View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10976_low_1 (Length: 787)

Name: NF10976_low_1
Description: NF10976
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10976_low_1
NF10976_low_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (10-690)||(18253422-18254096)
chr2 (263-742)||(34661179-34661670)
chr2 (682-769)||(18254281-18254368)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (263-738)||(7705109-7705596)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (263-742)||(31136128-31136619)
chr3 (453-739)||(1344921-1345211)
chr3 (264-742)||(7577913-7578403)
chr3 (263-441)||(1344395-1344582)
chr3 (263-563)||(9700990-9701300)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (266-739)||(14722673-14723159)
chr8 (264-742)||(12218812-12219303)
chr8 (392-739)||(28184818-28185168)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (263-537)||(55468429-55468713)
chr4 (341-563)||(27189553-27189776)
chr4 (419-477)||(9047882-9047940)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (263-464)||(48920539-48920749)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 690
Target Start/End: Original strand, 18253422 - 18254096
Alignment:
Q  10 tgagatgaataaacgtacgtgctgtattttcctaatatttggtttgnnnnnnngtttgtgcacttctcattttatatttaagcaaacatgtagtaacatc 109  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18253422 tgagatgaataaacgtacatgttgtattttcctaatatttggtttgtttttttgtttgtgcacttctcattttatatttaagcaaacatgtagtaacatc 18253521  T
Q  110 atataattgagtatct--gtttcaatggtttctttctaaaataaaaaa-tttcaatggtttccttcacnnnnnnnnnnnnngaagttataattgagacca 206  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||    
T  18253522 atataattgagtatctatgtttcaatggtttcttcctaaaaaaaaaaagtttcaatggtttccttcacaaaaaaa-------aagttataattgagacca 18253614  T
Q  207 aaagtttgttatatggtttctgaagattccattgatgtgagcaatctcaatagcagttccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaa 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18253615 aaagtttgttatatggtttctgaagattccattgatgtgagcaatctcaatag---ttccaaccaaaagtttgagaaaccattgatgtgagcaatctcaa 18253711  T
Q  307 tagcagtcatagcagttactaattcagcatataactcccccagatactaggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgc 406  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18253712 tagcag-catagtagttactaattcaacatataactcccccaaatactaagtaaaacatctaatacacatgctatcagagtttctgaagattcctcatgc 18253810  T
Q  407 agctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctttaatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgatggggccc 506  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18253811 agctgctctattagggttctttgtagatgttccatcagtgttggctttaatccaacttgtcaaaggaggtgtccaaatcacttctttgatgatggggccc 18253910  T
Q  507 taggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattcttgcatatcccc--tctagatttttgtggtgatgttacctgctaggcccgtttg 604  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  18253911 tagggggtttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattcctgcatatcccctttgtagacttctgtggtgatgttacctcctaggccagtttg 18254010  T
Q  605 agcaataatcatgttgagtgcaggtttccggtacatagtcttatctttgaatctcacatgattccttctaatccatttagtgtaaa 690  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18254011 agcaataatcatgttgagtgcaggcttccggtgcatagtcttatctttgaatctcacatgattccttctaatccatatagtgtaaa 18254096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 263 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 34661670 - 34661179
Alignment:
Q  263 ttccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctcccccagatac 353  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||          |||||||||||||    
T  34661670 ttccaaccaaaaatttgagaaaccatcgatgtgagctatctcaatagcagtcatagcagctactagttcggcatatagtgcactatgctcccccagatac 34661571  T
Q  354 taggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctt 453  Q
    |  ||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  || || ||||    
T  34661570 tgagtaaagcatccaacacataagctatcagaatttctgaagattcctcctgcagctgctctattagggttctttgtagctgctccatctgtatttgctt 34661471  T
Q  454 taatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgat-ggggccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattc 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  34661470 taatccaacttgtcagaggaggtgtccaaatcacttctttgatgatgggggcccttgggggtttaatgtttactttaaaagctttaagaatcctgaattc 34661371  T
Q  553 ttgcatatcccctc--tagatttttgtggtgatgttacctgctaggcccgtttgagcaataatcatgttgagtgcaggtttccggtacatagtcttatct 650  Q
    ||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||| |||| || || || || || |    
T  34661370 ttgcatatcccctctgtagacttctgtggtgatgttacctgctaggccagtttgagtaataatcttgttgagtacaggcttccagtgcaaagactgattt 34661271  T
Q  651 ttgaatctcacatgattccttctaatccatttagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagaccagtt 742  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  34661270 ttgaatctcacatgatttcttctaatccatatagtgtaaattatattaaacatgcaagcttttagaacagtcctacactaaggagaccagtt 34661179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 682 - 769
Target Start/End: Original strand, 18254281 - 18254368
Alignment:
Q  682 tagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagaccagttatattgatgctatctctatttctagtt 769  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18254281 tagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagaccagttatattgatgatatctctatttctagtt 18254368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 263 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 7705596 - 7705109
Alignment:
Q  263 ttccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctcccccagatac 353  Q
    ||||||| |||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||          |||||||||||||    
T  7705596 ttccaactaaaaattagagaaaccattgatgtgagctatctcaatagcagacatagcagctactaatttagcatatattgcattttgctcccccagatac 7705497  T
Q  354 taggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctt 453  Q
    |  ||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  || || ||||    
T  7705496 tgagtaaagcatccaacacataagctatcagaatttctgaagattcctcctgcagctgctctattggggttctttgtagctgctccatccgtatttgctt 7705397  T
Q  454 taatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgatgggg-ccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattc 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  7705396 taatccaacttgtcagaggaggtgtccaaatcacttctttgatgatgggggcccttgggggtttaatgtttactttaaaagctttaagaatcctgaattc 7705297  T
Q  553 ttgcatatcccctct--agatttttgtggtgatgttacctgctaggcccgtttgagcaataatcatgttgagtgcaggtttccggtacatagtcttatct 650  Q
    |||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||| |||| || || || || || |    
T  7705296 ttgcatatcccctctgtagacttctgtggtgatgttaccagctaggccagtttgagaaataatcttgttgagtacaggcttccagtgcaaagactgattt 7705197  T
Q  651 ttgaatctcacatgattccttctaatccatttagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagacc 738  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7705196 ttgaatctcacatgatttcttctaatccatatagtgtaaattatattaaacatgcaagcttttagaacagtcctgcactgaggagacc 7705109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 263 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 31136619 - 31136128
Alignment:
Q  263 ttccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctcccccagatac 353  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||          |||||||||||||    
T  31136619 ttccaaccaaaaatttgagaaaccattgatgtgagctatctcaatagcagtcatagcagctactaattcagcatatagtgcattttgctcccccagatac 31136520  T
Q  354 taggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctt 453  Q
    |  ||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||  || ||  |||    
T  31136519 tgagtaaagcatccaacacataagctatcagaatttctgaagattcctcctgtagctgctctattggggttctttgtagctgcttcatccgtattttctt 31136420  T
Q  454 taatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgat-ggggccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattc 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31136419 taatccaacttgtcagaggaggtgtccaaatcacttctttgatgatggggggccttgggggtttaatgtttactttaaaagctttaagaatcctgaattc 31136320  T
Q  553 ttgcatatcccctc--tagatttttgtggtgatgttacctgctaggcccgtttgagcaataatcatgttgagtgcaggtttccggtacatagtcttatct 650  Q
    || |||||||||||  |||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || || ||  | || |    
T  31136319 ttacatatcccctctgtagacttctgtggtgatgttacctactaggccagtttgagcaataatcttgttgagtgcaggcttccagtgcaaagattgattt 31136220  T
Q  651 ttgaatctcacatgattccttctaatccatttagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagaccagtt 742  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31136219 ttgaatctcacattaattcttctaatccatatagtgtaaattatattaaacatgcaagcttttagaacagtcctgcactgaggagaccagtt 31136128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 453 - 739
Target Start/End: Original strand, 1344921 - 1345211
Alignment:
Q  453 ttaatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgatggggcc-ctaggggt-tttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaat 550  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | || ||||  ||| ||||| |||||| ||||||||| |||| |||||    
T  1344921 ttaatccaaattgtcagaggaggggtccaaatcacatctttgatgatgggggcactgggggggtttaatgtttactttaaaagctttaacaatcctgaat 1345020  T
Q  551 tcttgcatatcccctct--agatttttgtggtgatgttacctgctaggcccgtttgagcaataatcatgttgagtgcaggtttccggtacatagtcttat 648  Q
    || ||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| || || || || ||    
T  1345021 tcctgcatatcccctctgtagacttctgtggtgatgttacctgctaggccagtttgagcaataatcatgttgagtgcaagcttccagtgcaaagactgat 1345120  T
Q  649 ctttgaatctcacatgattccttctaatccatttagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagacca 739  Q
      ||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1345121 tattgaatctcacatcatttcttctaatcaatatagtgtaaattatattaaacatgcatgcttttaaaacagtcctgcactgaggagacca 1345211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 264 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 7578403 - 7577913
Alignment:
Q  264 tccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctcccccagatact 354  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||| || |||          |||||||||||| |    
T  7578403 tccaaccaaaaattccagaaaccattaatgtgagcaatctcaatggcagtcatagcagctaccagttcaacaaatagagcatcatgctcccccagatatt 7578304  T
Q  355 aggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggcttt 454  Q
      || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  7578303 tagtgaaacaaccaatacatatgctatcagagtttctgaagatgcctcctacagctgctctgttagggttctttgtagctgcaccatcagtgttggcttt 7578204  T
Q  455 aatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgatggg-gccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattct 553  Q
    |||||||  || ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||     
T  7578203 aatccaagatgacaagggaggtgtccaaattacttctttgatgatgggagccctggggggtttaatgttaactttaaaagctttgagtatcctgaattcc 7578104  T
Q  554 tgcatatcccctctagat--ttttgtggtgatgttacctgctaggcccgtttgagcaataatcatgttgagtgcaggtttccggtacatagtcttatctt 651  Q
    ||||||||||||||| ||  ||    ||| |  ||||||| || | | |||||||||||||| || || || |||||||| | || ||||    | ||||    
T  7578103 tgcatatcccctctatatacttcatcggtaagattacctgttatggcagtttgagcaataataatattaagagcaggttttcagtgcatatgtgtgtctt 7578004  T
Q  652 tgaatctcacatgattccttctaatccatttagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagaccagtt 742  Q
    | |||||||| || || ||||||| |||| |||||||||  |||| ||||||||| ||||| |  || ||||||||||| |||||||||||    
T  7578003 taaatctcacttggtttcttctaagccatatagtgtaaagaatatcgaacatgcatgctttcaggacggtcctgcactgcggagaccagtt 7577913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 263 - 441
Target Start/End: Original strand, 1344395 - 1344582
Alignment:
Q  263 ttccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatata---------actcccccagatac 353  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||          ||||||||||||     
T  1344395 ttccaaccaaaaatttgagaaaccattgatgtgagcaatctcaatagccgtcatagcagctactaattcagcatatagtgcatttttctcccccagatat 1344494  T
Q  354 taggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccat 441  Q
    |  ||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1344495 tgagtaaagcatccaatacataagctatcatagtttctgaagattcctcctacagctgctctattagggttctttgtagctgctccat 1344582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 263 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 9701300 - 9700990
Alignment:
Q  263 ttccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctcccccagatac 353  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||  || ||||| ||||||| |||          ||||||||||||     
T  9701300 ttccaaccaaaaattcaagaaaccattaatgtgagcaatctcaatggcaatcataatagctactagttcagcaaatagagcatcatgctcccccagatat 9701201  T
Q  354 taggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctt 453  Q
    |  || ||||| | | |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |  |||| ||||||||||||  ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  9701200 tgagtgaaacaaccagtacatatgctatcaaagtttctgaagatgcctcctatagctgctctattagggtaatttgtagctgcaccatcagtgttggctt 9701101  T
Q  454 taatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgatggg-gccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattc 552  Q
    ||||||||  || ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||    
T  9701100 taatccaagatgacaagggaggtgtccaaattacttctttgatgatgggagccctggggggtttaatgttaactttaaaagctttgagtatcctgaattc 9701001  T
Q  553 ttgcatatccc 563  Q
     ||||| ||||    
T  9701000 ctgcatgtccc 9700990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 266 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 14723159 - 14722673
Alignment:
Q  266 caaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctcccccagatactag 356  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||  |||||||||||||||||          ||||||||||||||      
T  14723159 caaccaaaaatttgagaaaccattgatgtgagcaatcttaatagccgtcataacaactactaattcagcatatagtgcattttgctcccccagatactga 14723060  T
Q  357 gtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctttaa 456  Q
    ||||| |||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  || || |||||||    
T  14723059 gtaaagcatccaacacataaactatcagagtttctgaagattcctcctgcagctgctctattagggttctttgtagctgctccatccgtatttgctttaa 14722960  T
Q  457 tccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgat-ggggccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattcttg 555  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||    
T  14722959 tccaacttgtcaaaggaggtgtccaaatcacttctttgatgatgggggccttggggggtttaatgtttactttaaaagctttaagaatcctgaattcctg 14722860  T
Q  556 catatcccctc--tagatttttgtggtgatgttacctgctaggcccgtttgagcaataatcatgttgagtgcaggtttccggt-acatagtcttatcttt 652  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| || | | |  || || |||    
T  14722859 catatcccctctgtagacttttgtggtgatgttacatgctaggccaatttgagcaataatcatgttgagtgcaggcttccagtgaaaaatactgattttt 14722760  T
Q  653 gaatctcacatgattccttctaatccatttagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagacca 739  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14722759 gaatctcacatgatttcttctaatccatatagtataaattatattaaacatgcatgcttttaaaacagtcctgcactgaagagacca 14722673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 264 - 742
Target Start/End: Original strand, 12218812 - 12219303
Alignment:
Q  264 tccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctccccc-agatac 353  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||| |||          ||||||| |||||     
T  12218812 tccaaccaaaaattccagaaaccattaatgtgagcaatctcaatggcagtcatagcagctaccagttcagcaaatagagcatcatgctccccccagatat 12218911  T
Q  354 taggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctt 453  Q
    |  || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||    
T  12218912 ttagtgaaacaaccaatacatatgctatcagagtttctgaagatgcctcctacagctgctctattagggttctttgtagtttcaccatcagtgttggctt 12219011  T
Q  454 taatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgatggg-gccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattc 552  Q
    ||||||||  || ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| || ||| |||||||    
T  12219012 taatccaagatgacaagggaggtgtccaaattacttctttgatgatgggagccctcgggggtttgatgttaactttaaaagttttgagtatcctgaattc 12219111  T
Q  553 ttgcatatcccctctagat--ttttgtggtgatgttacctgctaggcccgtttgagcaataatcatgttgagtgcaggtttccggtacatagtcttatct 650  Q
     ||||||||||||||| ||  ||     || |  ||||||| || | | |||||||||||||| || || || |||||||||| || |||     | |||    
T  12219112 ctgcatatcccctctatatacttcatcagtaagattacctgttatggcagtttgagcaataataatattaagagcaggtttccagtgcatctgtgtgtct 12219211  T
Q  651 ttgaatctcacatgattccttctaatccatttagtgtaaattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagaccagtt 742  Q
    || |||||||| || || ||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||| |||||    || ||||||||||| ||| |||||||    
T  12219212 ttaaatctcacttggtttcttctaagccatatagtgtaaagaatattgaacatgcaggctttcgggacggtcctgcactgcggataccagtt 12219303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 392 - 739
Target Start/End: Original strand, 28184818 - 28185168
Alignment:
Q  392 gaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctttaatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttct 491  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| || ||||  || |||| ||||||||  ||||| ||||| |||||| ||||||  || || |  ||||| || |||    
T  28184818 gaagatgcctcctgcagctgctctgtttgggtgtttggtagctgctccatctgtgtttgctttgatccaagttgtcatcggtggagcccaaattacctct 28184917  T
Q  492 ttgatgatggg-gccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaagaatcttgaattcttgcatatcccctct--agatttttgtggtgatgttac 588  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| ||||||||| || ||  ||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||  | | || | ||||||||||||    
T  28184918 ttgattatgggtgccctggggggtttgatgttcaccttgaaagttttcagaatcctgaattcttgcatgtcccctctgtaaacttctttggtgatgttac 28185017  T
Q  589 ctgctaggcccgtttgagcaataatcatgttgagtgcaggtttccggtacatagtcttatctttgaatctcacatgattccttctaatccatttagtgta 688  Q
    |||| ||    || || |||||||||||||| |||||| |||||| || |||  |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||   ||||||    
T  28185018 ctgcaagagaagtctgcgcaataatcatgttaagtgcaagtttccagtgcattttcttatctttgaatctcacatggtttcttctgatccaaacagtgta 28185117  T
Q  689 aattatattgaacatgcaagcttttaaaacagtcctgcactgaggagacca 739  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||    
T  28185118 aataatattgaacatgcaagctttgagaacagtcctgcaccgcggagacca 28185168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 263 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 55468713 - 55468429
Alignment:
Q  263 ttccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctcccccagatac 353  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||          ||||||||||||     
T  55468713 ttccaaccaaaaattcaagaaaccattaatgtgagcaatctcaatggcagtcatagcagctactagttcagcaaatagagcatcatgctcccccagatat 55468614  T
Q  354 taggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctt 453  Q
    || || ||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||| |||| | ||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  55468613 taagtgaaacaaccaatacatatgatatctgagtttctgaagatgcctcctacagctgctctgttagggttctttgtagctgcaccatcagtgttggctt 55468514  T
Q  454 taatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgatggg-gccctaggggttttgatgttaactttacaagcttt 537  Q
    ||||||||  || ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  55468513 taatccaagatgacaagggaggtgtccaaattacttctttgatgatgggagccctggggggtttaatgttaactttaaaagcttt 55468429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 341 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 27189776 - 27189553
Alignment:
Q  341 ctcccccagatactaggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctcca 440  Q
    |||||||||||| |  || ||||| | | |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |  |||| ||||||||||||  ||||||| ||| |||    
T  27189776 ctcccccagatattgagtgaaacaaccagtacatatgctatcaaagtttctgaagatgcctcctatagctgctctattagggtaatttgtagctgcacca 27189677  T
Q  441 ttagtgttggctttaatccaacttgtcagaggaggtgttcaaatcacttctttgatgatggg-gccctaggggttttgatgttaactttacaagctttaa 539  Q
    | |||||||||||||||||||  || ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||| |    
T  27189676 tcagtgttggctttaatccaagatgacaagggaggtgtccaaattacttctttgatgatgggagccctggggggtttaatgttaactttaaaagctttga 27189577  T
Q  540 gaatcttgaattcttgcatatccc 563  Q
    | ||| ||||||| ||||| ||||    
T  27189576 gtatcctgaattcctgcatgtccc 27189553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 419 - 477
Target Start/End: Original strand, 9047882 - 9047940
Alignment:
Q  419 agggttctttgtagatgctccattagtgttggctttaatccaacttgtcagaggaggtg 477  Q
    |||||||||||| | ||| |||| |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  9047882 agggttctttgttgctgcaccatcagtgtttgctttaatccaagttgttagaggaggtg 9047940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 4e-34; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 263 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 48920749 - 48920539
Alignment:
Q  263 ttccaaccaaaagtttgagaaaccattgacgtgagcaatctcaatagcagtcatagcagttactaattcagcatataa---------ctcccccagatac 353  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||          |||||||||||||    
T  48920749 ttccaaccaaaaatttgagaaaccattgatgtgagttatttcaatagcagtcatagcagctactagttcggcatatagtgcattatgctcccccagatac 48920650  T
Q  354 taggtaaaacatctaatacatatgctatcagagtttctgaagattcctcatgcagctactctattagggttctttgtagatgctccattagtgttggctt 453  Q
    |  ||||| |||| || |||||  |||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  || || ||||    
T  48920649 tgagtaaagcatccaacacataatctatcagaatttctaaagattcctcctgcagctgctctattggggttctttgtagctgctccatccgtatttgctt 48920550  T
Q  454 taatccaactt 464  Q
    |||||||||||    
T  48920549 taatccaactt 48920539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University