View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10957_high_1 (Length: 1121)

Name: NF10957_high_1
Description: NF10957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10957_high_1
NF10957_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-1121)||(42444816-42445936)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1109; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1109; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1121
Target Start/End: Complemental strand, 42445936 - 42444816
Alignment:
Q  1 cagggggaatggccatgccgctaggatgttcacgcctggtcctataatatccggtttcaatataccaggactcggcaagttgggacctcttgaagagaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445936 cagggggaatggccatgccgccaggatgttcacgcctggtcctataatatccggtttcaatataccaggactcggcaagttgggacctcttgaagagaat 42445837  T
Q  101 gatgcaacggatggcgctaaggagttcccgataatcgttcccttaaacgaaatggttgctgtcggtgaagtggaatttatgtaggccttgatctttagtc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445836 gatgcaacggatggcgctaaggagttcccgataatcgttcccttaaacgaaatggttgctgtcggtgaagtggaatttatgtaggccttgatctttagtc 42445737  T
Q  201 cagcagcatagcttacatgtgttgctggtaggacatgtacatcagctgagagactgaaaccattgagttcatcattcatgagaatcatggcggcaccacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445736 cagcagcatagcttacatgtgttgctggtaggacatgtacatcagctgagagactgaaaccattgagttcatcattcatgagaatcatggcggcaccacc 42445637  T
Q  301 tgctctttgtacttcctgtcctttggcaattcttcctataccccctcccctctcacacaaaacaacctttcctctgaagtcaatgtcactcaaggatcca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445636 tgctctttgtacttcctgtcctttggcaattcttcctataccccctcccctctcacacaaaacaacctttcctctgaagtcaatgtcactcaaggatcca 42445537  T
Q  401 ttagcacaaaatgaagattctactttgccatttattcctgcatatgctaagggcaacagtgttggagagaaatcggaaggctggaaaacagattcgccct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445536 ttagcacaaaatgaagattctactttgccatttattcctgcatatgctaagggcaacagtgttggagagaaatcggaaggctggaaaacagattcgccct 42445437  T
Q  501 caaattcttccccatttccaagcactgctgttgccacaatggttctgtcaatagtgcttgctccaactgtgagcatccatggggctccattaaccaagga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445436 caaattcttccccatttccaagcactgctgttgccacaatggttctgtcaatagtgcttgctccaactgtgagcatccatggggctccattaaccaagga 42445337  T
Q  601 ggcatcagaaggaccaaagtttcctgctgcaatacttacaaagattcccttctgaattgctgcaaaagcgcctatggcagtgctatcattgaaaaatgga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445336 ggcatcagaaggaccaaagtttcctgctgcaatacttacaaagattcccttctgaattgctgcaaaagcgcctatggcagtgctatcattgaaaaatgga 42445237  T
Q  701 ggaggctcacttagaccaagtgatatcgatattacatccacaccatcctccacagctgcatctaatgccgcaagtatattactctcggcacagtcttctc 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445236 ggaggctcacttagaccaagtgatatcgatattacatccacaccatcctccacagctgcatctaatgccgcaagtatattactctcggcacagtcttctc 42445137  T
Q  801 caaagcacactttgtaaattgctaggtgagcatgaggagccatccctgctgccgtacctttagcatttcctagcacttctgcattgtcgacaaaagcacc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42445136 caaagcacactttgtaaattgctaggtgagcatgaggagccatccctgctgccgtacctttagcatttcctagcacttctgcattttcgacaaaagcacc 42445037  T
Q  901 agccgctgtacttgctgtgtgagtcccgtgtccatcctcatcaattggtgcttcagctttctctccttttactgctgcattgttgaaggatcttgctcca 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445036 agccgctgtacttgctgtgtgagtcccgtgtccatcctcatcaattggtgcttcagctttctctccttttactgctgcattgttgaaggatcttgctcca 42444937  T
Q  1001 attaatttgttgttacaaactgtaccattaagttcgcatctccctttccatttcgacggtggtggtggtattcctgcgtcactaaacgaaggatgatcat 1100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444936 attaatttgttgttacaaactgtaccattaagtttgcatctccctttccatttcgacggtggtggtggtattcctgcgtcactaaacgaaggatgatcat 42444837  T
Q  1101 caggtgtgattcctgaatcta 1121  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  42444836 caggtgtgattcctgaatcta 42444816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University