View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10919_low_1 (Length: 835)

Name: NF10919_low_1
Description: NF10919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10919_low_1
NF10919_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-717)||(25412918-25413637)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 25413637 - 25412918
Alignment:
Q  17 gacatcaaagttttttatgtctctacagattgcaaggcaacgacaatttaggtctcatcggtggcgtttaactgtaattgcaaacgatgtcgctaaacta 116  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25413637 gacatcaatgttttttatgtctctacagattgcaaggcaaccacaatttaggtctcatcggtggcgtttaactgtaattgcaaacgatgtcgctaaacta 25413538  T
Q  117 tattcgtagtttcaaattgcaaacgacaatcacaaattatggcatcaacataaaagattttaaggtatctacaacgacataacaaccgca---------- 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||              
T  25413537 tattcgtagtttcaaattgcaaacgacaaccacaagttatggcatcaacataaatttttttaatgtatctacaacgacataacaaccgcaattttgaccg 25413438  T
Q  207 --ttgacaatgctttct-------tggcagcaatataaatactcgcaatcgattaaaaacctatgacataatatgattacatctatagtatgtatgatat 297  Q
      ||||| |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25413437 cattgaccatgctttctccgcatttggcagcaatataaatactcgcaatcgattaaaaacctatgacataatatgattacatctatagtatgtatgatat 25413338  T
Q  298 ctagccaagacataggggtataatttatatgaaaaattgagaattttgttaatggcaatgagtgtataatatgtacctttcgactcactgcctttgagtt 397  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25413337 ctagccaagtcataggggtataatttatatgaaaaattgagaattttgttaatggcaatgagtgtgtaatatgtacctttcgactcaccgcctttgagtt 25413238  T
Q  398 ttcacgctttccatcgacacttgaagactcagatttggcagcaatactgtccgtggctacatcaaatgatccatcctctctaaagctaaacacaatatat 497  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25413237 ttcacgctttccatcaacacttgaagactcagatttggcagcaatactgtccgtgtctacatcaaatgatccatcctctctaaagctaaacacaatatat 25413138  T
Q  498 tcttgatctgaaagtactgtcctaattgaatcaccattggtatcaaccccttcttttaccttgtttattagatctaactttttgttgcatttttcgcttg 597  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25413137 tcttgatcggaaagtactgtcctaattgaatcaccattgttatcaaccccttcttttcccatgtttattagatctacctttttgttgcatttttcgcttg 25413038  T
Q  598 gaggtgacaaattcttgatgaccttgttgtcttttttcttgtcaaataccatttcattactcacttcaatttgtgcgaatgaattagatacatgatcacc 697  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25413037 aaggtgacaaattcttgatgaccttgttgtcttttttcttgtcaaataccatttcttttctcacttcaatttgtgcgaatgaattagatacatgatcacc 25412938  T
Q  698 tgcatatatagttgtgagga 717  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  25412937 tgcatatatagttgtaagga 25412918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University