View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10855A_low_517 (Length: 221)

Name: NF10855A_low_517
Description: NF10855A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10855A_low_517
NF10855A_low_517
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (1-221)||(32633339-32633559)
chr8 (1-221)||(6310279-6310499)
chr8 (1-221)||(5549861-5550081)
chr8 (1-221)||(5607848-5608068)
chr8 (1-221)||(5627302-5627522)
chr8 (1-221)||(5571444-5571664)
chr8 (1-221)||(14404789-14405009)
chr8 (1-221)||(13164953-13165173)
chr8 (1-221)||(12177111-12177331)
chr8 (1-221)||(12421539-12421759)
chr8 (1-221)||(12188432-12188652)
chr8 (1-221)||(12432860-12433080)
chr8 (126-221)||(9394277-9394372)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (1-221)||(13844-14064)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-221)||(19492832-19493052)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 32633339 - 32633559
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633339 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 32633438  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633439 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 32633538  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  32633539 acgcatgaaatctttcattgt 32633559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6310499 - 6310279
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| |    
T  6310499 aagacaacccttgctgctgctatgtttcaaagggtctcttttaaatatgaaggcagttgcttcttagaaaaggtaacagaagtatcaaagagacatggga 6310400  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6310399 tcaattacacatgcaacaaacttctttccaagttactcagggaagatcttgatattgatacttccaaattaataccatcaatgatcatgagaagactcaa 6310300  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6310299 acgcatgaaatctttcattgt 6310279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 5549861 - 5550081
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | |||||    
T  5549861 aagacaacccttgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgaaaaggttacagaagtatcaaaaagtcgtggaa 5549960  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  5549961 tcaattacacatgcaacaaacttctttctaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaa 5550060  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  5550061 aagcatgaaatctttcattgt 5550081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5608068 - 5607848
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  5608068 aagacaacccttgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaa 5607969  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  5607968 tcaattacacatgcaacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaa 5607869  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  5607868 aagcatgaaatctttcattgt 5607848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 5627302 - 5627522
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  5627302 aagacaacccttgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaa 5627401  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  5627402 tcaattacacatgcaacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaa 5627501  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  5627502 aagcatgaaatctttcattgt 5627522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 5571444 - 5571664
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  5571444 aagacaactcttgctgctgctatgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcaattgcttcttagaaagggtgacagaagtttcaaaaaagcatggaa 5571543  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||  || |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||     
T  5571544 tcaattacacgtgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagatcttcgtattgacactcccaaagtaatcccagccatgatcaagagaagactcag 5571643  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    ||  |||||||||||||||||    
T  5571644 acatatgaaatctttcattgt 5571664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 14404789 - 14405009
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  14404789 aagacaacccttgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaa 14404888  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  14404889 tcaattacgcgtgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaa 14404988  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  14404989 aagcatgaaatctttcattgt 14405009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 13164953 - 13165173
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||   | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||    
T  13164953 aagacaacccttgctgctgccatgtttcaaagagtctcttctcactatgaaggccattgcttcttagaaaatgtgacagaacaatcagaaaagcatggaa 13165052  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||    ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13165053 tcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactctcaaagtaataccatccatgatcaggagaagactcaa 13165152  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  13165153 acgcatgaaatctttcattgt 13165173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 12177331 - 12177111
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||      
T  12177331 aagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatgaaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggc 12177232  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||    
T  12177231 tcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaa 12177132  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  12177131 acgcatgaaagctttcattgt 12177111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 12421759 - 12421539
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||      
T  12421759 aagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatgaaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggc 12421660  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||    
T  12421659 tcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaa 12421560  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  12421559 acgcatgaaagctttcattgt 12421539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 12188652 - 12188432
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||      
T  12188652 aagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggc 12188553  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||    
T  12188552 tcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaa 12188453  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  12188452 acgcatgaaagctttcattgt 12188432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 12433080 - 12432860
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||      
T  12433080 aagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggc 12432981  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||    
T  12432980 tcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaa 12432881  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  12432880 acgcatgaaagctttcattgt 12432860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 9394372 - 9394277
Alignment:
Q  126 ttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||  || ||||||||||| |||| ||| | |||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  9394372 ttctaagttaatagcggaagatcttggtattgacactcccaaagtaatatcatctatggttatgtaaagactcaaacacatgaaagctttcattgt 9394277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14064 - 13844
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  14064 aagacaacccttgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaa 13965  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  13964 tcaattacgcgtgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaa 13865  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  13864 aagcatgaaatctttcattgt 13844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 8e-17; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 19493052 - 19492832
Alignment:
Q  1 aagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaa 100  Q
    |||||| || ||| ||||||| |||||||||   |||||| ||| ||| |||| |  |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  19493052 aagacagccattgttgctgctatgtttcaaaatttctcttgcaaatatcaaggtacctgcttcttagaaaaggtggcagaagaatcaaaaaggaatggaa 19492953  T
Q  101 tcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaa 200  Q
    |||||||||  |  || |||||| |||| |  |||||  |||||||| || |||| ||  |  | | ||||||  |||||||| |||| |||||||||||    
T  19492952 tcaatttcacttataaaaaacttgtttccacattactcggggaagatgttaatatcgacacgcctatagtaatgtcatccatggtcattagaagactcaa 19492853  T
Q  201 acgcatgaaatctttcattgt 221  Q
    | | |||||| ||||||||||    
T  19492852 aggaatgaaagctttcattgt 19492832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University