View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10880_low_2 (Length: 556)

Name: NF10880_low_2
Description: NF10880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10880_low_2
NF10880_low_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (18-537)||(33860033-33860552)
chr2 (325-433)||(16231484-16231592)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (63-434)||(45984300-45984671)
chr1 (56-434)||(43067311-43067689)
chr1 (56-452)||(43044284-43044680)
chr1 (87-434)||(38138491-38138838)
chr1 (56-434)||(43083146-43083524)
chr1 (75-452)||(3300018-3300395)
chr1 (87-446)||(43077219-43077578)
chr1 (87-434)||(7891583-7891930)
chr1 (275-434)||(50911743-50911902)
chr1 (189-231)||(40035429-40035471)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (87-427)||(16348456-16348796)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (75-427)||(4230774-4231126)
chr4 (24-230)||(19965123-19965329)
chr4 (263-433)||(19965332-19965504)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (76-433)||(4618992-4619349)
chr8 (75-396)||(4296780-4297101)
chr8 (120-396)||(4788124-4788400)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (207-452)||(7530010-7530255)
chr6 (207-452)||(7520473-7520718)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 33860552 - 33860033
Alignment:
Q  18 cctatcgcctttcccggtgactttgtgggattagattgcaagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860552 cctatcgcctttcccggtgactttgtgggattagattgcaagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacc 33860453  T
Q  118 cagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctc 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  33860452 cagccacggaagccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggctttacacctattcttgactgccacacctc 33860353  T
Q  218 ccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgct 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860352 ccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgct 33860253  T
Q  318 gctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33860252 gctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaggcgtcaaactg 33860153  T
Q  418 tggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaagatcactgagtcagcattgatgaattgaatcgtgcaggatgatgatatggatgtatttgtggaaaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860152 tggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaagatcactgagtcagcattgatgaatggaatcgtgcaggatgatgatatggatgtatttgtggaaaa 33860053  T
Q  518 acaatatcagaagaggaaga 537  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  33860052 acaacatcagaagaggaaga 33860033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 325 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 16231592 - 16231484
Alignment:
Q  325 ttaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttt 424  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| | ||  | | |||||| | || || ||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |    
T  16231592 ttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgt 16231493  T
Q  425 tggcgtcat 433  Q
    ||| |||||    
T  16231492 tggagtcat 16231484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 148; Significance: 8e-78; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 63 - 434
Target Start/End: Original strand, 45984300 - 45984671
Alignment:
Q  63 gttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaa 162  Q
    ||||||||| | ||||||||||  || |||||||||||| |||||   | | |||||||    ||||||||||||||||||||||  |||||||| || |    
T  45984300 gttgctgctagggatctcaagcaaggttatgttgcctcaaactccgagggtgacccagcggtagaggccgctcactttacatctcttgttatcattacga 45984399  T
Q  163 atgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactg 262  Q
    || ||||||||| |||| |||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  45984400 atcaccctggccagattcgaaatggctacacacctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttatttccaaggttgacag 45984499  T
Q  263 gttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggat 362  Q
    || || |||| |||||||||||| ||||||  |||| |||| |||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  45984500 gtgttctggtgaggaaattgagagggagcccaaatttttgatgagtggtgatactggtattattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagagcct 45984599  T
Q  363 ttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatc 434  Q
    ||| ||   |||||||||||||||||||||||||  ||||||  || ||||||||||||| |||| ||||||    
T  45984600 ttctctctatatcctccactcggccgttttgttgtcagagactggcatcaaactgtggctgttggagtcatc 45984671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 56 - 434
Target Start/End: Original strand, 43067311 - 43067689
Alignment:
Q  56 caagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatc 155  Q
    |||||||||||||| |   ||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||    
T  43067311 caagaatgttgctgttaaggatctcaagcgtgggtatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatc 43067410  T
Q  156 atcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaagg 255  Q
    || |  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | |||     
T  43067411 ataatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaaga 43067510  T
Q  256 ttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggt 355  Q
    ||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43067511 ttgataggcgttctggtaaggagattgagaaggagcccaaattcttgaagaatggcgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggt 43067610  T
Q  356 agaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatc 434  Q
     |||  |||| || | |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  43067611 tgagactttctctgaatatcctccactcggccgttttgctgttagagacatgcgtcaaactgtggctgttggcgtcatc 43067689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 56 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 43044680 - 43044284
Alignment:
Q  56 caagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatc 155  Q
    |||||||||||||| |   ||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||    
T  43044680 caagaatgttgctgttaaggatctcaagcgtgggtatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatc 43044581  T
Q  156 atcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaagg 255  Q
    || |  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | |||     
T  43044580 ataatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaaga 43044481  T
Q  256 ttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggt 355  Q
    ||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43044480 ttgataggcgttctggtaaggagattgagaaggagcccaaattcttgaagaatggcgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggt 43044381  T
Q  356 agaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaag 452  Q
     |||  |||| || | |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||    
T  43044380 tgagactttctctgaatatcctccactcggccgttttgctgttagagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcatcaaggctgtggagaagaag 43044284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 87 - 434
Target Start/End: Original strand, 38138491 - 38138838
Alignment:
Q  87 ggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaag 186  Q
    ||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||| ||| | |||||||| |  ||||||||||| ||| |  |||||| ||||  ||| |    
T  38138491 ggctatgttgcctcagactccaagcatgacccagccacggaggctgctaaatttacatcccgtgttatcatcacgaatcaaactggccggattcaaaatg 38138590  T
Q  187 gttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaa 286  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||  |||||| |||||    
T  38138591 gctatacacctattctggactgccacacctcccacgttcctgtcaagtttgctaagcttgttaccaagtttgacaggttttctggtttggaaatcgagaa 38138690  T
Q  287 ggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggc 386  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||  |||||||||||| |||    
T  38138691 ggagcccaaattcttgaagaatggtgatgctggtgttgttaagatgattcccaccaagtccatggtggtagaggatttttctacttatcctccacttggc 38138790  T
Q  387 cgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatc 434  Q
    ||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  38138791 cgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggagtcatc 38138838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 56 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 43083524 - 43083146
Alignment:
Q  56 caagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatc 155  Q
    |||||||||||||| |   ||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||| ||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||| |||    
T  43083524 caagaatgttgctgttaaggatctcaagcgtgggtatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaagctgctaactttacatctcaagtgatc 43083425  T
Q  156 atcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaagg 255  Q
    ||||  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | |||     
T  43083424 atcatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaaga 43083325  T
Q  256 ttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggt 355  Q
    ||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43083324 ttgataggcgttctggtaaggagattgagaaggagcccaaattcttgaagaatggcgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggt 43083225  T
Q  356 agaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatc 434  Q
     |||  |||| || | |||||||||||||| ||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  43083224 tgagactttctctgaatatcctccactcggtcgttttgctgttagagacatgcgtcaaactgtggctgttggcgtcatc 43083146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 75 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 3300395 - 3300018
Alignment:
Q  75 gatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcc 174  Q
    ||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||| |||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |  ||| |||||||||    
T  3300395 gatctcaagcgtggttatgttgcctcaaactccaaggatgaccctgccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatcattatgaatcaccctggcc 3300296  T
Q  175 tgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaa 274  Q
     |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| || | ||| ||||| ||  || ||| ||    
T  3300295 agattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaaatttgctgagcttgttactaagattgacaggcgttctggaaa 3300196  T
Q  275 ggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattat 374  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | |||    
T  3300195 ggagattgagaaggagcccaaattcttgaagaacggtgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgagtat 3300096  T
Q  375 cctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaag 452  Q
    |||||||| |||||||| | ||  || || | |||||| ||||||||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||    
T  3300095 cctccacttggccgtttcgctgtcagggatatgcgtcagactgtggctgttggtgtcatcaaggctgtggagaagaag 3300018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 87 - 446
Target Start/End: Original strand, 43077219 - 43077578
Alignment:
Q  87 ggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaag 186  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || |||  ||| ||||||||  ||||  ||| |    
T  43077219 ggctatgttgcctctaactccatggatgacccagccaaggaggccgctaactttacatctcaagtcgtcgtcatgaatcaccctggcaagattgaaaatg 43077318  T
Q  187 gttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaa 286  Q
    | ||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||  ||||| ||||| ||||||| || ||||| ||||  ||  || ||||| ||  |||||||     
T  43077319 gctatgcacctgttcttcactgccacaccttccacattcttgtcaagtttgatgagcttgttaccaagattgataggcgttctggtatggtgattgagac 43077418  T
Q  287 ggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggc 386  Q
    | ||||  ||||| ||| || ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | ||||||||||| |||    
T  43077419 gaagcccaaattcctgatgaatggtgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccacttggc 43077518  T
Q  387 cgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggag 446  Q
    ||||||  |   || ||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||    
T  43077519 cgttttactatcagggacaagcgtcaaactgtggctgttggtgtcatcacggctgtggag 43077578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 87 - 434
Target Start/End: Original strand, 7891583 - 7891930
Alignment:
Q  87 ggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaag 186  Q
    ||||||||||||||| ||||||    |  |||||| | |||||| ||| | ||||||||||| |||||||||   ||| | ||||||| ||||||||| |    
T  7891583 ggctatgttgcctcaaactccaagcgtggcccagctatggaggctgctgaatttacatctcatgttatcatcttgaatcatcctggccagattagaaatg 7891682  T
Q  187 gttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaa 286  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||   ||||| ||  |||| ||||| ||  |  |  |   ||| |||||||    
T  7891683 gctatacacctattctcgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgccaagcttgttagcaagtttgacaggaatactaatgttgaatttgagaa 7891782  T
Q  287 ggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggc 386  Q
    ||||||  |||||||||||| ||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  ||   |||||| |||| ||     
T  7891783 ggagcccaaattcttgaagaatggcgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggtagagacttttactgcatatccttcacttggt 7891882  T
Q  387 cgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatc 434  Q
    ||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  7891883 cgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctattggagtcatc 7891930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 275 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 50911902 - 50911743
Alignment:
Q  275 ggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattat 374  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||  |  | | |    
T  50911902 ggaaattgagaaggagcccaaattcttgaagaatggtgacgctggtgttattgagatgattcccaccaagcccatgttggtagagactttttccaaattt 50911803  T
Q  375 cctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatc 434  Q
    ||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  50911802 ccttcactcggccgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggagtcatc 50911743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 189 - 231
Target Start/End: Original strand, 40035429 - 40035471
Alignment:
Q  189 tatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtca 231  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  40035429 tatacacctattgttgactgccacacctcccacattcctgtca 40035471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 87 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 16348796 - 16348456
Alignment:
Q  87 ggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaag 186  Q
    ||||||||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||  ||| |    
T  16348796 ggctatgttgcctcaaactccaagcatcacccagccaaggaggccattaactttacatctcaagttatcatcacgaatcaccctggccaaattgaaaagg 16348697  T
Q  187 gttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaa 286  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||| |||||| ||| |||  ||||| |||    
T  16348696 gttatacacctgttcttaactgccacacctcctacattgctgtcaagtttgctaagcttcttgccaaggtagacaggttttctggcaagataattgtgaa 16348597  T
Q  287 ggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggc 386  Q
    ||||||  ||||||||||||  ||||||| ||    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  || | |||||| ||||||||    
T  16348596 ggagcccaaattcttgaagaaaggtgatggtggcattattcagatgattcccaccaagcccatggtggtagagactttttctgaatatccttcactcggc 16348497  T
Q  387 cgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttgg 427  Q
    |||||| |||  ||||| | || ||||||||||||| ||||    
T  16348496 cgttttattgtcagagatacgcatcaaactgtggctattgg 16348456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 75 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 4231126 - 4230774
Alignment:
Q  75 gatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcc 174  Q
    ||||||||||  || |||||||||||| || |||  ||| ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||| || || ||||  ||| |||||||||    
T  4231126 gatctcaagcgtggttatgttgcctcaaacaccaaggatgacccagccaaggaggctgctaacttcacatctcaggtgattatcatgaatcaccctggcc 4231027  T
Q  175 tgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaa 274  Q
     |||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||| || | ||| ||||| ||  || ||||||    
T  4231026 agattggaaatggttatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgcagtcaagtttgctgagcttgttactaagattgacaggcgttctggtaa 4230927  T
Q  275 ggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattat 374  Q
    ||| || |||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | |||    
T  4230926 ggagatcgagaaggagcctaaattcctgaagaatggagatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatat 4230827  T
Q  375 cctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttgg 427  Q
    |||||||| |||||||||| ||  ||||| | ||| |||||||||||| ||||    
T  4230826 cctccacttggccgttttgctgtcagagatatgcggcaaactgtggctgttgg 4230774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 24 - 230
Target Start/End: Original strand, 19965123 - 19965329
Alignment:
Q  24 gcctttcccggtgactttgtgggattagattgcaagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagcca 123  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  | || |||||||||||   |||||| |||| || |||||||||||| |||||| | || |||||||||    
T  19965123 gcctttcctggtgactttgtgggattagatgtcgaggatgttgctgctaaggatctccagccaggttatgttgcctcaaactccaacaatgacccagcca 19965222  T
Q  124 cggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgt 223  Q
     || ||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  19965223 tgggggccgctgactttacatcttatcttatcattacaaaggaccctggcatgattcaaactggctatacacctgttcttgactgccacacctcccacat 19965322  T
Q  224 tgctgtc 230  Q
    |||||||    
T  19965323 tgctgtc 19965329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 263 - 433
Target Start/End: Original strand, 19965332 - 19965504
Alignment:
Q  263 gttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtg--atgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagagg 360  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||  ||| | |||||||| || |||||  ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19965332 gttttctggtaaggaaattgcaaagatgcccggattcttgatgaatggtgtgatgctgctgttgttaagatgattcccgccaagcctatggtggtagagg 19965431  T
Q  361 atttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcat 433  Q
     |||| || | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  19965432 ctttctctcaatatcctccactcggctgttttgttgctagagacatgcgtcaaactgtggcttttggagtcat 19965504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 76 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 4619349 - 4618992
Alignment:
Q  76 atctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagt--tatcatcacaaatgaccctggc 173  Q
    |||||||||  |||||||||| |||| ||||||   || ||||||||| |||||| | | ||||  ||||||| ||  ||||||||  ||| ||||||||    
T  4619349 atctcaagcgaggctatgttgtctcaaactccaagcatgacccagccaaggaggcagataactt--catctcatgtgttatcatcaggaatcaccctggc 4619252  T
Q  174 ctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggta 273  Q
    | |||| |||| || ||||||||| ||||| | |||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||| | |||||| ||||| ||| || |||||    
T  4619251 cagattggaaatggctatacacctgttcttcattgccacacctcccacactgctgtcaagtttgataagcttctagccaagattgacaggtgttctggta 4619152  T
Q  274 aggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttatta 373  Q
    ||| ||||||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  || ||||    
T  4619151 aggtaattgagaatgagcccaaattcctgaagaatggtgatgctggcattattaagatgattcccaccaagcccatggtggtagagactttttctaatta 4619052  T
Q  374 tcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcat 433  Q
    |||| ||||||||||||||| ||  |||||||  |||| ||| |||||| |||| |||||    
T  4619051 tccttcactcggccgttttgctgtcagagacatacgtcgaacagtggctgttggagtcat 4618992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 75 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4297101 - 4296780
Alignment:
Q  75 gatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcc 174  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| || ||   ||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  4297101 gatctcaagcaaggctatgttgcctcaaaccccgaggatgacccagccaaggaggtcactcactttacatctcatgttatcatcacaaatcaccctagcc 4297002  T
Q  175 tgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaa 274  Q
     ||||  | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||  |||| ||||||||||  |||||||||||  | || |  |||    
T  4297001 agattgaagaaggctatacacctattcttcactgccacacctcccacattcctgtcaaatttgctgagcttatttacaaggttgactattgttctcataa 4296902  T
Q  275 ggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattat 374  Q
    |  ||||||||||   ||   ||||||||||| ||||||   |  |  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||   | |    
T  4296901 gataattgagaagcgcccaccattcttgaagaatggtgacaattgtcttattaagatgattcccaccgagtctatggtggtagagcctttctctctatct 4296802  T
Q  375 cctccactcggccgttttgttg 396  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  4296801 cctccactcagccgttttgttg 4296780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 120 - 396
Target Start/End: Original strand, 4788124 - 4788400
Alignment:
Q  120 gccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctccc 219  Q
    |||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||  |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  4788124 gccaaggaggccgattactttacatctcatgttatcatcacaaatcaccctggacagattgaaaaaggctatacgcctattcttcactgccacacctccc 4788223  T
Q  220 acgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgc 319  Q
    |  ||||||||   |||| ||||||||||  ||||||||||     || |||| ||| ||||||| ||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||     
T  4788224 aaattgctgtcgaatttgatgagcttatttgcaaggttgacaatcattctggttaggtaattgaggagaggcctgcattcttgaagaatggtgatgatgg 4788323  T
Q  320 tgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttg 396  Q
    |  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||  |   ||||||||||| |||| ||||||||    
T  4788324 tcttattgagatggttcccaccaagcctatggtggtagagcctttctatctatatcctccacttggccattttgttg 4788400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 207 - 452
Target Start/End: Original strand, 7530010 - 7530255
Alignment:
Q  207 tgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaaga 306  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| | ||||| ||| ||| || ||||| ||||| ||   | ||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||    
T  7530010 tgccacacctctcacattgctgtgaagtttgctgaacttgttaccaagattgacaggcgatctggtaaggagattgagaaggagcccaagttcttgaaga 7530109  T
Q  307 gtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaa 406  Q
     ||||||||||| |   ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||   || ||| | |||||||| || || ||||||| ||  || ||||     
T  7530110 atggtgatgctggtatcattaagatggttcccaccaagcccatggtggttgagacctttgctgaatatcctcctcttggacgttttgctgtcagggacat 7530209  T
Q  407 gcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaag 452  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||    
T  7530210 gcgtcaaactgttgctgttggtgtcatcaaggctgtggagaagaag 7530255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 207 - 452
Target Start/End: Original strand, 7520473 - 7520718
Alignment:
Q  207 tgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaaga 306  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| | ||||| ||| ||| || ||||| ||||| ||   | ||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||    
T  7520473 tgccacacctctcacattgctgtgaagtttgctgaacttgttaccaagattgacaggcgatctggtaaggagattgagaaggagcccaagttcttgaaga 7520572  T
Q  307 gtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaa 406  Q
      |||||||||| |   ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||   |||||| | |||||||| || || |||||||  |  || ||||     
T  7520573 acggtgatgctggtatcattaagatggttcccaccaagcccatggtggttgagaccttcgctgaatatcctcctcttggacgttttgccgtcagggacat 7520672  T
Q  407 gcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaag 452  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||    
T  7520673 gcgtcaaactgttgctgttggtgtcatcaaggctgtggagaagaag 7520718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University