View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10959_low_16 (Length: 348)

Name: NF10959_low_16
Description: NF10959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10959_low_16
NF10959_low_16
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (14-332)||(1697978-1698296)
chr7 (51-333)||(2124742-2125024)
chr7 (51-332)||(2103669-2103950)
chr7 (58-332)||(2137263-2137537)
chr7 (51-332)||(2064560-2064841)
chr7 (51-332)||(2134139-2134420)
chr7 (51-332)||(2097372-2097653)
chr7 (51-332)||(2071668-2071949)
chr7 (118-332)||(2121417-2121631)
chr7 (51-332)||(2693038-2693319)
chr7 (118-332)||(2055337-2055551)
chr7 (73-332)||(2246851-2247110)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 14 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 1698296 - 1697978
Alignment:
Q  14 aggcagaaggtggtgaaaaagaaagccctgcgtgatcatctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1698296 aggcagaaggtggtgaaaaagaaagccctgcgtgatcatctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatc 1698197  T
Q  114 ttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtataggacctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1698196 ttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtataggacctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgttga 1698097  T
Q  214 ggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatccagtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttg 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1698096 ggaatcttccccgacagattgttgaaagaaagatccagtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttg 1697997  T
Q  314 acaagttgagcaaaacaag 332  Q
    |||||||||||||||||||    
T  1697996 acaagttgagcaaaacaag 1697978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 51 - 333
Target Start/End: Original strand, 2124742 - 2125024
Alignment:
Q  51 atctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtatagga 150  Q
    |||||| ||||||||| |||  ||||||||| |||| |||||||| || |||||||||| |||||  |||||||| ||||| | ||| || |||||||||    
T  2124742 atctatacacttcttcaacaactgatccccatacaaaccttggttaccctcaaatgaatcatctttgaatgtagaaaactgattattttgtggtatagga 2124841  T
Q  151 cctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatcca 250  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||| |  | ||  |||||| | ||||| || ||||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  2124842 cctgtgagattgttaaaggacacatttaagtactccaaaaaggtgatttctgccaactgttggggaatttttcctgaaagactgttgagagaaagatcta 2124941  T
Q  251 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaagt 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  2124942 gtgcttcaaggtttgaaagattccctaaggaagatggtatgctgccaataaggtggttatttgacaagttgagtaaaacaagt 2125024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 2103669 - 2103950
Alignment:
Q  51 atctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtatagga 150  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||  |||||||| || |||||||||| | |||  |||||||| ||||| | ||| || |||||||||    
T  2103669 atctatacacttctttaacagctgatccccacacagaccttggttaccctcaaatgaatcacctttgaatgtagaaaactgattattttgtggtatagga 2103768  T
Q  151 cctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatcca 250  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||| |  | ||  ||||||   ||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  2103769 cctgtgagattgttaaaggacacatttaagtactccaaaaaggtgatttctgccaactgttcgggaattttccctgaaagactgttgagagaaagatcta 2103868  T
Q  251 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaag 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2103869 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggaatgctgccaataagattgttattcgacaagttgagcaaaacaag 2103950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 58 - 332
Target Start/End: Original strand, 2137263 - 2137537
Alignment:
Q  58 cacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtataggacctgaga 157  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |  ||  |||||||| ||||| | ||| || ||||||||||||| ||    
T  2137263 cacttcttcaacagctgatccccacacaatccttggttaccctcaaatgaatcacttttgaatgtagaaaactgattattttgtggtataggacctgtga 2137362  T
Q  158 gattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatccagtgcttc 257  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||| |  | ||  |||||| | ||||| || ||||| ||| |||||  ||||||||| ||||||||    
T  2137363 gattgttaaaggacacatttaagaacgccaaaaaggtgatttctgccaactgttggggaatttttcctgaaagactgttgcgagaaagatctagtgcttc 2137462  T
Q  258 aaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaag 332  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  2137463 aaggttcgaaagcttccctaaggaagatggaatgctgccaataaggtggttatttgacaagttgagcaaaacaag 2137537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 2064560 - 2064841
Alignment:
Q  51 atctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtatagga 150  Q
    |||||| ||||||||  |||  |||||||||||||  ||||| || || |||||||||| | |||  |||||||| ||||| | ||| || |||||||||    
T  2064560 atctatacacttctttaacaactgatccccacacagaccttgattaccctcaaatgaatcacctttgaatgtagaaaactgattattttgtggtatagga 2064659  T
Q  151 cctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatcca 250  Q
    |||| ||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||| |  |  |  |||||| ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  2064660 cctgtgagattgttaaatgacacatttaagaactccaaaaaggtgatttcagccaactgttgaggaattttccctgaaagactgttgagagaaagatcta 2064759  T
Q  251 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaag 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  2064760 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggaatgctgccaataagcatattatttgacaagtttagcaaaacaag 2064841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 2134139 - 2134420
Alignment:
Q  51 atctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtatagga 150  Q
    |||||| ||||||||| |||  |||||||||||||  ||||| || || |||||||||| | |||  || ||||| ||||| | ||| || |||||||||    
T  2134139 atctatacacttcttcaacaactgatccccacacagaccttgattaccctcaaatgaatcacctttgaacgtagaaaactgattattttgtggtatagga 2134238  T
Q  151 cctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatcca 250  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||| |||||||||||  ||||  |||||| | ||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  2134239 cctgtgagattgttaaaggacaaatttaagaactgcaaaaaggtaatttgtgccaactgttggggaattttccctgaaagactgttgacagaaagatcta 2134338  T
Q  251 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaag 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  2134339 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagattgaatgctgccaataaggaggttattagagaagttgagcaaaacaag 2134420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 2097372 - 2097653
Alignment:
Q  51 atctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtatagga 150  Q
    |||||| |||||||||  || ||||||||||||||  |||||||| || |||||||||| |||||  ||||| || ||||| | ||| || |||||||||    
T  2097372 atctatacacttcttcaccaattgatccccacacagaccttggttaccctcaaatgaatcatctttgaatgtggaaaactgattattttgtggtatagga 2097471  T
Q  151 cctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatcca 250  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||| |  | ||  ||||||   ||||| || ||||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  2097472 cctgtgagattgttaaaggacacatttaagtactccaaaaaggtgatttctgccaactgtttgggaatttttcctgaaagactgttgagagaaagatcta 2097571  T
Q  251 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaag 332  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2097572 gtgcttcaagttttgaaagcttccctaaggaagatggtatgcttccaataagcatattattcgacaagttgagcaaaacaag 2097653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 2071668 - 2071949
Alignment:
Q  51 atctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtatagga 150  Q
    |||||| |||||||||  ||  |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| | |||  || ||||| ||||| | ||| || ||||| |||    
T  2071668 atctatacacttcttcaccaactgatccccacacaaaccttggttaccctcaaatgaatcacctttgaacgtagaaaactgattattttgtggtattgga 2071767  T
Q  151 cctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatcca 250  Q
    || | ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| |  ||||  |||||| | ||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |    
T  2071768 cccgtgagattgttaaaggacacatttaagaattccaaaaaggtgatttgtgccaactgttggggaattttccctgaaagactgttgacagaaagatcta 2071867  T
Q  251 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaag 332  Q
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  2071868 acgcttcaaggttagaaagcttccctaaggaagatggtatgcttccaataaggtggttatttgacaagttgagcaaaacaag 2071949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 118 - 332
Target Start/End: Original strand, 2121417 - 2121631
Alignment:
Q  118 aatgtagagaactgctgattctgcggtataggacctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaa 217  Q
    |||||||| ||||| | ||| || |||||||||||||  |||||||| || |||||||| | | | ||||||||||| |  ||||  |||||| | ||||    
T  2121417 aatgtagaaaactgattattttgtggtataggacctgtaagattgttaaatgacacatttaagtattccaaaaaggtgatttgtgccaactgttggggaa 2121516  T
Q  218 tcttccctgacagattgttgaaagaaagatccagtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaa 317  Q
    | |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || |||||||||||    
T  2121517 ttttccctgaaagactgttgagagaaagatctagtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggaatgctgccaataagcatattatttgacaa 2121616  T
Q  318 gttgagcaaaacaag 332  Q
    ||| |||||||||||    
T  2121617 gtttagcaaaacaag 2121631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 2693319 - 2693038
Alignment:
Q  51 atctatgcacttcttcgacagttgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtatagga 150  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||  |||||||| || |||||||||| | |||  |||||||| ||||| | ||| || |||||||||    
T  2693319 atctatacacttctttaacagctgatccccacacagaccttggttaccctcaaatgaatcacctttgaatgtagaaaactgattattttgtggtatagga 2693220  T
Q  151 cctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatcca 250  Q
    |||  ||| || || ||||||||||| | | ||||||||||||| |  |  |  |||||| | ||||| ||||| || ||| |||||  ||||||||| |    
T  2693219 cctctgagtttattaaaggacacatttaagtactccaaaaaggtgatttcagccaactgttgtggaattttcccagagagactgttgtgagaaagatcta 2693120  T
Q  251 gtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaag 332  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2693119 gtgtttcaaggtttgaaagcttccctactgaagatggaatgctgccaataaggaggttatttgacaagttgagcaaaacaag 2693038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 118 - 332
Target Start/End: Original strand, 2055337 - 2055551
Alignment:
Q  118 aatgtagagaactgctgattctgcggtataggacctgagagattgttgaaggacacattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaa 217  Q
    |||||||| ||||| | ||| || ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||| |  | ||| ||||||   ||||    
T  2055337 aatgtagaaaactgattattttgtggtataggacctctgagattgttaaaggacacatttaagaactccaaaatggtgatttctgtcaactgttagggaa 2055436  T
Q  218 tcttccctgacagattgttgaaagaaagatccagtgcttcaaggtttgaaagcttccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaa 317  Q
      |||||||| ||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  2055437 ctttccctgaaagactgttgagggaaagatctagtgcttcaaggtttataagcttccctaaggatgatggtatgctaccagtaaggaggttatttgacaa 2055536  T
Q  318 gttgagcaaaacaag 332  Q
    |||||||||||||||    
T  2055537 gttgagcaaaacaag 2055551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 73 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 2247110 - 2246851
Alignment:
Q  73 tgatccccacacaagccttggttgccttcaaatgaattatcttgaaatgtagagaactgctgattctgcggtataggacctgagagattgttgaaggaca 172  Q
    |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| | |||  |||||||| ||||| | ||  |  ||||||||||||| ||||||||| || ||||    
T  2247110 tgatccccacacaaaccttggttaccctcaaatgaatcacctttgaatgtagaaaactgattatgttctggtataggacctgtgagattgttaaaagaca 2247011  T
Q  173 cattaaggaactccaaaaaggtaaggtgtgttaactgtcgaggaatcttccctgacagattgttgaaagaaagatccagtgcttcaaggtttgaaagctt 272  Q
    |||| | | | ||||||||||| |  ||||  |||||| | || || |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2247010 catttaagtattccaaaaaggtgatttgtgccaactgttggggtattttccctgaaagactgttgagagaaagatctagtgcttcaaggtttgaaagctt 2246911  T
Q  273 ccctaaggaagatggtatgttgccagtaaggatgttatttgacaagttgagcaaaacaag 332  Q
    | | |  |||||||| ||| ||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2246910 cgcaattgaagatggaatgctgccaataagattgttattcgacaagttgagcaaaacaag 2246851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University