View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10907_low_4 (Length: 348)

Name: NF10907_low_4
Description: NF10907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10907_low_4
NF10907_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-333)||(8522548-8522862)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (27-330)||(11117596-11117899)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (27-330)||(25523368-25523671)
chr6 (180-330)||(24140436-24140586)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (19-330)||(34233127-34233438)
chr5 (19-330)||(34240900-34241211)
chr5 (28-333)||(42122934-42123239)
chr5 (70-330)||(41713892-41714152)
chr5 (48-332)||(42128348-42128632)
chr5 (27-330)||(42117185-42117488)
chr5 (42-330)||(41572353-41572641)
chr5 (42-330)||(41617992-41618280)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (33-332)||(12247898-12248197)
chr2 (27-332)||(11994732-11995038)
chr2 (275-330)||(32682256-32682311)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 19 - 333
Target Start/End: Original strand, 8522548 - 8522862
Alignment:
Q  19 caaaagtggttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttg 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  8522548 caaaagttgttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataaatccaagtttccttcataagaatcatttg 8522647  T
Q  119 taaaagtattgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaagg 218  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522648 taaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaagg 8522747  T
Q  219 aatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaa 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522748 aatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaa 8522847  T
Q  319 aggttaagccctatg 333  Q
    |||||||||||||||    
T  8522848 aggttaagccctatg 8522862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 27 - 330
Target Start/End: Original strand, 11117596 - 11117899
Alignment:
Q  27 gttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagta 126  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11117596 gttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgta 11117695  T
Q  127 ttgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcat 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |   | ||||||||||||   ||||||| ||     
T  11117696 ttgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatcacac 11117795  T
Q  227 cggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaag 326  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  11117796 tggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagattaag 11117895  T
Q  327 ccct 330  Q
    ||||    
T  11117896 ccct 11117899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 27 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 25523671 - 25523368
Alignment:
Q  27 gttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagta 126  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||  | ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  25523671 gttgggtgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtg 25523572  T
Q  127 ttgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcat 226  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||| | | | ||||||||||||| || ||||||||||  ||| | |||||||||||||  ||||||| ||     
T  25523571 ttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaagaaagtttaaattggttaattccgcaggaatcacac 25523472  T
Q  227 cggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaag 326  Q
    |||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25523471 cggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaag 25523372  T
Q  327 ccct 330  Q
    ||||    
T  25523371 ccct 25523368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 180 - 330
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140586
Alignment:
Q  180 caagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcct 279  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||     
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  280 atggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 330  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccct 24140586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 34233438 - 34233127
Alignment:
Q  19 caaaagtggttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttg 118  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||    
T  34233438 caaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttg 34233339  T
Q  119 taaaagtattgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaagg 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||    
T  34233338 taaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcagg 34233239  T
Q  219 aatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaa 318  Q
    ||||  | | || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||||||| |||    
T  34233238 aatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaa 34233139  T
Q  319 aggttaagccct 330  Q
    ||||||||||||    
T  34233138 aggttaagccct 34233127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 34241211 - 34240900
Alignment:
Q  19 caaaagtggttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttg 118  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||    
T  34241211 caaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttg 34241112  T
Q  119 taaaagtattgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaagg 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||    
T  34241111 taaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcagg 34241012  T
Q  219 aatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaa 318  Q
    ||||  | | || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||||||| |||    
T  34241011 aatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaa 34240912  T
Q  319 aggttaagccct 330  Q
    ||||||||||||    
T  34240911 aggttaagccct 34240900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 333
Target Start/End: Original strand, 42122934 - 42123239
Alignment:
Q  28 ttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtat 127  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42122934 ttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtat 42123033  T
Q  128 tgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatc 227  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |   | |||||||| |||   ||||||| ||||    
T  42123034 tgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttagttctgcaggaatcacatc 42123133  T
Q  228 ggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagc 327  Q
     || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||| ||| || ||||  |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  42123134 agtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaataggaccattgagtctgttatgggaaaggttaagc 42123233  T
Q  328 cctatg 333  Q
    ||||||    
T  42123234 cctatg 42123239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 70 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 41714152 - 41713892
Alignment:
Q  70 gacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattat 169  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  41714152 gacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttat 41714053  T
Q  170 tggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgt 269  Q
    | |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||| |  | |||||||  | | || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| | |    
T  41714052 tagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttat 41713953  T
Q  270 caagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 330  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| ||||| || ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  41713952 caagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccct 41713892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 332
Target Start/End: Original strand, 42128348 - 42128632
Alignment:
Q  48 ttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggt 147  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  42128348 ttgttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggt 42128447  T
Q  148 atttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttgaggaaa 247  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||      | |||| |||||||   ||||||| |||| || | || |||||| || |    
T  42128448 atttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaagaaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgaga 42128547  T
Q  248 gatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctat 332  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| | ||  | ||| |||||||||||||||| || |||||    
T  42128548 gatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctat 42128632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 27 - 330
Target Start/End: Original strand, 42117185 - 42117488
Alignment:
Q  27 gttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagta 126  Q
    ||||||||||  || |||||| |||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||  | ||||||||||  ||||||||||||| ||| |||    
T  42117185 gttggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccacataaacccaagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgta 42117284  T
Q  127 ttgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcat 226  Q
    | ||| |||    ||||||||||||  ||||| ||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  ||  | ||||||||||||   ||| |||  |     
T  42117285 tcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaagaaagtctaaattggttaattctgcagggatcatac 42117384  T
Q  227 cggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaag 326  Q
    |||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  42117385 cggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaag 42117484  T
Q  327 ccct 330  Q
    ||||    
T  42117485 ccct 42117488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 41572641 - 41572353
Alignment:
Q  42 agaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttcct 141  Q
    |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||||    
T  41572641 agaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttcct 41572542  T
Q  142 tgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttg 241  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||| |||||| |||||||  |||||||  || | || |  |||||||    
T  41572541 tgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttg 41572442  T
Q  242 aggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 330  Q
    | ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  41572441 acgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 41572353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 41618280 - 41617992
Alignment:
Q  42 agaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttcct 141  Q
    |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||||    
T  41618280 agaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttcct 41618181  T
Q  142 tgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttg 241  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||| |||||| |||||||  |||||||  || | || |  |||||||    
T  41618180 tgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttg 41618081  T
Q  242 aggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 330  Q
    | ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  41618080 acgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 41617992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 33 - 332
Target Start/End: Original strand, 12247898 - 12248197
Alignment:
Q  33 tgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaat 132  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||| || | |||     
T  12247898 tgaaggttgagaatattgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaac 12247997  T
Q  133 tgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggtta 232  Q
    || |||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||  || || ||| |||||  |   | |||||||||||     |||||| |||| || |    
T  12247998 tgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtga 12248097  T
Q  233 acatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctat 332  Q
     ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248098 gcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctat 12248197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 27 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 11995038 - 11994732
Alignment:
Q  27 gttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagta 126  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||| ||     
T  11995038 gttgggtgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtc 11994939  T
Q  127 t-tgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgca 225  Q
    |  ||| || |||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||  || || ||| |||||  |   | |||||||||||     |||||| ||    
T  11994938 tcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcaca 11994839  T
Q  226 tcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaa 325  Q
    || || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  11994838 tcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaa 11994739  T
Q  326 gccctat 332  Q
    |||||||    
T  11994738 gccctat 11994732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 275 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682256
Alignment:
Q  275 ttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccct 330  Q
    |||| |||||||  ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccct 32682256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University