View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10979_low_8 (Length: 416)

Name: NF10979_low_8
Description: NF10979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10979_low_8
NF10979_low_8
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (15-416)||(4144788-4145189)
chr8 (14-416)||(4133982-4134387)
chr8 (15-416)||(4152791-4153192)
chr8 (15-416)||(4123441-4123842)
chr8 (15-416)||(4163141-4163545)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 416
Target Start/End: Original strand, 4144788 - 4145189
Alignment:
Q  15 catctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4144788 catctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaa 4144887  T
Q  115 caactacaaattggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4144888 caactacaaattggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagtt 4144987  T
Q  215 cctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaagt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4144988 cctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagt 4145087  T
Q  315 ggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctc 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4145088 ggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacaatcttggcgttccgagaaaaactcttccattccatggaccagttctc 4145187  T
Q  415 ca 416  Q
    ||    
T  4145188 ca 4145189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 416
Target Start/End: Original strand, 4133982 - 4134387
Alignment:
Q  14 acatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| | |||    
T  4133982 acatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacacaaccattagtccaattccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaa 4134081  T
Q  114 acaactacaaat---tggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaa 210  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4134082 acaactacaaatatttggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatccacctcaagtctaaaa 4134181  T
Q  211 agttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataa 310  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4134182 tgttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataa 4134281  T
Q  311 aagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134282 aagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagt 4134381  T
Q  411 tctcca 416  Q
    ||||||    
T  4134382 tctcca 4134387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 15 - 416
Target Start/End: Original strand, 4152791 - 4153192
Alignment:
Q  15 catctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaa 114  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  4152791 catctcacactttaagttcattccttctttcctcacacaaccattagtccaattgcctaaactccattccacagaattctttggctcaaacccatcaaaa 4152890  T
Q  115 caactacaaattggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagtt 214  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4152891 caactacaaattggcacagtagaattatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagtt 4152990  T
Q  215 cctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaagt 314  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||    
T  4152991 cctttttattcatatactcaatcaacttgagtgttccatgcggtgtcaatgagagaattccgaacatagttttatcagcaaaattgtaagtaatataagt 4153090  T
Q  315 ggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctc 414  Q
     |||||||||  |||   | | |||||||||||   || ||| |||||  ||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4153091 agttccatcagtgtcttgatcaaaacgccaaccggctaaatactcggttaacattctcggtgatccgagaaaaacccttccattccatggacctgttctc 4153190  T
Q  415 ca 416  Q
    ||    
T  4153191 ca 4153192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 416
Target Start/End: Original strand, 4123441 - 4123842
Alignment:
Q  15 catctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||    
T  4123441 catctcacacttcaagttcaatccctctttcctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaa 4123540  T
Q  115 caactacaaattggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagtt 214  Q
    |||||||||||||| |||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4123541 caactacaaattggcacaacagaattatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaaatctaagaagtt 4123640  T
Q  215 cctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaaagt 314  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  4123641 cctttttattcatatactcaaccaacttaagtgttccatgtggtgtcaatgacagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattgtaagtaatataagt 4123740  T
Q  315 ggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctc 414  Q
     |||||||||| |||   | | ||| |||||||   || ||| | |||  |||  || || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  4123741 agttccatcattgtcttgaacaaaatgccaaccgtgtaaatacttggttaacatactcggtgttccgagaaaaaccaatccattccatggaccagttctc 4123840  T
Q  415 ca 416  Q
    ||    
T  4123841 ca 4123842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 416
Target Start/End: Original strand, 4163141 - 4163545
Alignment:
Q  15 catctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||    
T  4163141 catctcacacttcaagttcattccttctttcctcacacaaccattagtccaattccttgaactccactccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaa 4163240  T
Q  115 caactacaaa---ttggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaa 211  Q
    ||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||   | ||    
T  4163241 caactacaaatatttggtacactagaaatatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcgttttgactaaccgtaagtgatagaa 4163340  T
Q  212 gttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcaaaattataagttataaa 311  Q
     |||||| ||||||  | |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||| | |    
T  4163341 attccttattattcaaaaactcaaccaacttaagtgttccatttggtgtcaatgagagaattccaaacatagctttgacggcgaaatcataagttagata 4163440  T
Q  312 agtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggtggacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagtt 411  Q
    ||| |||||||| | |||   | | |||||||||||   || ||| |||||  ||| ||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4163441 agtagttccatctttgtcttgatcaaaacgccaaccggctaaatactcggttaacattctcggtgatccgagaaaaaccgttccattccatggaccagtt 4163540  T
Q  412 ctcca 416  Q
    |||||    
T  4163541 ctcca 4163545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University