View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10966_low_1 (Length: 873)

Name: NF10966_low_1
Description: NF10966
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10966_low_1
NF10966_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-867)||(3640087-3640936)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 822; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 822; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 3640936 - 3640087
Alignment:
Q  18 agttctatatgttgaatatacaattatacattatgcttttgtcatcaaattgcactgcttgctgccaaccgaagcattttattggtttgtacaagaatga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3640936 agttctatatgttgaatatacaattatgcattatgcttttgtcatcaaattgcactgcttgctgccaaccgaagcattttattggtttgtacaagaatga 3640837  T
Q  118 agtaatttacattttaagtctaccataagctgactacagaaatatattgatacatgtaactttcaaccttcagagttccattgtagattggtaccactgt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3640836 agtaatttacattttaagtctaccataagctgactacagaaatatattgatacatgtaactttcaaccttcagagttccattgtagattggtaccactgt 3640737  T
Q  218 agagttacacaacttcttcaatctcctctaagccgcacataaacttgaatccaatctaacctcaggctcaacccagctcaatccagccaccttcttcaac 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3640736 agagttacacaacttcatcaatctcctctaagccgcacataaacttgaatccaatctaacctcaggctcaacccagctcaatccagccaccttcttcaac 3640637  T
Q  318 ccagtgcctctcattattttccgaacattattagcatcatcccacctttcagaactagcataaatattggataacaaagcaagagtaccaacgccaacat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3640636 ccagtgcctctcattattttccgaacattattagcatcatcccacctttcagaactagcataaatattggataacaaagcaagagtaccaacgccaacat 3640537  T
Q  418 ttttatcatggatttgtcccctaatccattcagacatctcttcattaccatgaattttacaagcctgaagaagagcactccaaataggtccctccgcttc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3640536 ttttatcatggatttgtcccctaatccattcagacatctcttcattaccatgagttttacaagcctgaagaagagcactccaaataggtccctccgcttc 3640437  T
Q  518 aacaggcatacctttaaggaaagccacagcttcctcaaacaaaccagcacgtccatacatatcaaccatgcaaccataatgactcatttgcggcacaatg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3640436 aacaggcatacctttaaggaaagccacagcttcctcaaacaaactagcacgtccatacatatcaaccatgcaaccataatgactcatttgtggcacaatg 3640337  T
Q  618 ccataactatctttcatagctttaaagaacatcattccctcactaaccaaaccaacgtggctacacgcagacaacaaaccaataaacgttacatcatcag 717  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3640336 ccataactatctctcatagctttaaagaacatcattccctcactaaccaaaccaacgtggctacacgcagacaacaaaccaataaacgttacatcatcag 3640237  T
Q  718 gtaaaaccccatgaaccagcatatgtgaaaacatctgcacaacttgtttaccatacccattcatagccaatccacaaataacagtaccccaagaaataac 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3640236 gtaaaaccccatgaaccagcatatgtgaaaacatctgcacaacttgtttaccatacccattcatagccaatccacaaataacagtaccccaagaaataac 3640137  T
Q  818 atctttatgaacaaccatgttaaaaaccttcaaccccattttcatctcac 867  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3640136 atctttatgaacaaccatgttaaaaaccttcaaccccattttcatatcac 3640087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University