View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10953_low_1 (Length: 1014)

Name: NF10953_low_1
Description: NF10953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10953_low_1
NF10953_low_1
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (18-1008)||(11296800-11297794)
chr6 (142-671)||(24893961-24894492)
chr6 (61-411)||(32725503-32725855)
chr6 (161-376)||(35233280-35233495)
chr6 (720-854)||(11292093-11292227)
chr6 (852-968)||(11292258-11292374)
chr6 (31-259)||(24990675-24990905)
chr6 (17-116)||(27852949-27853049)
chr6 (524-671)||(35232983-35233130)
chr6 (530-591)||(13599161-13599222)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (147-571)||(31325079-31325505)
chr1 (27-655)||(50236570-50237202)
chr1 (142-619)||(43297907-43298386)
chr1 (143-385)||(20284634-20284876)
chr1 (335-671)||(5193369-5193707)
chr1 (142-456)||(50451609-50451923)
chr1 (207-619)||(1524516-1524930)
chr1 (142-288)||(5193218-5193364)
chr1 (82-362)||(10103740-10104022)
chr1 (316-419)||(23465088-23465191)
chr1 (530-652)||(23464853-23464975)
chr1 (401-475)||(1524191-1524265)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (15-664)||(572693-573347)
chr2 (15-671)||(35135211-35135872)
chr2 (15-671)||(40327672-40328333)
chr2 (142-670)||(19264911-19265441)
chr2 (143-385)||(14653800-14654042)
chr2 (173-436)||(177230-177493)
chr2 (209-426)||(42403406-42403623)
chr2 (206-426)||(16322190-16322410)
chr2 (143-465)||(26791023-26791345)
chr2 (570-664)||(16321950-16322044)
chr2 (18-373)||(35062954-35063313)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (37-671)||(23207884-23208522)
chr7 (34-381)||(27781645-27781994)
chr7 (161-419)||(16770106-16770363)
chr7 (307-429)||(1579449-1579571)
chr7 (748-854)||(30909041-30909147)
chr7 (530-659)||(16770476-16770605)
chr7 (852-910)||(30909188-30909246)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (31-458)||(7816844-7817273)
chr5 (99-655)||(6641093-6641653)
chr5 (173-450)||(23944735-23945012)
chr5 (144-373)||(23620745-23620974)
chr5 (484-671)||(7813321-7813510)
chr5 (530-619)||(23944564-23944653)
chr5 (142-255)||(31814558-31814671)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (142-667)||(38647304-38647831)
chr3 (142-559)||(23424107-23424526)
chr3 (84-428)||(17718420-17718766)
chr3 (84-428)||(19019649-19019995)
chr3 (31-385)||(11896933-11897289)
chr3 (142-428)||(53608422-53608708)
chr3 (31-385)||(26432704-26433060)
chr3 (57-602)||(15473481-15474029)
chr3 (146-366)||(11889865-11890085)
chr3 (206-260)||(14623256-14623310)
chr3 (300-366)||(49150050-49150116)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (31-667)||(54477416-54478057)
chr4 (142-429)||(33803716-33804003)
chr4 (142-544)||(3881336-3881743)
chr4 (173-428)||(48847913-48848168)
chr4 (266-426)||(7587875-7588035)
chr4 (142-339)||(24133365-24133562)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (16-384)||(14759708-14760079)
chr8 (143-385)||(23132705-23132947)
chr8 (16-384)||(26973239-26973610)
chr8 (201-446)||(26586948-26587193)
chr8 (300-555)||(38348080-38348337)
chr8 (27-107)||(26587289-26587369)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (15-610)||(75467-76062)
[»] scaffold0214 (1 HSPs)
scaffold0214 (143-456)||(8678-8991)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 803; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 803; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1008
Target Start/End: Original strand, 11296800 - 11297794
Alignment:
Q  18 agagcttttcatacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11296800 agagcttttcatacaaaggatgacgagataaagggacaatgagtcaccttgtctaaggccatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccat 11296899  T
Q  118 aaaatatagtagctggatatggagacaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11296900 aaaatatagtagctggatatggagtcaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattg 11296999  T
Q  218 acgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11297000 acgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgatttcgtgcaaaacaattg 11297099  T
Q  318 agttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgat 417  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11297100 agttatcagaagtaccactaccaggcagaaaactgctttgataggaaccaataatattagtaagaataggtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgat 11297199  T
Q  418 aattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaatgattgtttgagatgtc 517  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11297200 aattttgtagattatgttgcagagactgatgggtctaaaatctttgtatgtactaggaggatcaatttttggaatgagtgcaatgattgtttgagatgtc 11297299  T
Q  518 cggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagcca 617  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11297300 cggctaaaaataacctgtttgaaatgctgaatgaaccatatgaaatatatcatcactaacaacgtgtcaatattgcttgaagaaaatgcaatgaaagcca 11297399  T
Q  618 tcgggtcatagggctttctaaggtttcatagagttga-gggcatcaaacacttca----nnnnnnnnaccttggttaacgtacgtgcaaaatcatctata 712  Q
    | |||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||            ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11297400 ttgggtcatgaagctttctaaggtttcatagagttgaggggcagcgaacacttcattttttttttttaccttggttaacgtacgtgcaaaattatctata 11297499  T
Q  713 ataactctcggttaacgtaatgtgtcaaactcgacaaattaatgataacagattcatttataaatcacaaatcaacacttctaagaacaaactccaacta 812  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11297500 ataactctcggttagcgtaatgtatcaaactcgacaaattaatgataacagattcatttataaatcacaaatcaacacttc-aagaacaaactccaacta 11297598  T
Q  813 gtaatatagcatacgagttacgtcaacctaaattgtcaaaatcacattaacatagtaatttgtctatgattgccaatgtttcgaatgctatggtaatgct 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11297599 gtaatatagcatacgagttacgtcaacctaaattgccaaaatcacattaacatagtaatttgtctatgattgccaatgtttcgaatgctatggtaatgct 11297698  T
Q  913 aatgttttcttatcgatcataaatttcttagcgtgaacacaatcattaataatcacattaattaagtgcaattttgtcttcaacttaatttgtttt 1008  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11297699 aatgttttcttatcgatcataaatttcttagcgtgaacacaatcattaattatcacattaattaagtgcaattttgtctacaacttaatttgtttt 11297794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 142 - 671
Target Start/End: Original strand, 24893961 - 24894492
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| || || ||| ||||| |||| ||||||||  |||| || || |||||||||||||||    
T  24893961 acaatgcatgatgagcttgatggtgatgtctggaaaaccaaattcctgaaggcaagaattaaggaaatcccatctgacattatcgaaagctttctccaag 24894060  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccat 341  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| |  |||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  24894061 tctagcttgaaagcaacataacctttcttcctctttgatttcctcatgaagtgaataatttcctgcaaaacaattgagttatcagaagttcccctaccag 24894160  T
Q  342 gcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagag 441  Q
    ||||||| ||||||||  | || |||| || |||| | || ||| |||||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||||||||||||| | ||    
T  24894161 gcagaaagctgctttggcaagggccaataagattactgaggataggtctgagacgatgcacaagaactttagggataatcttgtagattatgttgcatag 24894260  T
Q  442 actgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttgg 539  Q
    ||||||||||||||||| |||  | ||| | ||  | || |||||  |||||||||||||  || ||||||| || ||||| | ||| | |||||| |||    
T  24894261 actgatgggtctaaaatctttgaaagtggtgggggggtcgattttcggaatgagtgcaatgagagtgtttgaaatctccggatcaaagtgacctgtgtgg 24894360  T
Q  540 aaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagggctttctaag 639  Q
    ||||||| ||| |||||||| || || ||||| | ||| || || |||||||  ||||| || || ||||| || ||||| |  |   ||||||| || |    
T  24894361 aaggctgtatggaccatatggaagatgtcatctccaactatatgccaatattgtttgaaaaagatacaatggaatccatccgagccaggggctttgtatg 24894460  T
Q  640 gtttcatagagttgagggcatcaaacacttca 671  Q
    ||||||| |||||||||||  |||| ||||||    
T  24894461 gtttcatggagttgagggcgacaaaaacttca 24894492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 61 - 411
Target Start/End: Original strand, 32725503 - 32725855
Alignment:
Q  61 tcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagctggat-atg-gagacaatgcatgatgagca 158  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| || |  ||||| ||| || |||||||||||| |||     
T  32725503 tcaccttgtctgagatcatgggaaggcttaaaggagggcattttattaccgttccataaaatagagaatgtggatgatgtgacacaatgcatgataagct 32725602  T
Q  159 taatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgac 258  Q
    | ||||||||||| || || ||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||  |||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||    
T  32725603 tgatggtgatgtccggaaatccaaactcaaggaggcaagaattaagaaaatcccatctgacattatcaaaagctttctccaggtcaagtttgaaagctac 32725702  T
Q  259 ataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttga 358  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |   |||| | ||||||||||||||| ||| |||| ||||||  | ||||||||||||||||     
T  32725703 atatcccttcttctttttagatcttctcataaagtgaactatttcctacaaaacaattgagttgtcataagttcccctattaggcagaaaactgctttgg 32725802  T
Q  359 tagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttt 411  Q
    || || |||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  32725803 taagggccaataagattattaagaataggtctgagacgatgcaccagaacttt 32725855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 35233495 - 35233280
Alignment:
Q  161 atggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacat 260  Q
    ||||||||||  |||||||| || ||||| ||| ||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||    
T  35233495 atggtgatgttagggaaaccgaagtcatgaaggcaattactaagaaactcccagttgacattgtcaaaagctttctctagatcaagtttgaaagctacat 35233396  T
Q  261 aacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgata 360  Q
    | || |||||| |||| ||| || |||||||||| |   |||| | ||||||||||||||| ||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  35233395 accctttcttctttttggattttctcatgaagtgaacaatttccttcaaaacaattgagttgtcagaggtgcccctaccagacagaaaactgctttgata 35233296  T
Q  361 gggaccaacaatatta 376  Q
    ||| |||| |||||||    
T  35233295 ggggccaataatatta 35233280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 720 - 854
Target Start/End: Original strand, 11292093 - 11292227
Alignment:
Q  720 tcggttaacgtaatgtgtcaaactcgacaaa-ttaatgataacagattcatttataaatcacaaatcaacacttctaagaacaaactccaactagtaata 818  Q
    |||||||  ||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  11292093 tcggttagtgtaatgtctcaaactcaacaaaattaatgttaacaaattcaattataaatcacaatttaacacttc-aagaacaaactccaactagtaaga 11292191  T
Q  819 tagcatacgagttacgtcaacctaaattgtcaaaat 854  Q
    |||| || |||||||||||| | |||||| ||||||    
T  11292192 tagcctaggagttacgtcaatccaaattgccaaaat 11292227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 852 - 968
Target Start/End: Original strand, 11292258 - 11292374
Alignment:
Q  852 aatcacattaacatagtaatttgtctatgattgccaatgtttcgaatgctatggtaatgctaatgttttcttatcgatcataaatttcttagcgtgaaca 951  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| || || | |||||||||| |||  ||||||   |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11292258 aatcacattaacttagtaatttgcctaagaatgtcgatgtttcgaacgctcaggtaatctcaatgttttgttattgatcataaatttcttagcgtgaaca 11292357  T
Q  952 caatcattaataatcac 968  Q
    |||  ||||||||||||    
T  11292358 caactattaataatcac 11292374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 31 - 259
Target Start/End: Original strand, 24990675 - 24990905
Alignment:
Q  31 caaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagc 130  Q
    ||||| ||||| |||||||| || |  |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||| |  |      
T  24990675 caaagaatgaaaagataaggagagagcgggtcaccttgtctgagaccatgggtgggcttgaaagggggcattttgttaccgttccataaaatagaaaaag 24990774  T
Q  131 tggatatggagacaa--tgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaa 228  Q
    ||||   || ||||   |||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||  |||| ||||||||  |||| || |||||    
T  24990775 tggaggaggtgacacagtgcatgatgagtttgatggtgatgtctggaaaaccaaaatcgtgaaggtaagacttaaggaaatcccatctgacattatcaaa 24990874  T
Q  229 agctttctccaagtcaagcttgaaagcgaca 259  Q
     ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  24990875 cgctttcttcaagtctagcttgaaagcgaca 24990905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 116
Target Start/End: Original strand, 27852949 - 27853049
Alignment:
Q  17 gagagcttttc-atacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttcc 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |  ||||| || || ||||| |||||||| ||  |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27852949 gagagcttttccatacaaaggatgaataagtaaggagataaagggtccccttgtcttagaccatgagaaggcttgaaagaaggcattttgtttccgttcc 27853048  T
Q  116 a 116  Q
    |    
T  27853049 a 27853049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 524 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 35233130 - 35232983
Alignment:
Q  524 aaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggt 623  Q
    ||||| ||| |||||||||||||  | ||| | ||  ||||||||||| | || ||| || ||||||| ||||||||| |||||||| || ||||| |||    
T  35233130 aaaatcaccggtttggaaggctgttttaactagatagaaaatatcatctccaataatatgccaatattgcttgaagaatatgcaatggaaaccatctggt 35233031  T
Q  624 catagggctttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaacacttca 671  Q
    | | | ||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||    
T  35233030 cctggagctttgtagggtttcatggagtttagggcagcaaagacttca 35232983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 530 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 13599222 - 13599161
Alignment:
Q  530 acctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatatt 591  Q
    |||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| | || |||||| |||||||    
T  13599222 acctttttggaaggctgactgcaccatatgagaaatatcatccccaataatgtgccaatatt 13599161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 156; Significance: 2e-82; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 147 - 571
Target Start/End: Original strand, 31325079 - 31325505
Alignment:
Q  147 gcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaag 246  Q
    ||||||||||| | || |||||||| || ||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||    
T  31325079 gcatgatgagcttgattgtgatgtctggaaaaccgaaatcatggaggcaagaattaaggaaatcccaattgacattatcaaaagctttctccaggtcaag 31325178  T
Q  247 cttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcaga 346  Q
     |||||||| || |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  31325179 tttgaaagctacgtaacccttcttcttcttggatcttctcatgaagtggacaatttcctgcaaaacaattgagttatcagaagttcccctaccaggcaga 31325278  T
Q  347 aaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagagactga 446  Q
    ||||||||| | ||||| |||| ||||||| | |||||| | ||||| || ||||| | ||||||||| || || ||||||||||||||  | |||||||    
T  31325279 aaactgcttcggtaggggccaataatattattgagaataggcctgaggcggtgcacaagaacttttgtaatgatcttgtagattatgttacaaagactga 31325378  T
Q  447 tgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggc 544  Q
    | ||| |||||| ||| |||||| ||||   |||||||||| |||||||||||||  || | |||||||| ||||| | ||| | ||| || || || ||    
T  31325379 taggtttaaaatctttgtatgtgttaggggaatcaatttttggaatgagtgcaataagagtttttgagatctccggatcaaagtgaccagtgtgaaaagc 31325478  T
Q  545 tgaatgaaccatatgaaaaatatcatc 571  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||    
T  31325479 tgagtggaccatatgaaaaatatcatc 31325505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 27 - 655
Target Start/End: Original strand, 50236570 - 50237202
Alignment:
Q  27 catacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatag 126  Q
    |||||| | |||||| || |||||||| |  || ||||||| ||| ||| |||| ||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||| ||| ||    
T  50236570 catacacaagatgaaaaggtaaggggaaagcggatcaccttatctgaggccatgagtaggcttgaaagggggcatcttgttcccgttccataagatagag 50236669  T
Q  127 tagctggatatggagaca--atgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgt 224  Q
    ||| ||| |  |||||||  ||||||||||||  |  |||||||||| || || ||||||||||||||  ||||| | || || ||| |||| || || |    
T  50236670 taggtgggtgaggagacacaatgcatgatgagtttggtggtgatgtccggaaatccaaaatcatggagacaagaattgaggaagtcctaattaacattat 50236769  T
Q  225 caaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatc 324  Q
    ||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||  ||||| ||||||| || |   |||| ||||||||||| ||||||||    
T  50236770 caaaagccttttccaaatcaagcttaaaagctacatagcccttctttcttttgaatcttctcatgaaatgaacaatttcctgcaaaacaatcgagttatc 50236869  T
Q  325 agaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttg 424  Q
    ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||  | |  |||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  50236870 agatgtacccctaccaggcagaaaaatgctttgatagggaccaataatattattaaggatgggccgaagacgatgcaccaaaactttagtgataatcttg 50236969  T
Q  425 tagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaatga--ttgtttgagatgtccggct 522  Q
    ||||  |||||  | || ||||| |  ||||| | ||| || |||   || |||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||| || || |    
T  50236970 tagacaatgttacaaaggctgatagacctaaagtctttgtaggtggcgggcagatcaattttaggaatgagtgcaatgagtgtgtttgagatctctggat 50237069  T
Q  523 aaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcggg 622  Q
     ||||| ||||||  |||||||||| || |||| ||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  50237070 caaaatgacctgtgaggaaggctgagtgtaccaaatgtaaaatgtcatcaccaacaatgtgccaatattgtttgaagaaaatgcaatggaagccatctgg 50237169  T
Q  623 tcatagggctttctaaggtttcatagagttgag 655  Q
    ||   | ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  50237170 tccaggtgctttgtaaggtttcattgagttgag 50237202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 142 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 43298386 - 43297907
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||  | ||| |||||||||  |||| ||||| | ||||||||||| ||||| || | ||||||||||| || |    
T  43298386 acaatgcatgataagcttcatggtgatgttcgagaatccaaaatcaatgaggcaagaatttagaaaatcccatttgacattattaaaagctttcttcagg 43298287  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccat 341  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||| |||| || || |   |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |     
T  43298286 tcaagtttgaaggctacatatcccttcttctttttagatcttctcataaaatgaactatttcctgcaaaacaattgagttatcagaagttcccctactag 43298187  T
Q  342 gcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagag 441  Q
    |||||||||||||||| || || |||| || |||| | |||||| |||||||||  ||||| | ||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||    
T  43298186 gcagaaaactgctttggtaagggccaataagattattgagaataggtctgagacagtgcacaagaacttttgtaataatcttatagattatgttgcagag 43298087  T
Q  442 actgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaatgattgt--ttgagatgtccggctaaaaataacctgtttgg 539  Q
    ||||||||| ||||||| ||| || ||| | ||   |||||||||  |||||||||||||||  ||  |||| || ||| | | ||||| |||| |||||    
T  43298086 actgatgggcctaaaatctttgtaagtgttgggtgaatcaattttaggaatgagtgcaatgagagtgcttgaaatctccagatcaaaatgacctatttgg 43297987  T
Q  540 aaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatc 619  Q
    |||||||| || ||||| ||||||| |||||| | ||| ||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||    
T  43297986 aaggctgagtggaccatgtgaaaaacatcatctccaactatgtgccaatattgtttgaagaagatgcaatggaagccatc 43297907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 143 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 20284876 - 20284634
Alignment:
Q  143 caatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagt 242  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||  || || ||||||||||||||| |    || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20284876 caatgcatgatgagcttgatggtgatgttcggaaatccaaaatcatggaggcagttgcttagaaaatcccagttgacgttgtcgaaagctttctccaagt 20284777  T
Q  243 caagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatg 342  Q
    |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||   | ||||||| || ||  |||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||| |    
T  20284776 caagcttgtaagctacgtaacccttcttccttttagagtgtttcatgaaatgaataatttcctgcaaaacaatagagttatctgcagtgcccctaccagg 20284677  T
Q  343 cagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaata 385  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  20284676 cagaaagctgctttgatagggaccaataatgttagtaagaata 20284634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 335 - 671
Target Start/End: Original strand, 5193369 - 5193707
Alignment:
Q  335 ctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgt 434  Q
    |||||| |||||| ||||||||| || || |||| || |||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5193369 ctaccaggcagaagactgctttggtaagggccaataagattattaagaataggtctgagacgatgcacaagaacttttgtgataatcttgtagattatgt 5193468  T
Q  435 tggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacc 532  Q
    || |||| |||||||||||||||| ||| || ||| |  |   |||||||||| |||||||||||||  || || ||||||| ||||| | ||| | |||    
T  5193469 tgcagaggctgatgggtctaaaatctttgtaagtgttgagtgaatcaatttttggaatgagtgcaatgagagtgcttgagatctccggatcaaagtgacc 5193568  T
Q  533 tgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagggct 632  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||| | ||| ||||| |||||||  || ||||| |||||||| ||| |||||||     | |||    
T  5193569 tgtttggaaggctgaatagaccatgtgaaaaacatcatctccaactatgtgccaatattgtttaaagaagatgcaatggaagtcatcggggtcgggtgct 5193668  T
Q  633 ttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaacacttca 671  Q
    || || |||||||| || || |||||| |||||||||||    
T  5193669 ttgtatggtttcatggaattaagggcagcaaacacttca 5193707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 142 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 50451923 - 50451609
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||| ||  | ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||     
T  50451923 acaatgcatgataagtttgatggtgatgtccggaaaaccaaactcatgaaggcaagaattaagaaaatcccatttgacattatcaaatgctttttccaaa 50451824  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccat 341  Q
    || ||||||||||| |||||||| || ||| | |||||  |  |||| || || ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |     
T  50451823 tcgagcttgaaagcaacataaccttttttcttcttagacttcctcataaaatgaataatttcctgcaaaacaatagagttatcagaagttcccctactag 50451724  T
Q  342 gcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagag 441  Q
    ||||||| |||||||| || || |||| || |||| | || ||| |||| ||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||    
T  50451723 gcagaaagctgctttggtaagggccaataagattattgagtataggtctaagacgatgcacaaggactttagtgataatcttgtagattatattgcaaag 50451624  T
Q  442 actgatgggtctaaa 456  Q
     ||||| ||||||||    
T  50451623 gctgataggtctaaa 50451609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 207 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 1524930 - 1524516
Alignment:
Q  207 aatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtg 306  Q
    ||||||| || || || |||||||||||||| |  || || || ||||| ||| |||| || ||| |||| ||| || ||||||||||||   |||| ||    
T  1524930 aatcccagttaacattatcaaaagctttctctagatctagtttaaaagctacacaaccttttttcttttttgattttctcatgaagtggacaatttcctg 1524831  T
Q  307 caaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaa 406  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| | |||||  |||| || | ||  ||||||    
T  1524830 caaaacaatagaattatcagaagttcccctaccaggcagaaaactactttgataggggccaataatattatttagaatcggtctcagtctattaaccaaa 1524731  T
Q  407 acttttgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gat 504  Q
    ||||| ||||||||||| || |  |||||| | | ||||||||||||||||| ||| ||  || |||||   ||||| ||  |||||||||||||  ||     
T  1524730 actttggtgataattttataaacaatgttgcacatactgatgggtctaaaatctttgtaaatgttaggagtgtcaatcttgggaatgagtgcaatgagag 1524631  T
Q  505 tgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaat 604  Q
    | ||||| || ||||| | ||||| |||  |||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||| | ||| || || || |||| ||||||||| ||    
T  1524630 tatttgaaatctccggatcaaaatgaccattttgaaaggctgaatgtaccaagtgaaaaatgtcatctccaactatatgccagtatttcttgaagaagat 1524531  T
Q  605 gcaatgaaagccatc 619  Q
    ||| ||||| |||||    
T  1524530 gcattgaaaaccatc 1524516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 142 - 288
Target Start/End: Original strand, 5193218 - 5193364
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||  |  || ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||| |    
T  5193218 acaatgcatgataagcttgatggtgatgttcgtaaatccaaaatcaaggaggcaagaattaagaaaatctcatctgacattatcaaaagctttctccagg 5193317  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcat 288  Q
    ||||| |  ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5193318 tcaagttcaaaagctacatatcccttcttctttttagatcttctcat 5193364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 82 - 362
Target Start/End: Original strand, 10103740 - 10104022
Alignment:
Q  82 gtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagctggatatggagac--aatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaac 179  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| || |  | ||||  | |||  |||||||||| ||  | |||||||| || |  || |    
T  10103740 gtaggcttgaactagggcattttgttaccgttccataaaatagagaaagttgataaagtgacgcaatgcatgataagtttgatggtgatatctgaaaatc 10103839  T
Q  180 caaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttaga 279  Q
    |||| || || ||| ||||| |||| || |||||  |||| ||||||| || |||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||    
T  10103840 caaactcttgaaggcaagaattaaggaagtcccatctgacattgtcaatagttttctctaaatcgagcttgaaagcaacatagcccttcttcttcttaga 10103939  T
Q  280 tcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagg 362  Q
    | |  | ||||| |  ||  |||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  10103940 tttccttatgaaataaataatttcctgcaaaacaattgagttatcagccgttcccctaccaggcagaaagctactttgatagg 10104022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 316 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 23465191 - 23465088
Alignment:
Q  316 tgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtg 415  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||   | |||||||| || ||||| ||||| |||    
T  23465191 tgagttgtcagtagtgcccctaccaggcagaaaactgctctgatagggaccaataataatattaagaagcggcctgagacggtgaaccaagactttggtg 23465092  T
Q  416 ataa 419  Q
    ||||    
T  23465091 ataa 23465088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 530 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 23464975 - 23464853
Alignment:
Q  530 acctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagg 629  Q
    |||||||||||| ||  |||| |||||||  ||||||||||| | |  |||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||| |||| | |     
T  23464975 acctgtttggaaagccaaatgcaccatattgaaaatatcatctccagtaatgtgccagtattgtttgaaaaaaatgcattggaagccatctggtcctggt 23464876  T
Q  630 gctttctaaggtttcatagagtt 652  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  23464875 gctttgtaaggtttcatagagtt 23464853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 401 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 1524265 - 1524191
Alignment:
Q  401 accaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctagga 475  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |  |||||| | ||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||    
T  1524265 accaaaactttggtgataattttataaacaatgttgcacagactgatgggtctaaaatctttgtaagtgttagga 1524191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 1e-77; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 573347 - 572693
Alignment:
Q  15 cagagagcttttc-atacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgtt 113  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| || ||||| || |  || ||||||||||| ||| |||||| ||| || || | | |||||||||| || ||    
T  573347 cagagagcttctccatgcaaaggatgaataggtaaggagagagcggatcaccttgtctgaggccatgggaaggtttaaaaggatgcattttgttaccatt 573248  T
Q  114 ccataaaatatagta-gctggatatg-gagacaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcc 211  Q
    |||||||||| || | | |||  ||| || | |||||||||| ||  | ||||||||||| || || ||||| ||||| ||| | ||| |||| ||||||    
T  573247 ccataaaatagagaacgttggtgatgtgacataatgcatgataagtttgatggtgatgtctggaaatccaaactcatgaaggcaggaattaaggaaatcc 573148  T
Q  212 caattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaa 311  Q
    ||  |||| ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| || ||||||| || |   |||| |||||||    
T  573147 catctgacattaccaaaagctttttccaagtcgagcttgaaagcaacataccccttcttcttttttgattttctcatgaaatgaacaatttcctgcaaaa 573048  T
Q  312 caattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttt 411  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || || || | ||| ||| |||||||| |||| ||||||||||| | ||||||    
T  573047 caattgagttatcagaagtttccctaccatgcagaaaactgctttggtaagggccgataatgttattaagaataggtctaagacgatgcacaagaacttt 572948  T
Q  412 tgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgttt 509  Q
    |||||| || ||||||||  | ||| |||| |||||||||||||||| ||| || ||| | |||  |||||||||| |||||||||||||  || ||| |    
T  572947 tgtgatgatattgtagatcgtattgcagaggctgatgggtctaaaatctttgtaagtgatgggagaatcaatttttggaatgagtgcaataagagtgtat 572848  T
Q  510 gagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaat 609  Q
    ||||| ||| | | ||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| || || ||||| | ||| ||||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  572847 gagatctccagatcaaaataacctgtgaggaaagctgattgaaccatatggaagatgtcatctccaactatgtgccaatattgtttgaagaagatgcaat 572748  T
Q  610 gaaagccatcgggtcatagggctttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaa 664  Q
    | |||||||| || |   | ||||| || |||||||| ||||| |||||| ||||    
T  572747 ggaagccatctggcccgggtgctttgtagggtttcatggagttaagggcaacaaa 572693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 671
Target Start/End: Original strand, 35135211 - 35135872
Alignment:
Q  15 cagagagcttttc-atacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgtt 113  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | |||  |||| ||||||||||| | ||  |  |||||||| ||    
T  35135211 cagagagtttttccatacataggatgaaaagataaggagacaacgggtcaccttgacgaagtccatgagtaggcttgaaaggagagagcttgtttccatt 35135310  T
Q  114 ccataaaatatagtagctggatatgg--agacaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcc 211  Q
    |||||||||  ||||||| | |  ||  | |||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||| ||   | ||| || |||    
T  35135311 ccataaaattgagtagcttggtgaggtaacacaatgcatgatgagtttgatggtaatgtctgggaagccgaaatcctggaggcaaatgcgaaggaagtcc 35135410  T
Q  212 caattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaa 311  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |   |||| ||||||||  |||| |||||||    
T  35135411 cagttgacgttgtcaaaagctttctctaaatcaagcttgaaagctacaaaacccttcttccttttagagcgcttcataaagtggattatttcctgcaaaa 35135510  T
Q  312 caattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttt 411  Q
    |||| ||||| || || |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| || ||| ||||| |||||| | || || ||||| ||||| || ||    
T  35135511 caatggagttgtctgaggtacccctaccaggcaaaaaactgctttggtagggactaataatgttagtgagaataggccttagccgatgaaccaatacctt 35135610  T
Q  412 tgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgttt 509  Q
    ||||||||||||||| || |||||| | || || |||||| | |||| ||| || ||  | ||  | ||||||||| ||||||| |||||  || |||||    
T  35135611 tgtgataattttgtaaataatgttgcaaaggctaatgggtatgaaatctttgtaagtagtgggtggttcaatttttggaatgagcgcaatgagagtgttt 35135710  T
Q  510 gagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaat 609  Q
    ||||| ||||| | ||| |||||  | ||| | |||| ||| ||||| |  ||||||||||| |  |||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  35135711 gagatctccggatcaaagtaaccactatggtaagctgcatggaccattttgaaaatatcatctccgacaatgtgccagtattgcttgaagaaaatgcaat 35135810  T
Q  610 gaaagccatcgggtcatagggctttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaacacttca 671  Q
    |||| || || || |   ||||||| || || |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  35135811 gaaacccgtcaggaccaggggctttgtatggcttcatagagttgagggcagcgaacacttca 35135872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 40328333 - 40327672
Alignment:
Q  15 cagagagcttttc-atacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgtt 113  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | |||  |||| ||||||||||| | ||  |  |||||||| ||    
T  40328333 cagagagtttttccatacataggatgaaaagataaggagacaacgggtcaccttgacgaagtccatgagtaggcttgaaaggagaaagcttgtttccatt 40328234  T
Q  114 ccataaaatatagtagctggatatgg--agacaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcc 211  Q
    |||||||||  ||||||| | |  ||  | |||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||| ||   | ||| || |||    
T  40328233 ccataaaattgagtagctcggtgaggtaacacaatgcatgatgagtttgatggtaatgtctgggaagccgaaatcctggaggcaaatgcgaaggaattcc 40328134  T
Q  212 caattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaa 311  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |   |||| ||||||||  |||| |||||||    
T  40328133 cagttgacgttgtcaaaagctttctctaaatcaagcttgaaagctacaaaacccttcttccttttagagcgcttcataaagtggattatttcctgcaaaa 40328034  T
Q  312 caattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttt 411  Q
    |||| ||||| || || |||||||||||| | | |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| |||||| | || || ||||| ||||| || ||    
T  40328033 caatggagttgtctgaggtacccctaccaggaaaaaaactactttggtagggaccaataatgttagtgagaataggccttagccgatgaaccaatacctt 40327934  T
Q  412 tgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgttt 509  Q
    ||||||||||||||| || |||||| | || || |||||||| |||| ||| || ||  | ||  | ||||||||| ||||||| |||||  || |||||    
T  40327933 tgtgataattttgtaaataatgttgcaaaggctaatgggtctgaaatctttgtaagtagtgggtggttcaatttttggaatgagcgcaatgagagtgttt 40327834  T
Q  510 gagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaat 609  Q
    ||||| ||||| | ||| |||||  | ||| |||||| ||| ||||| |  ||||||||||| |  |||||||| || ||||  ||||||||||||||||    
T  40327833 gagatctccggatcaaagtaaccactatggtaggctgcatggaccattttgaaaatatcatctccgacaatgtgccagtattgtttgaagaaaatgcaat 40327734  T
Q  610 gaaagccatcgggtcatagggctttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaacacttca 671  Q
    |||| || || || |   ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  40327733 gaaacccgtcaggaccaggggctttgtaaggcttcatagagttgtgggcagcgaacacttca 40327672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 142 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 19265441 - 19264911
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||||||  | ||||| ||||  ||||| || ||||| |||||| ||   | ||| || ||| | ||||||||||||||||||||||| ||     
T  19265441 acaatgcatgatgagtttgatggtaatgtttgggaagccgaaatcctggaggcaaatgcgaaggaagtccaagttgacgttgtcaaaagctttctctaaa 19265342  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccat 341  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |   |||| ||||||||  |||| ||||||||||| ||||| ||    ||||||||||||     
T  19265341 tcaagcttgaaagccacaaaacccttcttccttttagagcgcttcataaagtggattatttcctgcaaaacaatggagttgtcttgggtacccctaccag 19265242  T
Q  342 gcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagag 441  Q
    ||| |||| ||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||| | || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||| | ||    
T  19265241 gcaaaaaattgctttggtagggaccaataatgttagtgagaataggccttagccgatgaaccaatacctttgtgataattttgtaaataatgttgcaaag 19265142  T
Q  442 actgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttgg 539  Q
     || |||||||| ||||  || || ||  | ||  | ||||||||| ||||||| |||||  || |||||||||| ||||| | ||| |||||  | |||    
T  19265141 gctaatgggtctgaaatccttgtaagtagtgggtggttcaatttttggaatgagcgcaatgagagtgtttgagatctccggatcaaagtaaccactatgg 19265042  T
Q  540 aaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagggctttctaag 639  Q
     | |||| ||| ||||| |  || |||||||| |  |||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| ||||| || |   ||||||| || |    
T  19265041 taagctgcatggaccattttgaatatatcatctccgacaatgtgccagtattgtttgaagaaaatgcaatgaaacccatcaggaccaggggctttgtatg 19264942  T
Q  640 gtttcatagagttgagggcatcaaacacttc 670  Q
    | |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  19264941 gcttcatagagttgagggcagcgaacacttc 19264911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 143 - 385
Target Start/End: Original strand, 14653800 - 14654042
Alignment:
Q  143 caatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagt 242  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||  || || ||||||||||||||| |     | || || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| |    
T  14653800 caatgcatgatgagcttgatggtgatgttaggaaatccaaaatcatggaggcagttgtttaggaattcccagttgacgttgtcgaatgctttctccaaat 14653899  T
Q  243 caagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatg 342  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||   ||||||| || ||  |||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||| |    
T  14653900 caagcttgaaagctacgtatcccttcttcctcttagatcgcttcatgaaatgaataatttcctgcaaaacaatagagttatctgcagtgcccctaccagg 14653999  T
Q  343 cagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaata 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  14654000 cagaaaactgctttgatagggaccaataatgttagtaagaata 14654042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 173 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 177493 - 177230
Alignment:
Q  173 gggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttcc 272  Q
    |||||||||||||| |||||  | || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| || ||||| || ||||    
T  177493 gggaaaccaaaatcttggagacacgatctaagaaactcccaattcacattgtcaaaagctttctcaagatcaagtttgaaagcaacgtaaccttttttcc 177394  T
Q  273 ttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaat 372  Q
    |||| |||||   ||| || || |   |||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  177393 tttttgatctccgcataaaatgaacaatttcctgcaaaacaatagagttgtcagaagtgcccctaccttgcaggaaactgctttggtagggaccaataat 177294  T
Q  373 attagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttg 436  Q
    || | |||||||  | | |||||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||||||||    
T  177293 atcattaagaatcggccggagacgatgcacaatgactttggtaatgattttgtaggttatgttg 177230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 209 - 426
Target Start/End: Original strand, 42403406 - 42403623
Alignment:
Q  209 tcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgca 308  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||| |||| || || ||  |||| ||||    
T  42403406 tcccagttgacattatcaaacgctttttccaggtcaagcttgaaggccacataaccctttttccttttggatcttttcataaaatgtataatttcctgca 42403505  T
Q  309 aaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaac 408  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||| |||| ||||||| |||| | | |||| || || ||||| |||||    
T  42403506 aaacaattgaattatcagaagtacccctaccaggtagaaaactactttggcaggggccaataatattattaaggagaggtctaaggcgttgcactaaaac 42403605  T
Q  409 ttttgtgataattttgta 426  Q
     || ||||| ||||||||    
T  42403606 cttagtgatgattttgta 42403623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 206 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 16322410 - 16322190
Alignment:
Q  206 aaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgt 305  Q
    ||||||||||| || || ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||| | |||| || || |   |||| |    
T  16322410 aaatcccaattaacattatcaaacgctttttccaggtcaagcttgaaagccacgtagccctttttccttttggatcgtttcataaaatgtaaaatttcct 16322311  T
Q  306 gcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaa 405  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| || ||||||||||| |||| || |||| | || | | | || || |||||||| ||    
T  16322310 gcaaaataattgagttgtcagcagtacccctaccaggtagaaagctactttgataggggccaataagattattgaggaaaggcctaaggcgatgcactaa 16322211  T
Q  406 aacttttgtgataattttgta 426  Q
    ||| || ||||| ||||||||    
T  16322210 aaccttggtgatgattttgta 16322190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 26791345 - 26791023
Alignment:
Q  143 caatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagt 242  Q
    ||||||||||||||| | |||||| | || ||||| |||||||||   ||| |||| |  ||||| ||||| || || || ||||| |||||||| || |    
T  26791345 caatgcatgatgagcttgatggtggtatccgggaagccaaaatcacaaaggcaagatcggagaaagtcccagttaacattatcaaaggctttctctaaat 26791246  T
Q  243 caagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatg 342  Q
    ||| ||| ||||| || || || |||||| | |||||| |   |||| |||| ||   ||| ||||||||||| |  || ||||  || | ||||||| |    
T  26791245 caatcttaaaagccacgtaccctttcttcttcttagatatgcgcatgtagtgaataacttcctgcaaaacaatggcattgtcagtggtgctcctaccagg 26791146  T
Q  343 cagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagaga 442  Q
    ||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||||| || |  ||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||     
T  26791145 caggaaactactttggtaaggaccaataatattattaaggataggtctgaggcgatggacaaggactttagtgataattttgtagatgatgttacaaagg 26791046  T
Q  443 ctgatgggtctaaaatatttata 465  Q
    || ||||||||||| | ||||||    
T  26791045 ctaatgggtctaaagtctttata 26791023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 570 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 16322044 - 16321950
Alignment:
Q  570 tcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagggctttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaa 664  Q
    |||| ||||||||| || ||||  || |||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| || |||||||| |||||||||||| ||||    
T  16322044 tcaccaacaatgtgccagtattgtttaaagaaaatgcaatgaaagccatcgggaccaggtgctttgtagggtttcatggagttgagggcagcaaa 16321950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 35062954 - 35063313
Alignment:
Q  18 agagcttttc-atacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttcca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||  || | |||||||| |  | |||||| ||||| || ||| |    
T  35062954 agagcttttccatacaaaggatgaaaagatagggggatagtggatcaccttgtctaagaccacgtgtaggcttaagtggaggcatcttgttgccattcta 35063053  T
Q  117 taaaatatagtagctggatatgg--agacaatgcatgatgagcataatggtgatgtc-ggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatccca 213  Q
     |  ||  || |  |||||  ||  | |||||||||||| ||  ||||| |||| || ||||||||||||||| || | |  ||| || || ||||||||    
T  35063054 gaggatcaagaaagtggatgaggcaacacaatgcatgataagtttaatgatgatatcaggggaaaccaaaatcttgaacggtagacctgaggaaatccca 35063153  T
Q  214 attgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaaca 313  Q
     ||||| || ||||||||||||||||  |||||||| ||| |  |    || |||||| ||||||||||| ||||| | |||||  |||| |||||||||    
T  35063154 gttgacattatcaaaagctttctccagatcaagcttaaaaaccgcgagtcctttcttctttttagatcttctcatgcaatggataatttcttgcaaaaca 35063253  T
Q  314 attgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaata 373  Q
    || |  ||||| ||||| ||| ||||  ||| |||| ||||||| ||||| |||| ||||    
T  35063254 atggcattatctgaagttcccttacctggcaaaaaaatgctttggtagggtccaataata 35063313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 145; Significance: 9e-76; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 37 - 671
Target Start/End: Original strand, 23207884 - 23208522
Alignment:
Q  37 atgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagctggata 136  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||  |||| || |||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||  || |  ||||      
T  23207884 atgaagagataaggagagagtgggtcaccttgtctaagaccatgtgtgggcttgaaagggggcattttgttaccgttccataaaattgagaatgtggagg 23207983  T
Q  137 tggagac--aatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagcttt 234  Q
     || |||  |||||||||||||  | ||||| || || || ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||  |||| || || ||||||||    
T  23207984 aggtgacgcaatgcatgatgagtttgatggtaatatctggaaaaccaaaatcctggaggcaagaattaaggaaatcccatctgacattatcgaaagcttt 23208083  T
Q  235 ctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtaccc 334  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||  |  |||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  23208084 ctccaagtctagcttgaaagcaacataacctttcttcctctttgacttcctcataaagtgaataatttcctgcaaaacaattgagttgtcagaagttccc 23208183  T
Q  335 ctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgt 434  Q
    |||||  ||||||||||||||||  | || |||| || |||| | |||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  23208184 ctacctggcagaaaactgctttggcaagggccaataagattactgagaataggtctgagacgatgcacaagaactttagtgataatcttgtaggttatgt 23208283  T
Q  435 tggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaatga--ttgtttgagatgtccggctaaaaataacc 532  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||  | || |||||  |||||||||||||||   || |||| || ||||| | ||| |||||    
T  23208284 tgcagagactgatgggtctaaaatctttgtatgtggtgggggggtcgattttaggaatgagtgcaatgagggtgcttgaaatctccggatcaaagtaacc 23208383  T
Q  533 tgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagggct 632  Q
     || || |||||||  || |||||||| || || || || | ||| || || |||||||  |||||||| || ||||| ||||| || || |   |||||    
T  23208384 cgtgtgaaaggctgtttggaccatatggaagatgtcgtctccaactatatgccaatattgtttgaagaagatacaatggaagccgtccgggccaggggct 23208483  T
Q  633 ttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaacacttca 671  Q
    || || |||||||| || ||||||||| |||| ||||||    
T  23208484 ttgtatggtttcatggaattgagggcaacaaaaacttca 23208522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 381
Target Start/End: Original strand, 27781645 - 27781994
Alignment:
Q  34 aggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagctgg 133  Q
    ||||||||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||| |||| || ||||| || | |||||||||||| |||||||||| |||  || |  |||    
T  27781645 aggatgaagaggtaaggtgaaagagggtcaccttgtctgaggccatgagttggcttaaatggaggcattttgttcccgttccatagaatggagaaagtgg 27781744  T
Q  134 atatggagacaa--tgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagc 231  Q
    ||  || ||||   |||||||||||| | ||||| || || ||||||||||| ||||| ||| ||| ||| |  |||||||||||||| || ||||||||    
T  27781745 atgaggtgacacagtgcatgatgagctttatggtaatatctgggaaaccaaagtcatgaaggcaagcacttaagaaatcccaattgacattatcaaaagc 27781844  T
Q  232 tttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagta 331  Q
    |||||| | |||||| |||||||| ||| |||| |||||| | ||||||||   ||| ||||| |   |||| | ||||||||| ||||| ||||  ||     
T  27781845 tttctctaggtcaagtttgaaagctacacaacctttcttcttcttagatctccgcataaagtgtacaatttcctacaaaacaatagagttgtcagccgtg 27781944  T
Q  332 cccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaag 381  Q
    ||||||||  |||| || ||||||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  27781945 cccctacctggcaggaagctgctttgatagggacctataatattattaag 27781994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 161 - 419
Target Start/End: Original strand, 16770106 - 16770363
Alignment:
Q  161 atggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacat 260  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||  ||  |  ||||||||| || ||||| || ||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||    
T  16770106 atggtaatgtctgggaatccaaaatcatgcagacaattatgaagaaaatctcagttgacattatcaaaagctttttcaaggtcaagcttaaaagccacat 16770205  T
Q  261 aacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgata 360  Q
    |||| |||||  ||||  ||||| ||| ||| || |   |||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  16770206 aacc-ttcttttttttttatcttctcaagaaatgaaaaatttcctgcaaaacaattgagttgtcagtagtgcccctaccaggcagaaaactgctctgata 16770304  T
Q  361 gggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataa 419  Q
     ||||||| |||| || |||| |   |||||||||| |  ||||| ||||| |||||||    
T  16770305 aggaccaataataatattaaggagtggtctgagacggttaaccaagactttggtgataa 16770363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 307 - 429
Target Start/End: Original strand, 1579449 - 1579571
Alignment:
Q  307 caaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaa 406  Q
    ||||||||||||||| |||| ||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||| || ||||| || |      
T  1579449 caaaacaattgagttgtcagtagcgcccctactaggcagaaaactgctttgatagggaccaataatattgctaagaataggtctcagtcgatgaacaagg 1579548  T
Q  407 acttttgtgataattttgtagat 429  Q
    ||||| ||||| |||||||||||    
T  1579549 actttggtgatgattttgtagat 1579571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 748 - 854
Target Start/End: Original strand, 30909041 - 30909147
Alignment:
Q  748 aaattaatgataacagattcatttataaatcacaaatcaacacttctaagaacaaactccaactagtaatatagcatacgagttacgtcaacctaaattg 847  Q
    ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||  |||||||||| ||| | || |||||||||||||| ||||||    
T  30909041 aaattaatgttgacacattcatttataaatcacaaatcaacacttcaagaaaaaaaccacaactagtaagataacctaggagttacgtcaacccaaattg 30909140  T
Q  848 tcaaaat 854  Q
     ||||||    
T  30909141 ccaaaat 30909147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 530 - 659
Target Start/End: Original strand, 16770476 - 16770605
Alignment:
Q  530 acctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagg 629  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||  ||||||||||| | || |||||| || ||||  ||||| |||||||| || || ||||| || | | |     
T  16770476 acctgtttggaaagccgaatgcaccatattgaaaatatcatctccaataatgtgccagtattgtttgaaaaaaatgcattggaaaccatccggacctggt 16770575  T
Q  630 gctttctaaggtttcatagagttgagggca 659  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  16770576 gctttgtaaggtttcatagagttaagggca 16770605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 852 - 910
Target Start/End: Original strand, 30909188 - 30909246
Alignment:
Q  852 aatcacattaacatagtaatttgtctatgattgccaatgtttcgaatgctatggtaatg 910  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||| |||  |||||||    
T  30909188 aatcacattaacatagtaatttacctatgaatgtcaatgtttcgaacgctcaggtaatg 30909246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 142; Significance: 5e-74; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 31 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 7817273 - 7816844
Alignment:
Q  31 caaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagc 130  Q
    ||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||| | |||||| || |||||||||||| |||||     
T  7817273 caaagaatgaaaaggtaaggagataaagggtcaccctgtctgagaccatgagtaggcttgaaagaaggaagtttgttcccattccataaaatagagtagt 7817174  T
Q  131 tggat-atgg-agacaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaa 228  Q
    ||||  |||  | |||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  7817173 tggaggatgatacacaatgcatgatgagcttgattgtgatgtcagggaaaccaaaatcatggaggcacgaactaaggaaatcccaattgacgttgtcgaa 7817074  T
Q  229 agctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaa 328  Q
    |||||| |||| |||||| ||||| || ||| | ||||||||||||||||| |   ||||||| || |   |||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  7817073 agctttttccaggtcaagtttgaatgctacaaaccccttcttccttttagaccgcttcatgaaatgcaaaatttcctgcaaaacaatagagttatctgaa 7816974  T
Q  329 gtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtaga 428  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| || || |||| ||| |||||||||||| | || || || || |||||||| || ||||| ||||||||||    
T  7816973 gtacccctaccaggcagaaaactgctttggtaagggccaataatgttagtaagaataggccttagtcggtggaccaaaaccttagtgattattttgtaga 7816874  T
Q  429 ttatgttggagagactgatgggtctaaaat 458  Q
    | || ||| ||||| |||||||||| ||||    
T  7816873 taatattgcagagattgatgggtctgaaat 7816844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 99 - 655
Target Start/End: Original strand, 6641093 - 6641653
Alignment:
Q  99 cattttgtttccgttccataaaatatagtagctggatatggagaca--atgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaa 196  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||  ||| |  |||||||  || |||||| ||| | || ||||| || || |||||||| ||||||||  ||    
T  6641093 cattttgtttccgttccataagagagagtaagtggctgaggagacacaatacatgataagcttgattgtgatatccggaaaaccaaagtcatggagacaa 6641192  T
Q  197 gaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtgga 296  Q
    ||  | || || | |||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||| |||| || ||||    
T  6641193 gagttgaggaacttccaattaacattatcaaaagctttttccaggtcaagcttgaaagctacatagcccttttttcttttggatcttttcataaaatgga 6641292  T
Q  297 tgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacg 396  Q
       |||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| | | |||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||   | || || ||    
T  6641293 caatttcctgcaaaataattgagttatcataagtgcccctacgaggtagaaaactactttgataggggccaataatattattaagaaggggccttaggcg 6641392  T
Q  397 atgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagt 496  Q
    ||| || ||||| || | ||| |||||||| | ||| ||| | |||||||||||||| |||| ||| || ||| | |||  |||||||||  | || | |    
T  6641393 atgtactaaaaccttagcgatgattttgtaaactatattgcaaagactgatgggtctgaaatctttgtaagtgtttggagaatcaattttcgggatcaat 6641492  T
Q  497 gcaat--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattact 594  Q
    |||||  || |||||||||| ||||| | ||||| || |||| ||||||| ||  | || | ||| ||||| ||||||| |||| |||| || ||||       
T  6641493 gcaatgagagtgtttgagatctccggatcaaaatgacttgttaggaaggcggagcggactaaatggaaaatgtcatcaccaacattgtgccagtattgta 6641592  T
Q  595 tgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagggctttctaaggtttcatagagttgag 655  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||| || |   ||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  6641593 tgaagaaattgcagtgaaaaccatcagggccaggggctttgtaaagtttcatagagctgag 6641653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 173 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 23945012 - 23944735
Alignment:
Q  173 gggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttcc 272  Q
    |||||||||||||| || | | || || |||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| | ||||||||| || || ||| | |   | |||     
T  23945012 gggaaaccaaaatcctgcaagcaaaaattaagaaaatcccaattaacgttatcaaaggatttctcaaggtcaagcttaaacgccacaaatcttgttttct 23944913  T
Q  273 ttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaat 372  Q
    | ||||||||| ||||| | || ||  |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || || || | |||    
T  23944912 tcttagatcttctcatgtaatgaataatttcctgcaaaacaatggaattatcagaagttcccctaccaggcagaaagctgctttggtaagggcctataat 23944813  T
Q  373 attagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagagactgatggg 450  Q
    |||| |||||||| |||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||| || ||| | | |||||||||    
T  23944812 attattaagaataggtctgagacgctggaccaaaactttagtaatgattttgtagatgatattgcataaactgatggg 23944735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 144 - 373
Target Start/End: Original strand, 23620745 - 23620974
Alignment:
Q  144 aatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtc 243  Q
    |||||||||||||| | || |||  ||| ||||| ||||||||||||||  | || |||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| | |||    
T  23620745 aatgcatgatgagctttattgtggcgtctgggaagccaaaatcatggagacatgatctaagaaaattccaattgacattatcaaaagcattctcaaggtc 23620844  T
Q  244 aagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgc 343  Q
    ||| |||||||| ||||| || || ||||||||  | ||   |||||| ||||   |||| ||||||||||| ||||| ||| |||| || ||||| |||    
T  23620845 aagtttgaaagccacatatccttttttccttttgaacctccgcatgaaatggacaatttcctgcaaaacaatagagttgtcaaaagtgcctctaccttgc 23620944  T
Q  344 agaaaactgctttgatagggaccaacaata 373  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| ||||    
T  23620945 agaaaaccgctttggtagggaccaataata 23620974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 484 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 7813510 - 7813321
Alignment:
Q  484 tttttgaatgagtgcaatgattgt--ttgagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatg 581  Q
    |||| |||||||||||||||  ||  ||||||| | ||| | ||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||  | ||||||     
T  7813510 ttttggaatgagtgcaatgagagtgcttgagatcttcggatcaaaataaccagtttggaaggctgtttggaccatatgaaaaatatcattgccaacaata 7813411  T
Q  582 tgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagggctttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaacacttca 671  Q
    || || || |  |||||||| || ||||| || || || |||| | ||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||    
T  7813410 tgccagtactgtttgaagaagatacaatggaaaccgtcaggtcctggggctttgtaaggtttcatagacttgagggtagcaaaaacttca 7813321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 530 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 23944653 - 23944564
Alignment:
Q  530 acctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatc 619  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||| |||||    
T  23944653 acctgtatggaaggctgagtgaaccaaacggaaaatatcatctccaacaatgtgtcagtattgcttgaagaagatacattgaaaaccatc 23944564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 142 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 31814671 - 31814558
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||||||| | || |||||||  ||||| ||||| || |||||  || ||   || ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  31814671 acaatgcatgatgagcttgatagtgatgtatgggaagccaaagtcttggagacaaaaatggaggaaatcccaattaacattgtcgaaagctttctccaaa 31814572  T
Q  242 tcaagcttgaaagc 255  Q
    ||||  ||||||||    
T  31814571 tcaattttgaaagc 31814558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 126; Significance: 2e-64; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 142 - 667
Target Start/End: Original strand, 38647304 - 38647831
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||| |    
T  38647304 acaatgcatgatgagcttgatggtgatgtctggaaaaccaaaatcatgcaggcaagaattaaggaagtcccagttgacattatcaaaagctttttccagg 38647403  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccat 341  Q
    ||||| ||||| |  ||||||||||| ||  |||| ||| || ||||||| || |   |||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||||     
T  38647404 tcaagtttgaatgttacataaccctttttatttttggattttctcatgaaatgtacaatttcctgcaaaacaattgaattatcagatgttcctctaccag 38647503  T
Q  342 gcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagag 441  Q
    |||||||| ||||||||||| | |||| ||||||| | |||||| |||||||||| ||||| | |||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  38647504 gcagaaaaatgctttgatagaggccaataatattattgagaataggtctgagacggtgcacaagaactttagtaataatcttgtagattatgttgcagag 38647603  T
Q  442 actgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaag-atcaattttttgaatgagtgcaat--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttg 538  Q
    ||| |||||||| || | ||| || ||| | ||| | |||||||||  |||||||||||||  || ||||||| || ||||| | ||||| |||||| ||    
T  38647604 acttatgggtctgaagtctttgtaagtg-ttggatgaatcaattttcggaatgagtgcaataagagtgtttgaaatctccggatcaaaatgacctgtgtg 38647702  T
Q  539 gaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtcatagggctttctaa 638  Q
     || |||||||| ||||||||  |||| ||||| |  || ||||| |||||||  |||||||| || ||||| || ||||| || |   | ||||| |||    
T  38647703 aaaagctgaatggaccatatggtaaatgtcatctccgactatgtgccaatattgtttgaagaagatacaatggaaaccatctgggccgggtgctttgtaa 38647802  T
Q  639 ggtttcatagagttgagggcatcaaacac 667  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||||||    
T  38647803 ggtttcatggagttaagtgcagcaaacac 38647831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 142 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 23424526 - 23424107
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||||||| || |||||||| || || ||| ||||| |||| ||||||||  |||| || || || ||||||||||||    
T  23424526 acaatgtatgatgagcttgatggtgatgtctggaaaaccaaattcctgaaggcaagaattaaggaaatcccatctgacattatcgaatgctttctccaag 23424427  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccat 341  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| |  |||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |     
T  23424426 tctagcttgaaagcaacataacctttcttcctctttgatttcctcatgaagtgaataatttcctgcaaaacaattgagttatcagaagttcccctactag 23424327  T
Q  342 gcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagag 441  Q
    ||||||| ||||||||  | || |||| || |||| | || ||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||    
T  23424326 gcagaaatctgctttggcaagggccaataagattactgaggataggtctgagacgatgcacaagaactttagtgataatcttgtagattatgttgcatag 23424227  T
Q  442 actgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttgg 539  Q
    ||| ||||||||||||| ||| || ||| | ||    || |||||| |||||||||||||  || ||||||| || ||||| | ||| | ||||||||||    
T  23424226 acttatgggtctaaaatctttgtaagtggtgggggtttcgatttttggaatgagtgcaatgagagtgtttgaaatctccggatcaaagttacctgtttgg 23424127  T
Q  540 aaggctgaatgaaccatatg 559  Q
    ||||||  ||| ||||||||    
T  23424126 aaggctttatggaccatatg 23424107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 84 - 428
Target Start/End: Original strand, 17718420 - 17718766
Alignment:
Q  84 aggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagctggatatggagaca--atgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaacca 181  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || || |||||  ||| |||  ||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||    
T  17718420 aggcttgaagggaggcattttgtttccattccacaaaatagagaaggtggatgaggaaacacaatgcatgatgagcttgatggtgacgtccgggaaacca 17718519  T
Q  182 aaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatc 281  Q
    ||||| || ||  ||||  ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||    
T  17718520 aaatcctgcagacaagagttaagaaaatcccaattgacattatcaaaggctttctcaaggtctagcttgaaagccacataaccttttttcttcttagatc 17718619  T
Q  282 ttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaag 381  Q
    || ||||| | || ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || || |||| ||||||| ||||    
T  17718620 ttctcatgtaatgaatgatttcctgcaaaacaatggagttatcagaagttcccctaccaggcagaaagctgctttggtaagggccaataatattattaag 17718719  T
Q  382 aatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtaga 428  Q
     ||| ||||||| || || ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  17718720 gataggtctgagccgctgaaccaagactttagtaatgattttgtaga 17718766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 84 - 428
Target Start/End: Original strand, 19019649 - 19019995
Alignment:
Q  84 aggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagctggatatggagaca--atgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaacca 181  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || || |||||  ||| |||  ||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||    
T  19019649 aggcttgaagggaggcattttgtttccattccacaaaatagagaaggtggatgaggaaacacaatgcatgatgagcttgatggtgacgtccgggaaacca 19019748  T
Q  182 aaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatc 281  Q
    ||||| || ||  ||||  ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||    
T  19019749 aaatcctgcagacaagagttaagaaaatcccaattgacattatcaaaggctttctcaaggtctagcttgaaagccacataaccttttttcttcttagatc 19019848  T
Q  282 ttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaag 381  Q
    || ||||| | || ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || || |||| ||||||| ||||    
T  19019849 ttctcatgtaatgaatgatttcctgcaaaacaatggagttatcagaagttcccctaccaggcagaaagctgctttggtaagggccaataatattattaag 19019948  T
Q  382 aatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtaga 428  Q
     ||| ||||||| || || ||||| ||||| || || ||||||||||    
T  19019949 gataggtctgagccgctgaaccaagactttagtaatgattttgtaga 19019995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 11897289 - 11896933
Alignment:
Q  31 caaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagc 130  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||| | ||||||||| |  ||||  ||||| |||||||| |  ||| |||| |    
T  11897289 caaaggatgaaaagataaggggacaacggatcaccttgtcggaggccatgagaaggcttgaaaggcggcaacttgttcccgttccaaagtatagagtaac 11897190  T
Q  131 t-ggatatgg-agacaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaa 228  Q
    | ||| | |  |  ||||||||||||||| | ||||||||||  || || ||||||||||||||| |    || || |||||| | ||||||||||||||    
T  11897189 taggagaagctacgcaatgcatgatgagcttgatggtgatgttcggaaatccaaaatcatggaggcagttgcttaggaaatcctagttgacgttgtcaaa 11897090  T
Q  229 agctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaa 328  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||     ||||||| || ||  |||| ||||||||||| |||||||| | |    
T  11897089 agctttctccaagtcaagcttgtaagctacgtaacccttcttccttttagagtgcttcatgaaatgaataatttcctgcaaaacaatagagttatctgca 11896990  T
Q  329 gtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaata 385  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  11896989 gtgcccctaccaggcagaaagctgctttgatagggaccaataatgttagtaagaata 11896933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 142 - 428
Target Start/End: Original strand, 53608422 - 53608708
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| || ||| || || ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |      
T  53608422 acaatgcatgatgagcttgatggtgatgtctgggaaaccaaaatcctgtaggcaaaaattaagaaaatcccaattgacattatcaaaagctttctcaaga 53608521  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccat 341  Q
    || ||||||||||| ||||| || || ||| | || |||||| ||||  | || ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||     
T  53608522 tcgagcttgaaagccacatagccttttttcttctttgatcttttcatataatgaataatttcctgcaaaacaatggagttatcagaagttcccctaccag 53608621  T
Q  342 gcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtaga 428  Q
    ||||||| ||||||||  | || |||| ||||||| |||| ||| | || ||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  53608622 gcagaaagctgctttggcaagggccaataatattattaaggataggcctaagacgctgaaccaaaactttagtaataattttataga 53608708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Original strand, 26432704 - 26433060
Alignment:
Q  31 caaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagc 130  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||  |||| | ||| ||||| || ||||  ||||| || ||||| |  ||| |||||     
T  26432704 caaatgatgaagagataaggggacaatggatcaccttgtcggagaccatgagaaggtttgaaagacggcaacttgttcccattccaaagtatagagtagt 26432803  T
Q  131 tggatatggagaca--atgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaa 228  Q
    | |||   ||||||  ||||||||||||  | ||||||||||| || || ||||||||||||||| |    || ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  26432804 ttgatgaagagacacaatgcatgatgagtttgatggtgatgtctggaaacccaaaatcatggaggcagttgcttagaaattcccagttgacgttgtcaaa 26432903  T
Q  229 agctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaa 328  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || |||||  ||||||| || |   |||| ||||||||||| |||||||| |      
T  26432904 agctttctctagatcaagcttgaaagctacgaaaccctttttcctcttcgatctcttcatgaaatgaaaaatttcctgcaaaacaatagagttatctgcg 26433003  T
Q  329 gtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaata 385  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||    
T  26433004 gtacccctaccaggcaggaaactgctttgataggggccaataatgttagaaagaata 26433060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 57 - 602
Target Start/End: Original strand, 15473481 - 15474029
Alignment:
Q  57 tgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagctggatatggagaca--atgcatgatg 154  Q
    ||||||||||||||  ||| |||| || |||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | | ||||  ||| |  |||||||  |||||||||     
T  15473481 tgggtcaccttgtcggaggccatgagtgggcttgaaaggaggcattttgtttccattccataagagagagtaattggctgcggagacacaatgcatgata 15473580  T
Q  155 agcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaag 254  Q
    ||  |||  || || || || ||||| || ||||||||  ||||  | |  || |||||||| || || ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||    
T  15473581 agtttaactgtaatatccggaaaaccgaagtcatggagacaagatttgatgaattcccaattaacattatcaaacgctttttccaggtcaagcctgaaag 15473680  T
Q  255 cgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgct 354  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||| |||| || || |   |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  15473681 ccacataaccctttttccttttggatcttttcataaaatgtacaatttcctgcaaaacaattgagttatcagaagta-ccctaccaggcagaaaactact 15473779  T
Q  355 ttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtcta 454  Q
    ||||||||| |||| ||||||| |||||| | | || || | |||||| ||||| || ||||| |||||||| | ||| ||| | ||  | ||||||||     
T  15473780 ttgataggggccaataatattattaagaaaaggcctaaggctatgcactaaaaccttagtgatgattttgtaaactatattgcaaaggataatgggtctg 15473879  T
Q  455 aaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaa 552  Q
    |||| ||| || ||| | |||   ||||||||| | || ||||||||  || |||| ||||| ||||| | ||||| ||||||| ||||||| || || |    
T  15473880 aaatctttgtaagtgtttggagagtcaatttttgggattagtgcaatgagagtgttcgagatctccggatcaaaatgacctgttaggaaggcggattgga 15473979  T
Q  553 ccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaa 602  Q
    | |  || ||||| || |||| ||||||||| || ||||  |||||||||    
T  15473980 ctaagtggaaaatgtcgtcaccaacaatgtgccagtattgtttgaagaaa 15474029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 366
Target Start/End: Original strand, 11889865 - 11890085
Alignment:
Q  146 tgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaa 245  Q
    |||||||||||| | ||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||| ||| |  |||||||| ||||| || |||||||||||||| | |||||    
T  11889865 tgcatgatgagctttatggtaatatctgggaaaccaaagtcatggaggcaagcacttaagaaatcccagttgacattatcaaaagctttctctaggtcaa 11889964  T
Q  246 gcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcag 345  Q
    | |||||||| ||||| || |||||| | ||||||||   ||| ||||| |   |||| ||||||||||| | ||| ||||  || ||||||||  ||||    
T  11889965 gtttgaaagctacatagcctttcttcttcttagatctctacataaagtgtacaatttcctgcaaaacaatagtgttgtcagccgtgcccctacctggcag 11890064  T
Q  346 aaaactgctttgatagggacc 366  Q
     || |||||||| ||||||||    
T  11890065 gaagctgctttggtagggacc 11890085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 206 - 260
Target Start/End: Original strand, 14623256 - 14623310
Alignment:
Q  206 aaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacat 260  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||    
T  14623256 aaatcccaattgactttgtcaaaagctttctctaaatcaagtttgaaagcaacat 14623310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 300 - 366
Target Start/End: Original strand, 49150050 - 49150116
Alignment:
Q  300 tttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggacc 366  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  49150050 tttcctgcaaaacaattgagttgtcattagtgcccctaccaggcagaaaactgctctaatagggacc 49150116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 4e-53; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 31 - 667
Target Start/End: Original strand, 54477416 - 54478057
Alignment:
Q  31 caaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttccataaaatatagtagc 130  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||  |||| ||||||||||| || || |  |||||||| ||||| |  ||| ||||      
T  54477416 caaagaatgaagagataaggggacaaaggatcaccttggcgcagaccatgtgtaggcttgaaagatggaagcttgtttccattccaaaggataaagtatt 54477515  T
Q  131 tggat-atggag-acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaa 228  Q
    | ||| ||| |  |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  | |||||||| ||| |    ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  54477516 ttgatgatgaaacacaatgcatgatgagcttgatggtgatgtcagggaactcgaaatcatgaaggcagttgctaaggaattcccaattgacattgtcaaa 54477615  T
Q  229 agctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaa-caattgagttatcaga 327  Q
    |||||| | ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||  | ||||| || ||  |||| ||||||| |||| |||||||| ||    
T  54477616 agcttttttcaaatcaagcttaaaagctacataacccttcttacttttggatctccttatgaaatgaattatttcctgcaaaaacaatagagttatctga 54477715  T
Q  328 agtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtag 427  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |||| |||| ||| |||||||||||| | || || || || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  54477716 agtgccccttccaggcagaaaactgctttggcaggggccaataatgttagtaagaataggccttagtcggtgaaccaaaacctttgtgataattttgtag 54477815  T
Q  428 attatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgtttgagatgtccggctaaa 525  Q
    || || ||  | || ||||||||||| || | |||||| ||  | ||  | |||||| |  |||||||||||||  || |||||||||| || || | ||    
T  54477816 atgatattacaaaggctgatgggtctgaagtctttataagtagtgggtgggtcaattataggaatgagtgcaatgagagtgtttgagatctctggatcaa 54477915  T
Q  526 aataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaatgaaagccatcgggtca 625  Q
    | |||||  |||| || ||||  || ||||| ||| | |||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||| ||| | || |||||||| || |     
T  54477916 agtaaccgatttgaaaagctgtgtggaccatttgatagatatcatcaccaacaatgtgccaatattgtttgaagaagatgtagtggaagccatctgggcc 54478015  T
Q  626 tagggctttctaaggtttcatagagttgagggcatcaaacac 667  Q
    |  |||||| || || ||||||||||| |||| | |||||||    
T  54478016 tgaggctttatagggcttcatagagttaagggaagcaaacac 54478057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 142 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 33804003 - 33803716
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| || | | || || |||||||||||||||| || || ||||| |||||||| | |    
T  33804003 acaatgcatgatgagcttgatggtgatgtctgggaaaccaaaatcctgcaagcaaaaattaagaaaatcccaattaacattatcaaaggctttctcaagg 33803904  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccat 341  Q
    |||||||| || || ||| | || || ||| | ||||||||| ||||| | || ||  |||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||     
T  33803903 tcaagcttaaacgccacaaatccttttttcttcttagatcttctcatgtaatgaataatttcctgcaaaacaatggaattatcagaagttcccctaccag 33803804  T
Q  342 gcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagat 429  Q
    ||||||| |||||||| || || || | ||||||| |||||||| |||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||    
T  33803803 gcagaaagctgctttggtaagggcctataatattattaagaataggtctgagacgctggaccaaaactttagtaatgattttgtagat 33803716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 142 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 3881743 - 3881336
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||| ||  | ||||||||| | || ||| |||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||     
T  3881743 acaatgcatgataagtttgatggtgatggccggaaaatcaaactcatgaaggcaagaattaagaaaatcccatttgacattatcaaatgctttttccaaa 3881644  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacc---cttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctac 338  Q
    || ||||||||||| ||||||||   ||||||| | |||||  |  |||| || || ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  3881643 tcgagcttgaaagcaacataacctttcttcttcttcttagacttcttcataaaatgaataatttcctgcaaaacaatagagttatcagaagttcccctac 3881544  T
Q  339 catgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttgga 438  Q
    || |||||||||||||||| || || |||| ||  ||| | || ||| |||| ||||||||||| |  ||||| |||||||| || |||||||| ||| |    
T  3881543 caggcagaaaactgctttggtaagggccaataagcttattgagtataggtctcagacgatgcacaaggactttagtgataatcttatagattatattgca 3881444  T
Q  439 gagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaatgattg--tttgagatgtccggctaaaaataacctgtt 536  Q
     || ||||| || || || | |||| | ||  | ||||||||| ||||  |||||||||| |||| ||  || ||||| ||||| | ||||| ||||||     
T  3881443 aaggctgataggcctgaagtctttaaaagtagtgggaagatcagttttgggaatgagtgctatgagtgtattcgagatctccggatcaaaatgacctgtc 3881344  T
Q  537 tggaaggc 544  Q
    ||||||||    
T  3881343 tggaaggc 3881336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 173 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 48848168 - 48847913
Alignment:
Q  173 gggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttcc 272  Q
    ||||| |||||||| || ||  |||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |  ||||  |||||||| | |||||| |  |||     
T  48848168 gggaatccaaaatcttgaagacaagatctgagaaaatcccaattgacattatcaaaggctttctcaagatcaattttgaaagccatataaccatctttct 48848069  T
Q  273 ttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaat 372  Q
    | || |  ||   |||||||||  || |||| ||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  48848068 tctttgtcctgcgcatgaagtgagtgatttcctgcaaaacaattgtgttgtcagtagtgcccctaccagacagaaaactgctttgatagagaccaataat 48847969  T
Q  373 attagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtaga 428  Q
    |||  |||||||| || | || ||||| || |  ||||| ||||| ||||||||||    
T  48847968 attgctaagaataggtattaggcgatgaacaaggactttggtgatgattttgtaga 48847913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 426
Target Start/End: Original strand, 7587875 - 7588035
Alignment:
Q  266 ttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggac 365  Q
    |||||| |||| |||||| |||||||||| |   |||| |||||||||||||| || ||||  || ||||||| | | |||||||| ||||| ||||| |    
T  7587875 ttcttctttttggatcttctcatgaagtgaacaatttcctgcaaaacaattgaattgtcagttgttcccctacgaggtagaaaactactttggtaggggc 7587974  T
Q  366 caacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgta 426  Q
    ||| ||||  | |||||||  |||||||||| || ||||| ||||| ||||| | ||||||    
T  7587975 caataataacattaagaatcggtctgagacggtgaaccaagactttggtgatgagtttgta 7588035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 142 - 339
Target Start/End: Original strand, 24133365 - 24133562
Alignment:
Q  142 acaatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaag 241  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||| || || ||| ||||  |||| ||| |||| || || || ||||| ||||| || |      
T  24133365 acaatgcatgataagcttaatggtgatgtctgggaagccaaagtcgtgaaggcaagatttaaggaaagcccagttaacattatcaaacgctttttcaaga 24133464  T
Q  242 tcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctacc 339  Q
    ||||| |||||||   || || |||| ||| |||| |||||| ||||||| || ||  |||| ||||||||||     |||||||||||||| |||||    
T  24133465 tcaagtttgaaagtagcaaaatcctttttcttttttgatcttctcatgaaatgaattatttcctgcaaaacaacaacattatcagaagtacctctacc 24133562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 4e-47; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 14760079 - 14759708
Alignment:
Q  16 agagagcttttc-atacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttc 114  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| || || ||||| | |||| || | || || |||||| |||| | ||||||||| |||    
T  14760079 agagagcttttccatacaaagaatgaagaggtatggggacaacggatctccttggcgaaggccacgtgtgggtttgaagtaagggagtttgtttccattc 14759980  T
Q  115 cataaaatatagtagctggatatggagacaa--tgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatccc 212  Q
    ||||| ||  ||||| |||||   || |||   |||||||||||| | || || ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||  || || ||||    
T  14759979 cataagatggagtagttggatgaagaaacacagtgcatgatgagccttattgttatgtcggggaacccaaaatcatgaagacaagaacgcaggaattccc 14759880  T
Q  213 aattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaac 312  Q
    | || || |||||||||||||| |||| |||||  |||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||  ||||||| || ||  |||| ||||||||    
T  14759879 agtttactttgtcaaaagctttttccaggtcaattttgaaagctacaaaccccttcttctttttggatctcctcatgaaatgaattatttcctgcaaaac 14759780  T
Q  313 aattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaat 384  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  14759779 aatggagttatcagaagtgcccctcccaggcagaaaactgctttggtaggggccaataatattagtaagaat 14759708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 143 - 385
Target Start/End: Original strand, 23132705 - 23132947
Alignment:
Q  143 caatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagt 242  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||||  || || ||||||||||||||| |    || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23132705 caatgcatgatgaacttgatggtgatgttcggaaatccaaaatcatggaggcagttgcttaggaaatcccagttgacgttgtcgaaagctttctccaagt 23132804  T
Q  243 caagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatg 342  Q
    |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||     ||||||| || ||  |||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||| |    
T  23132805 caagcttgtaagctacgtaacccttcttccttttagagtgcttcatgaaatgaataatttcctgcaaaacaatagagttatctgcagtgcccctaccaag 23132904  T
Q  343 cagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaata 385  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  23132905 cagaaagctgctttgatagggaccaataatgttagtaagaata 23132947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 26973610 - 26973239
Alignment:
Q  16 agagagcttttc-atacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgttc 114  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||| || || ||||| | |||| || | || || |||||| |||| | ||||||||| |||    
T  26973610 agagagcttttccatacaaagaatgaagaggtatggtgacaacggatctccttggcgaaggccacgtgtgggtttgaagtaaggaagtttgtttccattc 26973511  T
Q  115 cataaaatatagtagctggatatggagacaa--tgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatccc 212  Q
    ||||| ||  ||||| |||||   || |||   |||||||||||| | || || ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||  || || ||||    
T  26973510 cataagatggagtagttggatgaagaaacacagtgcatgatgagccttattgttatgtcggggaacccaaaatcatgaagacaagaacgcaggaattccc 26973411  T
Q  213 aattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaac 312  Q
    | || || |||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||  ||||||| || ||  |||| ||||||||    
T  26973410 agtttactttgtcaaaagctttttccaggtcaagtttgaaagctacaaaccccttcttctttttggatctcctcatgaaatgaattatttcctgcaaaac 26973311  T
Q  313 aattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaat 384  Q
    ||| ||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  26973310 aatggagttatcagaggtgcccctcccaggcagaaaactgctttggtaggggccaataatattagtaagaat 26973239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 201 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 26587193 - 26586948
Alignment:
Q  201 taagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgtt 300  Q
    ||||||| ||||| || || |||||||| |||||||| |  |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |  |||| |||||     |    
T  26587193 taagaaactcccagttaacattgtcaaatgctttctcaagatcaagcttgaaagcaacatagcctttcttcctcttagatttcctcataaagtgagcaat 26587094  T
Q  301 ttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgc 400  Q
    ||| ||||||||||  ||||| ||| |||| ||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||  |||| ||  ||||||| |||||     
T  26587093 ttcctgcaaaacaaaagagttgtcataagtgcccctacctggcagaaaactgatttggtagggaccaataatattgttaaggatcggtctgaggcgatgg 26586994  T
Q  401 accaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagagactga 446  Q
    || |  ||||| ||||| ||||| ||| |||||||| |||| ||||    
T  26586993 acaaggactttggtgatgattttataggttatgttgcagaggctga 26586948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 300 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 38348337 - 38348080
Alignment:
Q  300 tttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatg 399  Q
    |||| ||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||  |||| |  |  ||    
T  38348337 tttcctgcaaaataatagaattatcagaagttcccctaccaggcaggaagctgctttgataggggccaataatattattaagaatcggtctcaatctgtg 38348238  T
Q  400 caccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgca 499  Q
     ||||||||||  |||||||||||||| |  |||||| | ||||| || ||||| |||| ||| |||  | |||||   ||||| ||| |||||||||||    
T  38348237 aaccaaaacttaggtgataattttgtaaacaatgttgcacagacttataggtctgaaatctttgtatcggttaggagtgtcaatctttggaatgagtgca 38348138  T
Q  500 at--gattgtttgagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaacca 555  Q
    ||  || | ||||| || || || | ||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  38348137 atgagagtatttgaaatctctggatcaaaatgaccattttggaaggctgaatgaacca 38348080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 26587369 - 26587289
Alignment:
Q  27 catacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtt 107  Q
    ||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||  |||| ||||||    
T  26587369 catacaaagaatgaagaggtagggagacaatgggtcaccttgtcggaggccatgagtaggcttgaaggggggcaatttgtt 26587289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 88; Significance: 9e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 76062 - 75467
Alignment:
Q  15 cagagagcttttc-atacaaaggatgaagagataaggggacaatgggtcaccttgtctaaggtcatgggtaggcttgaaggaaggcattttgtttccgtt 113  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||  ||||| || ||    
T  76062 cagagagcttttccatgcaaaggatgaaaagataaggggacaactggtcaccttgtctgagaccatgagtaggcttgaaggaaggcagcttgtt-ccatt 75964  T
Q  114 ccataaaatatagtagctggatatggaga--caatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcc 211  Q
    |||||||||  ||||||| |||   || |  |||||||  |||||| | || ||||||||  |||| || |||||||||||| |    ||||||||||||    
T  75963 ccataaaattgagtagctagatgaagaaatacaatgcaaaatgagcttgatagtgatgtctaggaagccgaaatcatggaggcagatgctaagaaaatcc 75864  T
Q  212 caattgacgttgtcaaaagctttctccaagtcaagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaa 311  Q
     | |||||||||||||||| ||||  ||  ||||| |||||||| ||| |  ||||||||||||| || |   |||||||||| ||  |||| |||||||    
T  75863 aagttgacgttgtcaaaagatttc--catatcaagtttgaaagctacaaagtccttcttccttttggaacgcttcatgaagtgaattatttcctgcaaaa 75766  T
Q  312 caattgagttatcagaagtacccctaccatgcagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttt 411  Q
    ||||  ||||||| ||||| ||||||||| ||| | |||| ||||||||||| |||| ||| ||||| |||||| | || |  || || |||||||  ||    
T  75765 caataaagttatctgaagtgcccctaccaggcaaacaactactttgataggggccaataatgttagtgagaataggccttaaccggtgaaccaaaa-att 75667  T
Q  412 tgtgataattttgtagattatgttggagagactgatgggtctaaaatatttatatgtgctaggaagatcaattttttgaatgagtgcaat--gattgttt 509  Q
    ||||||||||||||| || ||| || | ||  |||||||||| |||| ||| || ||  ||||  | ||||||||   || ||| |||||  || |||||    
T  75666 tgtgataattttgtaaataatgatgcaaaggttgatgggtctgaaatctttgtaagtagtagg-ggttcaattttcgaaaagagcgcaatgagagtgttt 75568  T
Q  510 gagatgtccggctaaaaataacctgtttggaaggctgaatgaaccatatgaaaaatatcatcactaacaatgtgtcaatattacttgaagaaaatgcaat 609  Q
    ||||| ||| | | ||| |||||  | ||| | ||||  || ||||| || ||||||||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||||||    
T  75567 gagatctccagatcaaagtaaccattatgggaagctgcttggaccatttggaaaatatcatcaccaacaatgtgccagtattgtttgaagaaaatgcaat 75468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0214
Description:

Target: scaffold0214; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 143 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 8991 - 8678
Alignment:
Q  143 caatgcatgatgagcataatggtgatgtcggggaaaccaaaatcatggaggaaagaactaagaaaatcccaattgacgttgtcaaaagctttctccaagt 242  Q
    ||||||||||||||| | |||||| | || ||||| |||||||||   ||| |||| |  ||||||||||| || || || |||||||||||||| || |    
T  8991 caatgcatgatgagcttgatggtggtatccgggaagccaaaatcacaaaggcaagatcggagaaaatcccagttaacattatcaaaagctttctctaaat 8892  T
Q  243 caagcttgaaagcgacataacccttcttccttttagatcttatcatgaagtggatgttttcgtgcaaaacaattgagttatcagaagtacccctaccatg 342  Q
    | | ||| ||||| || || || |||||| | || ||||||  |||| |||| ||  |||| ||||||||||| |  || ||||  || ||||||||| |    
T  8891 cgatcttaaaagccacgtatcctttcttcttcttggatcttcgcatgtagtgaataatttcctgcaaaacaatggcattgtcagtggtgcccctaccagg 8792  T
Q  343 cagaaaactgctttgatagggaccaacaatattagtaagaatatgtctgagacgatgcaccaaaacttttgtgataattttgtagattatgttggagaga 442  Q
    ||| ||||||||||| || ||||||| ||||| | |||| ||| ||||||| || || || | ||| || ||||||||||||||||| |||||  | ||     
T  8791 caggaaactgctttggtaaggaccaataatatcattaaggataggtctgaggcggtggacaagaaccttagtgataattttgtagatgatgttacaaagg 8692  T
Q  443 ctgatgggtctaaa 456  Q
    || |||||||||||    
T  8691 ctaatgggtctaaa 8678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University