View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10954A_low_721 (Length: 207)

Name: NF10954A_low_721
Description: NF10954A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10954A_low_721
NF10954A_low_721
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (13-188)||(23905462-23905637)
chr7 (13-188)||(37114738-37114913)
chr7 (13-188)||(38473334-38473508)
chr7 (13-188)||(6604264-6604439)
chr7 (13-188)||(22154639-22154814)
chr7 (13-188)||(22210554-22210729)
chr7 (13-188)||(27665256-27665431)
chr7 (13-188)||(29995726-29995901)
chr7 (13-188)||(39858452-39858627)
chr7 (13-188)||(35692560-35692735)
chr7 (13-188)||(45360076-45360251)
chr7 (18-188)||(38550480-38550650)
chr7 (13-188)||(13168822-13168997)
chr7 (13-188)||(24227631-24227806)
chr7 (13-188)||(34776171-34776346)
chr7 (13-188)||(46438720-46438895)
chr7 (13-188)||(37792244-37792419)
chr7 (13-176)||(48851545-48851708)
chr7 (13-188)||(47385425-47385595)
chr7 (25-185)||(35402573-35402733)
chr7 (105-185)||(69032-69112)
chr7 (39-109)||(66845-66915)
chr7 (116-185)||(20478923-20478992)
chr7 (61-176)||(48310750-48310867)
chr7 (13-59)||(30939748-30939794)
chr7 (86-167)||(13035624-13035705)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (13-188)||(8540410-8540585)
chr5 (9-188)||(32135044-32135223)
chr5 (13-185)||(7268584-7268756)
chr5 (13-188)||(28821119-28821294)
chr5 (13-188)||(30464847-30465022)
chr5 (13-188)||(2180514-2180688)
chr5 (13-185)||(21841740-21841912)
chr5 (13-188)||(2853478-2853653)
chr5 (13-188)||(12737844-12738019)
chr5 (13-188)||(12800667-12800842)
chr5 (13-164)||(24540425-24540576)
chr5 (25-185)||(42472696-42472855)
chr5 (116-185)||(40781432-40781501)
chr5 (99-188)||(41494652-41494741)
chr5 (116-183)||(29620955-29621022)
[»] chr3 (28 HSPs)
chr3 (13-188)||(23292379-23292554)
chr3 (13-185)||(41978487-41978659)
chr3 (13-188)||(30599417-30599592)
chr3 (13-188)||(27898324-27898499)
chr3 (13-188)||(2660973-2661148)
chr3 (13-188)||(17516069-17516244)
chr3 (13-188)||(44275426-44275601)
chr3 (13-188)||(44794958-44795133)
chr3 (13-185)||(2225385-2225555)
chr3 (13-188)||(21349453-21349628)
chr3 (13-188)||(43765880-43766055)
chr3 (13-188)||(46198479-46198653)
chr3 (13-182)||(7884109-7884278)
chr3 (13-184)||(2377755-2377926)
chr3 (13-185)||(35904938-35905113)
chr3 (13-188)||(42280246-42280422)
chr3 (13-188)||(48830034-48830209)
chr3 (13-188)||(51685350-51685525)
chr3 (13-176)||(46113226-46113389)
chr3 (13-186)||(610353-610526)
chr3 (13-185)||(38192486-38192657)
chr3 (25-185)||(46309762-46309922)
chr3 (25-185)||(46609751-46609911)
chr3 (25-185)||(53093226-53093386)
chr3 (13-185)||(54899172-54899364)
chr3 (13-139)||(53190118-53190247)
chr3 (61-167)||(24845668-24845776)
chr3 (135-185)||(53188913-53188963)
[»] chr1 (24 HSPs)
chr1 (13-188)||(3012663-3012838)
chr1 (13-188)||(51895375-51895550)
chr1 (13-185)||(34777350-34777522)
chr1 (13-188)||(2870338-2870513)
chr1 (13-188)||(31237716-31237891)
chr1 (13-185)||(4855179-4855351)
chr1 (13-185)||(26224766-26224938)
chr1 (13-188)||(6817926-6818101)
chr1 (13-188)||(15105185-15105360)
chr1 (13-185)||(27088026-27088199)
chr1 (13-188)||(50555312-50555488)
chr1 (13-188)||(46582798-46582973)
chr1 (13-185)||(33600365-33600536)
chr1 (13-188)||(52642846-52643019)
chr1 (25-185)||(8168544-8168704)
chr1 (75-188)||(25277585-25277698)
chr1 (75-184)||(37345137-37345246)
chr1 (75-188)||(45045713-45045826)
chr1 (116-185)||(9120855-9120924)
chr1 (116-185)||(47012255-47012324)
chr1 (124-185)||(1443410-1443471)
chr1 (13-57)||(25277693-25277738)
chr1 (13-57)||(37345097-37345142)
chr1 (13-57)||(45045821-45045866)
[»] chr8 (25 HSPs)
chr8 (13-188)||(41041794-41041969)
chr8 (13-188)||(42942533-42942708)
chr8 (13-187)||(22272998-22273172)
chr8 (13-183)||(38547966-38548136)
chr8 (13-188)||(27691905-27692080)
chr8 (13-185)||(8609020-8609192)
chr8 (13-185)||(13107586-13107758)
chr8 (13-187)||(40338891-40339065)
chr8 (13-188)||(33708020-33708195)
chr8 (24-188)||(26239652-26239816)
chr8 (13-185)||(13283135-13283302)
chr8 (13-188)||(7744341-7744516)
chr8 (13-187)||(9672386-9672562)
chr8 (25-185)||(29237945-29238105)
chr8 (25-185)||(35510167-35510327)
chr8 (24-188)||(41824881-41825045)
chr8 (73-188)||(5037235-5037350)
chr8 (25-185)||(600838-600998)
chr8 (25-185)||(33761672-33761832)
chr8 (13-160)||(13485351-13485493)
chr8 (25-185)||(15307044-15307203)
chr8 (25-185)||(15487413-15487572)
chr8 (25-185)||(27405356-27405515)
chr8 (74-182)||(3152755-3152863)
chr8 (13-57)||(5037198-5037242)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (13-188)||(20524126-20524301)
chr6 (13-188)||(11355948-11356123)
chr6 (13-185)||(32438293-32438465)
chr6 (13-188)||(7050498-7050673)
chr6 (13-188)||(7372193-7372367)
chr6 (32-185)||(18644031-18644184)
chr6 (13-188)||(10569141-10569314)
chr6 (75-184)||(32517672-32517781)
chr6 (13-129)||(6900225-6900341)
chr6 (116-188)||(33268081-33268153)
chr6 (124-188)||(6902000-6902064)
chr6 (113-185)||(32455064-32455136)
chr6 (13-57)||(32517632-32517677)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (8-188)||(40560978-40561158)
chr2 (13-188)||(14388312-14388487)
chr2 (13-186)||(6798264-6798437)
chr2 (13-185)||(39663994-39664166)
chr2 (13-188)||(19907489-19907664)
chr2 (13-185)||(16763704-16763876)
chr2 (24-188)||(2767683-2767847)
chr2 (13-188)||(17696965-17697140)
chr2 (13-188)||(39455918-39456092)
chr2 (13-159)||(44708996-44709142)
chr2 (13-107)||(42518524-42518618)
chr2 (25-160)||(6784527-6784662)
chr2 (25-160)||(24206779-24206914)
chr2 (116-183)||(37021390-37021457)
chr2 (62-122)||(37646222-37646283)
chr2 (86-167)||(161219-161300)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (13-188)||(41760937-41761112)
chr4 (13-188)||(42981359-42981534)
chr4 (13-188)||(11255140-11255315)
chr4 (13-188)||(35402878-35403053)
chr4 (13-188)||(49523871-49524046)
chr4 (14-188)||(43520178-43520352)
chr4 (13-182)||(51012666-51012835)
chr4 (13-188)||(2692496-2692671)
chr4 (13-188)||(54386880-54387055)
chr4 (13-188)||(48645957-48646130)
chr4 (13-188)||(41782261-41782436)
chr4 (25-185)||(319875-320035)
chr4 (25-185)||(4172715-4172875)
chr4 (25-185)||(33265336-33265496)
chr4 (13-166)||(11602416-11602569)
chr4 (39-185)||(43507993-43508139)
chr4 (62-188)||(11640838-11640964)
chr4 (13-152)||(52867414-52867542)
chr4 (25-185)||(834268-834427)
chr4 (25-185)||(5438536-5438691)
[»] scaffold0564 (1 HSPs)
scaffold0564 (13-188)||(9008-9183)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (13-188)||(301-476)
[»] scaffold0058 (2 HSPs)
scaffold0058 (13-188)||(4043-4218)
scaffold0058 (13-188)||(5215-5390)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (13-188)||(107795-107970)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 8e-88; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 23905637 - 23905462
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23905637 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtttttcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 23905538  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23905537 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 23905462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 37114913 - 37114738
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37114913 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatttcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 37114814  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37114813 aaggattacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 37114738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 38473508 - 38473334
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  38473508 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgt-ttttactttttactttgtttagcaaatgtatgcacc 38473410  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38473409 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 38473334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 6604264 - 6604439
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  6604264 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagtaaatgtatgcacc 6604363  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6604364 aatgatcacagtgatatatgttgtgaaaagtcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 6604439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 22154639 - 22154814
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  22154639 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagagtctgtcttttactttttactttgtttagcaaatatatgcacc 22154738  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22154739 atggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 22154814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 22210554 - 22210729
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  22210554 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagagtctgtcttttactttttactttgtttagcaaatatatgcacc 22210653  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22210654 atggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 22210729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27665431 - 27665256
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27665431 acatcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtctgcctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 27665332  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27665331 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacatatttgatggtatttaaactaatttgaggatcgatat 27665256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 29995901 - 29995726
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29995901 acatcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 29995802  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  29995801 aaggatcacagtgatatttgttgtgaaaattcaaggacctatttcatggtatttaaactaatttgaggatcgatat 29995726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 39858627 - 39858452
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  39858627 acatcaaatatatgatttataatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 39858528  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39858527 aatgatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttcatggtattttcactcatttgaggatcgatat 39858452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 35692735 - 35692560
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||| |||||| ||||||||    
T  35692735 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttgctttttacttcgttcggcaaatatatgcacc 35692636  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35692635 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaatgacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 35692560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 45360076 - 45360251
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  45360076 acatcaaatatatgatttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtttatcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 45360175  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45360176 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaagacctatttgatggtattttcactaattttaggatcgatat 45360251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 38550650 - 38550480
Alignment:
Q  18 aaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaaga 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38550650 aaatgtatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtatgtcttttactttttattttgttcagcaaatgtatgcaccaagga 38550551  T
Q  118 tcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38550550 tcacagtgatatatgttgtaaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgatat 38550480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 13168822 - 13168997
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  13168822 acatcaaatatatgatttataatgatatgcaaatgtctgtatttttataatcaaagtgtctgtcttttagtttttattttgttcagcgaatgtatgcacc 13168921  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13168922 aaggatcacattgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatgttcactaatttgaggatcgatat 13168997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 24227806 - 24227631
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  24227806 acatcaaatatatgatttatgatggtatacaaatgtctgtctttttgtaatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgtacc 24227707  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24227706 aatgatcacagtgatatctgttgtgaaaattaaatgtcctatttgatggtattttcactaatttgaggattgatat 24227631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 34776346 - 34776171
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  34776346 acatcaaatatatgatttatgatggtatgcaaatgtttgtctttttataatctgagtgtctgtcttttagtttttactttgtttagcaaatgtatgcacc 34776247  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34776246 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaagatctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 34776171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 46438895 - 46438720
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||||||||||| ||||    
T  46438895 acattaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtccgtctttctataatcaaagtgtttgtcttctactttttactctattcagcaaatgtatccacc 46438796  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46438795 aaggatcaaagtgatatctgttgtgaaaattcaatgacctatttgatggtattttcacttatttgaggatcgatat 46438720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 37792419 - 37792244
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  37792419 acatcaaatgtatgacatatgatggtaagcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtctttgacttttactttttactttgtacaacaaatgtatgcacc 37792320  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37792319 aatgatcacagtgatatatggtgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggatcaatat 37792244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 48851708 - 48851545
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||    
T  48851708 acatcaaatgtataacttctgatggtatgcaaatgtatgtctttttacaatcaaagtgtctgtcttttactttttactttggtcagcaaatgtatgcccc 48851609  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaattt 176  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  48851608 aaggatcacaatgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatgagattttcactaattt 48851545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 47385595 - 47385425
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       
T  47385595 acatcaaatgtatcagttatgatggtatgtaaatgtctgtctttttacaatcaatgtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgc--- 47385499  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
     | |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  47385498 -atgatcac-atgatgtatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtaatttcactaatttggggatcgatat 47385425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 35402733 - 35402573
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||| ||||| | || ||||||| |    
T  35402733 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttatcttttacattttactttgttcagcaaatatatgctcaaaggatcacatt 35402634  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35402633 gatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatgatattttcactaatttgaggatcga 35402573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 105 - 185
Target Start/End: Original strand, 69032 - 69112
Alignment:
Q  105 tatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  69032 tatgcaccaaggatcacattgatatctgttatgataattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 69112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 39 - 109
Target Start/End: Original strand, 66845 - 66915
Alignment:
Q  39 atgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgc 109  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  66845 atgcaaatgcctttctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgc 66915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 116 - 185
Target Start/End: Original strand, 20478923 - 20478992
Alignment:
Q  116 gatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20478923 gatcacattgatctctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcattaatttgaggatcga 20478992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 61 - 176
Target Start/End: Original strand, 48310750 - 48310867
Alignment:
Q  61 aatcaaagtgtatgtcttttacttct-tactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgat 159  Q
    ||||||||||| ||||||||  || | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||| | |||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  48310750 aatcaaagtgtctgtctttttattttctactttgttcagcaaatatatgtagcaaagatcatattgatatatgttgtgataattcaatgacttatttgat 48310849  T
Q  160 ggta-ttttcactaattt 176  Q
    | || |||||||||||||    
T  48310850 gatatttttcactaattt 48310867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 30939794 - 30939748
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtcttttta 59  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30939794 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatgtctgtcttttta 30939748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 167
Target Start/End: Original strand, 13035624 - 13035705
Alignment:
Q  86 ttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatttt 167  Q
    ||||||||||  ||| || |||||||||| ||||||| ||| |||||||   | ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13035624 ttactttgttttgcacatatatgcaccaaggatcacattgacatctgtttaaataattcaaggacttatttgatggtatttt 13035705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 8540410 - 8540585
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  8540410 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatttatgcacc 8540509  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8540510 aaggatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatattttcactaatttgaggatcgatat 8540585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 32135223 - 32135044
Alignment:
Q  9 atggacatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32135223 atggacatcaaatatatgacttaggatgttatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatg 32135124  T
Q  109 caccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32135123 caccaaggatcacagtgatctccgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 32135044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 7268584 - 7268756
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7268584 acatcaaatatatgacttatgatggtatgtaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 7268683  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7268684 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgttattttcactaatttgaggatcga 7268756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 28821119 - 28821294
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  28821119 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatatctgtctttttataatcaaaatgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcatc 28821218  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28821219 aaagatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgttattttcactaatttgaggatcgatat 28821294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 30465022 - 30464847
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  30465022 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttatagtcaaagtgcatgtcttttactttttactttgttcagcaaatatatgcacc 30464923  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  30464922 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattatcactaattttaggatcgatat 30464847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 2180514 - 2180688
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |    
T  2180514 acatcaaagatatgatttatgatggtatgcaaa-gtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcatc 2180612  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2180613 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 2180688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 21841740 - 21841912
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||     
T  21841740 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttcttcagcaaatgtatgcact 21841839  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21841840 aagaatcacagtgatatctattgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 21841912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 2853653 - 2853478
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2853653 acatcaaatatatgacttatgataatatgaaaatgtctgtctttttataatcaaagtgcatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 2853554  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  2853553 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaagacctatttgatgatatttaaactaatttgaggatcgatat 2853478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 12737844 - 12738019
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  12737844 acatcaaatatatgatttataatggtatgcaaatgtctgtctttttataattaaagtgtctgtcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 12737943  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12737944 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaatgacctatttggtggtattttcactaatttgatgatcgatat 12738019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 12800667 - 12800842
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  12800667 acatcaaatatatgatttataatggtatgcaaatgtctgtctttttataattaaagtgtctgtcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 12800766  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12800767 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaatgacctatttggtggtattttcactaatttgatgatcgatat 12800842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24540576 - 24540425
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24540576 acatcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtatgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 24540477  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtat 164  Q
    || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24540476 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtat 24540425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 42472855 - 42472696
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||  | || ||||| | |    
T  42472855 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttatttttt-ctttgttcagcaaatgtatgtccaaaggatcaaatt 42472757  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||| | |||| |||||||| ||||||||    
T  42472756 gatttctgttatgataattcaaggaccaatttgatgttttttttactaatttaaggatcga 42472696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 116 - 185
Target Start/End: Original strand, 40781432 - 40781501
Alignment:
Q  116 gatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40781432 gatcacattgatctctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcattaatttgaggatcga 40781501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 99 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 41494741 - 41494652
Alignment:
Q  99 caaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||||| ||||||| || ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  41494741 caaatatatgcactaaggattacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggaattatttgatggtattttcacaaatttggggatcaatat 41494652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 116 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 29621022 - 29620955
Alignment:
Q  116 gatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatc 183  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29621022 gatcacattgatctctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcattaatttgaggatc 29620955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 28)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 23292554 - 23292379
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  23292554 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatttatgcacc 23292455  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23292454 aaggatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatattttcactaatttgaggatcgatat 23292379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 41978487 - 41978659
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41978487 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 41978586  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41978587 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 41978659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 30599592 - 30599417
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  30599592 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttctgcaaatgtatgcacc 30599493  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30599492 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcaatat 30599417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27898499 - 27898324
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  27898499 acatcaaatatatgatttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 27898400  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27898399 agggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 27898324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 2660973 - 2661148
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2660973 acatcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 2661072  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  2661073 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatttaaaccaatttgaggatcgatat 2661148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 17516069 - 17516244
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  17516069 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtatctgtcttttactttttactttgttaagcaaatgtatgcacc 17516168  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  17516169 aaggatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatttttactaatttgagtatcgatat 17516244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 44275601 - 44275426
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |    
T  44275601 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgactgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttaatttttactttgttcagcaaatgtatgcatc 44275502  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44275501 aaggatcacaatgatatctattgtgaaaattcaagaacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 44275426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 44794958 - 44795133
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44794958 acatcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtccgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 44795057  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  44795058 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatttaaactaatttgaggatcgatat 44795133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 2225555 - 2225385
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2225555 acatcaaatatatgactt--gatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 2225458  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2225457 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 2225385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 21349453 - 21349628
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21349453 acatcaaatatatgacttatgatagtatgcaaatgtctatctttttataatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 21349552  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || || |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21349553 aaggaccacagtgataattgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 21349628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 43765880 - 43766055
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43765880 acatcaaatatatgatttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 43765979  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  43765980 aaggatcatagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacatatttgatagtattttcactaatttgatgatcgatat 43766055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 46198479 - 46198653
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  46198479 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtttttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcatc 46198578  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46198579 aaagatcacaatgatatctgttgt-aaaaatccaggacctatttgatggtatttttactaatttgaggatcgatat 46198653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 138; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 7884278 - 7884109
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7884278 acattaaatatatgacttatgatggtaggcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctatcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 7884179  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggat 182  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7884178 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggat 7884109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 184
Target Start/End: Original strand, 2377755 - 2377926
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  2377755 acatcaaatatatgatttatgatgatatgcaaatatttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 2377854  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcg 184  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2377855 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcg 2377926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 35905113 - 35904938
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgca---aatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35905113 acatcaaatatatgacttatgatggtattcatcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgc 35905014  T
Q  110 accaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35905013 accaaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaatgacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 35904938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 42280246 - 42280422
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttctt-actttgttcagcaaatgtatgcac 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  42280246 acatcaaatgtatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtatgtcttttacttttttactttgttcagcaaatgtatgcac 42280345  T
Q  112 caaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  42280346 caaggatcacaatgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatgatattttcactaatttggggattgatat 42280422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 48830209 - 48830034
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  48830209 acatcaaatatatgacttatgatgatatacaaatgtctgtctttttacaatcaaagtatatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcact 48830110  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  48830109 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacttgtttgatggtattttcactaatttggagatcgatat 48830034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 51685350 - 51685525
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  51685350 acatcaaatgtatgacttatgatggtttgcaaatgtccgtctttttacaatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatatatgcacc 51685449  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  51685450 aacgatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggattgatat 51685525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 176
Target Start/End: Original strand, 46113226 - 46113389
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46113226 acatcaaatgtatgacttatgatgatatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 46113325  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaattt 176  Q
    || ||||||| |||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  46113326 aaggatcacagtgatttatgttgtgaaaattcaaggacttgtttgatggtatcttcactaattt 46113389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 186
Target Start/End: Original strand, 610353 - 610526
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  610353 acatcaaatgtatgacttatgattatatgcaaatgtctgcttttttacaatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 610452  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgat 186  Q
    || ||||| | |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  610453 aaggatcatagtgatttatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgat 610526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 38192657 - 38192486
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||| |||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||     
T  38192657 acatcaaatat-tgacttatgatataacgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcaca 38192559  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38192558 aaggatcacattgatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 38192486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Original strand, 46309762 - 46309922
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |    
T  46309762 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcacaaatgatcacatt 46309861  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46309862 gatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 46309922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 46609911 - 46609751
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |    
T  46609911 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcacaaaggatcacatt 46609812  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46609811 gatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 46609751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 53093386 - 53093226
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |    
T  53093386 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtatttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcacaaaggatcacatt 53093287  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53093286 gatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 53093226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 54899172 - 54899364
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtc--------------------ttttacttcttacttt 92  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||                    |||||||| |||||||    
T  54899172 acatcaaatatatgacttatgatagtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttacttttgtcttttactttttacttt 54899271  T
Q  93 gttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54899272 gttcagcaaatgtatgcaccaaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 54899364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 53190247 - 53190118
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttct---tactttgttcagcaaatgtatgc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |   || ||||||||||||||||||||    
T  53190247 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatatgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttaataatttgttcagcaaatgtatgc 53190148  T
Q  110 accaaagatcacaatgatatctgttgtgaa 139  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  53190147 accaaggatcacagtgatatctgttgtgaa 53190118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 61 - 167
Target Start/End: Original strand, 24845668 - 24845776
Alignment:
Q  61 aatcaaagtgtatgtctttt--acttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttga 158  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  24845668 aatcaaagtgtatgtcttttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacattgatatatgttgtgataattcaaagacttatttga 24845767  T
Q  159 tggtatttt 167  Q
    |||||||||    
T  24845768 tggtatttt 24845776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 135 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 53188963 - 53188913
Alignment:
Q  135 gtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  53188963 gtgaaaattcaatgacctatttgatgacattttcactaatttgaggatcga 53188913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 24)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 3012838 - 3012663
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3012838 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 3012739  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3012738 aaggatcacaatgatatctgttgtgaaaatccaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcaatat 3012663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 51895550 - 51895375
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51895550 acataaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatttcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 51895451  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51895450 aaggatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatattttcactaatttgaggatcgatat 51895375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 34777522 - 34777350
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34777522 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 34777423  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34777422 aaggatcacagtgatatctgttatgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 34777350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 2870338 - 2870513
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2870338 acatcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtctgtctttttataatcaaagtgcatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 2870437  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  2870438 aaggatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatatttaaactaatttgaggatcgatat 2870513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 31237891 - 31237716
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31237891 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatgtctgtctttttatagtcaaagtgaatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 31237792  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31237791 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattatcactaatttgaggatcgatat 31237716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4855351 - 4855179
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4855351 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaattgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 4855252  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855251 aaggattacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 4855179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26224938 - 26224766
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26224938 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 26224839  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26224838 aaggatcacagtgatatttgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtcttttcactaatttgaggatcga 26224766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 6818101 - 6817926
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6818101 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcacatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtctttcactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 6818002  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6818001 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaaaccaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 6817926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 15105185 - 15105360
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15105185 acatcaaatatatgactcatgatggtatgcgaatgtctgtctttttgcaatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 15105284  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15105285 aaagatcacaatgatttatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgatat 15105360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 27088026 - 27088199
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttt-tataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcac 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27088026 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatatgtgtcttttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcac 27088125  T
Q  112 caaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27088126 caaggatcacagtgatatctgttgtgaaaagtcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 27088199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 50555488 - 50555312
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttctt-actttgttcagcaaatgtatgcac 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || || |||||||| ||||||||||||    
T  50555488 acatcaaatatatgatttatgatggcatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttagttttttaccttgttcagtaaatgtatgcac 50555389  T
Q  112 caaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50555388 caaggatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatattttcactaatttgaggatcgatat 50555312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 46582973 - 46582798
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  46582973 acatcaaatatattacttatgatggtatgaaaatatcagtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcagatgtatgcacc 46582874  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  46582873 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatttaaactaatttgaggatcgatat 46582798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 121; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 33600536 - 33600365
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33600536 acatcaaatat-tgacttatgatataatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaattgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 33600438  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33600437 aaggatcacattgatatctgttgtgaaaattcaaggacatatttgatagtattttcactaatttgaggatcga 33600365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 52643019 - 52642846
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||| || |||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  52643019 acatcagatgtatgacttatgatggtttgcaaatattcgtctttttacaatcaaagtgt--gtcttttactttttactttgttcagcaaatatatgcacc 52642922  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  52642921 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttagggatcgatat 52642846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 8168704 - 8168544
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |    
T  8168704 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgtttagcaaatgtatgcacaaaggatcacatt 8168605  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8168604 gatatctgttatgataattcaatgaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 8168544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 75 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 25277698 - 25277585
Alignment:
Q  75 tcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaat 174  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25277698 tcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaggatcacagtgatgtctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaat 25277599  T
Q  175 ttgaggatcgatat 188  Q
    ||||||||||||||    
T  25277598 ttgaggatcgatat 25277585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 37345137 - 37345246
Alignment:
Q  75 tcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaat 174  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37345137 tcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaggatcacagtgatgtctgttgtgaaaattcaaggaactatttgatggtattttcactaat 37345236  T
Q  175 ttgaggatcg 184  Q
    ||||||||||    
T  37345237 ttgaggatcg 37345246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 75 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 45045826 - 45045713
Alignment:
Q  75 tcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaat 174  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45045826 tcttttactttttactttgttcaacaaatgtatgcaccaaggatcacagtgatatctattgtgaaaattcaaggacctatttgatgatattttcactaat 45045727  T
Q  175 ttgaggatcgatat 188  Q
    |||| |||||||||    
T  45045726 ttgaagatcgatat 45045713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 116 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 9120924 - 9120855
Alignment:
Q  116 gatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9120924 gatcacattgatctctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcattaatttgaggatcga 9120855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 116 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 47012324 - 47012255
Alignment:
Q  116 gatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  47012324 gatcacattgatctctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcattaatttgaggatcga 47012255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 185
Target Start/End: Original strand, 1443410 - 1443471
Alignment:
Q  124 tgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1443410 tgatctctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcattaatttgaggatcga 1443471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 25277738 - 25277693
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgc-aaatgtctgtctttt 57  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  25277738 acatcaaatatatgacttatgatggtatacaaaatgtctatctttt 25277693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 57
Target Start/End: Original strand, 37345097 - 37345142
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgc-aaatgtctgtctttt 57  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  37345097 acatcaaatatatgacttatgatggtatacaaaatgtctatctttt 37345142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 45045866 - 45045821
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgc-aaatgtctgtctttt 57  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  45045866 acatcaaatatatgacttatgatggtatacaaaatgtctatctttt 45045821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 156; Significance: 4e-83; HSPs: 25)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 41041969 - 41041794
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41041969 acatcagatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 41041870  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41041869 aaggatcacaatggtatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 41041794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 42942533 - 42942708
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  42942533 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtcttttgataatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcaacaaatgtatgcacc 42942632  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42942633 aaggatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcaataatttgaggatcgatat 42942708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 187
Target Start/End: Original strand, 22272998 - 22273172
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22272998 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaattgcctgtctctttataatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 22273097  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgata 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22273098 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgatgatcgata 22273172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 183
Target Start/End: Original strand, 38547966 - 38548136
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38547966 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 38548065  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatc 183  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38548066 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatc 38548136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 27691905 - 27692080
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27691905 acatcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 27692004  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27692005 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatttaaactaatttgaggatcgatat 27692080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 8609192 - 8609020
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8609192 acatcaaatagatgacttatgatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 8609093  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8609092 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 8609020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 13107758 - 13107586
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13107758 acatcaaatatatgacttatgatggtaggcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 13107659  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13107658 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgagaatcga 13107586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 40339065 - 40338891
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  40339065 acatcaaatatatgagttatgatggtatgcaaatgtatgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcaac 40338966  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgata 187  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40338965 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgattgtattttcactaatttgaggatcgata 40338891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 33708195 - 33708020
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33708195 acatcaaatatatgacttatgatgatatgaaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctatcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 33708096  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  33708095 aaggaacacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatttaaactaatttgaggatcgatat 33708020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 24 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26239816 - 26239652
Alignment:
Q  24 atgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaa 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  26239816 atgacttatgatggtatgcaaatgtctttctttttacaatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttgagcaaatgtatgcaccaaggatcacag 26239717  T
Q  124 tgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26239716 tgatatatgttgtgaaaattcaatgacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgatat 26239652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 13283135 - 13283302
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  13283135 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttgagcaaatgtatgcacc 13283234  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| |||||     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13283235 aaggatcacagtgata-----tgtgaaaattcaaggacctatttgatcgtattttcactaatttgaggatcga 13283302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 7744516 - 7744341
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7744516 acatcaaatgtatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 7744417  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||  || | | ||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  7744416 aagaataaaagtgaaatatgatgtgaaaattcaaggacttatttgatggtgttttcactaatttggggatcgatat 7744341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 9672562 - 9672386
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaa---atgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgc 109  Q
    ||||||||||||| | |||||||| |||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  9672562 acatcaaatatat-atttatgatgatatgcaacaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtctgtcttttactttttagtttgttcagcaaatgtatgc 9672464  T
Q  110 accaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgata 187  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9672463 accaaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgata 9672386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Original strand, 29237945 - 29238105
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |    
T  29237945 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacaaatgatcaaatt 29238044  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29238045 gatttctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 29238105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Original strand, 35510167 - 35510327
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || || |||| |    
T  35510167 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcacaaaggaccacatt 35510266  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35510267 gatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 35510327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 24 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 41825045 - 41824881
Alignment:
Q  24 atgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||      
T  41825045 atgatttatgatggtatgcaaatgtctggctttttacaatcacagtgtatatcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcaccaagcatcacgg 41824946  T
Q  124 tgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  41824945 tgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatgatattttcactaatttggggatcaatat 41824881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 73 - 188
Target Start/End: Original strand, 5037235 - 5037350
Alignment:
Q  73 tgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcacta 172  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5037235 tgtcttttactttttactttgttcaacaaatgtatgcaccaaggatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatattttcacta 5037334  T
Q  173 atttgaggatcgatat 188  Q
    ||||||||||||||||    
T  5037335 atttgaggatcgatat 5037350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 600998 - 600838
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| | |    
T  600998 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttctcttttactttttactttattcagcaaatgtatgcacaaaggatcaaatt 600899  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  600898 gatttctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 600838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 33761832 - 33761672
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |    
T  33761832 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtccttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgtttagcaaatgtatgcacaaaggatcacatt 33761733  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33761732 gatatctgttatgataattcaatgaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 33761672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 13485493 - 13485351
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    ||||||||||||||  |    
T  13485493 acatcaaatatatgatttatgatggtatgcaaatgtctgt-tttttataatcaaagtgtttgtcttctactttttactt----cagcaaatgtatgcctc 13485399  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatg 160  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13485398 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattgaaggacctatttgatg 13485351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Original strand, 15307044 - 15307203
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || || ||||| | |    
T  15307044 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactt-ttactttgttcagcaaatatatgtacaaatgatcaaatt 15307142  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  15307143 gatttctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtttttttactaatttaaggatcga 15307203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Original strand, 15487413 - 15487572
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || || ||||| | |    
T  15487413 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactt-ttactttgttcagcaaatatatgtacaaatgatcaaatt 15487511  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  15487512 gatttctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtttttttactaatttaaggatcga 15487572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 27405515 - 27405356
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||  | || ||||| | |    
T  27405515 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttatttttt-ctttgttcagcaaatgtatgtccaaaggatcaaatt 27405417  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||| | |||| |||||||| ||||||||    
T  27405416 gatttctgttatgataattcaaggaccaatttgatgttttttttactaatttaaggatcga 27405356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 74 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 3152863 - 3152755
Alignment:
Q  74 gtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaa 173  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||    
T  3152863 gtcttttactttttactttgttcagtagatgtatgcaccaaggatcacattgatttatgttgtgaaaattcaagaactgatttgatggtaatttcactaa 3152764  T
Q  174 tttgaggat 182  Q
    |||| ||||    
T  3152763 tttggggat 3152755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 57
Target Start/End: Original strand, 5037198 - 5037242
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttt 57  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5037198 acatcaaatatatgacttatgatggtatacaaatgtctgtctttt 5037242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 4e-83; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 20524126 - 20524301
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20524126 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 20524225  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20524226 aaggatcatagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 20524301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 11355948 - 11356123
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11355948 acatcaaatatatgactaatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 11356047  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11356048 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctgtttgatggtatttttactaatttgaggatcgatat 11356123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 32438465 - 32438293
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  32438465 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatggacc 32438366  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32438365 aaggatcatagtgatatctattgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 32438293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 7050498 - 7050673
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7050498 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 7050597  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7050598 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaatgacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgatat 7050673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 7372367 - 7372193
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  7372367 acatcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcaacaaatgtatgcacc 7372268  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7372267 aaggatcacagtgat-tcgattgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 7372193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 18644031 - 18644184
Alignment:
Q  32 tgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatct 131  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  18644031 tgatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaggatcacagtgatatct 18644130  T
Q  132 gttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18644131 gttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgatgatcga 18644184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 10569141 - 10569314
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  10569141 acatcaaatatatgacttatgatgatatgcaaatgtctatctttttacaatcaaagtgtctgttttttactttttactttgtttagcaaatgtatgcacc 10569240  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || |||||||||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10569241 aaggatcacaatgatatatgt--tgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgatat 10569314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 32517672 - 32517781
Alignment:
Q  75 tcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaat 174  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32517672 tcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaggatcacagtgatgtctgttgtgaaaattcaaggaactatttgatggtattttcactaat 32517771  T
Q  175 ttgaggatcg 184  Q
    ||||||||||    
T  32517772 ttgaggatcg 32517781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 129
Target Start/End: Original strand, 6900225 - 6900341
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  6900225 acatcaaatgtatgacttataatggtatgcaaatgtctgtccttttacaatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgaacc 6900324  T
Q  113 aaagatcacaatgatat 129  Q
    || ||||||| ||||||    
T  6900325 aaggatcacagtgatat 6900341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 116 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 33268153 - 33268081
Alignment:
Q  116 gatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  33268153 gatcacattgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcaataatttagggatcgatat 33268081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 124 - 188
Target Start/End: Original strand, 6902000 - 6902064
Alignment:
Q  124 tgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  6902000 tgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatgatattttcactaatttggggattgatat 6902064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 32455136 - 32455064
Alignment:
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32455136 aaagataacattgatctctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcattaatttgaggatcga 32455064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 57
Target Start/End: Original strand, 32517632 - 32517677
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgc-aaatgtctgtctttt 57  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  32517632 acatcaaatatatgacttatgatggtatacaaaatgtctatctttt 32517677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 188
Target Start/End: Original strand, 40560978 - 40561158
Alignment:
Q  8 gatggacatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtat 107  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40560978 gatgaacatcaaatatatgatttatgatgatatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatggcttttactttttactttgttcagcaaatgtat 40561077  T
Q  108 gcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40561078 gcaccaaggatcacattgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 40561158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 14388487 - 14388312
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14388487 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtttttttataatcaaagtgtctatcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 14388388  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14388387 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatagtattttcactaatttgaggatcgatat 14388312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 186
Target Start/End: Original strand, 6798264 - 6798437
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  6798264 acatcaaatatataacttatgatgatatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcatcaaatgtatgcacc 6798363  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgat 186  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6798364 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacatatttgatggtattttcactaatttgaggatcgat 6798437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 39664166 - 39663994
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  39664166 acatcaaatatatgatttatgatggtatgcagatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 39664067  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39664066 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 39663994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 19907664 - 19907489
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  19907664 acatcaaatatatgatttataatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttagtttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 19907565  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19907564 aatgatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttcatggtattttcactcatttgaggatcgatat 19907489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 16763704 - 16763876
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  16763704 acatcaaatatatgacttatgatagtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctatcttttactttttactctgttcagcaaatgtatgcacc 16763803  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    || ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16763804 aaggatcacagtgatatctgttgtgtaaattcaatgacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 16763876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 24 - 188
Target Start/End: Original strand, 2767683 - 2767847
Alignment:
Q  24 atgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaa 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||     
T  2767683 atgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagagtttgtcttttactttttactttgttcagaaaatgtatgcaccaaggatcacag 2767782  T
Q  124 tgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2767783 tgatatctattgtgaaaattcaaggaccaatttgatggtattttcactaaattgaggatcgatat 2767847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 17696965 - 17697140
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  17696965 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatatctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttctactttttactttgttcaacaaatgtatccacc 17697064  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  17697065 aaggatcatagtgatgtatgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcaccaattttaggatcgatat 17697140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 39455918 - 39456092
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39455918 acatcaagtatatgacttatgatggtatacaaatgtctgtctttttataatcaaagt-tctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 39456016  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  39456017 aaggatcatagtgatatctgttgtgaaaatttaaggacctatttgatgatattttcactcatttgagaatcaatat 39456092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 44709142 - 44708996
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44709142 acatcaaatatatgtcttatgatggtatgcaaatgtctgcatttttataatcaaagtgtctgtctttgactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 44709043  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgat 159  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44709042 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggaccaatttgat 44708996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 42518618 - 42518524
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  42518618 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgcctgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttattttttactttgttcagcaaatgtat 42518524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 25 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 6784662 - 6784527
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||  | || ||||  | |    
T  6784662 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacttttgactttgttcagcaaatgtatgtccaaaggatccaatt 6784563  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatg 160  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  6784562 gatttctgttatgataattcaaggaccaatttgatg 6784527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 25 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 24206914 - 24206779
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | || ||||| | |    
T  24206914 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaattgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgtccaaaggatcaaatt 24206815  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatg 160  Q
    ||| |||||| | | |||||||||||| ||||||||    
T  24206814 gatttctgttataataattcaaggaccaatttgatg 24206779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 116 - 183
Target Start/End: Original strand, 37021390 - 37021457
Alignment:
Q  116 gatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatc 183  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  37021390 gatcacattgatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggttttttcattaatttgaggatc 37021457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 62 - 122
Target Start/End: Original strand, 37646222 - 37646283
Alignment:
Q  62 atcaaagtgtatgtctttt-acttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcaca 122  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37646222 atcaaagtgcatgtctttttactttttactttgttcagcaaatatatgcaccaaagatcaca 37646283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 86 - 167
Target Start/End: Original strand, 161219 - 161300
Alignment:
Q  86 ttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtatttt 167  Q
    ||||||||||  ||| || |||||||||| ||||||  ||| |||||||   | ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  161219 ttactttgttatgcacatatatgcaccaaggatcacgttgacatctgtttaaataattcaaggacttatttgatggtatttt 161300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 41761112 - 41760937
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41761112 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 41761013  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41761012 aaggatcacagtgatatctggtatgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 41760937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 42981359 - 42981534
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42981359 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 42981458  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42981459 aaggatcacagtgatacctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttaaggatcgatat 42981534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 11255315 - 11255140
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||     
T  11255315 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatatctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgctcagcaaatgtatgcact 11255216  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11255215 aatgatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 11255140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 35403053 - 35402878
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35403053 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtctgtcgtttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 35402954  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35402953 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatattttcactaatttgaggatcgatat 35402878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 49523871 - 49524046
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49523871 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtgtttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 49523970  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49523971 aaggatcacagttatatttgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 49524046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 188
Target Start/End: Original strand, 43520178 - 43520352
Alignment:
Q  14 catcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacca 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43520178 catcaaatatatgacttatgatggtatgaaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacca 43520277  T
Q  114 aagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  43520278 aggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggatctatttgatggtatttaaactaatttgaggatcgatat 43520352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 182
Target Start/End: Original strand, 51012666 - 51012835
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51012666 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtgtgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 51012765  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggat 182  Q
    || |||| || | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51012766 aaggatcgcagtaatatctgttgtgaaaatttaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggat 51012835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 2692671 - 2692496
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||    
T  2692671 acatcaaatgtatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcaacaaatgtatgaacc 2692572  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  2692571 aaggatcacaatgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatgatattttcactaatttggggatcgatat 2692496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 54386880 - 54387055
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54386880 acatcaaatgtatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 54386979  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||  ||  || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54386980 aagaattgcagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgatat 54387055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 48646130 - 48645957
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  48646130 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtct--ctttttacaatcaaagtatttgtcttttactttttactttattcagcaaatgtatgcacc 48646033  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48646032 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattcaaggacttatttgatggtattttcactaatttggggatcgatat 48645957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 41782261 - 41782436
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  41782261 acatcaaatatatgacttatgatagtgtgcatatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgtttagcaaatgtatgcacc 41782360  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  41782361 aaggatcacggtgatatctgttgtgaaaaatcaaggaccaatttgatgatattttcactaatttgaggattgatat 41782436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 320035 - 319875
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |    
T  320035 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcacaaaggatcacatt 319936  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  319935 gatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 319875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4172875 - 4172715
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |    
T  4172875 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcacaaaggatcacatt 4172776  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4172775 gatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 4172715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Original strand, 33265336 - 33265496
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |    
T  33265336 tgacttatgatataatgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcacaaaggatcacatt 33265435  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33265436 gatatctgttatgataattcaaggaccaatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 33265496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 166
Target Start/End: Original strand, 11602416 - 11602569
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||    
T  11602416 acatcaaatgtgtgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttacaatcaaagtgtatgtcttttactttttactttgtttagcagatgtatgcacc 11602515  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattt 166  Q
    || ||||||| |||||| ||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||    
T  11602516 aaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattgaacgacttatttgattgtattt 11602569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 39 - 185
Target Start/End: Original strand, 43507993 - 43508139
Alignment:
Q  39 atgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtga 138  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||| |||    
T  43507993 atgcaaatgtttgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttacattttactttgttcagcaaatgtatgcacaaaggatcacattgatatttgttatga 43508092  T
Q  139 aaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
     |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43508093 taattcaaggaccaatttgatggtatcttcactaatttgaggatcga 43508139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 62 - 188
Target Start/End: Original strand, 11640838 - 11640964
Alignment:
Q  62 atcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgg 161  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| || ||| |||||||| |    
T  11640838 atcaaagtgtatgttttttactttttactttgttcagcagatgtatgcaccaaggatcacagtgatatatgttgtgaaaattgaacgacttatttgattg 11640937  T
Q  162 tattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||    
T  11640938 tattttcactaatttggagatcgatat 11640964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 13 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 52867542 - 52867414
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||           ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52867542 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtttgtc-----------aaagtgtctgtcttctactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 52867454  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacct 152  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52867453 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacct 52867414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 834427 - 834268
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   ||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||  | || ||||| | |    
T  834427 tgacttatgatataatgaaaatgtttgtctttttatattcaaagtgtttgtcttttatttttt-ctttgttcagcaaatgtatgtccaaaggatcaaatt 834329  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||| | |||| |||||||| ||||||||    
T  834328 gatttctgttatgataattcaaggaccaatttgatgttttttttactaatttaaggatcga 834268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 185
Target Start/End: Original strand, 5438536 - 5438691
Alignment:
Q  25 tgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcaccaaagatcacaat 124  Q
    |||||||||||   ||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||  | || ||||| | |    
T  5438536 tgacttatgatataatgaaaatgtttgtctttttatattcaaagtgtttgtctttta-ttttttctttgttcagcaaatgtatgtccaaaggatcaaatt 5438634  T
Q  125 gatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcga 185  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||    |||||||| | |||| |||||||| ||||||||    
T  5438635 gatttctgttatgataattcaagg----atttgatgttttttttactaatttaaggatcga 5438691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0564 (Bit Score: 144; Significance: 6e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:

Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 9008 - 9183
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  9008 acatcaaatatatgacttatgatagtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcggcagatgtatgcacc 9107  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9108 aaggatcacagtgatatctattgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 9183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 301 - 476
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  301 acatcaaatatatgactcctgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtttgtcttttactttttactttgttcggcaaatgtatgcacc 400  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  401 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctgtttgatggtatttttactaatttgaggatcgatat 476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 2)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 4043 - 4218
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4043 acatcaaatatatgacttatgatggtataaaaatgtctgtcttttgataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 4142  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  4143 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatatttaaactaatttgaggatcgatat 4218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Original strand, 5215 - 5390
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5215 acatcaaatatatgacttatgatggtataaaaatgtctgtcttttgataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 5314  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  5315 aaggatcacagtgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatgatatttaaactaatttgaggatcgatat 5390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 128; Significance: 2e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 107970 - 107795
Alignment:
Q  13 acatcaaatatatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtatgtcttttacttcttactttgttcagcaaatgtatgcacc 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  107970 acatcaaatgtatgacttatgatggtatgcaaatgtctgtctttttataatcaaagtgtctgtcttttactttttactttgttcagcaaatgtatgcacc 107871  T
Q  113 aaagatcacaatgatatctgttgtgaaaattcaaggacctatttgatggtattttcactaatttgaggatcgatat 188  Q
    || ||||||| |||| | | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  107870 aatgatcacagtgatttatattgtgaaaatttaaggacttatttgatggtattttcactaatttagggatcgatat 107795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University