View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10891_low_1 (Length: 655)

Name: NF10891_low_1
Description: NF10891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10891_low_1
NF10891_low_1
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (217-640)||(5613841-5614264)
chr4 (78-632)||(5885203-5885760)
chr4 (14-512)||(5847066-5847548)
chr4 (234-634)||(5559765-5560165)
chr4 (234-640)||(5894255-5894661)
chr4 (234-631)||(3749711-3750108)
chr4 (164-634)||(5570098-5570568)
chr4 (327-634)||(5858820-5859127)
chr4 (369-624)||(5582513-5582768)
chr4 (137-549)||(5851963-5852372)
chr4 (369-634)||(5538446-5538711)
chr4 (160-286)||(6030672-6030798)
chr4 (593-640)||(5847557-5847604)
chr4 (328-408)||(5565545-5565625)
chr4 (160-259)||(5859195-5859294)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (80-353)||(23268459-23268731)
chr8 (240-631)||(1486008-1486399)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (240-631)||(1191-1586)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 217 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 5614264 - 5613841
Alignment:
Q  217 tttccaaacttctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattaaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccaca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5614264 tttccaaacttctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattcaaaaacaatctcgcatttcatcctgaaaattccaca 5614165  T
Q  317 aaactaatattgtggaataaaagcactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5614164 aaactaatattgtggaataaaagcattgcatgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtgaagaat 5614065  T
Q  417 ctatttctggtggaattgacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatc 516  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5614064 ctatttctggtggaattgaagaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctaataattatttaaattcttccattccatc 5613965  T
Q  517 agcattcaacaagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggtt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5613964 agcattcaacaagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggtt 5613865  T
Q  617 actcttgatctctcttctgatgtc 640  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  5613864 actcttgatctctcttcttatgtc 5613841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 78 - 632
Target Start/End: Original strand, 5885203 - 5885760
Alignment:
Q  78 tgtatgcatatttctgaacctttataaaacaaaccatttgtgctgttgttgtcactcagagtaactaaccaacaatgagaacaattacattactttcatt 177  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||     
T  5885203 tgtatgcatatttctgaaactttataaaacaaaccatttgtgttgttgttgtcactcagagtaattaaccaacaatgagatcgattacattactttcatc 5885302  T
Q  178 gttttccttccttttctgccactactgcannnnnnncactttccaaacttctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaa 277  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||       ||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||| |||    
T  5885303 gttttccatccttatctgctactactgcatttttttcactttccagaactctcttgcctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcactgttgctccaa 5885402  T
Q  278 ttaaaaaacaatctcacat---ttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaataaaagcactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtg 374  Q
    |||||||||||||||||||   ||  ||||||  ||  | | |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  5885403 ttaaaaaacaatctcacatatatttctcctgactatatccccaaactaatattgtggaatcaaaacacggcttgctgcagttggagtggtgttacttgtg 5885502  T
Q  375 acaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaattgacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaa 474  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  5885503 acaatgagggatatgttgttggccttgacctgagtggagaatctatttttggtggatttgacgaatcaagtagtcttttcagtctcttgcatctcaagaa 5885602  T
Q  475 actgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtg 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||| ||  || ||||  |    
T  5885603 actgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagctttcaacaagttggagaagttgacttatctgaatttgtcagatgctggatttcag 5885702  T
Q  575 gggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctctt 632  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||    
T  5885703 ggggagattccaattgagatttcccatcttacaaggttggttactcttgatatctctt 5885760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 14 - 512
Target Start/End: Original strand, 5847066 - 5847548
Alignment:
Q  14 gtcatgttccacgaaatttctctaaaaacttttccacaatgcaaaacacgtgaatgattgtgtatgtatgcatatttctgaacctttataaaacaaacca 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  5847066 gtcatgttccacgaaatttctctaaaaacttttccacaatgcaaaacacgtgaatgattgtgtatgtatgcatatttctgaaactttataacacaaacca 5847165  T
Q  114 tttgtgctgttgttgtcactcagagtaactaaccaacaatgagaacaattacattactttcattgttttccttccttttctgccactactgcannnnnnn 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||                      
T  5847166 tttgtgctgttgttgtcactcagagtaattaaccaacaatgagatcgattacattacttacattcttttccttccttatctg------------------ 5847247  T
Q  214 cactttccaaacttctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattaaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattcc 313  Q
        |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | | || ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5847248 ----ttccaaacctctcttgcctttgccaaatgtcttgaggatcaacaatcatttttgatccaatttaaaaacaatctcacatttcatcctgagaattcc 5847343  T
Q  314 acaaaactaatattgtggaataaaagcactgcttgc------tgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctga 407  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||      |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5847344 acgaaactaatattgtggaataaaagcattgcttgctgcaagtgcaattggagtggtgttacctgtgacaatgagggatatgttattggccttgacctga 5847443  T
Q  408 gtggagaatctatttctggtggaattgacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttc 507  Q
    ||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5847444 gtgaagaatctatttcaggtggatttaacgaatcaagtattcttttcaatctcctacatctcaaggaactgaacttggctcataattatttaaattcttc 5847543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 234 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 5560165 - 5559765
Alignment:
Q  234 cctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattaaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaa 333  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  5560165 cctctaccaaatgtcttgaggatcaacaatcattgttgcatcaattaaaaaacaatctcacattcaatcctgaatattccaccaaactaatattgtggaa 5560066  T
Q  334 taaaagcactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaatt 433  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||  |||||| || |||||||||||||||| ||||  |||  |||   ||||||| ||    
T  5560065 tcaaagcactgcttgctgcaattggaggggtgttacatgtgacattgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggattt 5559966  T
Q  434 gacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttgg 533  Q
     |||| ||||| |||||||||| | | | ||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5559965 aacgattcaagcagtcttttcagtttgcaacacctccagaaactgaatttggctgataactatttcaattcttccattccatcaggattcaacaagttgg 5559866  T
Q  534 tgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctcttc 633  Q
     |||||| || |||||  |||||||||||  |   ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  5559865 agaagttgacatatctgaatttgtcatatgctagctttgtggggcaaattcctgtagagatttctcagctcaaaaggttggttactcttgatctctcttc 5559766  T
Q  634 t 634  Q
    |    
T  5559765 t 5559765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 234 - 640
Target Start/End: Original strand, 5894255 - 5894661
Alignment:
Q  234 cctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattaaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaa 333  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| | | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||||    
T  5894255 cctcagccatatgtcttgaggatcaacaatcattgttgctccaattcaaaaaaaatctcacatttcatcctgaaggttctaccaaactaatattgtggaa 5894354  T
Q  334 taaaagcactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaatt 433  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||  |||  |||   ||||||| ||    
T  5894355 taaaaccactgcttgctgcaattggagtggtgtaacttgtgacaatgagggacatgttattggccttgaccttagtgacgaagatatccatggtggattt 5894454  T
Q  434 gacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttgg 533  Q
     |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||   |||||||||| ||||| ||| ||||    
T  5894455 aacgattcaagcagtcttttcaatctcctacatctcaaaaaactgaacttggcttataacaatttcaattctctaattccatcaggattcagcaaattgg 5894554  T
Q  534 tgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctcttc 633  Q
     |||||| ||||||||  |||||||| |   |   |||||||||||||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||     
T  5894555 agaagttgacttatctgaatttgtcaaaggctagctttgtggggcagattccaattgagatttcacaacttacaaggttggttactcttgatctctcttt 5894654  T
Q  634 tgatgtc 640  Q
    |||||||    
T  5894655 tgatgtc 5894661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 234 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 3750108 - 3749711
Alignment:
Q  234 cctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattaaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||| |||||| ||||||  |||||||||    
T  3750108 cctctgccaaatgtcttgaggatcaacaatcattgttgcttcaattaaaaaacaatctcacattcaaccatgaaagttccaccaaactagaattgtggaa 3750009  T
Q  334 taaaagcactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaatt 433  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || ||| || |||| |||||||| |||||||  |||   ||   ||||||| ||    
T  3750008 taaaagcattgcttgctgcaattggagtggtgttacatgcaacaatgatggacatgttatcggccttgatctgagtgacgaaaagatcgatggtggattt 3749909  T
Q  434 gacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttgg 533  Q
     |||| |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||| | ||||||||  | ||  |||| ||||||  ||||||||||  ||||| ||||||||    
T  3749908 aacgattcaagtagtcttttcagtcttcaacatctccaaaaattaaacttggcatacaaccatttcaattctcacattccatcaagattcatcaagttgg 3749809  T
Q  534 tgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctct 631  Q
      ||||| || |||||  |||||||| |   |   ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  3749808 ataagttgacatatctgaatttgtcacaagctagctttgtagggcagattccgattgagatttcgcagcttacaaggttggttattcttgatctctct 3749711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 164 - 634
Target Start/End: Original strand, 5570098 - 5570568
Alignment:
Q  164 acattactttcattgttttccttccttttctgccactactgcannnnnnncactttccaaacttctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaa 263  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||       |||||||||||   || || |||| |||||||||||||||||||||| |     
T  5570098 acattagtttcattgttttccttccttctatgctactactgcatatatctcactttccaaatcactgttgcctcagccaaatgtcttgaggatcaacaat 5570197  T
Q  264 ctttgttgcttcaattaaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaataaaagcactgcttgctgcaattggagtgg 363  Q
    | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||   | ||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||    
T  5570198 cgttgttgctccaactaaaaaataatctcacatacaaccctgaaacttccaccaaactaaaattatggaataagagcactgcttgctgctattggaatgg 5570297  T
Q  364 cgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaattgacgaatcaagtagtcttttcaatctccta 463  Q
     || | |||||||| | | ||| |  | |||||||||||| | | || ||||   || |||| |||  ||||  | |||||||||||||| | |||||      
T  5570298 tgtaagttgtgacagcaaaggacacgtgattggccttgactttattgcagaagacatctctgatggttttgataattcaagtagtctttttagtctccat 5570397  T
Q  464 catctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatata 563  Q
    |||||  | ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||   |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||| | ||||||  |||| ||||||     
T  5570398 catcttcaaaaattgaacttggctgataacaatttcaattctgttattccatcaggatttaacaaattggtgatgttgaattatctgaatttatcatatg 5570497  T
Q  564 atgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctcttct 634  Q
     | | ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  5570498 ctaactttgtggggcatatttctatagagatttctcagcttacaaggttggttactcttgatctctcttct 5570568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 327 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 5859127 - 5858820
Alignment:
Q  327 tgtggaataaaagcactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctgg 426  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||  || ||| || |||||||||||||| |||||| ||||| ||| | |||    
T  5859127 tgtggaatcaaagcattgcatgctgcaactggagtggtgtaacttgtgacagtgaaggacatgttattggccttgacttgagtgcagaatatatctatgg 5859028  T
Q  427 tggaattgacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaac 526  Q
    |||| ||||  |  |||| ||||| ||   ||||| ||||||| | ||| |||||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5859027 tggatttgaaaatacaagcagtctatttggtctccaacatctccaaaaagtgaacttggcttttaacaatttcaattcttccattccatcagcattcaac 5858928  T
Q  527 aagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatc 626  Q
    ||| ||| |||||| || |||||  || |  || ||  |  ||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||     
T  5858927 aagctggagaagttgacatatctgaatcttacagatgctagatttcacgggaagattccaatagaaatttcccagcttataaggttggttactcttgata 5858828  T
Q  627 tctcttct 634  Q
    ||||||||    
T  5858827 tctcttct 5858820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 369 - 624
Target Start/End: Original strand, 5582513 - 5582768
Alignment:
Q  369 cttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaattgacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatct 468  Q
    ||||||||| | |||||| | || |||| ||||| ||||||| |||||| || ||||||||| ||||  |  |||| |||||||| | ||| | ||||||    
T  5582513 cttgtgacagcaagggatttgttgttggtcttgatctgagtgaagaatcaatctctggtggatttgataatgcaagcagtctttttagtcttcaacatct 5582612  T
Q  469 caagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaa 568  Q
      | ||| |||||||||||| |||  |||| ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |  |||||||||||  | |     
T  5582613 tcaaaaattgaacttggctgctaacaatttcaattctgtcattccatcaggattcaacaagttggtgatgttgagttatttgaatttgtcatatgctaac 5582712  T
Q  569 tttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttga 624  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  5582713 tttgtggggcaaattcctatagagatttctcagcttacaaggttggttactcttga 5582768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 137 - 549
Target Start/End: Original strand, 5851963 - 5852372
Alignment:
Q  137 agtaactaaccaacaatgagaacaattacattactttcattgttttccttccttttctgccactactgcannnnnnncactttccaaacttctctttcct 236  Q
    ||||| ||| ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||       || ||||||||   |  || |||    
T  5851963 agtaattaaacaacaatgagaa---ttacattacttccattgttttccttcattctctgctactactgcatttatatcagtttccaaatcaccgttgcct 5852059  T
Q  237 ctgccaaatgtcttgaggatcaacgaact-ttgttgcttcaattaaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaata 335  Q
    | ||||||||||| || ||||||| | || ||| | |||||| || |||| |||||| ||||  | ||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||    
T  5852060 cagccaaatgtctcgaagatcaac-atctattgctacttcaactataaaataatctcgcattcgaccctgaaatttccaccaaactaaaattctggaata 5852158  T
Q  336 aaagcactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaattga 435  Q
    ||| || |||||||||| |||||||||| || ||||||||||  || ||| |  | |||||||||||| |||||| ||||  ||| |||| |||  ||||    
T  5852159 aaatcattgcttgctgcgattggagtggtgtaacttgtgacagtgaaggacaagtgattggccttgacttgagtgaagaagatatctctgatggttttga 5852258  T
Q  436 cgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataa-ttatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttggt 534  Q
      | |||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||| |||||| |||| || ||| ||  ||  ||||||||| | |||||||||||||||    
T  5852259 taattcaagtagtcttttcagtctcgaacatctccagaaactgaatttggcttataacttgtttgaa-actgtcattccatcgggattcaacaagttggt 5852357  T
Q  535 gaagttaacttatct 549  Q
    || ||| | ||||||    
T  5852358 gatgttgaattatct 5852372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 369 - 634
Target Start/End: Original strand, 5538446 - 5538711
Alignment:
Q  369 cttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaattgacgaatcaagtagtcttttcaatctcctacatct 468  Q
    ||||||||||   ||||| | ||||||| ||||| ||||||| |||||| ||  |||||||| ||||  |  ||||||||||||| | ||| | | ||||    
T  5538446 cttgtgacaataggggatttgttattggtcttgatctgagtgaagaatcaatcactggtggatttgataatacaagtagtctttttagtcttcaaaatct 5538545  T
Q  469 caagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttggtgaagttaacttatcttgatttgtcatataatgaa 568  Q
      ||||| |||||||||||| |||  |||| | |||| | |||||| ||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||  |||||||||||  | |     
T  5538546 tcagaaattgaacttggctgctaacaatttcagttctgctattccaccaggattcaacaagttggtgatgttgagttatctgaatttgtcatatgctaac 5538645  T
Q  569 tttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctcttct 634  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  5538646 tttgtggggcagattcctttagagatttctcagcttacaaggttggtaactctagatatctcttct 5538711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 286
Target Start/End: Original strand, 6030672 - 6030798
Alignment:
Q  160 aattacattactttcattgttttccttccttttctgccactactgcannnnnnncactttccaaacttctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaa 259  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||       || |||| ||   ||| || ||||||||||||||||||  ||||||    
T  6030672 aattgcattactttcattgttttccttccttctatgctactactgcatttacatcagtttcaaattctctgttacctctgccaaatgtcttggcgatcaa 6030771  T
Q  260 cgaactttgttgcttcaattaaaaaac 286  Q
    |   | |||||||||||||||||||||    
T  6030772 ccctcattgttgcttcaattaaaaaac 6030798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 593 - 640
Target Start/End: Original strand, 5847557 - 5847604
Alignment:
Q  593 atttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctcttctgatgtc 640  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5847557 atttcacaactcacgaggttggttactcttgatctctcttcttatgtc 5847604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 328 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 5565625 - 5565545
Alignment:
Q  328 gtggaataaaagcactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgag 408  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||  |  |||| ||||||||||||||    
T  5565625 gtggaatcaaagcattccttgctgcaattggagtggtgtaacctgtgataacgaggggcaagttataggccttgacctgag 5565545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 160 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 5859294 - 5859195
Alignment:
Q  160 aattacattactttcattgttttccttccttttctgccactactgcannnnnnncactttccaaacttctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaa 259  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |  ||||||||       |||||||||||  ||| |  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  5859294 aattacaatactttcattgttttcctttcttctcttctgctactgcatatatatcactttccaaatctctttagcctctgccaaatgtcttgatgatcaa 5859195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 80 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 23268731 - 23268459
Alignment:
Q  80 tatgcatatttctgaacctttataaaacaaaccatttgtgctgttgttgtcactcagagtaactaaccaacaatgagaacaattacattactttcattgt 179  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23268731 tatgcatatttctgaaactgtacaaaacaaaccatttgttctgttgttttcattcagagtat-taatcaacaatgagatcaattacattactttcattgt 23268633  T
Q  180 tttccttccttttctgccactactgcannnnnnncactttccaaacttctctttcctctgccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaatt 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||       |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23268632 tttccttccttttctgccactactgcatttttttctttttccaaacttctctttcctctgctaaatgtcttgaggatcaacgaactctgttgcttcaatt 23268533  T
Q  280 aaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaataaaagcactgcttgctgca 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23268532 aaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaataaaagcactgcttgctgca 23268459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 240 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 1486399 - 1486008
Alignment:
Q  240 ccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattaaaaaacaatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaataaaag 339  Q
    |||||||||||||||||||||   | |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||| ||||||| ||| ||||||||||     
T  1486399 ccaaatgtcttgaggatcaacactcattgttgctccagttaaaaaacaatctcacatttgatcatgaattttccaccaaactaaaattatggaataaaaa 1486300  T
Q  340 cactgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaattgacgaa 439  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||| |||| |||||| ||  |||||||| || || |     
T  1486299 cactacttgctgcaattggagtggtgttacttgtgacaatgagggacatgttattgaccttgaccttagtgaagaatcaatcactggtggatttaacaat 1486200  T
Q  440 tcaagtagtcttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttggtgaagt 539  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||    || ||||||  ||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||    
T  1486199 tcaagtagtctttttagtctccaacatctcgagagactcaacttagctgaaaacagattcaattctctcatcccatcaggattcaacaaattggtgatgt 1486100  T
Q  540 taacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctct 631  Q
    | | |||| |  |||||||| ||  |   ||||| ||| ||||||| ||||||||||| || || || |  ||||||||||||||| |||||    
T  1486099 tgaattatttgaatttgtcacatgctagctttgtaggggagattcctatagagatttcacaacttacaaatttggttactcttgatttctct 1486008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 240 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 1586 - 1191
Alignment:
Q  240 ccaaatgtcttgaggatcaacgaactttgttgcttcaattaaaaaa-caatctcacatttcatcctgaaaattccacaaaactaatattgtggaataaaa 338  Q
    |||||||||||||||||||||   | |||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||||  |||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  1586 ccaaatgtcttgaggatcaacactcattgttgctccagttaaaaaaacaatctcacatttgatcatgaattttccaccaaactaaaattatggaataaaa 1487  T
Q  339 gca-ctgcttgctgcaattggagtggcgttacttgtgacaacgagggatatattattggccttgacctgagtggagaatctatttctggtggaattgacg 437  Q
     || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||| |||| |||||| ||  |||||||| || ||     
T  1486 acaactacttgctgcaattggagtggtgttacttgtgacaatgagggacatgttattgaccttgaccttagtgaagaatcaatcactggtggatttaaca 1387  T
Q  438 aatcaagtagtc-ttttcaatctcctacatctcaagaaactgaacttggctgataattatttaaattcttccattccatcagcattcaacaagttggtga 536  Q
    | |||||||||| |||| | ||||| ||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||    || ||||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  1386 attcaagtagtcttttttagtctccaacatctcgagagactcaacttagctgaaaacagattcaattctctcatcccatcaggattcaacaaattggtga 1287  T
Q  537 agtt-aacttatcttgatttgtcatataatgaatttgtggggcagattccaatagagatttcccagctcacgaggttggttactcttgatctctct 631  Q
     ||| || |||| |  |||||||| ||  |   ||||| ||| ||||||| ||||||||||| || || || |  ||||||||||||||| |||||    
T  1286 tgttgaatttatttgaatttgtcacatgctagctttgtaggggagattcctatagagatttcacaacttacaaatttggttactcttgatttctct 1191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University