View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10865_low_2 (Length: 455)

Name: NF10865_low_2
Description: NF10865
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10865_low_2
NF10865_low_2
[»] chr8 (19 HSPs)
chr8 (29-440)||(36188596-36189007)
chr8 (50-290)||(36210227-36210467)
chr8 (287-440)||(36210029-36210182)
chr8 (287-440)||(36213371-36213524)
chr8 (57-276)||(36197123-36197342)
chr8 (287-440)||(36201085-36201238)
chr8 (57-265)||(36214838-36215046)
chr8 (287-440)||(36196914-36197070)
chr8 (57-290)||(36213569-36213808)
chr8 (286-440)||(36199063-36199217)
chr8 (294-440)||(36207942-36208088)
chr8 (294-440)||(36184758-36184904)
chr8 (294-440)||(36202470-36202616)
chr8 (166-290)||(36201283-36201405)
chr8 (108-287)||(36208143-36208322)
chr8 (164-287)||(36184959-36185082)
chr8 (181-287)||(36202671-36202777)
chr8 (179-287)||(36183542-36183650)
chr8 (171-231)||(36199303-36199363)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36189007 - 36188596
Alignment:
Q  29 cgggggtagtttggtgaacgattatattgatgttaaggttaaaaaacaaattacgagtgcattaggagtgagagacaatggagaaaatataatcggatta 128  Q
    ||||| ||||| || | ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36189007 cggggctagttcggggcacgattatattgatcgtaaggttaaaattcaaattacgagtgcattaggagtgagagacaatggagaaaatataatcggatta 36188908  T
Q  129 tgcgggccnnnnnnnngagtcgagcgttctgcattaacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaa 228  Q
    ||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36188907 tgcgggccaaaaaaaagagtcgagcgttctgcattaacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaa 36188808  T
Q  229 agaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggctatgcaataggtctcaattttaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttct 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36188807 agaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggctatgcaataggtctcaattttaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttct 36188708  T
Q  329 ttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgggagactcaatttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagat 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  36188707 ttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagat 36188608  T
Q  429 cataatggttgc 440  Q
    ||||||||||||    
T  36188607 cataatggttgc 36188596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 50 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 36210467 - 36210227
Alignment:
Q  50 ttatattgatgttaaggttaaaaaacaaattacgagtgcattaggagtgagagacaatggagaaaatataatcggattatgcgggccnnnnnnnngagtc 149  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||| || | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||        |||||    
T  36210467 ttatattgataataaggttaaagaacaaattatgagtgcactaagtgtgagagaccaaggagaaaatataatcggattatgcgggccaaaaaaaagagtc 36210368  T
Q  150 gagcgttctgcattaacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaaga 249  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36210367 gagcattctgcacaaacagctataagaagagcagagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaaga 36210268  T
Q  250 ttcaaacagaaattggctatgcaataggtctcaattttaat 290  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36210267 ttcaaacagaaattggcaatgcaataggtctcaattttaat 36210227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 287 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36210182 - 36210029
Alignment:
Q  287 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggg 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36210182 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggt 36210083  T
Q  387 agactcaatttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 440  Q
     ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36210082 cgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgc 36210029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 287 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36213524 - 36213371
Alignment:
Q  287 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggg 386  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36213524 taatagtaaaacagtgacaactgcagaaagagctcatcttatttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggg 36213425  T
Q  387 agactcaatttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 440  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36213424 agactcgatttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 36213371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 57 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 36197342 - 36197123
Alignment:
Q  57 gatgttaaggttaaaaaacaaattacgagtgcattaggagtgagagacaatggagaaaatataatcggattatgcgggccnnnnnnnngagtcgagcgtt 156  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| |||||        ||||| ||| ||    
T  36197342 gatgataaggttaaagaacaaattatgagtgcactaagagtgagagaccaaggagaaaatatcattggattatgtgggccagaaaaaagagtcaagcatt 36197243  T
Q  157 ctgcattaacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaac 256  Q
    |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36197242 ctgcaaaaacagctataagaagagctgagagagatcaattattccaaaagattgtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaac 36197143  T
Q  257 agaaattggctatgcaatag 276  Q
    |  ||||||  |||||||||    
T  36197142 actaattggtgatgcaatag 36197123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 287 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36201238 - 36201085
Alignment:
Q  287 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggg 386  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||     
T  36201238 taatagtaaaagaatgacaactgcagatagagctcatcttatttgtgctaagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcatggt 36201139  T
Q  387 agactcaatttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 440  Q
    ||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36201138 agatttgatttaggggagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 36201085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 57 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 36215046 - 36214838
Alignment:
Q  57 gatgttaaggttaaaaaacaaattacgagtgcattaggagtgagagacaatggagaaaatataatcggattatgcgggccnnnnnnnngagtcgagcgtt 156  Q
    |||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  || ||| |||||||||||||||||||||         |||| ||| ||    
T  36215046 gatgataatgttaaagaacagattacgagtgcattaagagtgagagaccagagataaagtataatcggattatgcgggccagatgaaaaagtcaagcatt 36214947  T
Q  157 ctgcattaacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaac 256  Q
    ||| |  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36214946 ctgtaaaaacagctataagaagagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaac 36214847  T
Q  257 agaaattgg 265  Q
    | |||||||    
T  36214846 acaaattgg 36214838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 287 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36197070 - 36196914
Alignment:
Q  287 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggg 386  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||    
T  36197070 taatagaaaaagaatggcaactgcagaaagagctcatcttttgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcgtggg 36196971  T
Q  387 agactcaatttaggtgagattggtgt---cccctttggtgaagatcataatggttgc 440  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36196970 agactcgatttaggtgagattggtatccccccctttggtgaagatcataatggttgc 36196914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 36213808 - 36213569
Alignment:
Q  57 gatgttaaggttaaaaaacaaattacgagtgcattaggagtgagagacaatggagaaaatataatcggattatgcgggccnnnnnnnngagtcgagcgtt 156  Q
    |||| ||| |||||| | || ||||||| |||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||        ||||   || ||    
T  36213808 gatgctaatgttaaagatcagattacgaatgcattaaaagtgagagaccaaggagaaaatataatcggattatgcggcccggatgaaagagtaaggcttt 36213709  T
Q  157 ctgcattaacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaa------caactgtaacaaagaagccagacattacaaagat 250  Q
    ||| |  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  36213708 ctgtaaaaacagctataagaagagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaatgat 36213609  T
Q  251 tcaaacagaaattggctatgcaataggtctcaattttaat 290  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  36213608 tcaaacacaaattggtgatgcaataggtctcaattttaat 36213569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 286 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36199217 - 36199063
Alignment:
Q  286 ttaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgg 385  Q
    |||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  36199217 ttaataataaaagattgacaactacagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatgg 36199118  T
Q  386 gagactcaatttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 440  Q
     |||||  ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36199117 tagacttgatttaagtaagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgc 36199063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 294 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36208088 - 36207942
Alignment:
Q  294 aaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgggagactca 393  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||  | ||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| |||||      
T  36208088 aaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgtgctaagataaagaaactgcaaacagtactagttgtactgtatgatcttcatggtagacttg 36207989  T
Q  394 atttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 440  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207988 atttaggtgagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgc 36207942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 294 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36184904 - 36184758
Alignment:
Q  294 aaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgggagactca 393  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| || |||||||| || || ||||||||||| ||  ||||| ||| |||||||||||| |||||      
T  36184904 aaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttg 36184805  T
Q  394 atttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 440  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36184804 atttaggtgagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgc 36184758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 294 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36202616 - 36202470
Alignment:
Q  294 aaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgggagactca 393  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||      
T  36202616 aaaagaataagaactgcagaaagagctcttctactgtgtgctaagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtaatgtatgatctccatggtagacttg 36202517  T
Q  394 atttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcataatggttgc 440  Q
    ||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  36202516 atttaagtgaaattggtatgccctttggtgaagatcataagggttgc 36202470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 166 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 36201405 - 36201283
Alignment:
Q  166 cagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattgg 265  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||| | |||||    
T  36201405 cagctataagaagagctgaga--gatcaattgttccaaaagactgtcacagcaactgtgaccaagaagccagacattaataagattcaaacacagattgg 36201308  T
Q  266 ctatgcaataggtctcaattttaat 290  Q
      |||||||||||||||||||||||    
T  36201307 tgatgcaataggtctcaattttaat 36201283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 108 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 36208322 - 36208143
Alignment:
Q  108 ggagaaaatataatcggattatgcgggccnnnnnnnngagtcgagcgttctgcattaacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaaga 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||         |||| ||| |||||    |||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36208322 ggagaaaatataatcggattatgcgggccagataaaatagtcaagcattctgttaaaacatctagaagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaaga 36208223  T
Q  208 ttgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggctatgcaataggtctcaatttt 287  Q
    |||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||  |||||||||||| | |||||   |||||||||||| ||||||    
T  36208222 ttgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctgaatttt 36208143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 164 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 36185082 - 36184959
Alignment:
Q  164 aacagctataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaatt 263  Q
    |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||  |||||||||||| | |||    
T  36185082 aacatctagaagaaaagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagatt 36184983  T
Q  264 ggctatgcaataggtctcaatttt 287  Q
    ||   |||||||||||| ||||||    
T  36184982 ggtattgcaataggtctgaatttt 36184959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 181 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 36202777 - 36202671
Alignment:
Q  181 ctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggctatgcaataggtct 280  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| ||||    
T  36202777 ctgagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtct 36202678  T
Q  281 caatttt 287  Q
     ||||||    
T  36202677 gaatttt 36202671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 179 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 36183650 - 36183542
Alignment:
Q  179 agctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggctatgcaataggt 278  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  | ||||||| ||| ||||||  ||||||||| |||||| |||| |||||||   ||||||||||    
T  36183650 agctgagagagatcaattgttccaaaagatcgtcttagcaactgtgacatagaagcttgacattacatagattcgaacacaaattggtattgcaataggt 36183551  T
Q  279 ctcaatttt 287  Q
    |||||||||    
T  36183550 ctcaatttt 36183542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 171 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 36199363 - 36199303
Alignment:
Q  171 ataagaacagctgagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaaga 231  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36199363 ataagaagagccgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaaga 36199303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University