View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10865A_low_182 (Length: 277)

Name: NF10865A_low_182
Description: NF10865A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10865A_low_182
NF10865A_low_182
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (12-252)||(5381378-5381618)
chr3 (12-252)||(13721145-13721385)
chr3 (90-169)||(24341603-24341682)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (12-252)||(27560-27800)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-252)||(88289-88529)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (12-252)||(11713143-11713383)
chr7 (20-252)||(13162360-13162592)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (12-252)||(42377161-42377401)
chr1 (12-252)||(14474908-14475148)
chr1 (12-252)||(2795158-2795398)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-250)||(16775804-16776042)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 12 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5381618 - 5381378
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5381618 atgaaccagaaaaagaagaagttttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 5381519  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5381518 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 5381419  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5381418 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 5381378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 12 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 13721385 - 13721145
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13721385 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgttgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacgc 13721286  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13721285 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactactggaaaggtttgtgatgttataatagacagtggtagt 13721186  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13721185 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 13721145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 90 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 24341682 - 24341603
Alignment:
Q  90 tgatcagacgaagcctacacacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcacc 169  Q
    |||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  24341682 tgatcataggaaggctacacatgatgtcagcacaagaagagcattacttgaggaaaaacatttttcatactcgttgcacc 24341603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 12 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27800 - 27560
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27800 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacgc 27701  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27700 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggtagt 27601  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27600 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 27560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 12 - 252
Target Start/End: Original strand, 88289 - 88529
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  88289 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacgc 88388  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  88389 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggtagt 88488  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  88489 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 88529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 12 - 252
Target Start/End: Original strand, 11713143 - 11713383
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11713143 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacgc 11713242  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11713243 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggtagt 11713342  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11713343 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 11713383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 252
Target Start/End: Original strand, 13162360 - 13162592
Alignment:
Q  20 gaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacacgatgtcag 119  Q
    |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  13162360 gaaaaagatgtagagttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgttcagacgaagcctacacgcgatgtcag 13162459  T
Q  120 ctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagttgtgaaaa 219  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13162460 cccaagaagagcattggttgacgaaaaacatcatccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatattataatagatagtggtagttgtgaaaa 13162559  T
Q  220 tgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13162560 tgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 13162592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 12 - 252
Target Start/End: Original strand, 42377161 - 42377401
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  42377161 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctagtgatcagacgaagcctacacgc 42377260  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42377261 gatgtcagctcaagaagagtattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 42377360  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42377361 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 42377401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 12 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 14475148 - 14474908
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14475148 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacgc 14475049  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14475048 gatgtcagctcaagaagagcattggttgagcaaaaacatttttcatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggtagt 14474949  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  14474948 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaatttaga 14474908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 12 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2795398 - 2795158
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  2795398 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctagtgatcagacgaagcctacacgc 2795299  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2795298 gatgtcagctcaagaagaacatttgttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgccggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggtagt 2795199  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2795198 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtggagaagttaga 2795158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16776042 - 16775804
Alignment:
Q  12 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacacac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  16776042 atgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgaatctctagtgataagacgaagcctacacac 16775943  T
Q  112 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16775942 gatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtagt 16775843  T
Q  212 tgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagtta 250  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16775842 tttgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagtta 16775804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University