View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10941_low_1 (Length: 1060)

Name: NF10941_low_1
Description: NF10941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10941_low_1
NF10941_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-1044)||(46810092-46811119)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 959; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 959; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1044
Target Start/End: Original strand, 46810092 - 46811119
Alignment:
Q  17 caagtttaggatgaaatgcccgtcgtatatatgattataaatagtggttgtgatacagtcacagctgtctcgctatccttgatagagaatcgtggccaaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810092 caagtttaggatgaaatgcccgtcgtatatatgattataaatagcggttgtgatacagtcacagctgtctcgctatccttgatagagaatcgtggccaaa 46810191  T
Q  117 catggccgatccaacctcaatcgcagtcacattgtggcttcgacaacattaaaaaccattatgttgcagtttagatcgtagtagctttgcaggcctttat 216  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810192 cttggccgatccaacctcagtcgcagtcacattgtggtttcgacaacatcaaaaaccattatgttgcagtttagatcgtagtagctttgcaggcctttat 46810291  T
Q  217 tcaaaactttgataatatatatgtggcgcatgtgttttaatagtaaagcttctttcaatataaaaaacgttactggaattatgaaatgtgaaaaattatg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810292 tcaaaactttgataatatatatgtggcgcatgtgttttaatagtaaagcttctttcaatataaaaaacgttactggaattatgaaatgtgaaaaattatg 46810391  T
Q  317 ttaagagttgtgtgactcacatctgtgactaaaattcccaagaccccaagcatcgcaaagcgagaatgaaccaactctgcttgcacataccactttaagc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810392 ttaagagttgtgtgactcacatctgtgactaaaattcccaagaccccaagcattgcaaagcgagaatgaaccaactctgcttgcacataccactttaagc 46810491  T
Q  417 tttcaggatcctctcctagtccaagtgggtcgaacccaaaatctccaggcaggctgaaaaggttaaccttaacgttacaataacttgaaaagagaaacta 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810492 tttcaggatcctctcctagtccaagtgggtcgaacccaaaatctccaggcaggctgaaaaggttaaccttaacgttacaataacttgaaaagagaaacta 46810591  T
Q  517 acactggcattttaagatgaacttaggagtcaaaatgcatagaggcgtaagggcttacgttccatcaagataagttgggggatcaagtcccgggagccat 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810592 acactggcattttaagatgaacttaggagtcaaaatacagagaggcgtaagggcttacgttccatcaagataagttgggggatcaagtcccgggagccat 46810691  T
Q  617 gtgggtcgctgttgtgctgctgcacaaatttgtttacaacgtggagtgactcctgttcctgcagcagcaggcctgagccagtggtgtcctgctgttgaag 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810692 gtgggtcgctgttgtgctgctgcacaaatttgtttacaacgtggagtgactcctgttcctgcagcagcaggcctgagccagtggtgtcctgctgttgaag 46810791  T
Q  717 gtttaccaatgacattgctgttgaataaagaatgttgctggaaatggaagcttcttgctattgctgcaagtgcaaccattgttctctaattatccgctcc 816  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810792 gtttaccaatgacattgctgttgattaaagaatgttgctggaaatggaagcttcttgctattgctgcaagtgcaaccattgttctctaattatccgctcc 46810891  T
Q  817 tatcccaggactacaaatcaattgtttaaaattgctactctttcacagccacatacgtattattatgttgtttctgttcaagtnnnnnnnccatgagtaa 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       ||||||||||    
T  46810892 tatcccaggactacaaatcaattgtttaaaattgctactctttcacagccacatacgtattattatgttgtttttgttcaagtaaaaaaaccatgagtaa 46810991  T
Q  917 tcatgggtccacttatccaatgagatcagatggttggataaaaaacgtccgcttctaaagcctccacatcccttttagtttttgcggacctttaaaaatt 1016  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46810992 tcatgggtccacttatccaatgagatcagatggttggataaaaaacgtccgcttctaaagcctccacatcccttttagtttttgcggaccttttaaaatt 46811091  T
Q  1017 catattcatattgtaaattgaaagcaag 1044  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  46811092 catattcatattgtaacttgaaagcaag 46811119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University