View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10869_1 (Length: 541)
Name: NF10869_1
Description: NF10869
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10869_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Original strand, 38592292 - 38592794
Alignment:
| Q |
1 |
cgaacactgaaggaaaaaagcaatgatgtaacgagtaatactcataataatgaggaagatcatatgtttaaggcaaaagaagaacataatgtgggagatg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38592292 |
cgaacactgaaggaaaaaagcaatgatgtaacgagtaatactcataataataaggaagatcatatgtttaaggcaaaagaagaacataatgtgggagatg |
38592391 |
T |
|
| Q |
101 |
aagtattttcaatggattacactccagctagaaggaagccaccgattcacaattgaaatattgtttgcaatttatgctacaatttattttgcgctacgaa |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38592392 |
aagtattttcaatggattacactccagctagaaggaagccaccgattcacaattgaaatattgtttgcaatttatgctacaatttattttgcgctacgaa |
38592491 |
T |
|
| Q |
201 |
aattttgtttatctttaaatattgatcttgtaaagtcataaaatgttgtattttctttttcatgaatataaaacgttgtcattatacatattgatatgat |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38592492 |
aattttgtttatctttaaatattgatcttgtaaagtcataaaatgttgtattttctttttcatgaatataaaacgttgtaattatacatattgatatgat |
38592591 |
T |
|
| Q |
301 |
acacggcaataaaatcatttttcctacatgatataaaagtatcatgctatggtttgattgatcgacatatatataaataaaataacatgaaattgagtct |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
38592592 |
acacggcaataaaatcatttttcctacatgaaataaaagtatcatgctatggtttgattgatcgacatatatataaataaaatgacatgaaattgagtct |
38592691 |
T |
|
| Q |
401 |
tgatatatagatttaatttgatgattcctttaataaagataacatgaaatattgtacnnnnnnngaagtatagaatacattttattttatcgtctaatac |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38592692 |
tgatatatagatttaatttgatgattcctttaataaagataacatgaaatattgtacaaaaaaagaagtatagaatacattttattttatcgtctaatac |
38592791 |
T |
|
| Q |
501 |
ttc |
503 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
38592792 |
ttc |
38592794 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University