607152
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  18606937 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 18607036  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |  | ||||||| ||||||| ||||  | ||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  18607037 gagccgactttagaaggacacattcttgtcgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaata 18607136  T
Q  207 ttttgttaaatttgaa 222  Q
    ||||| || |||||||    
T  18607137 ttttgatacatttgaa 18607152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Original strand, 24220107 - 24220324
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  ||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| | | |||| || |||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  24220107 aagaaaatgtgggtgcttgtccatggttagtggatatcttagtaggaaaacaaatgaatggggattgaaaattcttaatgcagttcacaaccatgcgatg 24220206  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagag--tttggtgcttccaaaaaa 204  Q
     |      ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||  || || ||||||||||||||||  |  | ||||||||| |||    
T  24220207 gagtcggctttagaaggacacattcttgtcggtagattaaaggaggacgacaagaaaattatacgtgacttgaccaagagcataagatgcttccaagaaa 24220306  T
Q  205 tattttgttaaatttgaa 222  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  24220307 tattttgataaatttgaa 24220324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 28250856 - 28251054
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | | |  ||||||| |||    
T  28250856 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccagctttagaaggac 28250955  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  28250956 acattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 28251054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 233
Target Start/End: Original strand, 31147333 - 31147489
Alignment:
Q  77 attcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgact 176  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| | |  | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  31147333 attcttaatggagttcacaaccatgcgatggagccgactttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggagaatgacaagaagattgtacgtgact 31147432  T
Q  177 tgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||| ||||||   | |||||||||  ||||||||  || |||||||||  |||||||    
T  31147433 tgatcaagagcaagatgcttccaagtaatatttttatacatttgaagaacaaaagac 31147489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 29288028 - 29287842
Alignment:
Q  47 agtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaa 146  Q
    |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| |      |||| || ||||||| ||||| |||||| |||    
T  29288028 agtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagtcggctttataaggacacattcttgccggtagactaa 29287929  T
Q  147 aggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||  |||||||    
T  29287928 aggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaagaacaaaagac 29287842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1611852 - 1611654
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  1611852 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 1611753  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  1611752 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 1611654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 186
Target Start/End: Original strand, 7362137 - 7362299
Alignment:
Q  24 tgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaag 123  Q
    |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || |   |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||| |    | ||||||| |    
T  7362137 tgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatgtggattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatggagtcgactttagaatg 7362236  T
Q  124 acacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagag 186  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  7362237 acacattcttgccggtagactaaaggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagag 7362299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 115 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21358359 - 21358241
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| |||||  |||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  21358359 tttagaaggacacattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtacatgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 21358260  T
Q  215 aatttgaagacaaaaagac 233  Q
     |||||||||  |||||||    
T  21358259 catttgaagaacaaaagac 21358241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 115 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 23962341 - 23962223
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||| |||||  |||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  23962341 tttagaaggacacattcttgccgatagattaaaggaggacgacaagaagattgtacatgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 23962242  T
Q  215 aatttgaagacaaaaagac 233  Q
     |||||||||  |||||||    
T  23962241 catttgaagaacaaaagac 23962223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 76 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 34111713 - 34111598
Alignment:
Q  76 tattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgac 175  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||   | ||  |||||| |  | || ||||| || ||||||||||| |||| | ||||| ||||| |||||    
T  34111713 tattcttaatggagttcacaaccatgagatggcgccaaagttagaagggaaaattcttgcaggaagattaaaggaagatgactagaagattgtacgtgac 34111614  T
Q  176 ttgaccaagagtttgg 191  Q
    ||||||||||||||||    
T  34111613 ttgaccaagagtttgg 34111598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 99
Target Start/End: Original strand, 35243544 - 35243636
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaacca 99  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| |||||||||||| | | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  35243544 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaatgaatggggattgaacattcttaatggagttcacaacca 35243636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 26 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 13387795 - 13387722
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaacca 99  Q
    |||||| |||||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  13387795 ttcatgattcgtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaacca 13387722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0341
Description:

Target: scaffold0341; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16369 - 16260
Alignment:
Q  115 tttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgtta 214  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| ||    
T  16369 tttagaaggacacattcttgccggtagattaaaggaggaagacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgata 16270  T
Q  215 aatttgaaga 224  Q
     |||||||||    
T  16269 catttgaaga 16260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0494 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0494
Description:

Target: scaffold0494; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 1841 - 2039
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  1841 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 1940  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  1941 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacatttgaaga 2039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 12203 - 12429
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||| ||||| |  |||    
T  12203 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcaaaaccatgccatg 12302  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaata 206  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||| | |||||||||| |||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||    
T  12303 gagctggctttagaaggacacattctttccggtagattaatggaggacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagagaaagatgcttccaagaaata 12402  T
Q  207 ttttgttaaatttgaagacaaaaagac 233  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||    
T  12403 ttttgatacatttgaagaacaaaagac 12429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0101 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0101
Description:

Target: scaffold0101; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 33769 - 33967
Alignment:
Q  26 ttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatgtaacgaagtttagaaagac 125  Q
    |||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || |||||||||||||||||||||||    ||| | |    ||||||| |||    
T  33769 ttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggggattgaacattcttaatggagttcacaaccatcccatggagccggctttagaaggac 33868  T
Q  126 acatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagagtttggtgcttccaaaaaatattttgttaaatttgaaga 224  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| ||||||||||||||||   | ||||||||| |||||||||| || | |||||||    
T  33869 acattcttgccggtagattaaaggaggacgacaagaagatcgtacgtgacttgaccaagagcaagatgcttccaagaaatattttgatacacttgaaga 33967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0340
Description:

Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 7 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 290 - 111
Alignment:
Q  7 aagaatatgtaggtgtatgttcatggttcgtgaatatcttagtaggcaaacaaatgattcgagattaaatattcttaatggagttcacaaccaagagatg 106  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||| || | | |||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  290 aagaaaatgtgggtgcttgttcatgattagtggatatcaaagtaagcaaacaaaggaatggtgattgaacattcttaatggagttcacaaccatgcgatg 191  T
Q  107 taacgaagtttagaaagacacatgcttgcgggtagattaaaggaggatggcaagaagcttgtatgtgacttgaccaagag 186  Q
     | |    ||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  190 gagccggctttagaaggacacattcttacgagtagactaaaggagaacgacaagaagattgtacgtgacttgaccaagag 111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University