View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10979_high_14 (Length: 247)

Name: NF10979_high_14
Description: NF10979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10979_high_14
NF10979_high_14
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-241)||(30068408-30068648)
chr2 (94-233)||(30790571-30790710)
chr2 (94-232)||(30023377-30023515)
chr2 (94-232)||(30118607-30118745)
chr2 (94-235)||(30279846-30279987)
chr2 (94-232)||(30037182-30037320)
chr2 (94-232)||(30081783-30081921)
chr2 (94-232)||(30133307-30133445)
chr2 (94-232)||(30231320-30231458)
chr2 (94-235)||(30172306-30172447)
chr2 (94-232)||(30106670-30106808)
chr2 (109-235)||(30148020-30148146)
chr2 (94-235)||(30183738-30183879)
chr2 (109-232)||(30252395-30252518)
chr2 (125-225)||(30030414-30030514)
chr2 (125-225)||(30224552-30224652)
chr2 (125-201)||(30104448-30104524)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30068408 - 30068648
Alignment:
Q  1 aatggatgaaaaggtgaaaacataacgcttccacgttactattgtctttttaagctacatagatcccaaaataagatcttcatgaannnnnnngttaaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| |    
T  30068408 aatggatgaaaaggtgaaaacataacgcttccactttactattttctttttaagctacatagatcccaaaataagatcttcatgaatttttttgttaata 30068507  T
Q  101 ggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattcaaaacttg 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30068508 ggttgtgatgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcggggcattcttgcattcaaaacttg 30068607  T
Q  201 aggagtttgacaattgacaaatgtggtagcatagcctatgc 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30068608 aggagtttgacaattgacaaatgtggtagcatagcctatgc 30068648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 94 - 233
Target Start/End: Original strand, 30790571 - 30790710
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||    
T  30790571 gttaataggttgggatgccccaccttgaactcttgaagctttctaatatcaattctaggaaactgtgggatgacaaacttccaggtcattcttgcatgca 30790670  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcata 233  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||    
T  30790671 aaacttgaagagtttgacacttgacagatgttgtaacata 30790710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 94 - 232
Target Start/End: Original strand, 30023377 - 30023515
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||    
T  30023377 gttaataggttgtgatgccccaccttgaactattgaagctgtctaagatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgca 30023476  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcat 232  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30023477 aaacttgaagagtttgacaatggacaaatgtggtagcat 30023515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 94 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30118745 - 30118607
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||    
T  30118745 gttaataggttgtgatgccccaccttgaactattgaagctgtctaagatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgca 30118646  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcat 232  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30118645 aaacttgaagagtttgacaatggacaaatgtggtagcat 30118607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 94 - 235
Target Start/End: Original strand, 30279846 - 30279987
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||| | |||||||||||||  || | |||||||||||||||||    
T  30279846 gttaacaggttgggatgccccatcttgaactcttggagctgtctaatatcacctctaggagattgtgggatgacaactttccaggtcattcttgcattca 30279945  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcatagc 235  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30279946 aaacttgaggagtttgacgattgacaaatgtggtagcatagc 30279987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 94 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30037320 - 30037182
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||    
T  30037320 gttaataggttgtgatgccccaccttgaactattgaagctgtctaacatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgca 30037221  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcat 232  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30037220 aaacttgaagagtttgacaatggacaaatgtggtagcat 30037182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 94 - 232
Target Start/End: Original strand, 30081783 - 30081921
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||    
T  30081783 gttaataggttgtgatgccccaccttgaactattgaagctgtctaacatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgca 30081882  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcat 232  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30081883 aaacttgaagagtttgacaatggacaaatgtggtagcat 30081921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 94 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30133445 - 30133307
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||    
T  30133445 gttaataggttgtgatgccccaccttgaactattgaagttgtctaagatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgca 30133346  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcat 232  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30133345 aaacttgaagagtttgaaaattgacaaatgtggtagcat 30133307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 94 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30231458 - 30231320
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| ||    
T  30231458 gttaataggttgtgatgccccaccttgaactattgaagctgtctaacatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgca 30231359  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcat 232  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30231358 aaacttgaagagtttgacaatggacaaatgtggtagcat 30231320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 94 - 235
Target Start/End: Original strand, 30172306 - 30172447
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||    
T  30172306 gttaacaggttggaatgccccaccttgaactcttgaagctgtcaaatatcaactctagaaaactttgggatgacaaccttccaggtcatttttgcattca 30172405  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcatagc 235  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  30172406 aaacatgagaagtttgacaattgacaaatgtgatggcatagc 30172447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 94 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30106808 - 30106670
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||    |||||||| |||| ||    
T  30106808 gttaataggttgtgatgctccaccttgaactattgaagctgtctaagatcaattgcgagaaactgtgggatgacaaacttcgtagtcattctcgcatgca 30106709  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcat 232  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30106708 aaacttgaagagtttgacaatagacaaatgtggtagcat 30106670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 109 - 235
Target Start/End: Original strand, 30148020 - 30148146
Alignment:
Q  109 tgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattcaaaacttgaggagttt 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||| | ||| |||| ||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30148020 tgccccaccttgaactcttcaagctgtctaatatcacctctaggagattgtaggataacaactttccaggtcattcttgcattcaaaacttgaggagttt 30148119  T
Q  209 gacaattgacaaatgtggtagcatagc 235  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||    
T  30148120 gacgattgacaaatgtggtagcatagc 30148146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 94 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 30183879 - 30183738
Alignment:
Q  94 gttaacaggttgtgctgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattca 193  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||| || ||    
T  30183879 gttaataggttgagatgccccaccttgaactattgaagctctctaagatcaaatctaggaaactgtgggatgataaacttccgagtcgttcttggatgca 30183780  T
Q  194 aaacttgaggagtttgacaattgacaaatgtggtagcatagc 235  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||||| || ||||||    
T  30183779 aaacttgagaagtttgacaatagacggatgtgataacatagc 30183738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 109 - 232
Target Start/End: Original strand, 30252395 - 30252518
Alignment:
Q  109 tgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattcaaaacttgaggagttt 208  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||| |||| | | ||||||    
T  30252395 tgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagttt 30252494  T
Q  209 gacaattgacaaatgtggtagcat 232  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  30252495 gacaattgacaaatgtggtggcat 30252518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 125 - 225
Target Start/End: Original strand, 30030414 - 30030514
Alignment:
Q  125 cttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattcaaaacttgaggagtttgacaattgacaaatgt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||| ||  |||||| |||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  30030414 cttgaagctgtctaagatcaattcttgtaaattatgggatgacatacaatcgggttattcttgtgttcaaaacttgacaagtttgacagttgacaaatgt 30030513  T
Q  225 g 225  Q
    |    
T  30030514 g 30030514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 125 - 225
Target Start/End: Original strand, 30224552 - 30224652
Alignment:
Q  125 cttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattcaaaacttgaggagtttgacaattgacaaatgt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||| ||  |||||| |||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  30224552 cttgaagctgtctaagatcaattcttgtaaattatgggatgacatacaatcgggttattcttgtgttcaaaacttgacaagtttgacagttgacaaatgt 30224651  T
Q  225 g 225  Q
    |    
T  30224652 g 30224652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 125 - 201
Target Start/End: Original strand, 30104448 - 30104524
Alignment:
Q  125 cttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcgggtcattcttgcattcaaaacttga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||  || ||| |||||||  ||||||||||||    
T  30104448 cttgaagctgtctaagatcaattcttggaaattatgggatgacatacaatccggttattcttgtgttcaaaacttga 30104524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University