View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10986_low_3 (Length: 743)

Name: NF10986_low_3
Description: NF10986
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10986_low_3
NF10986_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-726)||(47625267-47625993)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 726
Target Start/End: Original strand, 47625267 - 47625993
Alignment:
Q  1 tctttctccctcttgtctgtgctgagaattctcctgtatattggaggagcccatatatgtgatgagtctctcatttgctcacttaattgaccagatagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625267 tctttctccctcttgtctgtgctgagaattctcctgtatattggaggagcccatatatgtgatgagtctctcatttgctcacttaattgaccagatagct 47625366  T
Q  101 tcattatagcctgccgacgaaaggttgaaattggttatcaaaagaaatttctacactttaatatgaattcaaataataaacacaaaggagatccagagca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625367 tcattatagcctgccgacgaaaggttgaaattggttatcaaaagaaatttctacactttaatatgaattcaaataataaacacaaaggagatccagagca 47625466  T
Q  201 acatagccaggcatgcataaaagtctatttttagttagtcagtggcattgttgatgaataataatacaaatgatgatctttggttctctctgtaataaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625467 acatagccaggcatgcataaaagtctatttttagttagtcagtggcattgttgatgaataataatacaaatgatgatctttggttctctctgtaataaat 47625566  T
Q  301 tttaagacnnnnnnntatgttgataaaaaaggcaaagagaatagaagataagttaa-tttatatgataacttcctaaatctgagactccattttcggtca 399  Q
    ||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625567 tttaagacaaaaaaatattttgataaaaaaggcaaagagaatagaagataagttaaatttatatgataacttcctaaatctgagactccattttcggtca 47625666  T
Q  400 tcttaatggctcatagtggacacgatgtttccacagatatgcaataatgcaaagctatcagacagctagaaataggcaagggtcaagcataagctcgaat 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625667 tcttaatggctcatagtggacacgatgtttccgcagatatgcaataatgcaaagctatcagacagctagaaataggcaagggtcaagcataagctcgaat 47625766  T
Q  500 tctatttcaatatgaggatttatccccaaatttgtgtatcagaatgctgatttcatgataagccagttaacttggtaagaaaacacattaaaaacggccc 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625767 tctatttcaatatgaggatttatccccaaatttgtgtatcagaatgctgatttcatgataagccagttaacttggtaagaaaacacattaaaaacggccc 47625866  T
Q  600 ataggaaaatcattataccaataaaaactattagaaagatgaagtttttctatctattttgtttaaaaaacgtgtatgacccagtataagaacaaccact 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625867 ataggaaaatcattataccaataaaaactattagaaagatgaagtttttctatctattttgtttaaaaaacgtgtatgacccagtataagaacaaccact 47625966  T
Q  700 tcataagttcttaaagaaagtaaacaa 726  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  47625967 tcataagttcttaaagaaagtaaacaa 47625993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University