View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10856_low_5 (Length: 276)
Name: NF10856_low_5
Description: NF10856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10856_low_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 2790546 - 2790791
Alignment:
| Q |
16 |
gctacaactagctgccctgaatatcaagtcaagtcaattgatttacaaactccacaaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacatttt |
115 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2790546 |
gctacaactagctgccctgaatatcaagtcaagtcaattgatttacaaactccacgaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacatttt |
2790645 |
T |
|
| Q |
116 |
tacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgtagaggaattccttattccacactgacaatatgacatattaccaacaacaaggttgttaatactat |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2790646 |
tacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgcagaggaattccttattccatactgacaatatgacatattac---caacaaggttgttaatactat |
2790742 |
T |
|
| Q |
216 |
tcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataactcacatgtcctt |
264 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2790743 |
tcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataactcacatgtcctt |
2790791 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Original strand, 2832804 - 2833039
Alignment:
| Q |
16 |
gctacaactagctgccctgaatatcaagtcaagtcaattgatttacaaactccacaaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacatttt |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
2832804 |
gctacaactagctgccctgaatatcaagttaagtcaactgatttacaaactccccgaatcaaaactattgggatggattatgtatggacttccaaatttt |
2832903 |
T |
|
| Q |
116 |
tacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgtagaggaattccttattccacactgacaatatgacatattaccaacaacaaggttgttaatactat |
215 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2832904 |
tacagttgttttctgaatacataaaataacatcacaaaggaattcctcattccacaatgacaatatgacatattaccaacaagaaggttgttaatactat |
2833003 |
T |
|
| Q |
216 |
tcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataa |
251 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2833004 |
ttatcaacaatattaggttgactctatgtcgcataa |
2833039 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 2840583 - 2840349
Alignment:
| Q |
16 |
gctacaactagctgccctgaatatca---agtcaagtcaattgatttacaaactccacaaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacat |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
2840583 |
gctacaactagctgccctgaatattattaagtcaagtcaattaatttacaaactccccaaatcaaaactattggcatggattatgtatgcacttctaca- |
2840485 |
T |
|
| Q |
113 |
ttttacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgtagaggaattccttattccacactgacaatatgacatattaccaacaacaaggttgttaatac |
212 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2840484 |
ttttacagttgttttctgaatgcataaaataactttacaaaggaattccttattccacaatgacaatttgacatattac---caacaaggttgttaatac |
2840388 |
T |
|
| Q |
213 |
tattcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataa |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2840387 |
tattcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataa |
2840349 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 2845270 - 2845036
Alignment:
| Q |
16 |
gctacaactagctgccctgaatatca---agtcaagtcaattgatttacaaactccacaaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacat |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
2845270 |
gctacaactagctgccctgaatattattaagtcaagtcaattaatttacaaactccccaaatcaaaactattggcatggattatgtatgcacttctaca- |
2845172 |
T |
|
| Q |
113 |
ttttacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgtagaggaattccttattccacactgacaatatgacatattaccaacaacaaggttgttaatac |
212 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2845171 |
ttttacagttgttttctgaatgcataaaataactttacaaaggaattccttattccacaatgacaatttgacatattac---caacaaggttgttaatac |
2845075 |
T |
|
| Q |
213 |
tattcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataa |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2845074 |
tattcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataa |
2845036 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 405899 - 405675
Alignment:
| Q |
16 |
gctacaactagctgccctgaatatcaagtcaagtcaattgatttacaaactccacaaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacatttt |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
405899 |
gctacaactagctgccctgaatattaagtcaagtcaattaatttacaaactccccgaatcaaaactattggcatggatta-atatgcacttctaca-ttt |
405802 |
T |
|
| Q |
116 |
tacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgtagaggaattccttattccacactgacaatatgacatattaccaacaacaaggttgttaatactat |
215 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
405801 |
tacggttgttttctgaatgcgtaaaataacattgcaaaggaattccttattccaca--------attacatattaccaacaacaaggttgttaatactat |
405710 |
T |
|
| Q |
216 |
tcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataa |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
405709 |
tcatcaacaata-taggttgactctatgtcacataa |
405675 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Original strand, 420179 - 420403
Alignment:
| Q |
16 |
gctacaactagctgccctgaatatcaagtcaagtcaattgatttacaaactccacaaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacatttt |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
420179 |
gctacaactagctgccctgaatattaagtcaagtcaattaatttacaaactccccgaatcaaaactattggcatggatta-atatgcacttctaca-ttt |
420276 |
T |
|
| Q |
116 |
tacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgtagaggaattccttattccacactgacaatatgacatattaccaacaacaaggttgttaatactat |
215 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
420277 |
tacggttgttttctgaatgcgtaaaataacattgcaaaggaattccttattccaca--------attacatattaccaacaacaaggttgttaatactat |
420368 |
T |
|
| Q |
216 |
tcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataa |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
420369 |
tcatcaacaata-taggttgactctatgtcacataa |
420403 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 24182394 - 24182170
Alignment:
| Q |
16 |
gctacaactagctgccctgaatatcaagtcaagtcaattgatttacaaactccacaaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacatttt |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
24182394 |
gctacaactagctgccctgaatattaagtcaagtcaattaatttacaaactccccgaatcaaaactattggcatggatta-atatgcacttctaca-ttt |
24182297 |
T |
|
| Q |
116 |
tacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgtagaggaattccttattccacactgacaatatgacatattaccaacaacaaggttgttaatactat |
215 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24182296 |
tacggttgttttctgaatgcgtaaaataacattgcaaaggaattccttattccaca--------attacatattagcaacaacaaggttgttaatactat |
24182205 |
T |
|
| Q |
216 |
tcatcaacaatattaggttgactctatgtcacataa |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24182204 |
tcatcaacaata-taggttgactctatgtcacataa |
24182170 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 240
Target Start/End: Original strand, 24359906 - 24360119
Alignment:
| Q |
16 |
gctacaactagctgccctgaatatcaagtcaagtcaattgatttacaaactccacaaatcaaaactattgggatggattatgtatgcacttccacatttt |
115 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
24359906 |
gctacaattagctgccctgaatattaagtcaagtcaattaatttacaaactccccgaatcaaaattattggcatggatta-atatgcacttctaca-ttt |
24360003 |
T |
|
| Q |
116 |
tacgattgttttctgaatgcgtaaaataacattgtagaggaattccttattccacactgacaatatgacatattaccaacaacaaggttgttaatactat |
215 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24360004 |
tacggttgttttctgaatgcgtaaaataacattgcaaaggaattccttattccaca--------attacatattatcaacaacaaggttgttaatactat |
24360095 |
T |
|
| Q |
216 |
tcatcaacaatattaggttgactct |
240 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
24360096 |
tcatcaacaata-taggttgactct |
24360119 |
T |
|
Back To:
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