View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10949_low_11 (Length: 419)

Name: NF10949_low_11
Description: NF10949
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10949_low_11
NF10949_low_11
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-411)||(36314862-36315257)
[»] chr8 (24 HSPs)
chr8 (138-407)||(19504272-19504544)
chr8 (132-394)||(19469728-19469993)
chr8 (132-394)||(19540652-19540917)
chr8 (132-394)||(19591781-19592046)
chr8 (72-407)||(19344742-19345071)
chr8 (126-407)||(19448135-19448416)
chr8 (126-407)||(19532660-19532941)
chr8 (132-391)||(19390218-19390477)
chr8 (124-407)||(19376236-19376519)
chr8 (126-400)||(19355091-19355368)
chr8 (132-394)||(19410434-19410696)
chr8 (132-394)||(19457453-19457715)
chr8 (132-394)||(19523363-19523625)
chr8 (124-400)||(19337069-19337348)
chr8 (72-407)||(19404321-19404650)
chr8 (72-407)||(19173030-19173356)
chr8 (132-400)||(19287338-19287609)
chr8 (72-394)||(19468792-19469108)
chr8 (126-394)||(19555713-19555981)
chr8 (132-290)||(19489728-19489886)
chr8 (126-218)||(19468140-19468231)
chr8 (126-173)||(19185068-19185115)
chr8 (138-173)||(16004306-16004341)
chr8 (126-173)||(19458256-19458303)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (242-407)||(19542803-19542968)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 36315257 - 36314862
Alignment:
Q  16 taaacaaggcaagtattgtcttgaattgagaagatacttgattgtaatagatgttaatggcacagtagtgtggttttatgatagaaatcacccctttgac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36315257 taaacaaggcaagtattgtcttgaattgagaagatacttgattgtaatagatgttaatggcacagtagtgtggttttatgatagaaatcatccctttgac 36315158  T
Q  116 ttagaagaagattcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaac 215  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36315157 tcagaagaagattcaacagttttatcactagattactctggtgttctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaac 36315058  T
Q  216 ccaacaacaacactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36315057 ccaacaacaacactgtggccactatgttagacacgggtaactttttgcttcaacaactttacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttga 36314958  T
Q  316 ttatcccacaaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttgactcctttgct 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314957 ttatcccacaaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttgactcctttgct 36314862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 24)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 138 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 19504544 - 19504272
Alignment:
Q  138 tatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaa---accaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgtggc 234  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   |||||| ||||||||| |||| |||||||| | |||| ||||||||||    
T  19504544 tatcattagactactctggtgtgctcaaaatagaatttcaaaataggaatttaccaataatcatttactcttcgcctcaaccaaccaacgacactgtggc 19504445  T
Q  235 cactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaactttttg 334  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  19504444 cactatgttagacaccggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatccaacatacattttg 19504345  T
Q  335 atcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 407  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19504344 atctcaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 19504272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 132 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 19469993 - 19469728
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaa---ccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacac 228  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  19469993 cagttttattactagactactctggtgtgctcaaaatagaatctcaaaataggaaattaccaataatcatttactcttcacctcaacctaccaacaacac 19469894  T
Q  229 tgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaac 328  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  19469893 tatggccactattttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagtttcgattatcccacagac 19469794  T
Q  329 tttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 394  Q
     | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19469793 gtattgatcccaatgatgaagttgggagttaatcgaaaaactggacataaatggtcattggtttca 19469728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 132 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 19540917 - 19540652
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaa---ccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacac 228  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  19540917 cagttttattactagactactctggtgtgctcaaaatagaatctcaaaataggaaattaccaataatcatttactcttcacctcaacctaccaacaacac 19540818  T
Q  229 tgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaac 328  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  19540817 tatggccactattttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagtttcgattatcccacagac 19540718  T
Q  329 tttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 394  Q
     | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19540717 gtattgatcccaatgatgaagttgggagttaatcgaaaaactggacataaatggtcattggtttca 19540652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 132 - 394
Target Start/End: Original strand, 19591781 - 19592046
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaa---ccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacac 228  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  19591781 cagttttattactagactactctggtgtgctcaaaatagaatctcaaaataggaaattaccaataatcatttactcttcacctcaacctaccaacaacac 19591880  T
Q  229 tgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaac 328  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  19591881 tatggccactattttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagtttcgattatcccacagac 19591980  T
Q  329 tttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 394  Q
     | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19591981 gtattgatcccaatgatgaagttgggagttaatcgaaaaactggacataaatggtcattggtttca 19592046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 72 - 407
Target Start/End: Original strand, 19344742 - 19345071
Alignment:
Q  72 atggcacagtagtgtggttttatgatagaaatcacccctttgacttagaagaagattcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaataga 171  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||| |      |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19344742 atggcgcagtagtgtggatgtatgatagaaatcattccattgacttaaa------ttcagcagttctatcactagattattctggtgtgctcaaaataga 19344835  T
Q  172 atgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaa 271  Q
    ||   || ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19344836 atcataaaataggaaaccaataatcatttactcgtcacctcaacccataaacaacactttggccactatattagacacaggtaactttgtgcttcaacaa 19344935  T
Q  272 cttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacag 371  Q
     ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19344936 tttcacccaaatgggacaaatagtttattatggcagagttttgattatcccgatcacactttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaactg 19345035  T
Q  372 gacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19345036 gacataattggtcattggtttcatggatgactcctt 19345071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 126 - 407
Target Start/End: Original strand, 19448135 - 19448416
Alignment:
Q  126 attcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaa 225  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  19448135 attcagcagttctatcactagattattctggtgtgctcaaaatagaatcacaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaacccataaacaa 19448234  T
Q  226 cactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccaca 325  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| | | || ||||||||||||||||||||  ||    
T  19448235 cactttggccactatattagacacaggtaactttgtgcttcaacaatttcaccccaatgggtcaaagactgtgttgtggcagagttttgattatccatca 19448334  T
Q  326 aactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 407  Q
     || |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19448335 gacgttttgatcccaacgatgaagttaggcgttaatcaaaaaacaggacataattggtcattggtgtcatggttgactcctt 19448416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 126 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 19532941 - 19532660
Alignment:
Q  126 attcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaa 225  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  19532941 attcagcagttctatcactagattattctggtgtgctcaaaatagaatcacaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaacccataaacaa 19532842  T
Q  226 cactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccaca 325  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| | | || ||||||||||||||||||||  ||    
T  19532841 cactttggccactatattagacacaggtaactttgtgcttcaacaatttcaccccaatgggtcaaagactgtgttgtggcagagttttgattatccatca 19532742  T
Q  326 aactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 407  Q
     || |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19532741 gacgttttgatcccaacgatgaagttaggcgttaatcaaaaaacaggacataattggtcattggtgtcatggttgactcctt 19532660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 132 - 391
Target Start/End: Original strand, 19390218 - 19390477
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgt 231  Q
    ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |    
T  19390218 cagttttatcattaaactacactggtgtgctcaaaatagaatctcaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaacccataaacaacactat 19390317  T
Q  232 ggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaacttt 331  Q
    ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||  |    
T  19390318 ggcaactatgctagacaccggtaactttgtgcttcaaaaatttcacccaaatggtacaaagagtttattatggcagagttttgattatcccgacgacact 19390417  T
Q  332 ttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19390418 ttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtt 19390477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 124 - 407
Target Start/End: Original strand, 19376236 - 19376519
Alignment:
Q  124 agattcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaac 223  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |  |||    
T  19376236 agattcagcagttctatcactagactactctggtgtgctcaaaatagaatcacaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaaccaataaac 19376335  T
Q  224 aacactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatccca 323  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| | | || ||||||||||||||||||||      
T  19376336 aacactttggccactatattagacacaggtaactttgtgcttcaacaatttcatcccaatgggtcaaagactgttttgtggcagagttttgattatccat 19376435  T
Q  324 caaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 407  Q
    || || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  19376436 cagacgttttgatcccaacgatgaagttaggcgttaatcgaaaaacaggatataattggtcattggtgtcctggttgactcctt 19376519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 126 - 400
Target Start/End: Original strand, 19355091 - 19355368
Alignment:
Q  126 attcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaa---accaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaa 222  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   ||| || ||||||||   ||  ||| |||| | |||    
T  19355091 attcagcagttctatcactagactactctggtgtgctcaaaatagaatttcaaaataggaatgtaccgattatcatttattatttgcctgaaccaaccaa 19355190  T
Q  223 caacactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatccc 322  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||     
T  19355191 cgacactgtggccactatgttagacacaggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatactatggcagagttttgactatcca 19355290  T
Q  323 acaaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttg 400  Q
    ||| |   ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19355291 acagatagtttgatcccaacgatgaagttaggtgttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcacggttg 19355368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 132 - 394
Target Start/End: Original strand, 19410434 - 19410696
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgt 231  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  19410434 cagttctatcactagactactctggtgtgctcaaaatagaatctcaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaacctaccaacaacactgt 19410533  T
Q  232 ggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaacttt 331  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  || || ||  ||| |||| | || ||||||||||||||||||||  || || ||    
T  19410534 ggccactatgttagacgccggtaactttgtgcttcaacaatttcttcccaacggctcaatgagtgtgttgtggcagagttttgattatccatcagacgtt 19410633  T
Q  332 ttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 394  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19410634 ttgatcccaatgatgaagttaggcgttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 19410696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 132 - 394
Target Start/End: Original strand, 19457453 - 19457715
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgt 231  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  19457453 cagttctatcactagactactctggtgtgctcaaaatagaatctcaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaacctaccaacaacactgt 19457552  T
Q  232 ggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaacttt 331  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  || || ||  ||| |||| | || ||||||||||||||||||||  || || ||    
T  19457553 ggccactatgttagacgccggtaactttgtgcttcaacaatttcttcccaacggctcaatgagtgtgttgtggcagagttttgattatccatcagacgtt 19457652  T
Q  332 ttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 394  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19457653 ttgatcccaatgatgaagttaggcgttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 19457715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 132 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 19523625 - 19523363
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgt 231  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  19523625 cagttctatcactagactactctggtgtgctcaaaatagaatctcaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaacctaccaacaacactgt 19523526  T
Q  232 ggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaacttt 331  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  || || ||  ||| |||| | || ||||||||||||||||||||  || || ||    
T  19523525 ggccactatgttagacgccggtaactttgtgcttcaacaatttcttcccaacggctcaatgagtgtgttgtggcagagttttgattatccatcagacgtt 19523426  T
Q  332 ttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 394  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523425 ttgatcccaatgatgaagttaggcgttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 19523363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 124 - 400
Target Start/End: Original strand, 19337069 - 19337348
Alignment:
Q  124 agattcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaa---accaatgatcatttacacttcacctcaacccaac 220  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||   |||||| ||||||||   ||| |||||||| | |    
T  19337069 agattcagcagttctatcactagactactctggtgtactcaaaatagaatttcaaaataggaatgtaccaattatcatttattattcgcctcaaccaacc 19337168  T
Q  221 aacaacactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatc 320  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19337169 aacgacactgtggccactatgttagacaccggtaacttcgtgcttcaacagcttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattctc 19337268  T
Q  321 ccacaaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttg 400  Q
    ||  | ||  |||| | |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19337269 ccgtagacactttgttaccaacgatgaagttaggtgttaatcgtaaaacaggacataattggtcattggtttcacggttg 19337348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 72 - 407
Target Start/End: Original strand, 19404321 - 19404650
Alignment:
Q  72 atggcacagtagtgtggttttatgatagaaatcacccctttgacttagaagaagattcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaataga 171  Q
    ||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||  || ||||||||||      |||| ||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  19404321 atggcgcagtagtatggatgtatgatagaaatcattccattgacttaga------ttcagcagttctatcgctagactactccggtgtgctcaaaataga 19404414  T
Q  172 atgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaa 271  Q
    ||  |||  |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  19404415 atcacaaagtaggaaaccaattatcatttattcttcacctcaacccataaacaacactttggctactatattagacacaggtaactttgtgcttcgacaa 19404514  T
Q  272 cttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacag 371  Q
     ||||||| |||||| |||||| | | || ||||||||||||||||| ||  || || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19404515 tttcaccccaatgggtcaaagactgtgttgtggcagagttttgattacccatcagacgttttgatcccaacgatgaagttaggagttaatcgaaaaacag 19404614  T
Q  372 gacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 407  Q
     |||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  19404615 cacataattggtcattggtgtcatggttaactcctt 19404650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 72 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 19173356 - 19173030
Alignment:
Q  72 atggcacagtagtgtggttttatgatagaaatcacccctttgacttagaagaagattcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaataga 171  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||  || |||||||| |      |||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  19173356 atggcgcagtagtgtggatgtatgatagaaatcattccattgacttaaa------ttcagcagttctttcactagattattctggtgtgctcaaaataca 19173263  T
Q  172 atgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaa 271  Q
    ||  ||| ||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||  ||||   || |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  19173262 atcacaaaataggaaaccaataatcatatgctcttcacctcaacccataaaca---ctttggccactatattagacacaggtaactttgtgcttcgacaa 19173166  T
Q  272 cttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacag 371  Q
     || |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |    
T  19173165 atttaccccaacgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccataaccactttgatcccaacgatgaagttaggtgttaaccgaaaaaccg 19173066  T
Q  372 gacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 407  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  19173065 gacataattggtcattggtttcgtggttggctcctt 19173030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 132 - 400
Target Start/End: Original strand, 19287338 - 19287609
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaa---ccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacac 228  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   || || ||||||||| |||| ||||| || | ||| || ||    
T  19287338 cagttctatcattagactactctggtgtgctcaaaatagaatctcaaaataggaaattaccgattatcatttactcttcgcctcatccgaccaataatac 19287437  T
Q  229 tgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaac 328  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  19287438 tgtcgccactatgttagacaccggtaactttgtgcttcaaaaaattcacccaaatgggacaaagaatatattatggcagagttttgattatcccacagcc 19287537  T
Q  329 tttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttg 400  Q
      |||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19287538 actttgatcccaacaatgaagttaggtgttaaccgaaaaaccggacataattggtcgttggtttcatggttg 19287609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 72 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 19469108 - 19468792
Alignment:
Q  72 atggcacagtagtgtggttttatgatagaaatcacccctttgacttagaagaagattcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaataga 171  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||  || |||||||| |      |||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  19469108 atggcacagtagtgtggatgtatgatataaatcattccattgacttaaa------ttcagcagttctatcattagactactctggtgtgctcaaaataga 19469015  T
Q  172 atgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaa 271  Q
    ||  ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  19469014 atcacaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaacccataaacaacactatggccactatattagacacaggtaactttgtgcttcgacaa 19468915  T
Q  272 cttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacag 371  Q
     |||| || |||||  ||| |||| | || |||||||||||||||||||||    ||  |||| | |||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  19468914 tttcatcccaatggctcaatgagtgtgttgtggcagagttttgattatcccgatgacactttggttccaacgatgaagttaggcgttaatcggaaaacag 19468815  T
Q  372 gacataattggtcattggtttca 394  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  19468814 gacataattggtcattggtttca 19468792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 126 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 19555981 - 19555713
Alignment:
Q  126 attcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaa 225  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  19555981 attcagcagttctatcattagactactctggtgtgctcaaaatagaatcacaaaataggaaaccaataatcatttactcttcacctcaacccataaacaa 19555882  T
Q  226 cactgtggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccaca 325  Q
    |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||| || |||||  ||| |||| | || |||||||||||||||||||||       
T  19555881 cactatggccactatattagacacaggtaactttgtgcttcgacaatttcatcccaatggctcaatgagtgtgttgtggcagagttttgattatcccgat 19555782  T
Q  326 aactttttgatcccaacgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttca 394  Q
     ||  |||| | |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19555781 gacactttggttccaacgatgaagttaggcgttaatcggaaaacaggacataattggtcattggtttca 19555713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 132 - 290
Target Start/End: Original strand, 19489728 - 19489886
Alignment:
Q  132 cagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaacccaacaacaacactgt 231  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||   ||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  19489728 cagttttatcactagcctactctggtgcgctcaaaatagaatcacaaaataggaaaccaataatcatttacttgtcaactcaacccaccaacaacacggt 19489827  T
Q  232 ggccactatgttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaa 290  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19489828 ggccactatgttagacaccggtaacttggtgattcaacaacttcacccaaatgggacaa 19489886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 126 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19468231 - 19468140
Alignment:
Q  126 attcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaatgtcaagataggaaaccaatgatcatttacacttcacctcaaccca 218  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  19468231 attcagcagttctatcattagactactctggtgtgctcaaaatagaatcacaaaat-ggaaaccaataatcatttactcttcacctcaaccca 19468140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 126 - 173
Target Start/End: Original strand, 19185068 - 19185115
Alignment:
Q  126 attcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaat 173  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19185068 attcagcagttctatcactagactactctggtgtgctcaaaatagaat 19185115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 138 - 173
Target Start/End: Original strand, 16004306 - 16004341
Alignment:
Q  138 tatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaat 173  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16004306 tatcactagactactctggtgtgctcaaaatagaat 16004341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 126 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 19458303 - 19458256
Alignment:
Q  126 attcaacagttttatcactagattactctggtgtgctcaaaatagaat 173  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19458303 attcagcagttctatcattagactactctggtgtgctcaaaatagaat 19458256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 242 - 407
Target Start/End: Original strand, 19542803 - 19542968
Alignment:
Q  242 ttagacacgggtaactttgtgcttcaacaacttcacccaaatgggacaaagagtatattatggcagagttttgattatcccacaaactttttgatcccaa 341  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||  |||  ||| | |||||||||||||||||| ||| |  | ||| || ||| ||||    
T  19542803 ttagacaccggtaactttgttcttcaacaatttcaccccaatggttcaacaagtgttttatggcagagttttgatcatctcttacactgttggattccaa 19542902  T
Q  342 cgatgaagttgggagttaatcgaaaaacaggacataattggtcattggtttcatggttgactcctt 407  Q
     ||||||||| ||  |||| |||| ||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  19542903 tgatgaagttaggtattaaccgaataaccggacataattggtctttagtttcatggatgactcctt 19542968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University