View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10855A_low_96 (Length: 364)

Name: NF10855A_low_96
Description: NF10855A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10855A_low_96
NF10855A_low_96
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (2-358)||(21792013-21792369)
chr7 (4-344)||(21788233-21788573)
chr7 (2-344)||(21681652-21681994)
chr7 (2-341)||(15713625-15713964)
chr7 (73-341)||(21623266-21623534)
chr7 (2-344)||(21646745-21647091)
chr7 (2-343)||(21807970-21808311)
chr7 (2-344)||(21689415-21689757)
chr7 (2-344)||(21785408-21785750)
chr7 (2-344)||(21652071-21652413)
chr7 (2-344)||(21628127-21628469)
chr7 (2-344)||(21992175-21992526)
chr7 (2-341)||(21704645-21704984)
chr7 (2-341)||(21664100-21664442)
chr7 (26-343)||(21714209-21714526)
chr7 (2-344)||(21725898-21726240)
chr7 (2-344)||(21771963-21772305)
chr7 (73-344)||(21764135-21764406)
chr7 (2-341)||(21745534-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (215-345)||(25588-25718)
scaffold0182 (2-162)||(25312-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (264-338)||(18192049-18192123)
chr1 (35-148)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 2 - 358
Target Start/End: Original strand, 21792013 - 21792369
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792013 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 21792112  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792113 agatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgat 21792212  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    |||||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792213 aacattgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 21792312  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 358  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792313 tattgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 4 - 344
Target Start/End: Original strand, 21788233 - 21788573
Alignment:
Q  4 atacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | |||  | ||  ||||||| |||||||||| ||  ||||    
T  21788233 atacaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaa 21788332  T
Q  104 atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataa 203  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| |||||    
T  21788333 atttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataa 21788432  T
Q  204 cattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatg 303  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788433 cattgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatg 21788532  T
Q  304 ttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788533 ttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21681652 - 21681994
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||| ||| |||| ||| ||| || || |||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21681652 agatacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21681751  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||    
T  21681752 agatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgat 21681851  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | |||||||    
T  21681852 aacattgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatgga 21681951  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681952 tgttgttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 2 - 341
Target Start/End: Original strand, 15713625 - 15713964
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||| | || | ||| || |||||||| || |||||||||| || |||    
T  15713625 agatacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcattacgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaatac 15713724  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    ||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||    
T  15713725 aaatctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgat 15713824  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15713825 aacattgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatgga 15713924  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 341  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15713925 tgttgttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 73 - 341
Target Start/End: Original strand, 21623266 - 21623534
Alignment:
Q  73 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 172  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   |||    
T  21623266 tcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttc 21623365  T
Q  173 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 272  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21623366 agaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctt 21623465  T
Q  273 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 341  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623466 tggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21646745 - 21647091
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | |    
T  21646745 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattacacccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaatcc 21646844  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    ||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  |||    
T  21646845 aaagctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagat 21646944  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21646945 aacattgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21647044  T
Q  302 tgttgttcgtgg----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    | ||||||||||    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647045 tattgttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 2 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 21808311 - 21807970
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| | || | ||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||     
T  21808311 agatacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggtatcaataggtcctatccatcatggaaatat 21808212  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21808211 aaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattgctgat 21808112  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21808111 aacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtcatgga 21808012  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 343  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808011 tgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21689415 - 21689757
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||  | |||| |||||| ||||||||||||| ||     
T  21689415 agatacaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcattagaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaataa 21689514  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  |||    
T  21689515 atctctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgat 21689614  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||    
T  21689615 aacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtgga 21689714  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689715 tgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21785408 - 21785750
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||| | || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | |    
T  21785408 agatacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggtcctatccatcatgacaatcc 21785507  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | || |  |   ||| ||     ||||| ||||||||||||||||||    
T  21785508 aaatctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatctacacaaaaagattgccgat 21785607  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21785608 aacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21785707  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785708 tgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21652071 - 21652413
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||| || |||    
T  21652071 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgacaatac 21652170  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    |||| || |   ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||  ||||||||||||||||||    
T  21652171 aaatatgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctagaggatcgacacaaaaagattgccgat 21652270  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    || ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21652271 aaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21652370  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652371 tgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21628127 - 21628469
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||| | |||| |||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21628127 agatacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcagtac 21628226  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| |||    
T  21628227 aaatctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgat 21628326  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||    
T  21628327 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtgga 21628426  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628427 tgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21992175 - 21992526
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| | ||| | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21992175 agatacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21992274  T
Q  102 aa---------atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaag 192  Q
    ||         ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| |||||||||    
T  21992275 aagcaatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaag 21992374  T
Q  193 attgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagc 292  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21992375 attatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagc 21992474  T
Q  293 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992475 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 341
Target Start/End: Original strand, 21704645 - 21704984
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||| | || | ||| || || |||||||| |||||||||| || | |    
T  21704645 agatacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatcatgacaatcc 21704744  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| |||    
T  21704745 aactctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagat 21704844  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||    
T  21704845 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtgga 21704944  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 341  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704945 tattgttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 341
Target Start/End: Original strand, 21664100 - 21664442
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    |||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21664100 agatacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21664199  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   |||    
T  21664200 agatctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgat 21664299  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 298  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  21664300 aacatcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgt 21664399  T
Q  299 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 341  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664400 ggatattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 26 - 343
Target Start/End: Original strand, 21714209 - 21714526
Alignment:
Q  26 tcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagta 125  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | |||||| ||| ||||||| |||||||||| || | |||||||| ||  ||||||||||||    
T  21714209 tcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaatctgaagaaaggagagaagta 21714308  T
Q  126 caagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcat 225  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21714309 caaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcat 21714408  T
Q  226 tttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctt 325  Q
    |||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21714409 tttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtggatggatgttctt 21714508  T
Q  326 tgttgcatatcttggaga 343  Q
    || | |||||||||||||    
T  21714509 tgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21725898 - 21726240
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  ||    
T  21725898 agatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaacac 21725997  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    |||||||   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21725998 aaatctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgat 21726097  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21726098 aacattgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21726197  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726198 tgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 344
Target Start/End: Original strand, 21771963 - 21772305
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  ||    
T  21771963 agatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataacac 21772062  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    |||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21772063 aaatctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgat 21772162  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21772163 aacattgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21772262  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772263 tgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 73 - 344
Target Start/End: Original strand, 21764135 - 21764406
Alignment:
Q  73 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 172  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||    
T  21764135 tcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatc 21764234  T
Q  173 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 272  Q
       | || || ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21764235 cagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctt 21764334  T
Q  273 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 344  Q
    |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764335 tcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 341
Target Start/End: Original strand, 21745534 - 21745873
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | ||| || ||| ||||||| |||||||||| || | |    
T  21745534 agatacaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaatcc 21745633  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 201  Q
    ||||||  ||  ||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| || | || || |    || ||   | |||||||||||||||||||  |||    
T  21745634 aaatctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttgat 21745733  T
Q  202 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 301  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||   |||| |||||||||||||| ||||    
T  21745734 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtgga 21745833  T
Q  302 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 341  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745834 tgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 215 - 345
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  215 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 314  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  315 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 345  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 162
Target Start/End: Original strand, 25312 - 25472
Alignment:
Q  2 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 101  Q
    ||||||||||||||||| | || | |||||||| |  ||||||   |||||| ||||  || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || ||     
T  25312 agatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataa 25411  T
Q  102 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 162  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25412 aaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 264 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  264 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 338  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 18192346 - 18192233
Alignment:
Q  35 gaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttat 134  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| | || |  || |||||||| ||||| |||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  18192346 gaaaagattttgagaagcattactcgcccaaattggtatcaatgggtcctatccatcatggtcgcccaaatttggagttatgagagaagtacaagctaca 18192247  T
Q  135 gtgggcagcagaat 148  Q
    |||||||||| |||    
T  18192246 gtgggcagcaaaat 18192233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University