View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10959_low_9 (Length: 412)

Name: NF10959_low_9
Description: NF10959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10959_low_9
NF10959_low_9
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-406)||(2905996-2906392)
chr8 (10-406)||(2853968-2854364)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 2906392 - 2905996
Alignment:
Q  10 gatggacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906392 gatgaacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 2906293  T
Q  110 aatccccttctcattcccctattggtggtggcggtggagagcgtcgcgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 209  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906292 aatccccttctcattcccctgttggtggcggcggtggagagcgtcgtgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 2906193  T
Q  210 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacattagtctaga 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2906192 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacactagtctaga 2906093  T
Q  310 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatgatgt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2906092 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatgatgt 2905996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 2854364 - 2853968
Alignment:
Q  10 gatggacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854364 gatgaacatcatacaaacaattatggtaatactggtgcaatttggacaccaaaatctccacaaacagctgctactgctgttagaagccctcgtggtacaa 2854265  T
Q  110 aatccccttctcattcccctattggtggtggcggtggagagcgtcgcgttcaattcggcacagttgtggaggtgggagatgaatttggtggcggcagcga 209  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854264 aatccccttctcattcccctgttggtggtggcggtgaggagtgtcgggttcaatttggcacagttgtggagatgggagatgaatttggtggcggcagcga 2854165  T
Q  210 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacattagtctaga 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2854164 ggaagaacaccaccataatgatgattttgttgagcatcatgagtccaaaaaagaacaagacataccacaaacattgataacggttgaacactagtctaga 2854065  T
Q  310 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatgatgt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2854064 taaagtgaaattccgttgtaaatgtcttaatggattgaatgcacatggtgatatgtatatgatattggagtctaatacacacaagtgatgatgatgt 2853968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University