View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10951_high_1 (Length: 677)

Name: NF10951_high_1
Description: NF10951
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10951_high_1
NF10951_high_1
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (143-667)||(41286949-41287472)
chr5 (120-667)||(41316782-41317329)
chr5 (93-366)||(41369921-41370194)
chr5 (121-667)||(41332756-41333302)
chr5 (120-667)||(41324846-41325393)
chr5 (221-667)||(41328823-41329269)
chr5 (126-663)||(41366939-41367476)
chr5 (126-667)||(31177513-31178054)
chr5 (181-667)||(41310983-41311473)
chr5 (135-667)||(31187585-31188117)
chr5 (190-662)||(41337568-41338040)
chr5 (135-667)||(31225661-31226193)
chr5 (229-518)||(41305243-41305532)
chr5 (552-659)||(41432005-41432112)
chr5 (37-87)||(41370398-41370448)
chr5 (211-260)||(41329543-41329592)
chr5 (607-659)||(14235910-14235962)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (180-667)||(17248447-17248934)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (195-251)||(22941642-22941698)
chr3 (299-367)||(22971931-22971999)
chr3 (301-389)||(22986259-22986347)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 41287472 - 41286949
Alignment:
Q  143 taataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttcca 242  Q
    |||||||||| || ||||   ||| ||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||  ||||||| |||||  |||||||||    
T  41287472 taataggaattaatcataggtcatgttttcttcctacagtaatcccaaatgactcagtcatatcaagttcttcacacttcattccattgagaagcttcca 41287373  T
Q  243 atcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtat 342  Q
    ||||||||| ||||||||   ||||||||| | ||||||||| |||| ||| ||   ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  41287372 atcaaagtgataaagtaattcagcaagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctgggcacatcctccttccagcaccaaatggtatgtat 41287273  T
Q  343 tcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgcca 442  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41287272 tcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccc 41287173  T
Q  443 aagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatg 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  41287172 aagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatg 41287073  T
Q  543 caacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttca 642  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||    
T  41287072 caacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacactcttcttacctca 41286973  T
Q  643 gcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    |||||||||| |||||| |||||||    
T  41286972 gcttgtgctt-ttccatcacctttg 41286949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 120 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 41317329 - 41316782
Alignment:
Q  120 caatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattc 219  Q
    |||||||||| ||| |||||||   |||||||| ||||||| | | | ||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  41317329 caatacatattaaaaacgacgagggataggaattaagcatagatcgtgttttctacctgcagtaatcccaaatgactcagtcatatccaattcttcattc 41317230  T
Q  220 ttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcc 319  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| || || | | ||||   ||| ||||||||||||||||    
T  41317229 ttcattccattgggaagcttccaatcaaagtgataaagtaacttagcaagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatcctcc 41317130  T
Q  320 tccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaata 419  Q
    | || ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  41317129 ttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaata 41317030  T
Q  420 tcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttgga 519  Q
     ||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || | ||||||||||||||    
T  41317029 ccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttgga 41316930  T
Q  520 atcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttt 619  Q
    |  ||||||||     || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  41316929 actaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttt 41316830  T
Q  620 tatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  41316829 tatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttg 41316782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 93 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 41370194 - 41369921
Alignment:
Q  93 gtgttcttgattaccccttgttacttgcaatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41370194 gtgttcttgattaccccttgttacttgcaatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaatcatattttcttactgctgtaatcccaaat 41370095  T
Q  193 gattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggc 292  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41370094 gattcagtcatatccaattcttcattcttcatttcattgggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaagc 41369995  T
Q  293 caaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatca 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  41369994 caaacataatgcctggacacatcctcctccctgcatcaaatggtatgtattcaaagtctatacctttgaaatca 41369921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 121 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 41333302 - 41332756
Alignment:
Q  121 aatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattct 220  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| || |||| | | |  |||||| || | |||||||| ||||| || |||||||| |  ||||||||||    
T  41333302 aatacatattaaagacgacgagtaataggaattaaacatagatcgtgctttcttcctacagtaatcccaaatgactcggtcatatctagttcttcattct 41333203  T
Q  221 tcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcct 320  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | ||||| ||| |||||| ||||   ||| || ||||||||||||||    
T  41333202 tcattttattgggaagcttccaatcaaagtggcaaagtaattgagcaagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctcct 41333103  T
Q  321 ccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatat 420  Q
     || ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     
T  41333102 tccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac 41333003  T
Q  421 cttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaa 520  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41333002 cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaa 41332903  T
Q  521 tcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacataccccttttt 620  Q
    | |||||||||    |  |||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41332902 ttaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacataccccttttt 41332803  T
Q  621 atcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    |||||||| ||||||| |||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  41332802 atcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaatacctttg 41332756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 120 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 41325393 - 41324846
Alignment:
Q  120 caatacatatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattc 219  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||| |   |  |||||  |||| |||||||| ||||| || |||||||| |  |||||||||    
T  41325393 caatacatattaaagacgacgagtaataggaattaagcatagattgtgctttctacctgcagtaatcccaaatgactcggtcatatctagttcttcattc 41325294  T
Q  220 ttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcc 319  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||   ||| || ||||||||||| |    
T  41325293 ttcattttattgggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaattcaacgttgggtaaggcaaatgcaattccgggacacatccttc 41325194  T
Q  320 tccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaata 419  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||    
T  41325193 ttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactttcagcatcaacccaata 41325094  T
Q  420 tcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttgga 519  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | ||||||||||||||    
T  41325093 ccttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttgga 41324994  T
Q  520 atcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttt 619  Q
    |  ||||| |||| ||   |||| | ||||| |||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||      
T  41324993 agtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccccttcc 41324894  T
Q  620 tatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    ||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  41324893 tatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 41324846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 221 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 41329269 - 41328823
Alignment:
Q  221 tcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcct 320  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| || |||| | ||||   ||| |||||||||||||| ||    
T  41329269 tcattccattgggaagcttccaatcaaagtgataaagtaacttagcaagaggcagctcaacattgggtatggcaaatgaaatacctggacacatccttct 41329170  T
Q  321 ccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatat 420  Q
     || ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     
T  41329169 tccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac 41329070  T
Q  421 cttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaa 520  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  41329069 cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaa 41328970  T
Q  521 tcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacataccccttttt 620  Q
      |||||||||    |  ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  41328969 ctaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactccttttt 41328870  T
Q  621 atcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41328869 atcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattacctttg 41328823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 126 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 41367476 - 41366939
Alignment:
Q  126 atatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatt 225  Q
    |||||||  ||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||||||| || ||| || ||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||    
T  41367476 atatcaaggacgacgaatgaaaggaatcaagcataagtcatgttttcttcctactgcaagcccaaatgactccgtcatatctaattcttcattcttcatt 41367377  T
Q  226 tcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctg 325  Q
     |||| | ||||||||||||||| |||||||||||   ||| | ||| | ||| | ||| |||| | ||||   ||| ||  ||||||||||||| || |    
T  41367376 ccatttggaagcttccaatcaaaatggtaaagtaactgagctaaaggtagctctatgttgggtaaggcaaatgcaatacccagacacatcctccttccag 41367277  T
Q  326 caccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttgg 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| || || ||| |||  || || |||||||| || ||    
T  41367276 caccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcatcaacccaatacctcgg 41367177  T
Q  426 atctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaac 525  Q
    |||||||||||| ||| ||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  41367176 atctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcgtactttctcttggaatcaat 41367077  T
Q  526 aatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaa 625  Q
    |||||||| | | |||||||||||| |||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  41367076 aatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaa 41366977  T
Q  626 acattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacc 663  Q
    ||| ||||||| | ||| |||||||| |||||||||||    
T  41366976 acactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattacc 41366939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 126 - 667
Target Start/End: Original strand, 31177513 - 31178054
Alignment:
Q  126 atatcaaatacgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatt 225  Q
    |||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||   ||| |||||||||| | | || ||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  31177513 atattaaagacgacgagttataggaatcaagcataggtcatgttttcttactacagcaagcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcatt 31177612  T
Q  226 tcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctg 325  Q
     |||| | |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||    |||||||||||||| || || || |    
T  31177613 ccattaggaagcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccag 31177712  T
Q  326 caccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttgg 425  Q
    |||| || |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||      
T  31177713 caccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc 31177812  T
Q  426 atctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaac 525  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||||||||    
T  31177813 atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaatcaac 31177912  T
Q  526 aatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaa 625  Q
    || ||||  | | |||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||    
T  31177913 aaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttatcaa 31178012  T
Q  626 acattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    ||| | ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  31178013 acacttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttg 31178054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 181 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 41311473 - 41310983
Alignment:
Q  181 gtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaa 280  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||| |  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||   ||||||||| | |||||    
T  41311473 gtaatcccaaatgactcagccatatctagttcttcattcttcattttattgggaagcttccaatcaaaccggtaaagtaattgagcaagaggtagctcaa 41311374  T
Q  281 cgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaac 380  Q
     ||| |||||| ||||   ||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  41311373 tgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaac 41311274  T
Q  381 aaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatca 480  Q
    ||||||||| ||||| ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||  || || |||||    ||||| |||    
T  41311273 aaacctctcaggtttaaatctctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctca 41311174  T
Q  481 tatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtata 580  Q
    |  | |||||||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||    |  |||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  41311173 tgcctattaatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtata 41311074  T
Q  581 tcaattggtgcaactctgactcatccac----atacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    ||||  ||||||||||   |||||||||    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41311073 tcaacaggtgcaactccatctcatccacatatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttg 41310983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 135 - 667
Target Start/End: Original strand, 31187585 - 31188117
Alignment:
Q  135 acgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaa 234  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||   |  ||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| | |    
T  31187585 acgacgagtaataggaatcaagcataggtcatgttttcttcctatagccatcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccattagga 31187684  T
Q  235 agcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatg 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||    |||||||||||||| || || || ||||| || |    
T  31187685 agcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacg 31187784  T
Q  335 gtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttcc 434  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||  |||||||||    
T  31187785 gtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttcc 31187884  T
Q  435 aattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatg 534  Q
    ||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| || |      
T  31187885 aattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcaca 31187984  T
Q  535 gcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttc 634  Q
    | | |||| | ||||||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| | |||    
T  31187985 gaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttc 31188084  T
Q  635 ttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    || |||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  31188085 ttacttcagcttgtgctttctccattatctttg 31188117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 190 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 41338040 - 41337568
Alignment:
Q  190 aatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggta 289  Q
    ||||||||||||||||| |  |||| ||   ||||| |||| | ||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||| |||||| || || |    
T  41338040 aatgattcagtcatatcaagttcttgatggctcattccatttggaagtttccaatcaaagtgataaagcaacttagcaagaggcagctcaacattgggca 41337941  T
Q  290 ggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctc 389  Q
     | ||||   ||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  41337940 aggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctc 41337841  T
Q  390 gggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccatta 489  Q
     ||||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||||| |||||     
T  41337840 aggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattg 41337741  T
Q  490 atttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggt 589  Q
    ||||  |||  ||   ||||||||||||||| |||||| ||||  | | |||| | ||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| || |    
T  41337740 atttcacatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgtt 41337641  T
Q  590 gcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattac 662  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  41337640 gcaactctgtctcgtctacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattac 41337568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 135 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 31226193 - 31225661
Alignment:
Q  135 acgacgaataataggaatcaagcataaaacatattttcttactgctgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaa 234  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |   ||| ||||||| || | | || ||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| | |    
T  31226193 acgacgagtgataggaatcaagcacaggtcattttttcttcctacagaaagcccaaatgactcagtcatatctagttcttcattcttcattccattagga 31226094  T
Q  235 agcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatg 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||    |||||||||||||| || || || ||||| || |    
T  31226093 agcttccaatcaaagtggtaaagtaactgagcaagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacg 31225994  T
Q  335 gtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttcc 434  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||  |||||||||    
T  31225993 gtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttcc 31225894  T
Q  435 aattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatg 534  Q
    ||||||| || |||||| |  ||| || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| |||       
T  31225893 aattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgca 31225794  T
Q  535 gcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttc 634  Q
    |   |||| || |||||||||||| | || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||  |||    
T  31225793 gatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtccctttttatcaaacatgtttc 31225694  T
Q  635 ttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    || |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  31225693 ttacttcagcttgtgcttcctccattatctttg 31225661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 229 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 41305532 - 41305243
Alignment:
Q  229 ttggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactcaacgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcac 328  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||||   ||||||||| |  ||||| || | || | ||||   |||||| |||||||||||||| || ||||    
T  41305532 ttgggaagcttccaatcaaagttataaagtaattcagcaagaggaagttcaacatttgataaggcaaatgcaatgcccggacacatcctccttccagcac 41305433  T
Q  329 caaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatc 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||||    
T  41305432 caaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatc 41305333  T
Q  429 tcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttgg 518  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||||   || | |||||||||||||    
T  41305332 tcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttggcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 552 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41432005
Alignment:
Q  552 tgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgct 651  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  652 tcttccat 659  Q
    ||||||||    
T  41432012 tcttccat 41432005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 41370448 - 41370398
Alignment:
Q  37 agctcataaatacgaatcttatcttatcttttgatatatatggttcaagaa 87  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41370448 agctcataaatacgaatcttatcttatcttttgatatatattgttcaagaa 41370398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 41329592 - 41329543
Alignment:
Q  211 tcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaa 260  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  41329592 tcttcattattcattccattggaaagctttcaatcaaagtcataaagtaa 41329543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 607 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235910
Alignment:
Q  607 acatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccat 659  Q
    |||||||||||| ||||||||   |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccat 14235910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 180 - 667
Target Start/End: Original strand, 17248447 - 17248934
Alignment:
Q  180 tgtaatccctaatgattcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtggtaaagtaaactagcaagaggcaactca 279  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||    
T  17248447 tgtaatcccaaatgactcggtcatatctagatcttcattcttcatttcattgggaagcttccaatcaaaatggtaaagtaattgagcaagaggcaactca 17248546  T
Q  280 acgttaggtaggccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaa 379  Q
    | ||| |||| ||||||   |||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |   ||||||||||||||||||| |||||||    
T  17248547 atgttgggtatgccaaatgcaatgcccggacaaatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatcaattgggctattaa 17248646  T
Q  380 caaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatc 479  Q
     |||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||| |||  |||||| ||||| || || |||||    
T  17248647 aaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatc 17248746  T
Q  480 atatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatggcatgatgcaacctcaatgtttctttgataacagacttcaagtat 579  Q
    ||| || || ||| | |||   | | |||||| ||| ||||||||||||||||    | |||||| ||||| |||||||||||| ||||| || ||||||    
T  17248747 atacccgttgattcgacatttttccctactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtat 17248846  T
Q  580 atcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacattcttcttgcttcagcttgtgcttcttccattacctttg 667  Q
    || ||||| | |||||| |  ||||| |||||||||||| ||||||| |  |||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  17248847 attaattgatccaactccgtttcatctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttg 17248934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.000001; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 22941698 - 22941642
Alignment:
Q  195 ttcagtcatatccaactcttcattcttcatttcattggaaagcttccaatcaaagtg 251  Q
    |||| |||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  22941698 ttcactcatgtccaaatcttcatttttcatctcattgggaagtttccaatcaaagtg 22941642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 299 - 367
Target Start/End: Original strand, 22971931 - 22971999
Alignment:
Q  299 taatgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaa 367  Q
    ||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||||    
T  22971931 taatgcctggacaaattcttcttccagcaccaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaa 22971999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 389
Target Start/End: Original strand, 22986259 - 22986347
Alignment:
Q  301 atgcctggacacatcctcctccctgcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctc 389  Q
    ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |  || |||||||||||||| | ||||| || |||||||||    
T  22986259 atgccaggacaaattctccttccagcaccaaatggaatgtactcaaaattagttcctttgaaatcaatagaactatcaataaacctctc 22986347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University