View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10899_low_3 (Length: 516)
Name: NF10899_low_3
Description: NF10899
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10899_low_3 |
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| [»] chr8 (5 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 4145667 - 4145169
Alignment:
| Q |
18 |
agacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga |
117 |
Q |
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| T |
4145667 |
agacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga |
4145568 |
T |
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| Q |
118 |
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217 |
Q |
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| T |
4145567 |
gatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaa |
4145468 |
T |
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| Q |
218 |
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317 |
Q |
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| T |
4145467 |
acatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcac |
4145368 |
T |
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| Q |
318 |
acacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatcct |
417 |
Q |
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| T |
4145367 |
acacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatcct |
4145268 |
T |
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| Q |
418 |
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516 |
Q |
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| T |
4145267 |
tcttcgggacattttacaattagtgttgaaagattggatgtaccagaagttttcatttggaaagataaaaaaatttattggagaactggtccatggaat |
4145169 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 4134865 - 4134367
Alignment:
| Q |
18 |
agacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga |
117 |
Q |
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| T |
4134865 |
agacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgaacaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacaga |
4134766 |
T |
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| Q |
118 |
gatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaa |
217 |
Q |
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| T |
4134765 |
gatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtatcatcatttggtcaacaa |
4134666 |
T |
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| Q |
218 |
acatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcac |
317 |
Q |
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| T |
4134665 |
acatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcac |
4134566 |
T |
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| Q |
318 |
acacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatcct |
417 |
Q |
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| T |
4134565 |
acaccctgcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaataaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatcct |
4134466 |
T |
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| Q |
418 |
tcttcgggacattttacaattagtgttgaaagattggatgtaccagaagttttcatttggaaagatnnnnnnntttattggagaactggtccatggaat |
516 |
Q |
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| T |
4134465 |
tcttcgggacattttacaattagtgttgaaagattggatgtaccagaagttttcatttggaaagataaaaaaatttattggagaactggtccatggaat |
4134367 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 23 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 4124315 - 4123822
Alignment:
| Q |
23 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca |
122 |
Q |
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| T |
4124315 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca |
4124216 |
T |
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| Q |
123 |
accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt |
222 |
Q |
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| T |
4124215 |
accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt |
4124116 |
T |
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| Q |
223 |
tcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc |
322 |
Q |
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| T |
4124115 |
tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc |
4124016 |
T |
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| Q |
323 |
cttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatccttcttc |
422 |
Q |
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| T |
4124015 |
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4123916 |
T |
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| Q |
423 |
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516 |
Q |
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| T |
4123915 |
aggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaattcattggagaactggtccatggaat |
4123822 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 23 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 4153665 - 4153172
Alignment:
| Q |
23 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca |
122 |
Q |
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| T |
4153665 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaataagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca |
4153566 |
T |
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| Q |
123 |
accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt |
222 |
Q |
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| T |
4153565 |
accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt |
4153466 |
T |
|
| Q |
223 |
tcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc |
322 |
Q |
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| T |
4153465 |
tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttccggagcaacaatctgggatagtttcacacacc |
4153366 |
T |
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| Q |
323 |
cttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatccttcttc |
422 |
Q |
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| T |
4153365 |
ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttc |
4153266 |
T |
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| Q |
423 |
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516 |
Q |
| |
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| T |
4153265 |
aggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggaaagataaaaatattcattggagaacaggtccatggaat |
4153172 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 23 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 4164024 - 4163525
Alignment:
| Q |
23 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca |
122 |
Q |
| |
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| T |
4164024 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca |
4163925 |
T |
|
| Q |
123 |
accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt |
222 |
Q |
| |
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| T |
4163924 |
accactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggtagcatcatttggtcaacaagcatt |
4163825 |
T |
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| Q |
223 |
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316 |
Q |
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| T |
4163824 |
tcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctagatcaacaatttgggatagtttca |
4163725 |
T |
|
| Q |
317 |
cacacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatcc |
416 |
Q |
| |
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| |||||| | ||| | ||||||||| |||||| |||||||||||| |||| || || ||| | || |||||||| ||||||||||||| |||||||| |
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| T |
4163724 |
ctcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatcttttgtatcaagaaaaagtgaaaatgatcc |
4163625 |
T |
|
| Q |
417 |
ttcttcgggacattttacaattagtgttgaaagattggatgtaccagaagttttcatttggaaagatnnnnnnntttattggagaactggtccatggaat |
516 |
Q |
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| T |
4163624 |
ttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagattggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaattcattggagaactggtccatggaat |
4163525 |
T |
|
Back To:
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