View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10991_low_1 (Length: 774)
Name: NF10991_low_1
Description: NF10991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10991_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 673; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 32854181 - 32853424
Alignment:
| Q |
8 |
tggacatcaaattaaaagttgtggagaagaagtttcagaaaagaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgct |
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Q |
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32854181 |
tggaaatcaaattaaaagttgtggagaacaagttccagaaaggaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgct |
32854082 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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32854081 |
gttattgaagaaacaaaggacctcacaaaactctcacaatatgaactgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagc |
32853982 |
T |
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| Q |
208 |
cattggagaatgtttttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcggcaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacagagg |
307 |
Q |
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32853981 |
cattggagaatgtttttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcgacaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacagagg |
32853882 |
T |
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| Q |
308 |
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406 |
Q |
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tcatggaaggcattatggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttattttgcaaaaaatctggacatgaatc |
32853782 |
T |
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| Q |
407 |
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506 |
Q |
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32853682 |
T |
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507 |
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606 |
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attaatttttctgcagaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgat-caaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggctgcagc |
32853583 |
T |
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| Q |
607 |
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706 |
Q |
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aatcatgtaacagggaatcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaa |
32853483 |
T |
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707 |
agggggttatagcagttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
765 |
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agggggttatagcagttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
32853424 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 37177316 - 37176560
Alignment:
| Q |
8 |
tggacatcaaattaaaagttgtggagaagaagtttcagaaaagaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgct |
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Q |
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tggaaatcaaattaaaagttgtggagaacaagttccagaaaagaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgct |
37177217 |
T |
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| Q |
108 |
gttattgaagaaacaaaggacctcacaaaactctcacaatatgaattgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagc |
207 |
Q |
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gttattgaagaaacaaaggacctcacaaaactctcacaatataaattgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagc |
37177117 |
T |
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208 |
cattggagaatgtttttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcggcaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacagagg |
307 |
Q |
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cattggagaatgtttttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcgacaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacatagg |
37177017 |
T |
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308 |
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Q |
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tcatggaaggcattatggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttatttgcaaaaaatctggacatgaatca |
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T |
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408 |
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aaagattgtcgctttagatgtactagatgcaaaattcccaaccattcaagtagagattgttggcataagaagaaagaaaatgatgaaagaataaagggaa |
37176817 |
T |
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ttaatttttctgcagaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgatnnnnnnntctggtgagatatggtttttagatagtggctgtagca |
607 |
Q |
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ttaatttttctgcaaaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgat-aaaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggttgtagca |
37176718 |
T |
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atcatgtaacagggaatcaaaccatatttaaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaa |
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atcatgtaacagggaatcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaa |
37176618 |
T |
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| Q |
708 |
gggggttatagcagttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
765 |
Q |
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| T |
37176617 |
gggggttatagcagttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
37176560 |
T |
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