View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10862_high_18 (Length: 310)

Name: NF10862_high_18
Description: NF10862
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10862_high_18
NF10862_high_18
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (19-292)||(27461835-27462108)
chr4 (14-292)||(27521322-27521600)
chr4 (19-292)||(27481974-27482247)
chr4 (19-292)||(18985935-18986208)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (19-289)||(1757986-1758256)
chr5 (19-292)||(29568361-29568643)
chr5 (35-270)||(29569708-29569929)
chr5 (19-238)||(29168141-29168363)
chr5 (19-188)||(29425232-29425404)
chr5 (35-194)||(27918583-27918742)
chr5 (235-292)||(29425179-29425236)
chr5 (232-292)||(29166869-29166929)
chr5 (246-292)||(27918527-27918573)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (23-265)||(25518343-25518588)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 19 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 27462108 - 27461835
Alignment:
Q  19 cagagacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27462108 cagagacacagcggctaagagcatttccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 27462009  T
Q  119 cttggatgatggttggtgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatc 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27462008 cttggatgatggttggtgataagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagtgtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatc 27461909  T
Q  219 atggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27461908 atggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 27461835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 14 - 292
Target Start/End: Original strand, 27521322 - 27521600
Alignment:
Q  14 aggagcagagacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27521322 aggatcagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaa 27521421  T
Q  114 tgcttcttggatgatggttggtgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtgatgatgaagcattgatgatgttggaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27521422 tgcttcttggatgatggttggtgggcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatgaagcattgatgatgttggaa 27521521  T
Q  214 taatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27521522 taatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 27521600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 27482247 - 27481974
Alignment:
Q  19 cagagacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27482247 cagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaattgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 27482148  T
Q  119 cttggatgatggttggtgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatc 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27482147 cttggatgatggttggtgataagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagtgtgatgatgaggcattgatgatgttggaataatc 27482048  T
Q  219 atggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27482047 atggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 27481974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 18986208 - 18985935
Alignment:
Q  19 cagagacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||  || || ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18986208 cagagacacagcggctaagagtattcccacggagactgaaagaaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 18986109  T
Q  119 cttggatgatggttggtgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatc 218  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18986108 cttggatgacggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagagtttgacagtgttgttgtgagggtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatc 18986009  T
Q  219 atggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18986008 atggattgtttctgtttgtgagggatcaccatggattcttgttgaatttgtaaatcacccattcttctgaattg 18985935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 1758256 - 1757986
Alignment:
Q  19 cagagacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1758256 cagagacacagcggctaagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 1758157  T
Q  119 cttggatgatggttggtgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatc 218  Q
    ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1758156 cttgagtgatggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagtttttgtgagagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatc 1758057  T
Q  219 atggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaa 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1758056 atggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaa 1757986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 292
Target Start/End: Original strand, 29568361 - 29568643
Alignment:
Q  19 cagagacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29568361 cagagacacagcggctaagagcattcccacggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcgaaagaatgctt 29568460  T
Q  119 cttggatgatggttggtgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagag---------tgatgatgaagcattgatgatgtt 209  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||| |         ||||||||||||||||||||||||    
T  29568461 cttggatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaatggcgtttgaaagagtttttgtgagtgtgatgatgatgatgatgaagcattgatgatgtt 29568560  T
Q  210 ggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  29568561 ggaataatcatggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtagatcactcatttttctgaattg 29568643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 35 - 270
Target Start/End: Original strand, 29569708 - 29569929
Alignment:
Q  35 aagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttgg 134  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  29569708 aagagcattgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcggaagaatgcttcttggatgatagttgg 29569807  T
Q  135 tgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtgatgatgaagcattgatgatgttggaataatcatggattgtttctgtt 234  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |              |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29569808 tgagcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtg--------------tgatgatgttggaataatcatggattgtttgtgtt 29569893  T
Q  235 tgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgta 270  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29569894 tgtgagggatcaaaatggattcttgttgaatctgta 29569929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 29168363 - 29168141
Alignment:
Q  19 cagagacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 118  Q
    |||||||||||| ||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  29168363 cagagacacagcagctaagagcattcccacggagactgaaaggaagtgtaatggtggagaagccattacgggtgagattgcttgcgttgaaagaatgctt 29168264  T
Q  119 cttggatgatggttggtgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagag---tgatgatgaagcattgatgatgttggaata 215  Q
     ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29168263 attggatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaacgacgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatgatgaagcattgatgatgttggaata 29168164  T
Q  216 atcatggattgtttctgtttgtg 238  Q
    ||||||  |||||||||||||||    
T  29168163 atcatgctttgtttctgtttgtg 29168141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 29425404 - 29425232
Alignment:
Q  19 cagagacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29425404 cagagacacagcggctaagagcattcccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgcatgagattgcttgcgtcaaaagaatgctt 29425305  T
Q  119 cttggatgatggttggtgagaagatgatgatgat---ggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtga 188  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  29425304 cttggatgatggttggtgagcagatgatgatgatggtggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtgtga 29425232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 35 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 27918742 - 27918583
Alignment:
Q  35 aagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttgg 134  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  27918742 aagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgccagaagaatgcttcttggatgatagttgg 27918643  T
Q  135 tgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtgatgatga 194  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  27918642 tgagcagaagatgatgatggtgaactgcgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatga 27918583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 235 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 29425236 - 29425179
Alignment:
Q  235 tgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29425236 tgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 29425179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 232 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 29166929 - 29166869
Alignment:
Q  232 gtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 292  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  29166929 gtttgtgagggatcatcatggattcttgttgaatctgtagatcactcattcttctcaattg 29166869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 27918573 - 27918527
Alignment:
Q  246 aacatggattcttgttgaatctgtaaatcacccattcttctgaattg 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  27918573 aacatggattcttgttgaatctgtagatcactcattctgctgaattg 27918527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 25518588 - 25518343
Alignment:
Q  23 gacacagcggctaagagccttgccgcggagaccgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttg 122  Q
    |||||||| || |||||| || || || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25518588 gacacagcagcgaagagcattaccacgaagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcgaaagaatgcttcttg 25518489  T
Q  123 gatgatggttggtgagaagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagagtgatgatg---aagcattgatgatgttggaataatca 219  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  25518488 gatgatggttggtgaggagaagatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatgaccaagcattgatgatgttggaataatca 25518389  T
Q  220 tggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaat 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25518388 tggattgtttctgtttgtgagggatcaacatggattcttgttgaat 25518343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University