View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10923_low_12 (Length: 577)
Name: NF10923_low_12
Description: NF10923
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10923_low_12 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 15488526 - 15489087
Alignment:
| Q |
1 |
aattccttctggaaattttat---ttgtgagtatttaggtgagattattgaagatgaggaagctttgaaaaaggttgataatgatgagtatttatttaat |
97 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15488526 |
aattccttctggaaattttattatttgtgagtatttaggtgagattattgaagatgaggaagctttgaaaaaggttgataatgatgagtatttatttaat |
15488625 |
T |
|
| Q |
98 |
attggcaattatattcacaaggtctatagttcatgggaagaggattcatatatggttgatagtaaggagatgagttcatatcaacccttagaagcttcag |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15488626 |
attggcaattatattcacaaggtctatagttcatgggaagaggattcatatgtggttgatagtaaggagatgagttcatatcaacccttagaagcttcgg |
15488725 |
T |
|
| Q |
198 |
gcggtaaagaggtcattgatgatcgatgtgatagtggtaggtttaccattgatgctgctaagtatggtaacgaggcaaggtttatcaaccatagttgttc |
297 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15488726 |
gcggtaaagagggcgttgatgatcgatgtgatagtggtaggtttaccattgatgctgctaagtatggtaacgtggcaaggtttatcaaccatagttgttc |
15488825 |
T |
|
| Q |
298 |
tcccaatttgtttgctcgaaatgttctttacggtgatgatgttccaaggattccacacatcatgctatatgcagctgagaacattccgagcatgaaagag |
397 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15488826 |
tcccaatttgtttgttcgaaatgttctttacgatgatgatgttccaaggattccacacatcatgctatatgcagctgagaacattccgagcatgaaagag |
15488925 |
T |
|
| Q |
398 |
ctgactttagattacaattacaaaatcgatcaagtgattgattcaaatggaaatttaaagacgaaagcatgctatattgtggagcttctgaatgcatccg |
497 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15488926 |
ctgactttagattacaattacaagatcgatcaagcgattgattcaaatggaaatttaaagacgaaagcatg--ttattgtggagcttctgaatgcatccg |
15489023 |
T |
|
| Q |
498 |
tcgactgtattgatgaggtaattcttttttacttagtccctctcattctgtcttgctcataaat |
561 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15489024 |
tcgactttattgatgaggtaattcttttttactttggccctctcattctgtcttgctcataaat |
15489087 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 15430131 - 15430692
Alignment:
| Q |
1 |
aattccttctggaaattttat---ttgtgagtatttaggtgagattattgaagatgaggaagctttgaaaaaggttgataatgatgagtatttatttaat |
97 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15430131 |
aattccttctggaaattttattatttgtgagtatttaggtgagattattgaagatgaggaagctttgaaaaaggttgataatgatgagtatttatttaat |
15430230 |
T |
|
| Q |
98 |
attggcaattatattcacaaggtctatagttcatgggaagaggattcatatatggttgatagtaaggagatgagttcatatcaacccttagaagcttcag |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15430231 |
attggcaattatattcacaaggtctatagttcatgggaagaggattcatatgtggttgatagtaaggagatgaattcatatcaacccttagaagcttcgg |
15430330 |
T |
|
| Q |
198 |
gcggtaaagaggtcattgatgatcgatgtgatagtggtaggtttaccattgatgctgctaagtatggtaacgaggcaaggtttatcaaccatagttgttc |
297 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15430331 |
gcggtaaagagggcgttgatgatcgatgtgatagtggtaggtttaccattgatgctgctaagtatggtaacgtggcaaggtttatcaaccatagttgttc |
15430430 |
T |
|
| Q |
298 |
tcccaatttgtttgctcgaaatgttctttacggtgatgatgttccaaggattccacacatcatgctatatgcagctgagaacattccgagcatgaaagag |
397 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15430431 |
tcccaatttgtttgttcgaaatgttctttacgatgatgatgttccaaggattccacacatcatgctatatgcagctgagaacattccgagcatgaaagag |
15430530 |
T |
|
| Q |
398 |
ctgactttagattacaattacaaaatcgatcaagtgattgattcaaatggaaatttaaagacgaaagcatgctatattgtggagcttctgaatgcatccg |
497 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15430531 |
ctgactttagattacaattaaaagatcgatcaagagattgattcaaatggaaatttaaagacgaaagcatg--ttattgtggagcttctgaatgcatccg |
15430628 |
T |
|
| Q |
498 |
tcgactgtattgatgaggtaattcttttttacttagtccctctcattctgtcttgctcataaat |
561 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15430629 |
tcgactatattgatgaggtaattcttttttactttggccctctcattctgtcttgctcataaat |
15430692 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 15449652 - 15450212
Alignment:
| Q |
1 |
aattccttctggaaattttatttgtgagtatttaggtgagattattgaagatgaggaagctttgaaaaaggttgataatgatgagtatttatttaatatt |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15449652 |
aattccttctggaaattttatttgtgagtatttaggtgagattattgaagatgaggaagctttgaaaaaggttgataatgatgagtatttatttaatatt |
15449751 |
T |
|
| Q |
101 |
ggcaattatattcacaaggtctatagttcatgggaagaggattcatatatggttgatagtaaggagatgagttcatatcaacccttagaagcttcaggcg |
200 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
15449752 |
ggaaattatattcacaaggtctatagttcatgggaagaggattcatatatggttgatagtaaggagatgagttcatatcaacccttagaagtttcaggcg |
15449851 |
T |
|
| Q |
201 |
gtaaagaggtcattgatgatcgatgtgatagtggtaggtttaccattgatgctgctaagtatggtaacgaggcaaggtttatcaaccatagttgttctcc |
300 |
Q |
| |
|
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15449852 |
gtaaatagttcattgatgatcgatgtgatagtggtaggtttaccattgatgctgctaagtatggtaacgtggcaaggtttatcaaccatagttgttctcc |
15449951 |
T |
|
| Q |
301 |
caatttgtttgctcgaaatgttctttacggtgatgatgttccaaggattccacacatcatgctatatgcagctgagaacattccgagcatgaaagagctg |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15449952 |
caatttgtttgctcgaaatgttctttacgatgatgatgatctgaggattccacacatcatgctatatgcagctgagaacattccgagcatgaaagagctg |
15450051 |
T |
|
| Q |
401 |
actttagattacaattacaaaatcgatcaagtgattgattcaaatggaaatttaaagacgaaagcatgctatattgtggagcttctgaatgcatccgtcg |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15450052 |
actttagattacaattaaaagatcgatcaagtgattgattcaaatggaaatttaaagacgaaagcatg--ttattgtggagcttctgaatgcatccgtcg |
15450149 |
T |
|
| Q |
501 |
actgtatt--gatgaggtaattcttttttacttagtccctctcattctgtcttgctcataaat |
561 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||| ||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
15450150 |
actgtattgagatgaggtaattgttttttactttggccctcttattttgtcttgcttataaat |
15450212 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 16943223 - 16943781
Alignment:
| Q |
1 |
aattccttctggaaattttatttgtgagtatttaggtgagattattgaagatgaggaagctttgaaaaaggttgataatgatgagtatttatttaatatt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
16943223 |
aattccttctggaaattttatttgtgagtatataggtgagattattgaagatgaggaagctttgaagatagttgatgatgatgagtaattatttaatatt |
16943322 |
T |
|
| Q |
101 |
ggcaattatattcacaaggtctatagttcatgggaagaggattcatatatggttgatagtaaggagatgagttcatatcaacccttagaagcttcaggcg |
200 |
Q |
| |
|
| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
16943323 |
gtcgattatattcacaaggtctatagttcaagggaagaggattcatatatggttgatagtaaggagatgagttcatatcaacccgtagaagcttcaggca |
16943422 |
T |
|
| Q |
201 |
gtaaagaggtcattgatgatcgatgtgatagtggtaggtttaccattgatgctgctaagtatggtaacgaggcaaggtttatcaaccatagttgttctcc |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
16943423 |
gtaaagaggtcattgatgatcgatgtgatagtggtaggtttaacattgatgccgctaagtatggtaacgtgggaaggtttatcaaccatagttgctctcc |
16943522 |
T |
|
| Q |
301 |
caatttgtttgctcgaaatgttctttacggtgatgatgttccaaggattccacacatcatgctatatgcagctgagaacattccgagcatgaaagagctg |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16943523 |
caatttgtttgctcgaaatgttctttacgatgatgatgttccaaggattccacaaatcatgctatatgcagctgagaacattccgagcatgaaagagctg |
16943622 |
T |
|
| Q |
401 |
actttagattacaattacaaaatcgatcaagtgattgattcaaatggaaatttaaagacgaaagcatgctatattgtggagcttctgaatgcatccgtcg |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
16943623 |
actttagattacaattacaagatcaatcaagtgactgattcaaatggaaatttaaagacgaaagtatg--ttattgtgaagcttctgcatgcatccatcg |
16943720 |
T |
|
| Q |
501 |
actgtattgatgaggtaattcttttttacttagtccctctcattctgtcttgctcataaat |
561 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
16943721 |
actgtattgatgagttaattcttttttactttggccctctcattatgtcttgctcataaat |
16943781 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 271 - 311
Target Start/End: Original strand, 22475668 - 22475708
Alignment:
| Q |
271 |
ggcaaggtttatcaaccatagttgttctcccaatttgtttg |
311 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
22475668 |
ggcaagatttatcaatcatagttgttctcctaatttgtttg |
22475708 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University