View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10957_low_3 (Length: 906)

Name: NF10957_low_3
Description: NF10957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10957_low_3
NF10957_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-890)||(50530151-50531019)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 694; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 694; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 890
Target Start/End: Original strand, 50530151 - 50531019
Alignment:
Q  12 gagcacagaaaccggcaatggcgtaagatagaacaacggaagggccagcgtgaacacgggtagcgtggccagtggtgacgaagactccggcgccgaccat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50530151 gagcacagaaaccggcaatggcgtaagatagaacaacggaagggccagcgtgaacacgggtagcgtggccagtggtgacgaagactccggcgccgaccat 50530250  T
Q  112 tccaccgataccaaagctgactaagtcaaaccaacggagggttttgcgcatgctgttaccggacctagctcgaacgcggctcatttcttcgtaagaagtg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50530251 tccaccgataccaaagctgactaagtcaaaccaacggaggcttttgcgcatgctgttgccggacctagctcgaacacggctcatttcttcgtaagaagtg 50530350  T
Q  212 gagacggagaagccgcgacgagcaaagcgagagggagttttagcgacggcttggagatagtttgggaggctcgaaaacgatgagccatggcttgtcattg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50530351 gagacggagaagccgcgacgagcaaagcgagagggagttttagcgacggcttggagatagtttgggaggctcgaaaacgatgagccatggcttgtcattg 50530450  T
Q  312 cgtgcgctctttggttttgtttttctgtgtgtgatgatgtgcgttatggatgggtttgaaagacagcttttataacccnnnnnnnnnnnnnnnngcaaca 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||    
T  50530451 cgtgcgctctttggttttgtttttctgtgtgtgatgatgtgcgttatggatgggtttgaaagacagcttttataacc----------tctctctgcaaca 50530540  T
Q  412 aagtgcaaaaagattgctgtgaacagtttcactgttttagttcactgaactagtaaccagtaaagtatcaaatcatagctaaggataatgctatttatta 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50530541 aagtgcaaaaagattgctgtgaacagtttcactgttttagttcactgaactactaaccagtaaagtatcaaatcatagcgaaggataatgctatttatta 50530640  T
Q  512 ttttaccatactcttacgtttataaatattcattcccctggtcnnnnnnntaatataaatattcctaccataattcattcattttatttattttttaatt 611  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50530641 ttttaccaaactgttacgtttataaatattcattcccctggtcaaaaaaataatataaatattcctaccataattcattcattttatttattttttaatt 50530740  T
Q  612 atgaagtttctaccttactttatacacgactaatctacttgtatgtttggttgtacgttgaatcgtaaattctaacatttcgatatcattttaatgttaa 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  50530741 atgaagtttctaccttactttatacatgactaatctactagtatgtttggttgtaagttgaatcgtaaattctaacatttcgatgtcattttaatgttaa 50530840  T
Q  712 aaatatagaagtcataaattatgacatcagattaaaaatacatttaatggactctcaccgctaaagcaaatatatactacatgatttgtggggtgatgtg 811  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50530841 aaatatagaagtcataaactatgacatcagactaaatataagtttagtggactctcaccgctaaagcaaacgtatactacatgatttgtggggtgatgtg 50530940  T
Q  812 aatatatagaagtcacaaattgtgacatcaggtacgtttaatggactctcactcttaaagcaaatgtatactgcatcgt 890  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| ||| | ||||||||    
T  50530941 aatatatagaagttacaaattgtgacatcaggtatgtttagtggactctcacctttaaagcaaacgtaaattgcatcgt 50531019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University