View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10908_low_5 (Length: 530)

Name: NF10908_low_5
Description: NF10908
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10908_low_5
NF10908_low_5
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-520)||(2855742-2856258)
chr3 (1-520)||(2768759-2769275)
chr3 (1-520)||(2758904-2759420)
chr3 (1-520)||(2838532-2839048)
chr3 (1-520)||(2748688-2749201)
chr3 (5-520)||(2797051-2797563)
chr3 (1-520)||(2818247-2818763)
chr3 (1-410)||(2807070-2807473)
chr3 (1-520)||(5412597-5413092)
chr3 (83-520)||(2790048-2790491)
chr3 (468-520)||(2755734-2755786)
chr3 (328-386)||(22648771-22648829)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (5-516)||(6088-6596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 520
Target Start/End: Original strand, 2855742 - 2856258
Alignment:
Q  1 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855742 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 2855841  T
Q  101 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855842 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 2855941  T
Q  201 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||| ||| ||   ||||| ||||||||| ||    
T  2855942 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctcc---actgcggtttctttggcttgaggatccttgctc 2856038  T
Q  301 atgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatc 400  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2856039 gtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatc 2856138  T
Q  401 aaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  2856139 aaagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatgtatcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaa 2856238  T
Q  501 tgcgaaatgatgcttctctc 520  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2856239 tgcgaaatgatgcttctctc 2856258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 2769275 - 2768759
Alignment:
Q  1 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  2769275 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtttttcct 2769176  T
Q  101 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 200  Q
    | |||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |  ||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |  ||||||| ||    
T  2769175 agaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaattt 2769076  T
Q  201 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttc 300  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||   ||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||    
T  2769075 ctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggatcacgccatcttccactttctgactctcc---actactgttcctgctgtttgaggatccttgttc 2768979  T
Q  301 atgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatc 400  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  2768978 atgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtc 2768879  T
Q  401 aaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcag 500  Q
    |||||||||||| |||||| ||  |||  || ||||||||| ||||   || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  2768878 aaagttttgattaggcttgcaatcttgaagattaaagatccgcgtctgggacgattggccctatgggtcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaa 2768779  T
Q  501 tgcgaaatgatgcttctctc 520  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2768778 tgcgaaatgatgcttctctc 2768759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 2759420 - 2758904
Alignment:
Q  1 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||     
T  2759420 cacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttgccg 2759321  T
Q  101 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 200  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| |  ||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  2759320 agaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaattt 2759221  T
Q  201 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || | |||    ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  2759220 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctttctcttcggta---gtgttgctgctgtttgaggatccttgttc 2759124  T
Q  301 atgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatc 400  Q
    || ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2759123 atttgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatc 2759024  T
Q  401 aaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcag 500  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||||||| || |||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||||     
T  2759023 aaagttttgattgggcttgtaatcttgttgaatacagatccgctaccaggaggattggccgtatggatcagccgaaggtattcgtcaattatatcttcaa 2758924  T
Q  501 tgcgaaatgatgcttctctc 520  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  2758923 tgcgaaacgatgcttctctc 2758904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 520
Target Start/End: Original strand, 2838532 - 2839048
Alignment:
Q  1 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2838532 cacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcct 2838631  T
Q  101 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 200  Q
    | |||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |  ||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||  ||||||| ||    
T  2838632 agaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaattt 2838731  T
Q  201 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2838732 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttc 2838831  T
Q  301 atgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatc 400  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2838832 atttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatc 2838931  T
Q  401 aaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcag 500  Q
    ||||||||||||   ||||    | |  ||  ||||||||  | |||| |||||||||||||||| || |  ||||| |||||||||||||||||||||     
T  2838932 aaagttttgattaaccttg---gagtcatgcataaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttcaa 2839028  T
Q  501 tgcgaaatgatgcttctctc 520  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2839029 tgcgaaatgatgcttctctc 2839048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 2749201 - 2748688
Alignment:
Q  1 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2749201 cacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcct 2749102  T
Q  101 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 200  Q
    |  || |||||||| ||||| || |||||  ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  2749101 aggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaactt 2749002  T
Q  201 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttc 300  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||  ||    || |  |||||||||  | |||||||||    
T  2749001 ctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcc--ta----tgctaatgctgcttgaagttccttgttc 2748908  T
Q  301 atgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatc 400  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||| || | |||||||||||||    
T  2748907 gtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatc 2748808  T
Q  401 aaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcag 500  Q
    |||||||||||| | |||| ||  |||  |||||||||||| | || | |||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||     
T  2748807 aaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccgcatctaggaggattggccctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaa 2748708  T
Q  501 tgcgaaatgatgcttctctc 520  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2748707 tgcgaaatgatgcttctctc 2748688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 5 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 2797563 - 2797051
Alignment:
Q  5 gtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctatac 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  2797563 gtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagac 2797464  T
Q  105 cccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgt 204  Q
    | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | || || | |||||||||||||||||||||  | ||||||||||  || |||| | | ||    
T  2797463 ctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagt 2797364  T
Q  205 ttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgt 304  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || ||| |||   ||||||||||| |||||||||  |||||| ||   |||    
T  2797363 ttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctc---tactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgt 2797267  T
Q  305 gaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaag 404  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| || |||||| ||||| || |  ||| ||| |||||| |    
T  2797266 gaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatg 2797167  T
Q  405 ttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcg 504  Q
    |||||||| | |||| ||  |||  |||||||||||| | |||  |||||| ||||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  2797166 ttttgattagacttgcaatcttgcagactaaagatccgcatcccggaggataggccctatgcatcagctgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcg 2797067  T
Q  505 aaatgatgcttctctc 520  Q
    ||||||||||||||||    
T  2797066 aaatgatgcttctctc 2797051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 2818763 - 2818247
Alignment:
Q  1 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2818763 cacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcct 2818664  T
Q  101 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 200  Q
    | |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | |  ||| ||||||||||||||| | | ||||||| | ||||||||||  ||||| | ||    
T  2818663 agaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgattt 2818564  T
Q  201 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttc 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||  | |||| | ||||   ||  | ||||||   ||  | ||||||||||||    
T  2818563 ctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctcc---acatccgttgctttggcacgaggatccttgttc 2818467  T
Q  301 atgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatc 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||    
T  2818466 atgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaatttcataacggggagtc 2818367  T
Q  401 aaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcag 500  Q
    ||||| || |||   |||| ||  |||   || |||||||  | |||  ||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||     
T  2818366 aaagtcttcattaatcttggaatcttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatggatcaaaagaaggtattcatcaatgacatcttcaa 2818267  T
Q  501 tgcgaaatgatgcttctctc 520  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  2818266 tgcgaaatgatgcatctctc 2818247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 2807473 - 2807070
Alignment:
Q  1 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2807473 cacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcct 2807374  T
Q  101 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 200  Q
    | ||| |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||  ||||||| ||    
T  2807373 agacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaattt 2807274  T
Q  201 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttc 300  Q
    || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||   || ||||||   ||| |||||  |||||||||||    
T  2807273 ctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctc---tagtgctgt---tgcggcttgatgatccttgttc 2807180  T
Q  301 atgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatc 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||  | ||||  ||||| || | |||||||||||||    
T  2807179 atgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatc 2807080  T
Q  401 aaagttttga 410  Q
    ||||||||||    
T  2807079 aaagttttga 2807070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5413092 - 5412597
Alignment:
Q  1 cacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  5413092 cacagtgtatgattgagaaactgttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcct 5412993  T
Q  101 ataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaactt 200  Q
    |  ||||||||||| |||||||| || ||| | || || | |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  5412992 aggccccccattcctaccactgatatgactgtacgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaactt 5412893  T
Q  201 ctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttc 300  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||                      
T  5412892 ctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgccatcttccattttctgtctctc---tactgctgttgctgct------------------ 5412814  T
Q  301 atgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatc 400  Q
       ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||| ||||||||    
T  5412813 ---tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatc 5412717  T
Q  401 aaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcag 500  Q
    |||||||||||   ||||| ||  |||  |||||||||||  | |||| |||||||| ||||||| || | |||| | ||||| |||||||||||||||     
T  5412716 aaagttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagatctgcatccaagaggattgaccctatgcattagccgatggtattcgtcaatgacatcttcaa 5412617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 83 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790048
Alignment:
Q  83 gcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggc 182  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  183 cttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgct 282  Q
    ||||||  || |||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| || ||| |||   ||||||||||||||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctc---tactgctgttgctgct 2790295  T
Q  283 gcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgca 382  Q
    |||||  |||||| ||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||  | |||||| |||||     
T  2790294 gcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgct 2790195  T
Q  383 attttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacg---tccatgaggattg------gccctatggatcaacc 473  Q
    || | |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  |||  || |||||||  |||   ||||  |||||||      |||||||| || | ||    
T  2790194 atctgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgcagaataaagattgacggcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagcc 2790095  T
Q  474 gaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 520  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2790094 gaaggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2790048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 468 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 2755786 - 2755734
Alignment:
Q  468 tcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 520  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2755786 tcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2755734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 386
Target Start/End: Original strand, 22648771 - 22648829
Alignment:
Q  328 gcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattt 386  Q
    |||| ||||||||||||| |||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22648771 gcttttttccttgattccacgaataaataacttaatgtcttgaatctcggatgcaattt 22648829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 5 - 516
Target Start/End: Original strand, 6088 - 6596
Alignment:
Q  5 gtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagtttttcctatac 104  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  6088 gtgtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggttttccctatac 6187  T
Q  105 cccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgt 204  Q
    | |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| |  ||  ||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||| ||    
T  6188 ctcccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagt 6287  T
Q  205 ttcttcaatgaaaagggaagacagccgaggatcacgccatcttccattttctgtcgctccagtactgctgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgt 304  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |   ||||| |||||   ||||  |||||  ||||||||    
T  6288 ttcttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctg---tgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgt 6384  T
Q  305 gaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaag 404  Q
     ||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| || | |||  | | ||||||||    
T  6385 aaaatttgaaagttatacctttcacttctgtccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaag 6484  T
Q  405 ttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcg 504  Q
    |||||||| |||||  ||  |||  |||||| ||||| | |||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6485 ttttgattaggcttacaatcttgcagactaatgatccgcatccaggagggttggccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatcttcaatgcg 6584  T
Q  505 aaatgatgcttc 516  Q
    ||||||||||||    
T  6585 aaatgatgcttc 6596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University