View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10954A_low_13 (Length: 472)

Name: NF10954A_low_13
Description: NF10954A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10954A_low_13
NF10954A_low_13
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (21-472)||(55292255-55292706)
chr3 (21-468)||(10554267-10554705)
chr3 (35-432)||(54973244-54973642)
chr3 (35-432)||(54975854-54976252)
chr3 (35-432)||(54978464-54978862)
chr3 (237-472)||(16799641-16799876)
chr3 (237-427)||(603698-603885)
chr3 (237-427)||(15010208-15010395)
chr3 (237-415)||(54046607-54046782)
chr3 (237-428)||(10989622-10989812)
chr3 (237-468)||(2035036-2035258)
chr3 (237-468)||(2038543-2038765)
chr3 (237-468)||(2042284-2042506)
chr3 (237-468)||(14038022-14038244)
chr3 (237-468)||(14041490-14041712)
chr3 (237-468)||(18958741-18958963)
chr3 (274-430)||(39230602-39230756)
chr3 (367-472)||(6805873-6805981)
chr3 (357-418)||(10834231-10834292)
chr3 (444-472)||(54973231-54973259)
chr3 (444-472)||(54975841-54975869)
chr3 (444-472)||(54978451-54978479)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (35-472)||(8522750-8523188)
chr6 (35-468)||(15685965-15686387)
chr6 (237-472)||(2287966-2288201)
chr6 (237-472)||(15539105-15539340)
chr6 (237-472)||(16829639-16829865)
chr6 (237-468)||(16812623-16812845)
chr6 (237-468)||(16102188-16102410)
chr6 (339-468)||(12595802-12595924)
chr6 (290-468)||(29492600-29492770)
chr6 (357-421)||(23838104-23838168)
chr6 (442-472)||(1590542-1590572)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (35-472)||(41791490-41791928)
chr4 (21-472)||(53387551-53387996)
chr4 (35-468)||(14698540-14698972)
chr4 (35-468)||(4170848-4171280)
chr4 (21-468)||(16277941-16278380)
chr4 (237-430)||(56115656-56115848)
chr4 (237-468)||(286935-287157)
chr4 (237-468)||(15280136-15280357)
chr4 (237-468)||(28382669-28382891)
chr4 (237-468)||(47126878-47127100)
chr4 (339-468)||(16359349-16359471)
chr4 (36-234)||(21189652-21189851)
chr4 (237-468)||(33848753-33848974)
chr4 (346-472)||(31117194-31117311)
chr4 (346-468)||(55502889-55503002)
chr4 (339-468)||(10313560-10313682)
chr4 (426-472)||(9388310-9388356)
chr4 (357-418)||(24047427-24047488)
chr4 (405-468)||(15242314-15242377)
chr4 (376-434)||(15448273-15448331)
chr4 (376-418)||(15990201-15990242)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (35-472)||(21241520-21241958)
chr2 (35-472)||(21238970-21239408)
chr2 (21-472)||(20590936-20591387)
chr2 (35-468)||(24504525-24504959)
chr2 (35-432)||(31506024-31506421)
chr2 (35-432)||(31503458-31503855)
chr2 (237-430)||(28348947-28349139)
chr2 (237-427)||(12627942-12628129)
chr2 (237-468)||(41684815-41685037)
chr2 (237-429)||(44620806-44620995)
chr2 (237-468)||(23339220-23339441)
chr2 (346-468)||(31755783-31755896)
chr2 (357-418)||(21073620-21073681)
chr2 (357-421)||(9241856-9241920)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (21-472)||(17505618-17506063)
chr7 (21-472)||(17547151-17547596)
chr7 (35-472)||(16006236-16006674)
chr7 (35-468)||(21743150-21743582)
chr7 (35-472)||(8776181-8776616)
chr7 (235-468)||(38828070-38828302)
chr7 (237-432)||(35366101-35366293)
chr7 (237-468)||(13395517-13395739)
chr7 (237-468)||(48785158-48785380)
chr7 (332-429)||(21065304-21065400)
chr7 (237-429)||(13733586-13733774)
chr7 (346-468)||(124333-124446)
chr7 (235-394)||(4993397-4993555)
chr7 (367-472)||(709467-709572)
chr7 (376-467)||(12755568-12755659)
chr7 (367-418)||(14421882-14421933)
chr7 (367-418)||(41055564-41055615)
chr7 (367-418)||(47975822-47975873)
chr7 (357-418)||(11661204-11661265)
chr7 (376-433)||(14416355-14416412)
chr7 (376-433)||(39431767-39431824)
chr7 (376-472)||(44190789-44190888)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (35-472)||(26495704-26496142)
chr5 (35-472)||(29325085-29325523)
chr5 (237-468)||(4397554-4397776)
chr5 (237-430)||(22758711-22758903)
chr5 (238-468)||(26361136-26361356)
chr5 (339-467)||(23693304-23693425)
chr5 (344-468)||(16256091-16256208)
chr5 (344-468)||(22589888-22590005)
chr5 (344-468)||(22593443-22593560)
chr5 (344-468)||(22596998-22597115)
chr5 (345-468)||(16259725-16259841)
chr5 (346-468)||(43121022-43121135)
chr5 (346-468)||(43124555-43124668)
chr5 (346-394)||(22880138-22880186)
chr5 (127-200)||(27869316-27869390)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (35-472)||(8989-9427)
scaffold0525 (237-468)||(10927-11149)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (35-472)||(45134770-45135208)
chr8 (35-468)||(6608119-6608551)
chr8 (35-432)||(7300927-7301322)
chr8 (31-238)||(21415087-21415294)
chr8 (237-430)||(363828-364020)
chr8 (237-468)||(24707859-24708082)
chr8 (237-430)||(44431901-44432093)
chr8 (237-429)||(22145439-22145628)
chr8 (237-430)||(22059443-22059633)
chr8 (346-472)||(17795239-17795356)
chr8 (346-468)||(17614764-17614879)
chr8 (237-394)||(28853862-28854018)
chr8 (237-353)||(10829505-10829619)
chr8 (376-433)||(18024576-18024633)
chr8 (444-472)||(7301307-7301335)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (35-432)||(20579321-20579721)
chr1 (235-468)||(2333021-2333253)
chr1 (237-430)||(294075-294267)
chr1 (237-468)||(20631161-20631383)
chr1 (237-468)||(37358317-37358538)
chr1 (237-468)||(36181420-36181642)
chr1 (237-415)||(24087311-24087485)
chr1 (339-429)||(14432506-14432595)
chr1 (344-468)||(22900409-22900526)
chr1 (237-468)||(45307136-45307357)
chr1 (267-394)||(296431-296558)
chr1 (357-418)||(28312446-28312507)
chr1 (367-418)||(20438131-20438182)
chr1 (376-430)||(16400803-16400857)
chr1 (444-472)||(20579308-20579336)
chr1 (444-472)||(20587001-20587029)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (31-234)||(1911-2114)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (237-430)||(8548-8740)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (238-430)||(2379-2570)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (237-430)||(137815-138007)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (238-398)||(162355-162515)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (243-429)||(134027-134209)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (339-468)||(1545-1667)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (346-468)||(33012-33125)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (346-468)||(81687-81800)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (376-430)||(8193-8247)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (357-403)||(132864-132910)
[»] scaffold0337 (1 HSPs)
scaffold0337 (357-418)||(9847-9908)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 472
Target Start/End: Original strand, 55292255 - 55292706
Alignment:
Q  21 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  55292255 tatttaacccatgttatgagtagacctttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggggattcagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcg 55292354  T
Q  121 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292355 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 55292454  T
Q  221 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgatt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  55292455 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggtt 55292554  T
Q  321 caggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcg 420  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292555 caggttgtaaggttgcaagttgtcgttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcg 55292654  T
Q  421 ttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    || ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292655 ttgtcgttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 55292706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 10554705 - 10554267
Alignment:
Q  21 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  10554705 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttataatgtttattgacgtcg 10554606  T
Q  121 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554605 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 10554506  T
Q  221 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgatt 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10554505 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatggataaatgcattcaattggattatacaagatgttggtt 10554406  T
Q  321 caggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcg 420  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||         
T  10554405 caggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac----- 10554314  T
Q  421 ttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
      |||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  10554313 -gatcgttgtcgttgcctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatg 10554267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 54973642 - 54973244
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973642 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 54973543  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54973542 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 54973443  T
Q  235 tatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54973442 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 54973343  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 432  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54973342 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54973244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 54976252 - 54975854
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54976252 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 54976153  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54976152 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 54976053  T
Q  235 tatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54976052 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 54975953  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 432  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54975952 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54975854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 54978862 - 54978464
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978862 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 54978763  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54978762 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 54978663  T
Q  235 tatgttgctgttg-attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54978662 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 54978563  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 432  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54978562 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54978464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 237 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 16799876 - 16799641
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799876 tgttgttgttgattgaatatgatttgatgttgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 16799777  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799776 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttaaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 16799677  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799676 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16799641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 427
Target Start/End: Original strand, 603698 - 603885
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  603698 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgcaggtttatgcttaactgcattcaattagaatatataaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 603795  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 427  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  603796 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 603885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 427
Target Start/End: Original strand, 15010208 - 15010395
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| |||     
T  15010208 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgatggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttga 15010305  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 427  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  15010306 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 15010395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 54046782 - 54046607
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  54046782 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgttggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 54046685  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 415  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  54046684 gagttgtcgttctaagtaacggagtcatagtttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 54046607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 237 - 428
Target Start/End: Original strand, 10989622 - 10989812
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 335  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  10989622 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgttgatttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 10989720  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 428  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  10989721 caagttgtcgttctaagtaaaggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgtt 10989812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 2035036 - 2035258
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2035036 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2035133  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2035134 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2035226  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2035227 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2035258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 2038543 - 2038765
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2038543 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2038640  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2038641 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2038733  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2038734 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2038765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 2042284 - 2042506
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2042284 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2042381  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2042382 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2042474  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2042475 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2042506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 14038244 - 14038022
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  14038244 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14038147  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14038146 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14038054  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14038053 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14038022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 14041712 - 14041490
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  14041712 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14041615  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14041614 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14041522  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14041521 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14041490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 18958963 - 18958741
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||| | ||| |||| | ||| ||||||||||| || | ||||| |||||| |||  |||||||| | ||    
T  18958963 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgatcgctggattatacttaattgcattcaattagaatgtacaatatgttggttcgagttgtaag-tggc 18958866  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  18958865 gagttgtcgttctaagtaacgtagttataggttgttgatgttgatctagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 18958773  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18958772 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 18958741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 274 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 39230756 - 39230602
Alignment:
Q  274 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttg 373  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39230756 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 39230658  T
Q  374 gtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
     |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  39230657 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 39230602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 367 - 472
Target Start/End: Original strand, 6805873 - 6805981
Alignment:
Q  367 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt---tacctatattgtcgttgtcgtagttgagtt 463  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| |||| |||||   |  ||| ||||||||||  || | ||||||    
T  6805873 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcatagttgttgtcgtcgttgtcgttgtctacattgtcgttgatgttgctgagtt 6805972  T
Q  464 gtatgttga 472  Q
    |||||||||    
T  6805973 gtatgttga 6805981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 418
Target Start/End: Original strand, 10834231 - 10834292
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    |||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  10834231 ggagtcttaagttgttgatgtcgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 10834292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 444 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 54973259 - 54973231
Alignment:
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973259 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54973231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 444 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 54975869 - 54975841
Alignment:
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975869 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54975841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 444 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 54978479 - 54978451
Alignment:
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978479 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54978451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 8523188 - 8522750
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523188 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 8523089  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8523088 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 8522989  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8522988 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 8522889  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8522888 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 8522789  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522788 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8522750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 35 - 468
Target Start/End: Original strand, 15685965 - 15686387
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| | |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15685965 tatgagtagacccttgaggtgggatagaagttattcttgattatacggaggtgcaaagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 15686064  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  15686065 acaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttattatta 15686164  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||    
T  15686165 tatgttgctgttgattga-----atttgctgctgattgttggtttatgcataaacgcattcaattggattatacaagatgttggtgccggttgtaaggtt 15686259  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | ||||| |||    
T  15686260 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcctaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacag------ttgttgtagtt 15686353  T
Q  435 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15686354 gcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 15686387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 237 - 472
Target Start/End: Original strand, 2287966 - 2288201
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2287966 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 2288065  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288066 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 2288165  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288166 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 2288201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 237 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 15539340 - 15539105
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15539340 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttagtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 15539241  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
    | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15539240 aagttgtcgttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgacgaagttggggagtaagtgataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttac 15539141  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15539140 ctatgttgtcgttgtcgtagttgtgttgtatgttga 15539105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 237 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 16829865 - 16829639
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  16829865 tgttgatgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16829768  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||      ||||||||||| |    
T  16829767 tagttgtcgttataagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtgat-agttattgtgcacag------tcgttgttgttgc 16829675  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16829674 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16829639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 16812845 - 16812623
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  16812845 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgaatgttggtttatacttaactgtattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16812748  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||      |||||||| ||| |    
T  16812747 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcaca------atcgttgtcgttgc 16812655  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  16812654 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttttatg 16812623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 16102410 - 16102188
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  16102410 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 16102313  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  16102312 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 16102220  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16102219 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16102188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 339 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 12595924 - 12595802
Alignment:
Q  339 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 438  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  12595924 gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 12595832  T
Q  439 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  12595831 atgttgtcgttgtcgtagttgaggtgtatg 12595802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 290 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 29492770 - 29492600
Alignment:
Q  290 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 389  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| | ||| ||||||||| |||   | || |||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  29492770 gcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgggttgtaag-ttgtgagatgtcgttataagtaacggagtcataagttgttgacgttgaccaagttgg 29492672  T
Q  390 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    ||||| |||| | ||| ||| ||||| |||||| ||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29492671 ggagtgagtcgt-agtcattgtgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 29492600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 357 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 23838168 - 23838104
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 421  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  23838168 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 23838104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 442 - 472
Target Start/End: Original strand, 1590542 - 1590572
Alignment:
Q  442 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1590542 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 1590572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 41791928 - 41791490
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791928 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 41791829  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41791828 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 41791729  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41791728 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 41791629  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41791628 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaggttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 41791529  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791528 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 41791490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 472
Target Start/End: Original strand, 53387551 - 53387996
Alignment:
Q  21 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387551 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 53387650  T
Q  121 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  53387651 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctc 53387750  T
Q  221 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgatt 320  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53387751 gctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatgcatgcattcaattggattatacaagatgttggtt 53387850  T
Q  321 caggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcg 420  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  53387851 caggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagaggatgttgatgttggccaagttggggagtgagtcataagttattatgcacagtcg 53387950  T
Q  421 ttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
     | ||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387951 atgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 53387996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 14698972 - 14698540
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698972 tatgagtagacccatgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 14698873  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  14698872 acaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttatta 14698774  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14698773 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 14698674  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14698673 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgtt 14698574  T
Q  435 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14698573 gcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14698540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4171280 - 4170848
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4171280 tatgagtagacccatgaggtaggggagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 4171181  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  4171180 acaa-tgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttatta 4171082  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4171081 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 4170982  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4170981 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgtt 4170882  T
Q  435 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4170881 gcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 4170848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 21 - 468
Target Start/End: Original strand, 16277941 - 16278380
Alignment:
Q  21 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16277941 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggacagaagttattcttgattgtacggagattcagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcg 16278040  T
Q  121 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  16278041 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctc 16278140  T
Q  221 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgatt 320  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16278141 gctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggtt 16278240  T
Q  321 caggttgtaaggttgcacgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtc 419  Q
    ||||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||| ||      
T  16278241 caggttgtaaggttgcaagttgtcgtttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgca-ag-- 16278334  T
Q  420 gttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
       |||||||| ||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  16278335 ---atcgttgtcgttgcctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 16278380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Original strand, 56115656 - 56115848
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 335  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  56115656 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 56115754  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  56115755 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 56115848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 287157 - 286935
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  287157 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 287060  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  287059 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 286967  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  286966 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 286935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 15280136 - 15280357
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  15280136 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 15280232  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  15280233 gagttgtcgttataagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 15280325  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15280326 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 15280357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 28382891 - 28382669
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  28382891 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 28382794  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  28382793 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 28382701  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28382700 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 28382669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 47126878 - 47127100
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  47126878 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 47126975  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  47126976 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggagagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 47127068  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  47127069 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 47127100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 339 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 16359471 - 16359349
Alignment:
Q  339 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 438  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |||    
T  16359471 gttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cct 16359379  T
Q  439 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  16359378 atgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16359349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 36 - 234
Target Start/End: Original strand, 21189652 - 21189851
Alignment:
Q  36 atgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaa 135  Q
    |||||| ||||||||||||||| |  ||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||  ||| |||  |||||| || || ||| ||||| |||    
T  21189652 atgagttgacccttgaggtaggggtaaagttattaatgattatacagaggttcagagagaatgaatatgatgactaatgatgttgatttaagttgacgaa 21189751  T
Q  136 c-aaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
      ||| | ||| ||| ||||||  |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||||||||||||    
T  21189752 ttaaaagtggaaatatttatatgttatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta 21189851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 33848974 - 33848753
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||    
T  33848974 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggc 33848877  T
Q  337 acgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 435  Q
      |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  33848876 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 33848786  T
Q  436 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  33848785 cctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatg 33848753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 346 - 472
Target Start/End: Original strand, 31117194 - 31117311
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  31117194 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 31117284  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  31117285 tgttgtcgtagttgagttgtatgttga 31117311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 346 - 468
Target Start/End: Original strand, 55502889 - 55503002
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  55502889 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 55502979  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  55502980 tgttgtcgtagttgagttgtatg 55503002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 339 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 10313682 - 10313560
Alignment:
Q  339 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 438  Q
    |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||| |      ||||||||||| |||    
T  10313682 gttgtcgttctaagcaacgaagtcataggttgttgatgttgaccaagttgaggagtgagtcat-agttattatacacgg------tcgttgttgttgcct 10313590  T
Q  439 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    || |||||| |||||||||||| |||||||    
T  10313589 atgttgtcgctgtcgtagttgaattgtatg 10313560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 426 - 472
Target Start/End: Original strand, 9388310 - 9388356
Alignment:
Q  426 gttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9388310 gttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 9388356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 357 - 418
Target Start/End: Original strand, 24047427 - 24047488
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  24047427 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 24047488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 405 - 468
Target Start/End: Original strand, 15242314 - 15242377
Alignment:
Q  405 ttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  15242314 ttatgatgcaaagttgttgtcgttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttatatg 15242377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 376 - 434
Target Start/End: Original strand, 15448273 - 15448331
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | |||||||||    
T  15448273 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgttgtt 15448331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 376 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 15990242 - 15990201
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15990242 gttgaccaagttgtggagtaagtcataa-ttattatgcacagt 15990201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Original strand, 21241520 - 21241958
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241520 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 21241619  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21241620 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 21241719  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21241720 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 21241819  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21241820 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 21241919  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241920 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 21241958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Original strand, 21238970 - 21239408
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21238970 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcaaagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 21239069  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21239070 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 21239169  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21239170 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 21239269  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21239270 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 21239369  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239370 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 21239408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 472
Target Start/End: Original strand, 20590936 - 20591387
Alignment:
Q  21 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20590936 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtagaagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 20591035  T
Q  121 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  20591036 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctc 20591135  T
Q  221 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgatt 320  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20591136 gctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggtt 20591235  T
Q  321 caggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcg 420  Q
     ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591236 taggttgtaaggctgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcg 20591335  T
Q  421 ttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    || ||||||    |    |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591336 ttgtcgttgaaaatgaaaaagttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20591387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 24504959 - 24504525
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24504959 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgatgtcgacttaggttgatga 24504860  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24504859 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 24504760  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24504759 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 24504660  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24504659 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 24504560  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24504559 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 24504525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 35 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 31506421 - 31506024
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31506421 tatgagtagacccatgaggtaggggagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 31506322  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  31506321 acaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttatta 31506222  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||||||    
T  31506221 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggtt 31506122  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 432  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  31506121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 31506024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 35 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 31503855 - 31503458
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31503855 tatgagtagacccatgaggtaggggagaagttattcttgattatacggagatttagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 31503756  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  31503755 acaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttatta 31503656  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||||||    
T  31503655 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggtt 31503556  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 432  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  31503555 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 31503458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 28349139 - 28348947
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta-aggttg 335  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||| | ||||    
T  28349139 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtagaagttg 28349041  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  28349040 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 28348947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 427
Target Start/End: Original strand, 12627942 - 12628129
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  12627942 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaactgcattcaattagaacatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 12628039  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 427  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  12628040 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 12628129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 41684815 - 41685037
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| | ||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  41684815 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactacattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 41684912  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  41684913 gagttgtcgttctaggtaacggagtcataggttgttgacgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 41685005  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41685006 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 41685037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 44620995 - 44620806
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  44620995 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 44620898  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 429  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  44620897 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 44620806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 23339220 - 23339441
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||    
T  23339220 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggc 23339317  T
Q  337 acgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 435  Q
      |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  23339318 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 23339408  T
Q  436 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  23339409 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 23339441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 346 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 31755896 - 31755783
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  31755896 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 31755806  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
      |||||||||||||||||||||    
T  31755805 tattgtcgtagttgagttgtatg 31755783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 357 - 418
Target Start/End: Original strand, 21073620 - 21073681
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  21073620 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 21073681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 357 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 9241920 - 9241856
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 421  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  9241920 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 9241856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 472
Target Start/End: Original strand, 17505618 - 17506063
Alignment:
Q  21 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505618 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 17505717  T
Q  121 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  17505718 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctc 17505817  T
Q  221 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgatt 320  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17505818 gctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggtt 17505917  T
Q  321 caggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcg 420  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  17505918 caggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcataagttattctgcacagtcg 17506017  T
Q  421 ttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    || ||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17506018 ttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 17506063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 17547596 - 17547151
Alignment:
Q  21 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547596 tatttaacccatgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcg 17547497  T
Q  121 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  17547496 acttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctc 17547397  T
Q  221 gctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgatt 320  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17547396 gctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggtt 17547297  T
Q  321 caggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcg 420  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  17547296 caggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcataagttattctgcacagtcg 17547197  T
Q  421 ttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    || ||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547196 ttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 17547151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 16006674 - 16006236
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006674 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 16006575  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  16006574 acaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttattatta 16006475  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16006474 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 16006375  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16006374 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataagttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 16006275  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006274 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16006236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 468
Target Start/End: Original strand, 21743150 - 21743582
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743150 tatgagtagacccatgaggtaggggagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 21743249  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  21743250 acaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttatta 21743348  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21743349 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 21743448  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21743449 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgtt 21743548  T
Q  435 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21743549 gcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 21743582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 8776616 - 8776181
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776616 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagctattcttgattatacggagattcagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 8776517  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8776516 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 8776417  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||    
T  8776416 tatgttgttga--attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggtt 8776319  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  8776318 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattattcacagtcgttgtcgttgttgtt 8776219  T
Q  435 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
     ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776218 gcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8776181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 235 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 38828302 - 38828070
Alignment:
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| | |||  ||||||| |||    
T  38828302 tatgttgctattgattgaatatgatttgttgctgactgctggtttgtgcatagctgcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgagttgtaaagtt 38828203  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||| |||    
T  38828202 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccatcgttgtggttgtcgtt 38828104  T
Q  435 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  38828103 gcccatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 38828070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 237 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 35366293 - 35366101
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| ||      
T  35366293 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaattgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaagttttg 35366195  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 432  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35366194 a-gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 35366101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 13395517 - 13395739
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  13395517 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 13395614  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  13395615 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 13395707  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13395708 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 13395739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 48785380 - 48785158
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  48785380 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 48785283  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  48785282 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 48785190  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48785189 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 48785158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 332 - 429
Target Start/End: Original strand, 21065304 - 21065400
Alignment:
Q  332 gttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 429  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21065304 gttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttg 21065400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 237 - 429
Target Start/End: Original strand, 13733586 - 13733774
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  13733586 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 13733682  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 429  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  13733683 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 13733774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 346 - 468
Target Start/End: Original strand, 124333 - 124446
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  124333 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 124423  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  124424 tgttgtcgtagttgagttgtatg 124446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 235 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 4993555 - 4993397
Alignment:
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| |     
T  4993555 tatgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgatggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tg 4993458  T
Q  335 gcacgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 394  Q
    ||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4993457 gcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 4993397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 367 - 472
Target Start/End: Original strand, 709467 - 709572
Alignment:
Q  367 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 466  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  709467 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgta 709566  T
Q  467 tgttga 472  Q
    ||||||    
T  709567 tgttga 709572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 376 - 467
Target Start/End: Original strand, 12755568 - 12755659
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 467  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| || |||| |||  |||  |||||||||  || ||||||||||||    
T  12755568 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcattgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgttgagttgtat 12755659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 14421933 - 14421882
Alignment:
Q  367 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  14421933 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 14421882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 41055615 - 41055564
Alignment:
Q  367 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  41055615 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 41055564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 418
Target Start/End: Original strand, 47975822 - 47975873
Alignment:
Q  367 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  47975822 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 47975873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 357 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 11661265 - 11661204
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttatt-atgcacagt 418  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  11661265 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcata-gttatttatgcacagt 11661204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 376 - 433
Target Start/End: Original strand, 14416355 - 14416412
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  14416355 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 14416412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 376 - 433
Target Start/End: Original strand, 39431767 - 39431824
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  39431767 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 39431824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 376 - 472
Target Start/End: Original strand, 44190789 - 44190888
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca---gtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  44190789 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtcgttgtcgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgtatgttga 44190888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 26496142 - 26495704
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26496142 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 26496043  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26496042 acaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 26495943  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26495942 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 26495843  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26495842 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 26495743  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495742 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 26495704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Original strand, 29325085 - 29325523
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325085 tatgggtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtctgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 29325184  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29325185 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 29325284  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29325285 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 29325384  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29325385 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 29325484  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325485 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 29325523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4397776 - 4397554
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  4397776 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattcgaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 4397679  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  4397678 gagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 4397586  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4397585 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 4397554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Original strand, 22758711 - 22758903
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 335  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  22758711 tgttgctattgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 22758809  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  22758810 caagttgtcgttctaagtaatggagtcaaaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 22758903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 238 - 468
Target Start/End: Original strand, 26361136 - 26361356
Alignment:
Q  238 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 337  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||      
T  26361136 gttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtg 26361232  T
Q  338 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 437  Q
     |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||| ||||||      ||    
T  26361233 agttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagttat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cc 26361325  T
Q  438 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  26361326 tatgttgtcgttgccgtagttgagttgtatg 26361356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 339 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 23693425 - 23693304
Alignment:
Q  339 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 438  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  23693425 gttgtcgttctaagtaacaaagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 23693333  T
Q  439 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 467  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23693332 atattgtcgctgtcgtagttgagttgtat 23693304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 344 - 468
Target Start/End: Original strand, 16256091 - 16256208
Alignment:
Q  344 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 443  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  16256091 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 16256183  T
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  16256184 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16256208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 344 - 468
Target Start/End: Original strand, 22589888 - 22590005
Alignment:
Q  344 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 443  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22589888 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22589980  T
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22589981 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22590005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 344 - 468
Target Start/End: Original strand, 22593443 - 22593560
Alignment:
Q  344 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 443  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22593443 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22593535  T
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22593536 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22593560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 344 - 468
Target Start/End: Original strand, 22596998 - 22597115
Alignment:
Q  344 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 443  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22596998 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22597090  T
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22597091 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22597115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 345 - 468
Target Start/End: Original strand, 16259725 - 16259841
Alignment:
Q  345 gttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattg 444  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| |||    
T  16259725 gttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttg 16259817  T
Q  445 tcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  16259818 tcgttgtcgtagttgagttgtatg 16259841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 346 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 43121135 - 43121022
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  43121135 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 43121045  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  43121044 tgttgtcgtagttgagttgtatg 43121022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 346 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 43124668 - 43124555
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  43124668 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 43124578  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  43124577 tgttgtcgtagttgagttgtatg 43124555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 346 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 22880186 - 22880138
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 394  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22880186 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 22880138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 200
Target Start/End: Original strand, 27869316 - 27869390
Alignment:
Q  127 gttgatgaa-caaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatg 200  Q
    ||||||||| |||| | ||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  27869316 gttgatgaatcaaaagtggaaataattatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 9427 - 8989
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9427 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgttggtaaggtttaatgacgtcgacttaggttgatga 9328  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  9327 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattgtta 9228  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9227 tatgttgttgttgaattgaatatgattcgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggt 9128  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9127 tgcaagttgtcgttctaagtaactgagtcataggttgttgatgttgaccatgttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 9028  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9027 tgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 10927 - 11149
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  10927 tgttactgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 11024  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |      |    
T  11025 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgtcg------c 11117  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11118 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 11149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 472
Target Start/End: Original strand, 45134770 - 45135208
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45134770 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagctattcttgattatacggagattcagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 45134869  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45134870 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattatta 45134969  T
Q  235 tatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggt 333  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||    
T  45134970 tatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggt 45135069  T
Q  334 tgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45135070 tgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgggaagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgt 45135169  T
Q  434 tacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45135170 tgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 45135208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 468
Target Start/End: Original strand, 6608119 - 6608551
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608119 tatgagtagacccatgaggtaggggagaagttattcttgattatacggagattcagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 6608218  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  6608219 acaac-gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttatta 6608317  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6608318 tatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 6608417  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6608418 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgtt 6608517  T
Q  435 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6608518 gcctatgttgtcgttgtcgtagttaagttgtatg 6608551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 35 - 432
Target Start/End: Original strand, 7300927 - 7301322
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7300927 tatgagtagacccttgaggtaggagagtagttattcttgattatacggagattcagagaggacgtttgtaatgtttaatgacatcgacttaggttgatga 7301026  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  7301027 acaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgttatta 7301126  T
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||| ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  7301127 tatgttgttg--aattgaatatgatttgctgttgattgttggtttatgcataaatgcattcaattagattatacaagatgttagttcaggttgtaaggtt 7301224  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 432  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7301225 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttggccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 7301322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 31 - 238
Target Start/End: Original strand, 21415087 - 21415294
Alignment:
Q  31 atgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttg 130  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  21415087 atgttatgagaggacccttgagttaggagataagttatttatgattatacagagattcagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagtta 21415186  T
Q  131 atgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttatt 230  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  21415187 ataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttatt 21415286  T
Q  231 attatatg 238  Q
    ||||||||    
T  21415287 attatatg 21415294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 364020 - 363828
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 335  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  364020 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 363922  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  363921 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 363828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Original strand, 24707859 - 24708082
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaat-atgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttg 335  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||    
T  24707859 tgttgctgttgattgaattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttcgggttgtaag-ttg 24707956  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 435  Q
       |||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |      |||||||||||     
T  24707957 tgagttgtcattataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacgg------tcgttgttgttg 24708049  T
Q  436 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24708050 cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 24708082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 44432093 - 44431901
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 335  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  44432093 tgttgttgttgattgagtatgatt-gttgctgattgatggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 44431995  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||    
T  44431994 caagttgtcgttctaaataacggagtcatatgttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacaattgttgtcgttgt 44431901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 429
Target Start/End: Original strand, 22145439 - 22145628
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  22145439 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 22145536  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 429  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  22145537 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 22145628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Original strand, 22059443 - 22059633
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||  ||||  |||  |||||||| | ||    
T  22059443 tgttgctgttgattgatcatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagattgtacaatgtgttagttcgagttgtaag-tggc 22059540  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  22059541 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 22059633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 346 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 17795356 - 17795239
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| ||||    
T  17795356 ttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgt 17795266  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  17795265 cgctgtcgtagttgagttgtatgttga 17795239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 346 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 17614879 - 17614764
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||||    
T  17614879 ttctaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgt 17614787  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  17614786 cgttgtcgtagtcgagttgtatg 17614764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 237 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 28854018 - 28853862
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| |||||||| || || | |||||  ||||| |||| |||||||| | ||    
T  28854018 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaattgcattcagttagaatgtacaatgtgttggttcaagttgtaag-tggc 28853921  T
Q  337 acgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 394  Q
      |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28853920 gggttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 28853862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 353
Target Start/End: Original strand, 10829505 - 10829619
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||||||| | ||  ||||| || |||||||| ||||| |||  ||||||| |||||    
T  10829505 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcataactacaaacaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgc 10829602  T
Q  337 acgttgacgttctaagt 353  Q
      |||| ||||||||||    
T  10829603 gagttgtcgttctaagt 10829619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 376 - 433
Target Start/End: Original strand, 18024576 - 18024633
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 433  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  18024576 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 18024633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 444 - 472
Target Start/End: Original strand, 7301307 - 7301335
Alignment:
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7301307 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 7301335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 35 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 20579721 - 20579321
Alignment:
Q  35 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatga 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20579721 tatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattaaacggagattcagagaggatgtttgtagtgtttaatgacgtcgacttaggtcgatga 20579622  T
Q  135 acaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  20579621 acaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgt-gtctcgctacttattatta 20579523  T
Q  235 t---atgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaa 330  Q
    |   |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20579522 ttatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcgggttgtaa 20579423  T
Q  331 ggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||    
T  20579422 ggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagccataggttgttgatgttggccaagttggggagtaagtcataagttactatgcacagtcgttgtcgtagt 20579323  T
Q  431 tg 432  Q
    ||    
T  20579322 tg 20579321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 235 - 468
Target Start/End: Original strand, 2333021 - 2333253
Alignment:
Q  235 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 334  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||   |||  ||||||| |||    
T  2333021 tatgttgctattgattgaatatgttttgttgctgactgctggtttgtgcataactgcattcaattagaatatacaaggtgtgagttcgagttgtaaagtt 2333120  T
Q  335 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 434  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  2333121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccgtcgttgtggttgtcgtt 2333219  T
Q  435 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     |  || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  2333220 gcacatgttgtcgttgtcgtagttaagttgtatg 2333253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 294267 - 294075
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta-aggttg 335  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| |||   |||  |||||| | ||||    
T  294267 tgttgctgttaattgaatatgatt-gttgctgattgctagtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaagttcgagttgtagaagttg 294169  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  294168 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 294075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 20631383 - 20631161
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  20631383 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 20631286  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  20631285 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 20631193  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20631192 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 20631161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 37358538 - 37358317
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  37358538 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcagttagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 37358442  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  37358441 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 37358349  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37358348 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 37358317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 36181642 - 36181420
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  36181642 tgttgttgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 36181545  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 436  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  36181544 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 36181452  T
Q  437 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36181451 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 36181420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 237 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 24087485 - 24087311
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||| | ||||||| | || |  ||| |||||||||| ||| | ||||||||| || |||||||| ||||| |  || ||||||| ||||    
T  24087485 tgttgctgttgattaattatgatt-gttgatttttgctggtttatgcttaactacattcaattagaatatacaaggtgttggtcgag-ttgtaag-ttgc 24087389  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 415  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  24087388 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 24087311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 339 - 429
Target Start/End: Original strand, 14432506 - 14432595
Alignment:
Q  339 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 429  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  14432506 gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 14432595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 344 - 468
Target Start/End: Original strand, 22900409 - 22900526
Alignment:
Q  344 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 443  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22900409 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22900501  T
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22900502 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22900526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 237 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 45307357 - 45307136
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 336  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  45307357 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 45307260  T
Q  337 acgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 435  Q
      |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  45307259 gagttgtcgtttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 45307169  T
Q  436 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  45307168 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 45307136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 267 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 296558 - 296431
Alignment:
Q  267 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacg-ttctaagtaacggagtcata 365  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  296558 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 296460  T
Q  366 ggttgttggtgttgaccaagttggggagt 394  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  296459 ggttgttgatgttgaccaagttggggagt 296431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 357 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 28312507 - 28312446
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  28312507 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 28312446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 418
Target Start/End: Original strand, 20438131 - 20438182
Alignment:
Q  367 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  20438131 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 20438182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 376 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 16400857 - 16400803
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  16400857 gttgaccaagttgtgaagtaagtcataattatttatgcacagtcgttgtcgttgt 16400803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 444 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 20579336 - 20579308
Alignment:
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579336 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20579308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 444 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 20587029 - 20587001
Alignment:
Q  444 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20587029 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20587001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 31 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 2114 - 1911
Alignment:
Q  31 atgttatgagtagacccttgaggtaggagagaagttattcttgattatacagagattcggagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttg 130  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  2114 atgttatgagaggacccttgaggtaggagataagttatttatgattatacagagattcagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagtta 2015  T
Q  131 atgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttatt 230  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  2014 ataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttatt 1915  T
Q  231 atta 234  Q
    ||||    
T  1914 atta 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 91; Significance: 7e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Original strand, 8548 - 8740
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 335  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  8548 tgttgttgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 8646  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  8647 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 8740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 238 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 2570 - 2379
Alignment:
Q  238 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttgc 336  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  |||||    
T  2570 gttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 2472  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  2471 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 2379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 237 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 138007 - 137815
Alignment:
Q  237 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt-aaggttg 335  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  ||||| ||  |||    
T  138007 tgttgctgttgattgagtatga-ttgttgctgattgctggtttatgtttaacttcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaatttg 137909  T
Q  336 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  137908 caagttgtcgttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 137815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 238 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 162515 - 162355
Alignment:
Q  238 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttgc 336  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  |||||    
T  162515 gttgctgttgattgattatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 162417  T
Q  337 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagt 398  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  162416 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagt 162355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 243 - 429
Target Start/End: Original strand, 134027 - 134209
Alignment:
Q  243 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttg 342  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||   ||||    
T  134027 tgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttg 134123  T
Q  343 acgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 429  Q
     |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  134124 tcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 134209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 339 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 1667 - 1545
Alignment:
Q  339 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 438  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| | || |||||| | |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  1667 gttgtcgttctaagtaacggagtcttaggtgggtgatgttgatcgagtttgggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 1575  T
Q  439 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  1574 atgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 1545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 346 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 33125 - 33012
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  33125 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 33035  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  33034 tgttgtcgtagttgagttgtatg 33012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 346 - 468
Target Start/End: Original strand, 81687 - 81800
Alignment:
Q  346 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  81687 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 81777  T
Q  446 cgttgtcgtagttgagttgtatg 468  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  81778 tgttgtcgtagttgagttgtatg 81800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 376 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 8247 - 8193
Alignment:
Q  376 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 430  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||||    
T  8247 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgttgt 8193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 357 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 132910 - 132864
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataa 403  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  132910 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataa 132864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0337 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0337
Description:

Target: scaffold0337; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 418
Target Start/End: Original strand, 9847 - 9908
Alignment:
Q  357 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 418  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||||||||    
T  9847 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagt 9908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University