View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10957_low_10 (Length: 698)

Name: NF10957_low_10
Description: NF10957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10957_low_10
NF10957_low_10
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (18-682)||(7969691-7970356)
chr7 (112-643)||(37576793-37577316)
chr7 (300-361)||(37586681-37586742)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (248-680)||(25469213-25469645)
chr5 (63-646)||(32762671-32763248)
chr5 (210-639)||(28474538-28474968)
chr5 (245-678)||(32739730-32740163)
chr5 (247-661)||(32767557-32767971)
chr5 (204-590)||(32857976-32858366)
chr5 (247-680)||(32651840-32652273)
chr5 (245-639)||(32656093-32656488)
chr5 (274-682)||(32662009-32662417)
chr5 (112-682)||(32557757-32558330)
chr5 (222-682)||(32709825-32710294)
chr5 (203-275)||(25477501-25477573)
chr5 (36-171)||(28475014-28475146)
chr5 (616-670)||(32857909-32857962)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (36-638)||(17591086-17591686)
chr1 (203-638)||(17583179-17583615)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (215-670)||(21524198-21524656)
chr4 (120-172)||(2166603-2166655)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (245-646)||(16752146-16752554)
chr2 (141-466)||(16756838-16757170)
chr2 (557-682)||(16756592-16756716)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 682
Target Start/End: Original strand, 7969691 - 7970356
Alignment:
Q  18 aaaagaagttcatgatcaaaatcaataagagaaattttgagacaaatatttcaagaactgatacaaaaa-tagagaacactagcaaccnnnnnnnggcat 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       |||||    
T  7969691 aaaagaagttcatgatcagaatcaataaaagaaattttgagacaaatatttcaagaactgatacaaaaaatagagaacactagcaacctttttttggcat 7969790  T
Q  117 ttgcaaaactgatgaatttgagataaataaaatgctagtgtataaatccaaaacattcaagatattaataagacttcaattggacaaaaaaccaaagcaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7969791 ttgcaaaactgatgaatttgagataaataaaatgctagtgtataaattcaaaacattaaagataataataagacttcaattggacaaaaaaccaaagcaa 7969890  T
Q  217 agaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagtt 316  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7969891 agaaaaggagatagggcataccgtgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagtt 7969990  T
Q  317 gctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaag 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  7969991 gctaaagtaaactgttggacgttcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccgatatatcataactatactcggacccagaag 7970090  T
Q  417 agtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaac 516  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||  ||||||||| || ||||| ||||||| ||| || || |||| ||||||||||||||     
T  7970091 agttaggaccaatgcagcaaatattgactgcttttcccaaactcatagtattgttatttagaataaatagttttccgtcattttcctcttgaagaacaat 7970190  T
Q  517 ggtttcatcattaga-atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcact 615  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||| ||||    
T  7970191 ggtttcaccattagacatcaaggagacaatgaaggagtgaccataagaaaattcgatttgagaatccccatgtttatggctgaaatggttggacaacact 7970290  T
Q  616 tttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaaaaggggcaggaacatggctcatagatacattcttct 682  Q
    | |||||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||| ||| |||||||  ||||||| |||||||||    
T  7970291 tctgatgacgcaacaaagtcacaacctg-aaaggggacagtaacatggtacatagatgcattcttct 7970356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 112 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 37577316 - 37576793
Alignment:
Q  112 ggcatttgcaaaactgatgaatttgagataaataaaatgctagtgtataaatccaaaacattcaagatattaataagacttcaattggacaaaaaaccaa 211  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||    ||||||| |||||||| |||||||   |||| | |||||||| ||  || ||| |||||||  |    
T  37577316 ggcatttgaaaaactgatgaatttgagattaa----atgctagagtataaattcaaaacaa--aagaaaataataagattttgatagga-aaaaaac--a 37577226  T
Q  212 agcaaagaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaa 311  Q
    |||||||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37577225 agcaaagaaaaggatataggaggtaccatgggggatatgcaaatttctagctcgagaggttcagaagaaccaaatggaatcacaaggaactctaatgaaa 37577126  T
Q  312 gagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactc 411  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||||   | |||  |||||||||||||||||| | |||   |||     
T  37577125 gagttgataaagtaaaccgttgcacattcttcgcaaacgactgaaatttcggtttgcatgcttgagatctagccaatatatcataaccacactcgtactg 37577026  T
Q  412 agaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaaga 511  Q
    |||||| ||||| | |||||| ||||| ||||  || ||||| |||||||||||| |||| || || ||||||| ||||||| | || ||||||||||||    
T  37577025 agaagactttggactaatgcaacaaatattgattgcatttccaaaaagcatagtactattattgagaataaatagtttgccaacattattctcttgaaga 37576926  T
Q  512 acaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggaca 610  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||| | |||  || |||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||    
T  37576925 acaatagtttcatcattagacttcaaggagacaataacggacagaccataagaaaacttggtctgagaatccccgtgtttatggctgaaatgcttagaca 37576826  T
Q  611 gcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctg 643  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  37576825 acacttctgatgatgcaacaaagtcacaatctg 37576793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 300 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 37586742 - 37586681
Alignment:
Q  300 actctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttc 361  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||   ||||| |||| ||||||||||||    
T  37586742 actctcatgaaagagttgttaaagtaaaccgttggatattcttcacaaacgactgtaatttc 37586681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 248 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 25469645 - 25469213
Alignment:
Q  248 atgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaa 347  Q
    |||||||| |||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||| | |||||||  |||||||||    
T  25469645 atgcaaatttctatctcgagaggttcagaaaaaccaaatggaatcacaaggaactttgatgaaagagttttcaaagtaacccgttggacattcttcgcaa 25469546  T
Q  348 aagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgc 447  Q
    |||  || |||||||| |  |  |||| |||   ||| || |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  25469545 aagtgtgaaatttcagctcactcatcttagaacaagctaaaatattataactatacttggactcagaagattttggaccaatgcagcaaacattgaccgc 25469446  T
Q  448 gtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattagaa-tcaaggagaaaatg 546  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  25469445 gtttcccaaaaacatagtaatatttttgaggataaataattggccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattagaattcaaggagacaatg 25469346  T
Q  547 aaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaa 646  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  25469345 aaggagtgatcataagaaaatttattttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctg-aa 25469247  T
Q  647 aaggggcaggaacatggctcatagatacattctt 680  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25469246 aaggggcagtaacatggctcatagatacattctt 25469213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 63 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 32763248 - 32762671
Alignment:
Q  63 atatttcaagaactgatacaaaaatagagaacactagcaaccnnnnnnnggcatttgcaaaactgatgaatttgagataaataaaatgctagtgtataaa 162  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||        |   ||| || |||||||||||||||    ||||||  |||  |||||||    
T  32763248 atatttcaagaactgatccaaaaatagaaaacactaacaaccttagttttgacattgaaacactgatgaatttgag----ataaaacacta--gtataaa 32763155  T
Q  163 tccaaaacattcaagatattaataagacttcaattggacaaaaaaccaaagcaaagaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagc 262  Q
    | ||||||| | |||| | ||| ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32763154 ttcaaaaca-taaagaaaataacaagactttaattggggaaaaaacaaaagcaaagaaaaggagataggaggtaccatgggggttatgcaaatatctagc 32763056  T
Q  263 ttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttca 362  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  32763055 ttgagaggttcggaagaagcaaatggaatcacaagaaactctgatgaaagagttgctaaagcaacacgttggacgttcttcacaaaagactgtaatttca 32762956  T
Q  363 gtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcat 462  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || || | ||||||||| ||||| || ||||| |||||  |    
T  32762955 gtttgcatatctgagagctagccaatatatcataactatactcagactcagaagagttaggaccgaggcagcaaatattgactgcatttcctaaaagtgt 32762856  T
Q  463 agtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataa 561  Q
    |||  |||| || || ||||| | ||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  | |||||    
T  32762855 agttctattattgagaataaacagtttgccatcattttcctcttgaaggacaatggtttcatcattagacttcaaggagacaatgaaggagccaccataa 32762756  T
Q  562 gaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaa 646  Q
    ||||||||| | |||||||||| |||||| ||||| | |||| |||||| ||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  32762755 gaaaatttgatgtgagaatccctgtgtttatggctgacatggttggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacaacctgaaa 32762671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 210 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 28474968 - 28474538
Alignment:
Q  210 aaagcaaagaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatga 309  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  28474968 aaagcaaagaaaaggagataggaggtaccatgggggttatacaaatatctagcttgagaggttcggaagaaccaaatggaatcacaagcaactctgatga 28474869  T
Q  310 aagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgac 409  Q
    | |||||||||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  28474868 aggagttgctaaagcaacctcttggacgttcttcacaaaagactgtaaagtcagtttgcatatctgagacctagccaatatatcataactatactcggac 28474769  T
Q  410 tcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaa 509  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||||  | |||||||||||  | ||  |||| || || ||||||| |||||| ||  ||| ||||||||    
T  28474768 tcagaagagttaggaccaatgcagcaaatattgactccatttcccaaaagtgtggttctattattgagaataaatagtttgccctcagtttcctcttgaa 28474669  T
Q  510 gaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctgga 608  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||    
T  28474668 gaacaatggtttcatcattagacttcaaagagacattgaaggagtgaccataagaaaatttgattcgagaatccccatgtttatggctgaaatggttgga 28474569  T
Q  609 cagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaa 639  Q
    || ||||| |||||||||| | |||||||||    
T  28474568 caacacttctgatgatgcagcaaagtcacaa 28474538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 245 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 32740163 - 32739730
Alignment:
Q  245 gttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcg 344  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||| |    
T  32740163 gttatgcaaatttctaacttgagaggttcagaagaactaaatggaatcacaaggaactttgatgaaagatttgctaaagtaatctgttggacattcttgg 32740064  T
Q  345 caaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgac 444  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||| |||| ||||||||| |||||    
T  32740063 caaaagagtgtaatttcagtttacatatctgagacgtagccaatatatcgtaactatactcagactcagaagcgtctggaccaaagcagcaaatattgac 32739964  T
Q  445 cgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaa 543  Q
     || ||||| || | | ||||| |||| || || ||||||| |||| |||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |    
T  32739963 agcatttcctaacaacgtagtactattattgagaataaatagtttgtcatcattttcctctcgaagaacaatggtttcatcattagacttcaaggagata 32739864  T
Q  544 atgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctg 643  Q
    | |||||| ||| ||| |||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||  |||||  | |||| ||||| ||||||| |||| ||||||||  |||    
T  32739863 acgaaggattgaccattagaaaatttgatttgcgaatccccatgtttatggcagaaatgcatagacaacacttctgatgattcaacaaagtcacatcctg 32739764  T
Q  644 aaaaaggggcaggaacatggctcatagatacattc 678  Q
     ||||||| ||| ||||||||| || ||| |||||    
T  32739763 -aaaagggacagtaacatggcttatggatgcattc 32739730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 247 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 32767971 - 32767557
Alignment:
Q  247 tatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgca 346  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  | ||| ||    
T  32767971 tatgcaaatttctagcttgagtggttcagaagagccaactggaatcacaaggagctctgatggaagagttgctaaagtaaactgctggacatttttcaca 32767872  T
Q  347 aaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccg 446  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| || |||||||||||||| | ||| |    
T  32767871 aaagactgtaatttcagtttgcatgtctgagacctagccaatatatcataactatactcggactcagaggagttaggaccaatgcagcaaatatagactg 32767772  T
Q  447 cgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaat 545  Q
    | ||||| ||||| |||||| |||| || || ||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||| || || |||||| ||  | ||||||| |||    
T  32767771 catttcctaaaagtatagtactattattgagaataaatagtttgccatcattttcctcctgaagaacaatggcttgatcattggactttaaggagacaat 32767672  T
Q  546 gaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaa 645  Q
    |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||| || ||||||| |||| |||||| |||||| ||||| ||||| |||| | ||| ||||| || ||    
T  32767671 gaaggagtgaccataattaaatttgatttgagaattccggtgttttcggctgaaatggttggacaacacttctgatgttgcagcaaagccacaacct-aa 32767573  T
Q  646 aaaggggcaggaacat 661  Q
    || ||||||| |||||    
T  32767572 aatggggcagtaacat 32767557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 204 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 32858366 - 32857976
Alignment:
Q  204 aaaaccaaagcaaagaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggt---tcagaagaacgaaatggaatcacaaggaa 300  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||   ||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  32858366 aaaagcaaagaaaagaaaaggagataggaggtaccatgggggctatgcaaatatctagcttatgaggtggttcaaaagaaccaaatggaatcacaaggca 32858267  T
Q  301 ctctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataacta 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||    
T  32858266 ctctgatgaaagagttgctaaagtaaaccgttggacgtatttcacaaaagactgtaatttcaatttgcatatctgagacctagccgatatatcagaacta 32858167  T
Q  401 tactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttt 500  Q
    ||||| || ||| ||||||| || |||||||| ||||| || || || ||||| |||  || |||| |||| || || ||||||| ||||||||| ||||    
T  32858166 tacttggattcacaagagttaggaccaatgcaacaaatattaactgcatttcctaaactcagagtactattattgagaataaatagtttgccatcatttt 32858067  T
Q  501 tctcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgttt 590  Q
     || ||||||||||| ||||||| | |||||  ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  32858066 ccttttgaagaacaatggtttcaactttagacttcaaggagacaatgaaggagtgaccatacgaaaattggatttgagaatccctgtgttt 32857976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 247 - 680
Target Start/End: Original strand, 32651840 - 32652273
Alignment:
Q  247 tatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgca 346  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||||||    |||  ||    
T  32651840 tatgcaaatttctagcttcagaggttcagaagaaccaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagatttgctgaagtaacacgttggaaatccttacca 32651939  T
Q  347 aaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccg 446  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||  || ||||||| ||||||| |||||| ||||| |    
T  32651940 aaagactgtaatttcagtttgcacatctcagacctagccaatatatcataactatattcagactcgtaaaagtttggaccaatgccgcaaatattgactg 32652039  T
Q  447 cgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaat 545  Q
    | |||||||   ||||||| |||||  | ||   ||||| ||||||||       |||||||| ||||| ||||| ||| |||||  ||||||||| |||    
T  32652040 catttcccatttgcatagttttattactgagatcaaatagtttgccataacccgcctcttgaaaaacaatggtttgatcgttagacttcaaggagacaat 32652139  T
Q  546 gaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaa 645  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||| |||||| |||||  ||||| | ||| |||||  |  ||||||||| |||||||||||| |||| ||||  || |    
T  32652140 gaaggaatgaccataaaaaaatttgatttgagtatccctttgtttattgctgaaatgcttatacagcacttctgatgatgcaacaaagtgacaacttgga 32652239  T
Q  646 aaaggggcaggaacatggctcatagatacattctt 680  Q
    | | |||||| |||||||| ||| ||| |||||||    
T  32652240 aca-gggcagtaacatggcgcatggatgcattctt 32652273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 245 - 639
Target Start/End: Original strand, 32656093 - 32656488
Alignment:
Q  245 gttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcg 344  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||   || |  ||||||  ||||||    
T  32656093 gttatgcaaatttctagcttgagagcttcaaaagaaccaaatggaatcacaagcaactccgacgaaagagttgctaatacaaccgattggacattcttcg 32656192  T
Q  345 caaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgac 444  Q
    | ||||||||||||||||  ||||| |||| |||| || |||||||||| |||||| | |  |||||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||     
T  32656193 cgaaagactgtaatttcaagttgcacatctgagacctaaccaatatatcgtaactacattcagactcgaaagagtttggaccaatacagcaaatattgat 32656292  T
Q  445 cgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaa 543  Q
     || |||||||||||| |||   |||| || || ||||||| ||||||||   ||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |    
T  32656293 agcatttcccaaaagcgtagctctattattgagaataaatagtttgccataactttcctcttgaaaaacaatggtttcatccttagacttcaaggagaca 32656392  T
Q  544 atgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaa 639  Q
     ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||  |||||| | ||| |||||  | |||| |||||  ||||||||||| ||| |||||    
T  32656393 ttgaaggagtcaccataagaaaatttgatttgagaatccttgtgtttatcgctgaaatgcttagacaacacttcggatgatgcaacaaagccacaa 32656488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 274 - 682
Target Start/End: Original strand, 32662009 - 32662417
Alignment:
Q  274 agaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatc 373  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| || | ||   |||| ||   ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  32662009 agaagaaccaaatggaatcaaaaggaactctgaggaaggagttgcgaacgcaacacgttgaacatcctttgcaaaagactgcaatttcagtttgcacatc 32662108  T
Q  374 tcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattatttt 473  Q
    | |||| |||||||||||| ||| ||||| |  |||||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||  || |||||||||||  |||   |||| |    
T  32662109 tgagacctagccaatatataatatctatattcagactcgaaagagtttggaccaatacagcaaatattgatagcatttcccaaaagtgtagctctattat 32662208  T
Q  474 ttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgtt 572  Q
      || ||||||| ||||||||   ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||  | | | ||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  32662209 agagaataaatagtttgccataagtttcctcttgaaaaacaatggtttcatcattagacttgatgtagacaattaaggagtgaccataagaaaatttgat 32662308  T
Q  573 ttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaaaaggggcaggaacatggctcatagat 672  Q
     ||||||||||||||||| | ||| |||||  | |||| ||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| | |||||| |||||||| ||| |||    
T  32662309 atgagaatccccgtgtttatcgctgaaatgcttagacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacagcttgaaaca-gggcagcaacatggcacatggat 32662407  T
Q  673 acattcttct 682  Q
     |||||||||    
T  32662408 gcattcttct 32662417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 112 - 682
Target Start/End: Original strand, 32557757 - 32558330
Alignment:
Q  112 ggcatttgcaaaactgatgaatttgagataaataaaatgctagtgtataaatccaaaacattcaagatattaataagacttcaattggacaaaaaaccaa 211  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||| || | ||||||  ||||  ||  |||||||  ||||||| ||| ||| ||    
T  32557757 ggcatttgaaaaactgatgaatttgagataaa----atgctagagtatatattcgaaacataaaagaattttgtaagactataattggaaaaacaacgaa 32557852  T
Q  212 agcaaagaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaa---------tggaatcacaaggaact 302  Q
    || || ||| ||||||   ||  |||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||| |||         ||||||||  ||  |||    
T  32557853 agtaatgaagaggagaagagg--taccttgggggttatgcaaatttctagctcgagtggtttagaagaaccaaaataaccaaatggaatcatgagatact 32557950  T
Q  303 ctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactata 402  Q
    |||||||| |||||||| ||||| || ||||||   |||||| | |||| || || |||||   | || ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  32557951 ctgatgaatgagttgctgaagtagaccgttggatattcttcggagaagaatggaacttcagacgggatgtcttagacctagccaatatatcataactata 32558050  T
Q  403 ctttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttc 502  Q
        |  |||||||||||     ||||||||| ||| ||||| || ||||||| |||||||||| |||| || ||  |||||| ||| ||||| |||| |    
T  32558051 accggcttcagaagagttgacatcaatgcagctaatattgactgcatttcccagaagcatagtactattattgagagtaaatagtttcccatcattttcc 32558150  T
Q  503 tcttgaagaacaacggtttcatcattagaa-tcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaat 601  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||| |||||||||||| | || |||| ||||||||||| ||| | ||||    
T  32558151 tcttgaagaacagcagcttcatcattagaattcaacgagacagtgaaggagtgaccataagaaaattcgattagagagtccccgtgtttatggttgaaat 32558250  T
Q  602 ggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaaaaggggcaggaacatggctcatagatacattcttct 682  Q
    || |||||| ||||| | |||| ||||| || |||||| ||   || ||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  32558251 ggttggacaacacttctaatgaggcaacaaaatcacaacct-ttaacgggacagtaacatggcacatagatgcattcttct 32558330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 222 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 32710294 - 32709825
Alignment:
Q  222 aggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaa---------tggaatcacaaggaactctgatgaaag 312  Q
    ||||||||||   |||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||         ||||||||| ||||||  |||||||||    
T  32710294 aggagataggaggtaccttgggggttatgcaaatttctagctcgagaagttcagaagaaccaaaatgaccaaatggaatcacgaggaacgttgatgaaag 32710195  T
Q  313 agttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactca 412  Q
    |  ||||||| |||   |||||||  |||||| |||||||||||| ||||   ||||||| | |||| | ||||||||||||||   ||||   | ||||    
T  32710194 atctgctaaactaacgcgttggacattcttcggaaaagactgtaacttcaaactgcatatttgagacctggccaatatatcatactgataccacggctca 32710095  T
Q  413 gaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaa 512  Q
    ||| |||| || |||||||||| |||  ||||||| ||||||| |  || | || |||| || |||||||| | ||||||  |   || |||||||||||    
T  32710094 gaatagttaggaccaatgcagctaatactgaccgcatttcccagactcacaatactattattgaggataaacagtttgccgacacattcctcttgaagaa 32709995  T
Q  513 caacggtttcatcattagaatc-aaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacag 611  Q
    ||| || ||| |||||| | |  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||||| ||||| |||||  ||||||     
T  32709994 caatggcttcgtcattaaactttaaggagacaatgaaggagtgaccataagaaaatgtgctttgaaaatccttgtgtttatggctgaaatgattggacaa 32709895  T
Q  612 cacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaaaaggggcaggaacatggctcatagatacattcttct 682  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  32709894 cacttctgatgaggcaacaaagtcacaacctg-aaaggggacagtaacatggcacatacatacattcttct 32709825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 203 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 25477573 - 25477501
Alignment:
Q  203 aaaaaccaaagcaaagaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcag 275  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  25477573 aaaaaacaaagtaaagaaaaggatataggaggtaccatgggggttatgcaaatttctatcttgagaggttcag 25477501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 36 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 28475146 - 28475014
Alignment:
Q  36 aaatcaataagagaaattttgagacaaatatttcaagaactgatacaaaaatagagaacactagcaacc-nnnnnnnggcatttgcaaaactgatgaatt 134  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||  | |||||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||        |||||||  ||||||||||||||    
T  28475146 aaatcagtaaaagaaaatttgagactgacatttcaagaactaatccaaaaatagaaaacactaacaaccttagttttggcatttcaaaaactgatgaatt 28475047  T
Q  135 tgagataaataaaatgctagtgtataaatccaaaaca 171  Q
    ||||    |||||||||||  |||||||| |||||||    
T  28475046 tgag----ataaaatgctatagtataaattcaaaaca 28475014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 616 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 32857962 - 32857909
Alignment:
Q  616 tttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaaaaggggcaggaacatggctcatag 670  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  32857962 tttgatgatgcaacaaagtcacaacctg-aaagggggcagtaacatggctcatag 32857909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 36 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 17591686 - 17591086
Alignment:
Q  36 aaatcaataagagaaattttgagacaaatatttcaagaactgatacaaaaatagagaacactagcaaccnnnnnnnggcatttgcaaaactgatgaattt 135  Q
    |||||||||| ||||| |||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||       |||||||| |||||||| ||||      
T  17591686 aaatcaataatagaaaatttgagattgatatttcaagaactgatccaaaaatagaaaacactaacagcctttgtttggcatttgaaaaactgaagaataa 17591587  T
Q  136 gagataaataaaatgctagtgtata--aatccaaaacattcaagatattaataagacttcaattggac-aaaaaaccaaagcaaagaaaaggagataggg 232  Q
    ||      ||||||||||| |||||  ||| ||| ||||  |||| | ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17591586 ga------taaaatgctagagtatataaattcaatacataaaagaaaataataagactttaattggaggaaaaaaccaaagcaaagaaaaggagatagga 17591493  T
Q  233 cataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgtt 332  Q
      |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  17591492 ggtaccgtgcgggttatgcaaatatctagcttgagaggttcagaagaaccaaatggaatcacaagcaactctgatgaaagagttgctaaagtaacttgtt 17591393  T
Q  333 ggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgca 432  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  17591392 ggacgttcttcgcaaaagactgtaatttcagtatgcaattctgagacctagccaatatatcataattatagttggactcagaagagttaggaccaatgca 17591293  T
Q  433 gcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattaga- 531  Q
    |||||  ||||| || |||||||||||| ||||  |||| || || ||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||   |||||||||||||     
T  17591292 gcaaagattgactgcatttcccaaaagcgtagttctattattgagaataaatagtttaccatcattttcctcttgaagaacaataatttcatcattagac 17591193  T
Q  532 atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacga 631  Q
     ||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||| ||  ||||||||| ||||| || || |||||| |||||| ||||| |||||||||| | |    
T  17591192 ttcaaggagacagtgaaggagtaaccataagaaaatttgattatagaatccccatgtttatgcctgaaatggttggacaacacttctgatgatgcagcaa 17591093  T
Q  632 agtcaca 638  Q
    |||||||    
T  17591092 agtcaca 17591086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 203 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 17583615 - 17583179
Alignment:
Q  203 aaaaaccaaagcaaagaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaact 302  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||   |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  17583615 aaaaaccaaagcattgaaaaggaaataggaggtaccctgggggttatgcaaatatctagcttgagaggttcagaagaaccaaatggaatcacaagcaact 17583516  T
Q  303 ctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactata 402  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  17583515 ctgatgaaagagttgctaaaggaacctgttggacgttcttcacgaaagactgtaatttcagtttggatatctgagacctagccaatatatcataactata 17583416  T
Q  403 ctttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttc 502  Q
     |  |||||||||||||| || |||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| |  |||| || || ||||||| ||| ||||| |||| |    
T  17583415 gtcggactcagaagagttaggaccaatgcagcaaagattgactgcatttcccaaaagcatacttctattattgagaataaatagtttaccatcattttcc 17583316  T
Q  503 tcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaat 601  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||| || |    
T  17583315 tcttgaagaacaatggtttcatcattagacttcatggagacagtgaaggactgaccataagaaaatttgatttgagaatcaccatgtttatggctgaagt 17583216  T
Q  602 ggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcaca 638  Q
    || |||||| || || ||| |||||| | ||||||||    
T  17583215 ggttggacaacaattctgacgatgcagcaaagtcaca 17583179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 215 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 21524656 - 21524198
Alignment:
Q  215 aaagaaaaggagatagggcataccatgggggttatgcaaatgtctagcttgagaggt---tcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaa 311  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||   ||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  21524656 aaagaaaaggagataggaggtaccatgggggttatgcaaatatctagcttatgaggtggttcaaaagaaccaaatggaatcacaaggcactctcatgaaa 21524557  T
Q  312 gagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactc 411  Q
    |||||  |||||||||| ||| || |   ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21524556 gagttaataaagtaaaccgttagaagtatttcacaaaagactgtaatttcaatttgcatatctcagacctagccaatatatcataactatacttggactc 21524457  T
Q  412 agaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaaga 511  Q
    | |||||||  | |||||||| ||||| || || || ||||| |||  ||||||| |||| || || ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||    
T  21524456 aaaagagttatgaccaatgcaacaaatattaactgcatttcctaaactcatagtactattattgagaataaatagtttgccatcattttcctcttgaaga 21524357  T
Q  512 acaacggtttcatcattaga-atcaaggagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggaca 610  Q
    |||| ||||||| | |||||  ||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||   ||| |||||| | ||||    
T  21524356 acaatggtttcaactttagacttcaaggagacaatgaaggagtggccatacgaaaatttgatttgagaatccctgtgtttaaagctgaaatggtttgaca 21524257  T
Q  611 gcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaaaaggggcaggaacatggctcatag 670  Q
     ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  21524256 acacttctgatgatgcaacaaagtcacaacctg-aaagggggcagtaacatggctcatag 21524198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 172
Target Start/End: Original strand, 2166603 - 2166655
Alignment:
Q  120 caaaactgatgaatttgagataaataaaatgctagtgtataaatccaaaacat 172  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  2166603 caaaactggtgaatttgagataaaaaaaatgctagagtataaattcaaaacat 2166655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 5e-55; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 245 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 16752554 - 16752146
Alignment:
Q  245 gttatgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgttggacgctcttcg 344  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||  || |      
T  16752554 gttatgcaaatttctagcttgagaggtttggaagaaccatttggaatcataaggaactctggtgaaagagttcctaaagtaacctgttggacattcgtta 16752455  T
Q  345 caaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgcagcaaatgttgac 444  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| | |||   ||| ||||||||||||  ||||| ||||  ||||| |||| ||||||||| |||||    
T  16752454 caaaagagtgtaatttcagtttgcatctctgagacctggccttgataccataactatactcggactcggaagcatttggaccaaagcagcaaatattgac 16752355  T
Q  445 cgcgtttcccaaaagc------atagtattattttttaggataaataatttgccatcgtttttctcttgaagaacaacggtttcatcattaga-atcaag 537  Q
     || || |||||||||      |||||| ||||  | || ||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||  |  ||||||| |||  |||||    
T  16752354 tgcattccccaaaagcgtagtgatagtactattaatgagaataaatagtttgccatcatatttctcttgaagaataattgcatcatcatcagacttcaag 16752255  T
Q  538 gagaaaatgaaggagtgatcataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcac 637  Q
    |||| |||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||| |||||| |||||| ||| | |||||| ||||| || ||||    
T  16752254 gagacaatgaaagattgaccataagaaaatttgatttgagaatcctcgtgtttattgctgaaatggttggacaacacctctgatgaggcaacaaaatcac 16752155  T
Q  638 aatctgaaa 646  Q
    || ||||||    
T  16752154 aacctgaaa 16752146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 141 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 16757170 - 16756838
Alignment:
Q  141 aaataaaatgctagtgtataaatccaaaacattcaagatattaataagacttcaattggacaaaaaaccaaagcaaagaaaaggagatagggcataccat 240  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||  ||||||||||||||||| |||||   |||| |    
T  16757170 aaataaattgctagagtataaattcaaaacataaaagataataataagactttaataggaaaaaaa--caaagcaaagaaaaggaaataggtggtaccgt 16757073  T
Q  241 gggggtt---------atgcaaatgtctagcttgagaggttcagaagaacgaaatggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaaactgt 331  Q
    |||||||         ||||||||  | |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||     
T  16757072 gggggttgtgggagttatgcaaattacaagctcgagaggttcagaagaaccaattggaatcacaaggaactctgatgaaagagttgctaaagtaacttga 16756973  T
Q  332 tggacgctcttcgcaaaagactgtaatttcagtttgcatatctcagacttagccaatatatcataactatactttgactcagaagagtttggtccaatgc 431  Q
    || |   |||| ||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||   |||| |||| ||    
T  16756972 tgcaaattctttgcaaacgagtgtaatttcagtttgcatttctgagacctagccgatatatcataactatactcggacacagaagcagttggaccaaagc 16756873  T
Q  432 agcaaatgttgaccgcgtttcccaaaagcatagta 466  Q
    | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  16756872 aacaaatattgactgcatttcccaaaagcatagta 16756838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 557 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 16756716 - 16756592
Alignment:
Q  557 cataagaaaatttgttttgagaatccccgtgtttttggctaaaatggctggacagcacttttgatgatgcaacgaagtcacaatctgaaaaaggggcagg 656  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||  ||||| ||| | |||||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||      
T  16756716 cataataaaaattgatttgagaatcctcgtgtttatggctgaaatggtcggacaacacctctgatgaagcaacaaagtcacaacctg-aaagggggcaat 16756618  T
Q  657 aacatggctcatagatacattcttct 682  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||    
T  16756617 aacatggcacatagatgcattcttct 16756592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University