View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10953_low_7 (Length: 389)

Name: NF10953_low_7
Description: NF10953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10953_low_7
NF10953_low_7
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (2-374)||(7519714-7520086)
chr4 (2-374)||(7481645-7482017)
chr4 (2-374)||(7494047-7494419)
chr4 (5-374)||(7129121-7129490)
chr4 (42-374)||(7506351-7506683)
chr4 (2-374)||(7722395-7722767)
chr4 (4-374)||(7527766-7528136)
chr4 (5-374)||(7714108-7714477)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (23-376)||(16750416-16750769)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Original strand, 7519714 - 7520086
Alignment:
Q  2 gaaccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgag 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7519714 gaaccaacaaccatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgag 7519813  T
Q  102 gcgacaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7519814 gcgacaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagataatt 7519913  T
Q  202 aaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7519914 aaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaactttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaa 7520013  T
Q  302 ctcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520014 ctcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 7520086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Original strand, 7481645 - 7482017
Alignment:
Q  2 gaaccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgag 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  7481645 gaaccaacaaccatcaagttcaactctggctggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaacactgaagacttgag 7481744  T
Q  102 gcgacaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaatt 201  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7481745 gcgacaagtcatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaatt 7481844  T
Q  202 aaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaa 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7481845 aaggaacttagtaagagaattgaggctcttaatgttggtcagagaatttttaattttacaaatcgtacacctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaa 7481944  T
Q  302 ctcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 374  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7481945 ctcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 7482017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Original strand, 7494047 - 7494419
Alignment:
Q  2 gaaccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgag 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  7494047 gaaccaacaaccatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaacacggaagacttgag 7494146  T
Q  102 gcgacaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaatt 201  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7494147 gcgacaggtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaatt 7494246  T
Q  202 aaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| | || ||||||    
T  7494247 aaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgctaagagagtctttaattttacaaatcgtgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaa 7494346  T
Q  302 ctcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 374  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7494347 ctcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtt 7494419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 5 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 7129490 - 7129121
Alignment:
Q  5 ccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7129490 ccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaagacttgaggcg 7129391  T
Q  105 acaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 204  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7129390 acaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 7129291  T
Q  205 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactc 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  7129290 gaacttagtaagagaattgaggcccttaattttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactc 7129191  T
Q  305 actcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 374  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7129190 actcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtt 7129121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 42 - 374
Target Start/End: Original strand, 7506351 - 7506683
Alignment:
Q  42 caaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagttt 141  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7506351 caaagatgctcttgatgatgctgatgacttgctcgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttt 7506450  T
Q  142 cacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggta 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506451 cacatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggta 7506550  T
Q  242 aaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagaga 341  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||||||||||||||    
T  7506551 agagaatttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaataagttattggaagaga 7506650  T
Q  342 ggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 374  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506651 tgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 7506683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 7722767 - 7722395
Alignment:
Q  2 gaaccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgag 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  7722767 gaaccaacaaccatcaagttcaactctggcttgaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacgtgcttgatgactttaacactgaagacttgag 7722668  T
Q  102 gcgacaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaatt 201  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7722667 gcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcatacaaaatggttcagaaaatt 7722568  T
Q  202 aaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  7722567 aaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatattgataagagaagttttaattttacaaatcgcacacctgagcaacgagttttgagacaaagagaaa 7722468  T
Q  302 ctcactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 374  Q
    |||| || |||||||| |  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7722467 ctcattcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagataaggagaagaaagagctgatagagttgttgtt 7722395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 4 - 374
Target Start/End: Original strand, 7527766 - 7528136
Alignment:
Q  4 accaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||| |||||||||| |||||  ||||||    
T  7527766 accaacaaccatcaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgcttttgatgatgccgatgactttctcgattacttcaacacggaagaactgaggc 7527865  T
Q  104 gacaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaa 203  Q
    ||||||||||||||  | ||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7527866 gacaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtccgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaa 7527965  T
Q  204 ggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaact 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  7527966 ggaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaact 7528065  T
Q  304 cactcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 374  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7528066 cactcctttattagtgcagaagatgttattggaagagatgaggaaaagaaagagttgatagagttgttgtt 7528136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 5 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 7714477 - 7714108
Alignment:
Q  5 ccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcg 104  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  || |||||||||| |||||| ||||| |    
T  7714477 ccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctctttatgatgccgatgactttctcaattacttcaacacggaagacctgaggtg 7714378  T
Q  105 acaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 204  Q
    |||||||||||||  | ||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7714377 acaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttctttcaaaatggttcagaaaattaag 7714278  T
Q  205 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactc 304  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7714277 gaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactc 7714178  T
Q  305 actcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 374  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714177 actcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 7714108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 16750769 - 16750416
Alignment:
Q  23 aactctggttggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgacctgtaa 122  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||  |    || |||||||||  ||| |||||  ||||     |    
T  16750769 aactatgggtggagaagctcaaagatactcttgatgatgctgatgacttgcttgatgatgtttttactgaagacttgtagcgtcaagtactgacaaaaga 16750670  T
Q  123 caagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaatt 222  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  16750669 caagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttatcctcttccaaccagcttctcttttcgtttaacatggctcagaaaattaagaaacttaggaagcgaatt 16750570  T
Q  223 gaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactcactcctttattcgtgcag 322  Q
    ||||  ||||| |||| ||  | || ||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||  ||  ||| |||||| ||||| |||||||  |    
T  16750569 gagggtcttaacgttgataggaaaattttcaattttactaatcacactcctgagaaacgagttatgaggcagagagtaactcattccttcattcgtgagg 16750470  T
Q  323 aagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgttga 376  Q
    || |||| || |||||||| || || ||||| || |||||| |||| |||||||    
T  16750469 aaaaagtcataggaagagacgacgaaaagaaggatttgataaagttattgttga 16750416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University