View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10912_high_6 (Length: 531)

Name: NF10912_high_6
Description: NF10912
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10912_high_6
NF10912_high_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-473)||(8522548-8523002)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (27-447)||(11117596-11118016)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (27-467)||(25523231-25523671)
chr6 (180-466)||(24140436-24140722)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (19-473)||(34240757-34241211)
chr5 (19-471)||(34232986-34233438)
chr5 (48-473)||(42128348-42128773)
chr5 (28-422)||(42122934-42123328)
chr5 (27-473)||(42117185-42117631)
chr5 (70-424)||(41713798-41714152)
chr5 (42-383)||(41572300-41572641)
chr5 (42-383)||(41617939-41618280)
chr5 (234-410)||(41444005-41444181)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (33-481)||(12247898-12248346)
chr2 (27-481)||(11994583-11995038)
chr2 (275-467)||(32682113-32682311)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 473
Target Start/End: Original strand, 8522548 - 8523002
Alignment:
Q  19 caaaagtggttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttg 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  8522548 caaaagttgttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataaatccaagtttccttcataagaatcatttg 8522647  T
Q  119 taaaagtattgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaagg 218  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522648 taaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaagg 8522747  T
Q  219 aatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaa 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522748 aatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaa 8522847  T
Q  319 aggttaagccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaa 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  8522848 aggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatctcgccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagttgtttggaa 8522947  T
Q  419 ttttcagcaatgtcatgttgttcccttttgacaccacaatcacagaatcatagta 473  Q
    ||||||  | | |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  8522948 ttttcactagtttcattttgttcccttttgtcgccacaatcacagaatcatagta 8523002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 27 - 447
Target Start/End: Original strand, 11117596 - 11118016
Alignment:
Q  27 gttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagta 126  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11117596 gttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgta 11117695  T
Q  127 ttgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcat 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |   | ||||||||||||   ||||||| ||     
T  11117696 ttgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatcacac 11117795  T
Q  227 cggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaag 326  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  11117796 tggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagattaag 11117895  T
Q  327 ccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcagc 426  Q
    |||| ||| | |||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |  |||||||||||| |    
T  11117896 ccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatacttactaactttattggaattttcacc 11117995  T
Q  427 aatgtcatgttgttccctttt 447  Q
    | |||||| ||||||||||||    
T  11117996 agtgtcattttgttccctttt 11118016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 27 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 25523671 - 25523231
Alignment:
Q  27 gttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagta 126  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||  | ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  25523671 gttgggtgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtg 25523572  T
Q  127 ttgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcat 226  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||| | | | ||||||||||||| || ||||||||||  ||| | |||||||||||||  ||||||| ||     
T  25523571 ttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaagaaagtttaaattggttaattccgcaggaatcacac 25523472  T
Q  227 cggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaag 326  Q
    |||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25523471 cggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaag 25523372  T
Q  327 ccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcagc 426  Q
    |||| ||| | |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |  |||||||||||| |    
T  25523371 ccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgaaaaatcaatagatacaaactttattggaattttcacc 25523272  T
Q  427 aatgtcatgttgttcccttttgacaccacaatcacagaatc 467  Q
    ||| |||| |   |||||||||   ||||| ||||||||||    
T  25523271 aatttcatttgaatcccttttgttgccacagtcacagaatc 25523231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 180 - 466
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140722
Alignment:
Q  180 caagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcct 279  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||     
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  280 atggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatt 379  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaaatt 24140635  T
Q  380 tgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcagcaatgtcatgttgttcccttttgacaccacaatcacagaat 466  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||  | ||||||||||||| || |||||| ||| |||||||||   ||||| |||||||||    
T  24140636 tgtttcttgacatatcgatacttacaaacttttttggaattttcaccagtgtcattttggtcccttttgttgccacagtcacagaat 24140722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 34241211 - 34240757
Alignment:
Q  19 caaaagtggttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttg 118  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||    
T  34241211 caaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttg 34241112  T
Q  119 taaaagtattgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaagg 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||    
T  34241111 taaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcagg 34241012  T
Q  219 aatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaa 318  Q
    ||||  | | || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||||||| |||    
T  34241011 aatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaa 34240912  T
Q  319 aggttaagccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaa 418  Q
    |||||||||||| ||| | | ||||| || || ||| | ||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||  ||||||    
T  34240911 aggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaacattgttggaa 34240812  T
Q  419 ttttcagcaatgtcatgttgttcccttttgacaccacaatcacagaatcatagta 473  Q
    |||||  || |||||| ||| | ||||||| |  |||| ||||||||||||||||    
T  34240811 ttttcgtcagtgtcattttgatgccttttgtcgtcacagtcacagaatcatagta 34240757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 34233438 - 34232986
Alignment:
Q  19 caaaagtggttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttg 118  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||    
T  34233438 caaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttg 34233339  T
Q  119 taaaagtattgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaagg 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||    
T  34233338 taaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcagg 34233239  T
Q  219 aatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaa 318  Q
    ||||  | | || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||||||| |||    
T  34233238 aatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaa 34233139  T
Q  319 aggttaagccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaa 418  Q
    |||||||||||| ||| | | ||||| || || ||| | ||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |  ||||||    
T  34233138 aggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaagtttattggaa 34233039  T
Q  419 ttttcagcaatgtcatgttgttcccttttgacaccacaatcacagaatcatag 471  Q
    |||| | ||||||||| ||| |||||||     ||||| ||||||||||||||    
T  34233038 tttttaccaatgtcatattgatccctttgtttgccacagtcacagaatcatag 34232986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 48 - 473
Target Start/End: Original strand, 42128348 - 42128773
Alignment:
Q  48 ttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggt 147  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  42128348 ttgttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggt 42128447  T
Q  148 atttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttgaggaaa 247  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||      | |||| |||||||   ||||||| |||| || | || |||||| || |    
T  42128448 atttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaagaaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgaga 42128547  T
Q  248 gatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattccatgaagctc 347  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| | ||  | ||| |||||||||||||||| || ||||| | | ||||||||||    
T  42128548 gatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctc 42128647  T
Q  348 accaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcagcaatgtcatgttgttccctttt 447  Q
    ||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  42128648 accaaaatcatttggaatatctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagatatttggaattttcaccaatgtccttttgttccctttt 42128747  T
Q  448 gacaccacaatcacagaatcatagta 473  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||    
T  42128748 gtcgccacaatcatagaatcatagta 42128773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 28 - 422
Target Start/End: Original strand, 42122934 - 42123328
Alignment:
Q  28 ttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtat 127  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42122934 ttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtat 42123033  T
Q  128 tgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatc 227  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |   | |||||||| |||   ||||||| ||||    
T  42123034 tgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttagttctgcaggaatcacatc 42123133  T
Q  228 ggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagc 327  Q
     || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||| ||| || ||||  |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  42123134 agtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaataggaccattgagtctgttatgggaaaggttaagc 42123233  T
Q  328 cctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaatttt 422  Q
    ||||||| | |||| ||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  | |||||||||||    
T  42123234 cctatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacatatcaatacttacaaacttttttggaatttt 42123328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 27 - 473
Target Start/End: Original strand, 42117185 - 42117631
Alignment:
Q  27 gttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagta 126  Q
    ||||||||||  || |||||| |||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||  | ||||||||||  ||||||||||||| ||| |||    
T  42117185 gttggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccacataaacccaagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgta 42117284  T
Q  127 ttgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcat 226  Q
    | ||| |||    ||||||||||||  ||||| ||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  ||  | ||||||||||||   ||| |||  |     
T  42117285 tcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaagaaagtctaaattggttaattctgcagggatcatac 42117384  T
Q  227 cggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaag 326  Q
    |||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  42117385 cggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaag 42117484  T
Q  327 ccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcagc 426  Q
    |||| ||| | |||| || || |||||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |    
T  42117485 ccctttgagtgcatggaggtctccaatagcatttggaatctctccctcaaatttgttttttgacaaatcaataattacaaaaatgtttggaattttcacc 42117584  T
Q  427 aatgtcatgttgttcccttttgacaccacaatcacagaatcatagta 473  Q
    |||||||| ||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  42117585 aatgtcattttgctcccttttgtcgacacaatcacagaatcatagta 42117631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 70 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 41714152 - 41713798
Alignment:
Q  70 gacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattat 169  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  41714152 gacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttat 41714053  T
Q  170 tggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgt 269  Q
    | |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||| |  | |||||||  | | || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| | |    
T  41714052 tagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttat 41713953  T
Q  270 caagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctct 369  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| ||||| || ||| ||||||  ||||||||||||||| |||   |||||||||| |||||||| | |||||||||     
T  41713952 caagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataacatctggaatctcc 41713853  T
Q  370 ccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttca 424  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  41713852 ccatcaaatttatttcttgaaaaatcaatacttgcaaagatttttggaattttca 41713798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 42 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 41572641 - 41572300
Alignment:
Q  42 agaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttcct 141  Q
    |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||||    
T  41572641 agaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttcct 41572542  T
Q  142 tgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttg 241  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||| |||||| |||||||  |||||||  || | || |  |||||||    
T  41572541 tgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttg 41572442  T
Q  242 aggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattccatg 341  Q
    | ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |   ||    
T  41572441 acgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtg 41572342  T
Q  342 aagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtt 383  Q
    |||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||    
T  41572341 aagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgtt 41572300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 42 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 41618280 - 41617939
Alignment:
Q  42 agaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttcct 141  Q
    |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||||    
T  41618280 agaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttcct 41618181  T
Q  142 tgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggttaacatatttg 241  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||| |||||| |||||||  |||||||  || | || |  |||||||    
T  41618180 tgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttg 41618081  T
Q  242 aggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattccatg 341  Q
    | ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |   ||    
T  41618080 acgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtg 41617981  T
Q  342 aagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtt 383  Q
    |||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||    
T  41617980 aagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgtt 41617939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 234 - 410
Target Start/End: Original strand, 41444005 - 41444181
Alignment:
Q  234 catatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 333  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||| | || | |||| ||||| | |||||  |||||   ||| |||||| | || ||||||||||| || ||||||    
T  41444005 catatttgaggagagatccattgattcgatgtttatcaaatttccaaaggattgaggaatcgcaccagtaagtttattgtgggaaaggttgagtcctatg 41444104  T
Q  334 attccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagat 410  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
T  41444105 attgcatgaagctcaccaataacatttggaatgtctccttcaaatttgtttcctgaaaaatcaatacttacaaagat 41444181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 33 - 481
Target Start/End: Original strand, 12247898 - 12248346
Alignment:
Q  33 tgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaat 132  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||| || | |||     
T  12247898 tgaaggttgagaatattgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaac 12247997  T
Q  133 tgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgcatcggtta 232  Q
    || |||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||  || || ||| |||||  |   | |||||||||||     |||||| |||| || |    
T  12247998 tgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtga 12248097  T
Q  233 acatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctat 332  Q
     ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248098 gcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctat 12248197  T
Q  333 gattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcagcaatgtc 432  Q
     | | | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | | |||||    
T  12248198 aagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtc 12248297  T
Q  433 atgttgttcccttttgacaccacaatcacagaatcatagtaggttgcaa 481  Q
    || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12248298 attttgttcccttttgatgccacaatcacagaatcatagtagggtgcaa 12248346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 27 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 11995038 - 11994583
Alignment:
Q  27 gttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactctaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagta 126  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||| ||     
T  11995038 gttgggtgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtc 11994939  T
Q  127 ttg-aattgctttccttgaggtatttcccccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcgca 225  Q
    | | || || |||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||  || || ||| |||||  |   | |||||||||||     |||||| ||    
T  11994938 tcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcaca 11994839  T
Q  226 tcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaa 325  Q
    || || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  11994838 tcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaa 11994739  T
Q  326 gccctatgattccatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcag 425  Q
    ||||||| | | | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |     
T  11994738 gccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaac 11994639  T
Q  426 caatgtcatgttgttcccttttgacaccacaatcacagaatcatagtaggttgcaa 481  Q
    | ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11994638 ccatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagtagggtgcaa 11994583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 275 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682113
Alignment:
Q  275 ttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattc------catgaagctcaccaataacgtttggaatctc 368  Q
    |||| |||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||      |||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctc 32682212  T
Q  369 tccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcagcaatgtcatgttgttcccttttgacaccacaatcacagaatc 467  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||  | |||||| ||| ||||||||| | ||| | ||||||||||    
T  32682211 tccttcaaatctgtttcttgacaaatcaatacttacaaagtttcttggaattttcactagtgtcattttgctcccttttgtccccatagtcacagaatc 32682113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University