View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10910_low_1 (Length: 1027)

Name: NF10910_low_1
Description: NF10910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10910_low_1
NF10910_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-1011)||(33170394-33171400)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (36-244)||(25355778-25355986)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 901; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 901; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 33171400 - 33170394
Alignment:
Q  15 cataggcggaatgaagagctcagaaatgcatttcaaactaatgcgtccgaagtgcagctccgtctagttgttcagagtgtcttgaatcattactcggatc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33171400 cataggcggaatgaagagctcagaaatgcatttcaaactaatgcgtccgaagtgcagctccgtctagttgttcagagtgtcttgaatcattactcggatc 33171301  T
Q  115 ttttcagaatgaaaacggatgctgcaaaggctgatcccctctatttaatctccggtgtgtggaaaccatccgtagagcgacttttcctatggatcggagg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33171300 ttttcagaatgaaaacggatgctgcaaaggctgatcccctctatttaatctccggtgtgtggaaaccatccgtagagcgacttttcctatggatcggagg 33171201  T
Q  215 atctcgcccatcccagcttctaaatgtacaaatctgatcttaatagcgaattagattaaaagtcggta--------acctcaacgaatcactaaccatta 306  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  33171200 atctcggccatcacagcttctaaatgtacaaatctgatcttaatagcaaattagattaaaagtcggtactctcgaaacctcaacgaatcactaaccatta 33171101  T
Q  307 ttagnnnnnnnnnctgctacagctcattgtgccacaacttgagcctttgtctgatgaacagatgtttagcattaaaaaacttcacctgtcgtctcagcaa 406  Q
    ||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33171100 ttagtttttttt-ctgctacagctcattgtgccacaacttgagcctttgtctgatgaacagatgtttagcatcaaaaaacttcacctgtcgtctcagcaa 33171002  T
Q  407 gccgaagatgctctttcacaaggactaaataaactccaggagagtctggtccaagacatggcatttgttccattaaatgcagcaaatcatggaattcaga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33171001 gccgaagatgctctttcacaaggactaaataaactccaggagagtctggtccaagacatggcatttgttccattaaatgcagcaaatcatggaattcaga 33170902  T
Q  507 tggctattgctatagacaaatttgagggactagaaggttttgtaatccaggtaatgtaacaccaagaaatttgaatcaactaggaattttctaatgccac 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170901 tggctattgctatagacaaatttgagggactagaaggttttgtaatccaggtaatgtaacaccaagaaatctgaatcaactaggaattttctaatgccac 33170802  T
Q  607 tcttttgtcctaagtcctggtgttcaaactataactagacccttactcatcattacattattcaatttgatacattgtgaatgatttgtgttgtccacag 706  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170801 tcttttatcctaagtcctggtgttcaaactataactagacccttactcatcattacattattcaatttgatacattgtgaatgatttgtgttgtccacag 33170702  T
Q  707 gcagatcatctcaggcagcaaactctgatacacatgtcccgcatcctgtctacacaccaagctgctaggggcttgattgctcttggggaatactttcatc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33170701 gcagatcatctcaggcagcaaactctgatacacatgtcccgcatcctgtctacgcaccaagctgctaggggcttgattgctctaggggaatactttcatc 33170602  T
Q  807 gccttcgtactatttgttctctctggacttctcgtccattcgattccatgaggtcacctaggattactccttagaggaagagccggatacctgcttacga 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170601 gccttcgtactatttgttctctctggacttctcgtccattcgattccatgaggtcacctaggattactccttagaggaagagccggatacctgcttacga 33170502  T
Q  907 ta---cttcagtttcaactttacagaacagatgttcaaattttggttgaatctatatgttatgtgtataaacgaaacttaatgttgtgtagcagcaagag 1003  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170501 tacttcttcagtttcaactttacagaacagatgttcaaattttggttgaatctatatgttatgtgtataaacgaaacttaatgttgtgtagcagcaagag 33170402  T
Q  1004 gcaatatt 1011  Q
    ||||||||    
T  33170401 gcaatatt 33170394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 25355986 - 25355778
Alignment:
Q  36 agaaatgcatttcaaactaatgcgtccgaagtgcagctccgtctagttgttcagagtgtcttgaatcattactcggatcttttcagaatgaaaacggatg 135  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||  | || || | |||| ||||| |||||  |||||| || |||||  ||||||||||||||||| | || |    
T  25355986 agaaatgcattgcaaactaatgcatctgatatacaacttcatctacttgttgagagtagcttgaaccaatactcaaatcttttcagaatgaaagctgaag 25355887  T
Q  136 ctgcaaaggctgatcccctctatttaatctccggtgtgtggaaaccatccgtagagcgacttttcctatggatcggaggatctcgcccatcccagcttct 235  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||| || || |||||| || | || || || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||    
T  25355886 ctgcaaaggctgatgttttctatttaatctctggcgtatggaaatcaccggtcgaacgcctttttctttggatcggaggatctcgtccatcacaaattct 25355787  T
Q  236 aaatgtaca 244  Q
    |||||||||    
T  25355786 aaatgtaca 25355778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University