View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10910_low_5 (Length: 438)

Name: NF10910_low_5
Description: NF10910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10910_low_5
NF10910_low_5
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (17-426)||(352804-353213)
chr7 (17-426)||(10579584-10579993)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-426)||(24577991-24578400)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 353213 - 352804
Alignment:
Q  17 acagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcctttgcaagtgcacacatgatagtagtataagtgaccacattcgggggag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353213 acagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcatcaaatttctctgcctttgcaagtgcacacatgatagtagtataagtgaccacattcgggggag 353114  T
Q  117 caattttgagcttgcatttcatagagaaggtcgtaaaccatgtcgaaattctgttcttgacaataacattgaataatggtggaataacttataacacaag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353113 caattttgagcttgcatttcatagagaaggtcgtaaaccatgtcgaaattatgttcttgacaataacattgaataatggtggaataacttataacacaag 353014  T
Q  217 agcgacaaccatatcatttcatctcttggattgtccaatgtgcctcttcaagcggcggatattgcaccatccatgaataagtatgttaaacgtgtgggcg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  353013 agcgacaaccatatcatttcatctcttggattgtccaatgtgcctcttcaagcggcggatattgcaccatccatgaataagtatgttaaatgtgtgggcg 352914  T
Q  317 tttggagcaacataatgcttcagctccaagtaaatttcgcgagcttgttcaacaaatttctctttgcaaagagtatcaagcaacacattcatggattctg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  352913 tttggagcaacataatgcttcagctccaagtaaatttcgcgagcttgttcaacaaatttctctttgcaaagagtatcaagcaacacattcatggattctg 352814  T
Q  417 tattcatctc 426  Q
    ||||| ||||    
T  352813 tattcttctc 352804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 17 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 10579993 - 10579584
Alignment:
Q  17 acagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcctttgcaagtgcacacatgatagtagtataagtgaccacattcgggggag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||    
T  10579993 acagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcttttgcgagtgcgcacattatagtagtatatgtgaccacatttgggg-ag 10579895  T
Q  117 caattttgagcttgcatttcatagagaaggtcgtaaaccatgtcgaaattctgttcttgacaataacattgaataatggtggaataacttataacacaag 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  10579894 caattttgagcttgcatttcatcgagaagatcataaaccctgtcgaaattctgttcttgacaataacattgaatgatggtggaataacttataacgcaag 10579795  T
Q  217 agcgacaaccatatcatttcatctcttggattgtccaatgtgcctcttcaa-gcggcggatattgcaccatccatgaataagtatgttaaacgtgtgggc 315  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10579794 ggcgacaaccatatcctttcatctcttggattgtccaatgtgcctcttcaacacgtcggatattacaccatccatgaataagtatgttaaacgtgtgagc 10579695  T
Q  316 gtttggagcaacataatgcttcagctccaagtaaatttcgcgagcttgttcaacaaatttctctttgcaaagagtatcaagcaacacattcatggattct 415  Q
     ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579694 atttggagcaatgtaatgcttcagctccaagtaaatttcacgagcttgttcaacaaatttctctttacatagagtatcaagcaacacattcatggattct 10579595  T
Q  416 gtattcatctc 426  Q
    |||||| ||||    
T  10579594 gtattcttctc 10579584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 17 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 24578400 - 24577991
Alignment:
Q  17 acagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcctttgcaagtgcacacatgatagtagtataagtgaccacattcgggggag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  24578400 acagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcttcaaatttttctgcttttgcgagtgcgcacattatagtagtatatgtgaccacattcgggg-ag 24578302  T
Q  117 caattttgagcttgcatttcatagagaaggtcgtaaaccatgtcgaaattctgttcttgacaataacattgaataatggtggaataacttataacacaag 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24578301 caattttgagcttgcatttcatcgagaagatcataaaccctgtcgaaattctgttcttgacaataacattgaatgatggtggaataacttataacacaag 24578202  T
Q  217 agcgacaaccatatcatttcatctcttggattgtccaatgtgcctcttcaa-gcggcggatattgcaccatccatgaataagtatgttaaacgtgtgggc 315  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24578201 ggcgacaaccatatcctttcatctcttggattgtccaatgtgcctcttcaacgcgtcggatattgcaccatccatgaataagtatgttaaacgtgtgagc 24578102  T
Q  316 gtttggagcaacataatgcttcagctccaagtaaatttcgcgagcttgttcaacaaatttctctttgcaaagagtatcaagcaacacattcatggattct 415  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24578101 gtttggagcaatgtaatgcttcagctccaagtaaatttcgcgagcttgttcaacaaatttttctttgcaaagagtatcaagcaacacattcatggattct 24578002  T
Q  416 gtattcatctc 426  Q
    |||||| ||||    
T  24578001 gtattcttctc 24577991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University